CENTRO NACIONAL DE INVESTIGACIONES ONCOLÓGICAS RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA DE GENÓMICA

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1 CENTRO NACIONAL DE INVESTIGACIONES ONCOLÓGICAS RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA DE GENÓMICA CATÁLOGO DE OFERTA DE SERVICIOS GENÓMICOS I. INFORMACIÓN GENERAL: NOMBRE DE UNIDAD: Unidad de Genómica CENTRO DE LA RED: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO) RESPONSABLE GENERAL DE LA UNIDAD: Miguel Ángel Piris TELÉFONO DE CONTACTO: DE CONTACTO: RESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: Orlando Domínguez NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO: DE CONTACTO: TELÉFONO DE CONTACTO: FAX DE CONTACTO: DIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS: NOMBRE: Unidad de Genómica INSTITUCIÓN: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas CALLE: Melchor F. Almagro 3 CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Madrid

2 II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS: SERVICIOS OFERTADOS 1. Secuenciación de DNA 2. Análisis de RNA (Bioanalyzer 2100) 3. Análisis de mirna con chips Agilent 4. Análisis de expresión con chips Agilent NOMBRE DE TÉCNICO RESP. TIEMPO ESTIMADO DE ENTREGA (EN DÍAS) PRECIO (sin IVA) O. Domínguez 2 4,2 /reacción O. Domínguez 7 60 /12 muestras * O. Domínguez /expmnto. O. Domínguez /expmnto. ** Oferta vigente desde 15/10/2007. Para acceder a estos precios es necesario mencionar la pertenencia a la RTICCC en la formalización del pedido. III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS: 1. Secuenciación de DNA Secuenciación de muestras de DNA (plásmidos o productos de PCR) proporcionadas por el usuario. El servicio incluye iniciadores genéricos comunes. Más detalles en 2. Análisis de RNA. Evaluación de muestras de RNA ( ng de RNA total, mensajero o amplificado) proporcionadas por el usuario mediante la tecnología LabChip de Agilent. El precio se refiere al empleo de un LabChip estándar con capacidad para 12 muestras. (*) Se ofrece únicamente en el contexto de los servicios 3 y Análisis de expresión de mirna Análisis de mirna en muestras de RNA total proporcionadas por el usuario mediante el biochip Agilent mirna G4470A. En el contexto del programa de subvenciones a Tecnologías Microarrays promovido por la Fundación Genoma España (FGE). El precio expuesto se basa en el acuerdo Agilent-FGE Se entrega un análisis básico con resultados normalizados. El precio incluye biochip y otros gastos. Para más detalles entrar en contacto con el servicio. 4. Análisis de expresión génica (mrna) Análisis de muestras de RNA proporcionadas por el usuario mediante 60-mer oligo microarrays de Agilent. Configuraciones de uno o dos canales. Se entrega un análisis básico con lista de genes diferencialmente expresados en el sentido y magnitud correspondiente. El precio varía con el tipo de chip empleado. (**) El precio expuesto se basa en el acuerdo Agilent-FGE y corresponde al análisis de una muestra hibridada en sistema de canal único a un chip Agilent de genoma humano completo. Para más detalles entrar en contacto con el servicio.

3 CENTRO NACIONAL DE INVESTIGACIONES ONCOLÓGICAS RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA CATÁLOGO DE OFERTA DE SERVICIOS PROTEÓMICOS I. INFORMACIÓN GENERAL: NOMBRE DE UNIDAD: Unidad de Tecnología de Proteínas CENTRO DE LA RED: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas RESPONSABLE DEL GENERAL DE LA UNIDAD: Miguel Angel Piris TELÉFONO DE CONTACTO: DE CONTACTO: mapiris@cnio.es RESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: Ignacio Casal NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO: DE CONTACTO: icasal@cnio.es TELÉFONO DE CONTACTO: FAX DE CONTACTO: DIRECCIÓN PARA FACTURACIÓN: NOMBRE: Unidad de Tecnología de Proteínas INSTITUCIÓN: Fundación Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas Carlos III CALLE: Melchor Fernandez Almagro 3 CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Madrid DIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS: Unidad de Tecnología de Proteínas. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas NOMBRE: Ignacio Casal, Juan Casado o Antonio Núñez INSTITUCIÓN: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas CALLE: Melchor Fernandez Almagro 3 CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Madrid 4

4 II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS: SERVICIOS OFERTADOS Geles 2D Geles 2D DIGE Identificación de masas por MALDI- TOF NOMBRE DE TÉCNICO RESP. Francisco Fernandez Francisco Fernandez TIEMPO ESTIMADO DE ENTREGA (EN DÍAS) PRECIO DEL SERVICIO (SIN IVA) 15 Consultar precios, dependerá tamaño y tinción Consultar precios, dependerá tamaño y tinción Antonio Núñez 3 14 Huella peptídica Antonio Núñez 3 48 (consultar descuentos por volumen) Determinación de masas por trampa ionica Secuenciación peptídica por trampa iónica Determinación de sitios de fosforilación Juan Casado 3 64 Juan Casado (consultar descuentos por volumen) Juan Casado III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS: Electroforesis bidimensional La electroforesis bidimensional se lleva a cabo en un sistema Ettan completo (Amersham). La unidad dispone de cubetas Ettan, fuente Ettan IPGphor, un robot Ettan TA Spot Picker, un robot Ettan TA Digester y un robot Ettan TA spotter. La unidad tambien dispone de otras cubetas (Hoeffer y Bio-Rad) para la realización de geles de otros tamaños inferiores. Se pueden realizar geles en tres tamaños: 8x7, 16x15 y 26x22 cm y con tres tinciones diferentes: Coomassie, plata y Sypro rubi. También se realizan geles DIGE para cuantificaciones de expresión diferencial de proteínas empleando tres fluorocromos: Cy2, Cy3 y Cy5. Los geles DIGE se escanean con un Typhoon 9400 (Amersham) dotado de tres láser para la captura de imágenes. Las imágenes se analizan con el software DeCyder (Amersham). El recorte de spots se lleva a cabo con el Ettan TA Spot Picker y la digestión tríptica automática con el Ettan TA Digester. 5

5 Identificación de masas por MALDI-TOF La unidad dispone de un MALDI-TOF-TOF 4800 Applied Biosystems para el análisis de masas y determinación de huella peptídica. El equipo ofrece una gran resolución de masas (+/- 100 ppm). Identificación de proteínas mediante huella peptídica La unidad realiza un servicio de identificación de proteínas por huella peptídica siguiendo la digestión tríptica de los spots seleccionados en los geles 2D o 1D. Se puede realizar huella peptídica a partir de cualquiera de las tinciones que se ofrecen, Coomassie, plata o Sypro. A partir de la huella se realiza una búsqueda on-line con los algoritmos MASCOT y/o ProFound en las bases de datos SwissProt o NCBI y se seleccionan los targets que superan el score adecuado y cubren un porcentaje mínimo de proteína del 30%. Dado el uso del TOF-TOF se puede realizar MS/MS de los picos mas intensos para mejorar la identificación del péptido. Toda esta información se envía al usuario por correo electrónico en un formato definido. Determinación de masa exacta por trampa iónica Bajo condiciones desnaturalizantes, las proteínas producen una serie de especies correspondientes a diferentes estados de carga. La deconvolución de todos los picos pertenecientes a las mismas moléculas conduce al cálculo preciso de la masa molecular. Identificación de proteínas por secuenciación peptídica utilizando LC/MS-MS (trampa iónica) Tras digestión de la proteína con una proteasa apropiada (p.e. tripsina), se puede hacer una carrera cromatográfica en una columna de fase reversa C18 en condiciones nano o micro-hplc, conectada on-line a una fuente micro o nano-esi y al espectrómetro de masas de trampa iónica. Por fragmentación por colisión de los péptidos y análisis de las series de iones resultantes se obtiene la secuencia del péptido correspondiente mediante interrogación utilizando el algoritmo SEQUEST en bases de datos NCBI o SwissProt. En el año 2004 se adquirió un equipo de espectrometría de masas por trampa iónica con fuente de ionización por electrospray y acoplado a un sistema de cromatografía líquida con nano-hplc. Concretamente se adquirió el equipo de trampa iónica lineal LTQ de alta precisión acoplado a un nano-haplc Surveyor equipado con muestreador automático, todo ello de la marca Thermo Finnigan. Este equipo es capaz de suministrar espectros MS/MS y aplicaciones LC/MS/.../MSn. Asimismo, lleva incorporado un paquete de software Bioworks 3.1 que incorpora la última versión de software TurboSEQUEST, para identificación rápida de proteínas en bases de datos indexadas, incluye web server profesional, O Reilly y software de cuantificación ICAT y el programa DeNovox para la secuenciación manual de péptidos de origen desconocido. Para mejorar la sensibilidad del instrumento se ha adquirido recientemente (2005) un nano-hplc Ultimate 3000 (LC-Packings) dotado de la capacidad de realizar cromatografía multidimensional, para la realización de la técnica MudPIT. 6

6 Determinación de sitios de fosforilación La determinación de sitios de fosforilación es un dato importante de cara a la funcionalidad de gran numero de fosfoproteínas. Esta técnica se lleva a cabo sobre proteínas purificadas (se pueden utilizar proteínas obtenidas a partir de gel) de las que se disponga de una cantidad suficiente (al menos una banda visible en un gel teñido con azul de Coomassie). La posición de los residuos fosforilados se determina fundamentalmente por dos técnicas: Perdida neutral dependiente de datos (NLDD) y búsqueda de iones parentales conteniendo grupos fosfato (SIM) seguido de MS 3. El proceso global conlleva múltiples carreras en la trampa iónica. 7