PROGRAMA 4: GENÓMICA Y PROTEÓMICA EN CÁNCER

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1 RED TEMÁTICA DE INVESTIGACIÓN COOPERATIVA DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA 4: GENÓMICA Y PROTEÓMICA EN CÁNCER rticcc G&P COORDINACIÓN A NIVEL NACIONAL: Dr. Oriol Bachs (IDIBAPS) Dr. Xosé R. Bustelo (CIC) Dr. Jesús Foncillas (CUN) Dr. Carlos Martínez (CNB)

2 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): OBJETIVOS 1. Servir como plataforma técnica para dar servicios integrales genómicos y proteómicos a los miembros de la Red y externos 2. Favorecer a nivel técnico y experimental líneas de investigación cooperativas en las áreas de: 2.1. Entendimiento de los procesos moleculares que están detrás de las propiedades malignas de la célula tumoral 2.2. Descubrimiento de nuevos marcadores que ayuden en el diagnóstico, pronóstico y caracterización farmacogenética de pacientes con cáncer 2.3. Búsqueda de marcadores que permitan explicar y predecir la resistencia de tumores a tratamientos tradicionales (radioterapia, quimioterapia) o a nuevos fármacos antitumorales 2.4. Favorecer la caracterización de nuevos compuestos farmacológicos antitumorales 3. Servir de semillero para la formación de personal especializado en investigación genómica y proteómica en España

3 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): ESTRUCTURA DE GESTIÓN COORDINACIÓN A NIVEL NACIONAL: Dr. Xosé R. Bustelo (CIC) Dr. Oriol Bachs (IDIBAPS) Dr. Carlos Martínez (CNB) Dr. Jesús Foncillas (CUN) REPRESENTANTES A NIVEL DE NODO: 1. Hosp. Univ. Virgen de las Nieves (HUVN), Granada. Dr. Francisco Cabello 2. Hosp. Virgen del Rocío, Sevilla. Dr. Salud Borrego 3. Instituto Canario de Investigación en Cáncer (ICIC). Dr. José Pestano 4. Hosp. Univ. Marqués de Valdecilla, Cantabria. Dr. Ana Fontalba 5. Centro de Investigación del Cáncer (CIC). Dr. Xosé R. Bustelo 6. Institut Català d Oncologia Institut de la Resercha Oncológica Hospital de Bellvitge. Dra. Nuria Sala 7. IDIBAPS. Proteómica: Dr. Oriol Bachs; Genómica: Dr. Pedro Jares 8. PRBB. Genómica: Dr. Lauro Sumoy; Proteómica: Dr. David Andreu 9. Hosp. de Sant Pau. Dra. Montserrat Baiget 10. Hosp. Vall d Hebrón. Dr. Juan C. Manzaneque 11. Hosp. Clínico Santiago. Dr. Angel Carracedo 12. CNIO. Dr. Ignacio Casal 13. DIO-CNB. Dr. Angel Zaballos 14. Instituto de Investigaciones Biomédicas, CSIC-UAM (IIB). Drs. E. Casado, A. Pestaña y J. Alonso 15. Hosp. Doce de Octubre. Dr. Rodríguez Peralto 16. Hospital Universitario San Carlos. Genómica: Dra. Pilar Iniesta; Proteómica: Dra. Carmen de Juan 17. Centro de Cáncer Univ. Navarra (CCUN), Clínica Universitaria de Navarra. Dr. Jesús Foncillas 18. Centro Vasco de Investigación en Cáncer. Dra. Mª Dolores Boyano 19. Hospital Virgen de la Arrixaca, Murcia. Drs. Antonio Parrado y Juan Cabezas

4 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): CRONOGRAMA DE SU ORGANIZACIÓN Enero Febrero Marzo Abril Constitución RED Nombramiento Coordinadores por Comité Ejecutivo Reunión Coordinadores Diseño de Impreso Envío de Impresos a Nodos Enero Febrero Marzo Abril Distribución CATÁLOGO #4 (ACTUAL) Concesión 2 Proyectos de la A.E. de Genómica y Proteómica!! Reunión del Programa Mayo Junio Julio Reunión de Coord. y Representantes de Nodos, Catálogo #1 SERVICIOS EN RED OK Comité Ejecutivo Distribución CATÁLOGO #1 Mayo Junio Julio Reunión de coordinación con Prog. de Bioinformática Agosto Agosto SERVICIOS EN RED Septiembre Octubre Informe Anual Septiembre Octubre Informe Anual Noviembre Noviembre Diciembre Distribución CATÁLOGO #2,3 Diciembre

5 PROGRAMA 4 (G&P): SERVICIOS ÁREA DE GENÓMICA CÉLULAS A CÉLULAS B EXTRACCIÓN DE ARN Y RETROTRANSCRIPCIÓN ADNc1 ADNc2 LECTURA ADNc3 ADNc MARCADOS GEN 1 GEN 2 GEN 3 MEZCLA DE ADNc BIOCHIP ( CLONES) HIBRIDACIÓN A> B A=B A<B NO A NO B

6 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): GEOGRAFÍA DE SERVICIOS HOSP. VALDECILLA HOSP. SANTIAGO IDIBAPS IIB CNB CNIO CIC SALAMANCA ICO CRG/PRRB HOSP. VALL D HEBRÓN

7 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): SERVICIOS ÁREA DE GENÓMICA 1. CIC. Análisis de RNA. Chips Affymetrix y de vidrio. RT-PCR. Secuenciación 3. DIO-CNB. Análisis de RNA. Chips Affymetrix y de vidrio 5. IDIBAPS. Análisis de RNA. Chips Affymetrix 7. Hosp. Vall d Hebrón. Chips Affymetrix. Servicio instaurado en el CRG/PRBB. Análisis de RNA. Chips de vidrio. RT-PCR 11. CNIO. Análisis RNA. Distribución chips de vidro. Análisis fragmentos de ADN 13. IIB. SAGE. CodeLink (Applied Biosystems) 15. Hosp. Univ. Santiago. Tipado SNPs y polimorfismos 17. Hosp. Valdecilla. Detección polimorfismos. Secuenciación. RT-PCR 19. ICO. Análisis de secuencias y fragmentos de ADN

8 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): CATÁLOGO DE SERVICIOS CENTRO DE INVESTIGACIÓN DEL CÁNCER RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA I. INFORMACIÓN GENERAL: CATÁLOGO DE OFERTA DE SERVICIOS NOMBRE DE UNIDAD: Unidad de Genómica y Proteómica CENTRO DE LA RED: Centro de Investigación del Cáncer RESPONSABLE DEL SERVICIO: Xosé R. Bustelo TELÉFONO DE CONTACTO: DE CONTACTO: xbustelo@usal.es NOMBRE DEL T ÉCNICO DE SERVI CIO: Encarna Fermiñan (Genómica) DE CONTACTO: encarnaf@usal.es TELÉFONO DE CONTACTO: FAX DE CONTACTO: DIRECCIÓN PARA FACTURAC IÓN: NOMBRE: Antonio Mata (amata@usal.es) INSTITUCIÓN: Fundación para la Investigación del Cáncer en la Univ de Salamanca (FICUS) CALLE: CIC, Univ. Salamanca-CSIC, Campus Unamuno s/n CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Salamanca DIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS: NOMBRE: Encarna Fermiñán (Laboratorio 16) INSTITUCIÓN: Centro de Investigación del Cáncer CALLE: Univ. Salamanca-CSIC, Campus Unamuno s/n CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Salamanca

9 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): CATÁLOGO DE SERVICIOS II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS: SERVICIOS OFERTADOS NOMBRE DE TÉCNICO RESP. TIEMPO ESTIMADO DE SERVICIO (EN DÍAS) PRECIO DEL SERVICIO (INCLUYENDO IVA) 1.Secuenciación Estela Hernández /muestra ADN 2. Análisis de Estela Hernández 1 5/muestra RNA/DNA por BioAnalizer 3. Chips Affymetrix Encarna Fermiñán /muestra 4. Hibridación chips Eva García 2 6/muestra vidrio 5. Scanning de chips vidrio Eva García 1 6/muestra III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS: (Por favor, incluir información suficiente para que los usuarios identifiquen fácilmente el tipo de servicio que se ofrece) 1. Secuenciación de ADN complementario o genómico (en formato plasmídico o de fragmentos de PCR) utilizando un secuenciador en gel ABI-3100 (Applied Biosystems). Este sistema permite también el genotipado y análisis de SNPs cuyo servicio es ofertado en otro programa de la Red. Precio no incluye primers. 2. El sistema BioAnalizer de Agilent permite un estudio cuantitativo y cualitativo de muestras de RNA, DNA, o proteína. En el caso de RNA, da una estimación exacta de la concentración, grado de degradación y grado de contaminación (por ejemplo, de rrna en muestras de mrna).

10 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): ACCESO A CATÁLOGO DE SERVICIOS o DISTRIBUCIÓN POR A CADA REPRESENTANTE DE NODO o ACESO VÍA INTERNET:

11 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): ACTIVIDAD ÁREA DE GENÓMICA (2004) IDIBAPS 1600 VALDECILLA ICO CIC CNB 58 Chips CNIO IIB 12 Secuenciación SNPs, fragmentos

12 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): SUMARIO DE ACTIVIDADES OBJETIVOS ALCANZADOS EN Puesta en marcha de 10 Unidades Técnicas de Servicio en Genómica Publicación de un Catálogo de Servicios Ofertados a la Red, con inclusión de datos sobre dónde mandar las muestras, personas de contacto en cada servicio, precios, etc. Construcción de página web (dentro de la del rticcc) con toda la información sobre servicios, actividades, chat, etc. ( Impartición de cinco (2003) y trece (2004) programas de formación teórico/práctica en tecnologías genómicas (incluyendo tanto aspectos tecnológicos como bioinformáticos). Formación de 19 personas en diversas tecnologías ofrecidas por nuestro Programa. 12 proyectos de investigación individuales concedidos relacionados con las áreas de estudio promocionadas por nuestros servicios. 1 proyecto de investigación coordinado en la Acción Especial de Genómica y Proteómica del MEC Establecimiento de un calendario estable de actividades formativas (cursos teóricos, prácticos, visitas formativas a Unidades Técnicas de Servicio y cursos de tercer ciclo).

13 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): RETOS PRESENTES Y FUTUROS OBJETIVOS AÑO 2005 Consolidación y ampliación de los servicios genómicos ofertados por las distintas Unidades Técnicas de Servicio Puesta en marcha de la Unidad de Genómica de Vall d Hebrón Establecimiento de líneas de investigación coordinadas y multinodales con abordajes genómicos para afrontar cuestiones pendientes en la oncología molecular, tanto a nivel básico como clínico o farmacogenético CONCESIÓN DE UN PROYECTO COORDINADO EN LA ACCIÓN ESPECIAL DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA DE 2004! PROYECTO 1. Oncogenes superfamilia Ras. CIC (3 grupos), IIB (1 grupo), EXTERNOS (1 grupo) euro 7 PROYECTOS COORDINADOS CON GRUPOS DE LA RED PENDIENTES DE REVISIÓN EN LA ÚLTIMA CONVOCATORIA DE PROYECTOS DEL FIS. Impartición de cursos de formación teórico/práctica en tecnologías genómicas y proteómicas (incluyendo tanto aspectos tecnológicos como bioinformáticos) Desarrollo de nuevas herramientas informáticas que permitan el análisis rápido y multifactorial de los datos genómicos y proteómicos Desarrollo de nuevas herramientas bioinformáticas, basadas en libre acceso por internet, para la comparación de resultados genómicos y proteómicos por los distintos miembros de la Red

14 PROGRAMA 4 (G&P): SERVICIOS ÁREA DE PROTEÓMICA CÉLULAS A CÉLULAS B DEPOSICIÓN EXTRACCIÓN DE PROTEÍNAS ESPECT. MASAS (MALDI-TOFF) ELECTROFORESIS BIDIMENSIONAL X COMPARACIÓN DE PROTEÍNAS IDENTIFICACIÓN DE DIFERENCIAS PICADO AUTOMÁTICO DE PROTEÍNAS DE INTERÉS TRIPSINIZACIÓN IDENTIFICACIÓN DE PROTEÍNAS DE INTERÉS

15 RED DE CÁNCER UNIDADES DE PROTEÓMICA CIC, CNB, CNIO, IDIBAPS, UPF-CRG-PRBB, VALL DE HEBRÓN, Salamanca Madrid Madrid Barcelona Barcelona Barcelona

16 RED DE CÁNCER SERVICIOS OFERTADOS Todas las unidades ofertan: Separación de proteínas mediante electroforesis 2D Identificación de proteínas mediante huella peptídica (MALDI) Secuenciación de péptidos

17 Algunas unidades ofertan: Comparación de patrones de 2D mediante tinción DIGE Cromatografía bidimensional ICAT Análisis de interacciones (Biacore) SELDI

18 Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Nodo CIC Nodo Vall Hebron Nodo IDIBAPS Nodo CNB Nodo CNIO Nodo Pompeu Fabra TOTAL TOTAL NODOS Servicios Prestados

19 Distribución de los Servicios por NODOS Identificación Huella Peptídica Secuenciación de Péptidos Electroforesis 2D Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos 79 Nodo CIC Nodo Vall Hebron Nodo IDIBAPS Nodo CNB Nodo CNIO Nodo Pompeu Fabra

20 Distribución Servicios TOTALES Internos Externos TOTAL Distribución Servicios TOTALES Identificación Huella Peptídica Secuenciación de Péptidos Electroforesis 2D TOTAL Distribución Servicios TOTALES

21 Monto Económico TOTAL ( ) Identificación Huella Peptídica Secuenciación de Péptidos Electroforesis 2D Total Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Internos Externos Nodo CIC Nodo Vall Hebron Nodo IDIBAPS Nodo CNB Nodo CNIO Nodo Pompeu Fabra TOTALES TOTAL

22 Proyectos asociados al Servicio y cuantía en Proyectos Proyectos Proyectos Proyectos Proyectos Proyectos Proyectos Nodo CIC Nodo Vall Hebron Nodo IDIBAPS Nodo CNB NODOS Nodo CNIO Nodo Pompeu Fabra TOTAL

23 Proyectos de colaboración entre nodos de la Red Proteómica del ciclo celular (Acción estratégica proteómica y genómica) (CIC, CNIO, Canarias, IDIBAPS) Expresión de APC en la poliposis adenomatosa familiar (La Caixa) (ICO, IDIBAPS)

24 Participación en la propuesta de la PROTEORED de la Fundación Genoma España CIC, CNB, IDIBAPS, UPF-CRG-PRBB, H. Valle de Hebrón Participación en la HUPO (Human Proteomic Organization) CIC, CNB, IDIBAPS, UPF-CRG-PRBB, H. Valle de Hebrón

25 Objetivos próximo año Implementar y consolidar nuevas técnicas: * Comparación de patrones de 2D mediante tinción DIGE * Cromatografía bidimensional * Técnicas cuantitativas (ICAT) * Técnicas para el análisis de modificaciones post- traduccionales Estimular la colaboración entre las unidades Implementar protocolos para la gestión de los datos Plan de formación de técnicos

26 rticcc G&P PROGRAMA 4 (G&P): SERVICIOS ÁREA DE PROTEÓMICA 1. CIC. HPLC. Biacore. MALDI-TOFF. Trampa Iónica. 2D-PAGE. Proteómica general 3. DIO.CNB. Secuenciación N-terminal de proteínas. MALDI-TOFF 5. Univ. Pompeu-Fabra. 2D-PAGE. MALDI-TOFF. LC/MS/MS/Q-TOFF. Pept sintéticos 7. IDIBAPS. 2D-PAGE. Cromatografía bidimensional. MALDI-TOFF. nanoes/ms/ms. DIGE. Proteómica general 9. Hosp. Vall d Hebron. 2D-PAGE. MALDI-TOFF. nanoes/ms/ms. Proteómica general 11. CNIO. 2D-PAGE. DIGE. MALDI-TOFF

27 PROGRAMA DE PROTEÓMICA RED DE CÁNCER