Proyectos Programa Marco Juan Elvira Deputy CTO Integromics, S.L.
Agenda Integromics Proyectos Reflexiones finales Q&A
Integromics (Partner) (Partner) (Partner) (Partner) (Partner) Integromics (Operating in Spain, US and UK) Research Scientist Software Developers Market Specialist Application Testers (Philadelphia) (London) Technical Support (Granada & Madrid) (Software Factory, Bulgaria) (Software Factory, Colombia)
Product portfolio: complete solution
Product Portfolio RealTime StatMiner: High throughput qpcr Integromics BioMarker Discovery (IBD): DNA Microarrays SeqSolve: NGS OmicsHub-Proteomics: Proteomics
Next-Gen Sequencing analysis now available to biologists Before... Data overload + Lack of automated tool Bioinformatics expertise needed to process the data Now: All-in-one, easy-to-use, advanced solution Click And Go publication-ready results Human resource bottleneck Biologists are now one click away from their results!
SeqSolve: NGS
Number of NGS articles SeqSolve: NGS 3500 4500 3000 3170 4000 4041 2500 3500 2000 1500 1710 3000 2500 2000 1000 1500 500 536 1000 1198 0 2007 2008 2009 2010 2011 Year 500 378 0 2007 2008 2009 2010 2011 Número de artículos científicos mencionando Next Generation Sequencing (Fuente: Google Scholar) Número de Estudios de Secuenciación submitidos en NCBI Sequence Read Archive
SeqSolve: NGS
Publicaciones 2010 Published in 2010 Comprehensive polyadenylation site maps in yeast and human reveal pervasive alternative polyadenylation. Ozsolak F, Kapranov P, Foissac S, Kim SW, Fishilevich E, Monaghan AP, John B, Milos PM. Cell. 2010 Dec 10;143(6):1018-29. New class of gene-termini-associated human RNAs suggests a novel RNA copying mechanism. Kapranov P, Ozsolak F, Kim SW, Foissac S, Lipson D, Hart C, Roels S, Borel C, Antonarakis SE, Monaghan AP, John B, Milos PM. Nature. 2010 Jul 29;466(7306):642-6. Laboratory information management systems in the Omics era. González Couto E. LifeSciencesLab. 2010 Mar-Apr; 38-40. Data Management, Analysis, Standardization and Reproducibility in a ProteoRed Multicentric Quantitative Proteimics Study with OmicsHub Proteomics Software Tool. Yankilevich, P., J Biomol Tech. 2010 September; 21(3 Suppl): S35 International Ranking OmicsHub Proteomics Software Tool, Yankilevich, P.,, J Biomol Tech. 2010 September; 21(3 Suppl): S21 (Integromics authors highlighted underlined and in BOLD) Source http://en.wikipedia.org/wiki/impact_factor
Nuestro clientes The Norwegian Microarray Consortium
International FP7 R&D Projects As Coordinator: IRIS (EraNET-EuroTransBio ETB-2010-39) As Full Partner: PROACTIVE (health-f4-2008-2229502) LIPIDOMIC NET (health-f4-2008-202272) RESOLVE (health-f4-2008-202047) PROTEOMEXCHANGE (health-2010-260558):
Criterios de selección de proyectos Alineamiento con la estrategia de desarrollo de productos Fortalecimiento de productos existentes Innovación y desarrollo de nuevos productos Impacto en publicaciones científicas Visibilidad Networking Validación
Resolve The RESOLVE project is intended to provide researchers and clinicians with data on genes involved in ageing, wound healing and fibrosis, and relies on Integromics solutions for collaborative Web-LIMS custom design and implementation, and advanced bioinformatics data mining
Resolve: Participantes Medizinische Universität Wien Integromics S.L. Biotalentum Ltd. Politecnico di Torino University of Verona Austrian Research Centers GmbH Centro Nacional de Biotecnología hasta 13 participantes
Resolve Workpackages
Integromics en Resolve Gestión de datos (WP4) Desarrollo de un sistema de gestión de datos de laboratorio (web LIMS) http://resolve.integromics.com/resolve Desarrollo de algoritmos de minería de datos Análisis de Ontología (GeneCodis, http://genecodis.dacya.ucm.es/) Analysis de Literatura (SENT, http://sent.dacya.ucm.es/)
Resolve LIMS
Resolve LIMS 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000 Aug- 09 Sep- 09 Oct- 09 Nov- 09 Dec- 09 Jan- 10 Feb- 10 Mar- 10 Apr- 10 May- 10 Jun- 10 Jul- 10 Aug- 10 Sep- 10 Oct- 10 Quantity Months Resolve LIMS data Patients / Organisms Samples
Resolve Data Mining
Resolve Data Mining
Resolve: Impacto en Integromics Nueva linea de LIMS para muestras y pacientes como resultado de la generalización del LIMS desarrollado para RESOLVE
ProteomeXchange The ProteomeXchange consortium has been set up to provide a single point of submission to proteomics repositories, and encourage the data exchange between the repositories so that the community may easily find datasets in the participating repositories.
ProteomeXchange EMBL-European Bioinformatics Institute University of Liverpoo VIB ETH Zurich Institute for Systems Biology University of Michigan Integromics Ruhr-Universitaet Bochum Swiss Institute of Bioinformatics GeneBio Wiley-VCH CSIC
ProteomeXchange
ProteomeXchange
Our role in ProteomeXchange -Participate to the development of the XML-based data formats like mzml, mzidentml, and mzquantml (WP2) -Extend OmicsHub Proteomics to become ProteomeXchange compliant (WP3)
ProteomeXchange: OmicsHub Proteomics Laboratory Workflow with OmicsHub Proteomics all-in-one solution
ProteomeXchange: Impacto en Integromics Integración en nuestro software de Proteómica (OmicsHub) de los nuevos estándares de intercambio de datos. Visibilidad Red de beta-users
Equipo Humano Proyectos Integromics Gestión y administración: 1 persona (75%) Coordinación científica: 1 persona (100%) Coordinación técnica: 1 persona (100%) Grupo de desarrollo (variable) Grupo de I+D (variable)
Consideraciones finales A. Validación y maduración de nuevas ideas de desarrollo de productos (prototipos) B. Desarrollo de nuevos productos C. Especialización de productos existentes D. Expansión a otras áreas de aplicación (clínica, medicina traslacional) E. Beta users para nuevos productos
Consideraciones finales FINANCIACIÓN n n o v a c i ó n i e n c i a e t w o r k i n g
Q&A Gracias por vuestra atención!