Tutorial sobre el uso de PubMed

Transcripción

1 Tutorial sobre el uso de PubMed MEDLINE MEDLINE (Medical Literature, Analysis, and Retrieval System Online) es la base de referencia bibliográfica más importante de la U.S. National Library of Medicine's (NLM) que contiene más de 11 millones de referencias a artículos de publicaciones periódicas de todo el mundo en el ámbito de la biomedicina. Período de tiempo abarcado: indexa citas desde 1966 a la fecha. Fuentes: contempla citas de más de 4300 publicaciones periódicas en 30 idiomas. Cerca del 52% de las mismas fueron originalmente publicadas en U.S.; el 86% tiene como idioma de origen el inglés y el 76% de las citas posee resúmenes escritos por los autores. Actualización: Aproximadamente 8,000 referencias son ingresadas semanalmente a la base (400,000 al año aproximadamente). Cobertura temática: investigación biomédica básica y ciencias clínicas desde 1966 incluyendo enfermería, odontología, veterinaria, farmacia, salud pública, y ciencias pre-clínicas. PubMed Con la finalidad de poner información biomédica de alto nivel académico al alcance tanto de profesionales de la salud como del público en general, el gobierno de los Estados Unidos, representado por su Vicepresidente Al Gore, presentó el 26 de Junio de 1997 una nueva interface de acceso gratuito a diferentes bases de datos biomédicas, principalmente al MEDLINE. Esta nueva interface denominada PubMed es un sistema de recuperación de información basado en tecnología de la World Wide Web (WWW), producido por el National Center for Biotechnology Information (NCBI) de la National Library of Medicine (NLM). Fue desarrollado inicialmente como la división bibliográfica de un sistema más complejo denominado Entrez, que permite a los usuarios acceder gratuitamente por medio de Internet a diversas bases de datos (bibliográficas y no bibliográficas) entre las que se encuentra el MEDLINE y el PreMEDLINE entre otras. Ventajas del PubMed Acceso gratuito a MEDLINE sin necesidad de registrarse o usar contraseñas para el ingreso. Enlace a texto completo de algunos artículos. Algunos de los editores de las revistas indizadas en el MEDLINE participan en el PubMed enviando electrónicamente las citas antes de la fecha de su publicación y si el editor posee un sitio web en donde ofrece una versión completa en full-text de dicha publicación, PubMed provee un enlace a dicho sitio así como las referencias de estos artículos en el sitio de publicación tienen enlaces de regreso con PubMed, cerrando de esta manera el círculo de la publicación digital en la Net. Cabe destacar que no solamente estos editores pueden vincular partes de sus páginas web a la cita de un artículo en particular del MEDLINE; lo mismo puede ser realizado desde cualquier página web, es muy común ver las referencias de artículos

2 publicados en la Red con los links a la cita del PubMed. Esto le confiere a la actividad científica y de divulgación una versatilidad antes no encontrada y que potencia muchísimo las posibilidades de difusión en Internet de los conocimientos científicos almacenados en la base. Posibilidad de acceder a libros de texto en formato electrónico y sitios web con información editorializada, relacionados con las citas. Posibilidad de realizar búsquedas en interfaces especiales para navegar por los diferentes índices del MEDLINE. Búsquedas clínicas basadas en filtros metodológicos. También encontramos como característica diferencial el concepto de "neighboring" o artículos relacionados ("Related Articles") tanto en la misma base como con otras bases de datos. El hecho que, al realizar la búsqueda en forma automática lo haga también en el PreMEDLINE, es otro aspecto importante a considerar. El PreMEDLINE es la base de datos en donde se encuentran los artículos que aún no les fueron asignados los términos MeSH u otros parámetros indizadores, la ventaja es que la frecuencia de ingreso de dichos artículos a esta base es diaria (en el MEDLINE es semanal). Provee acceso a revistas NO indizadas en el MEDLINE solamente, por medio de un servicio denominado PubRef con el cual se intenta ampliar las características de enlace bibliográfico. Página de inicio del PubMed La dirección en la donde encontraremos la homepage de PubMed es: Es altamente recomendable que una vez que haya accedido a la página de inicio del PubMed la guarde en los Favoritos o Bookmarks según el navegador que disponga (Por ejemplo: Internet Explorer o Netscape Navigator). Para agregar una página a su lista de páginas favoritas en el Internet Explorer debe: 1 Abrir en el navegador la página de inicio del PubMed. 2 Despliegue la opción Favoritos del menú de opciones de la barra de herramientas del navegador, haga clic en Agregar a Favoritos. 3 En nueva ventana escriba si lo desea el nuevo nombre para la página y defina la carpeta donde se almacenará el enlace al PubMed. Realizando búsquedas en PubMed El sistema PubMed ofrece una variedad de modos de búsqueda para acercarse a las necesidades individuales de los usuarios. Usted puede realizar una búsqueda simple ingresando unos pocos términos en el formulario de la página de inicio o construir una estrategia de búsqueda compleja utilizando los operadores lógicos (también llamados operadores booleanos) o por medio del uso de las opciones provistas en la barra de funciones. Página de inicio En la pantalla de inicio del PubMed encontramos, a grandes rasgos, dos áreas claramente definidas (Figura 1):

3 Figura 1: Página de inicio del PubMed Area para el ingreso y refinamiento de la busqueda Es el area que se encuentra en el centro derecho de la página de inicio y es en donde se halla un casillero de texto donde se deben ingresar los términos a buscar. También encontramos enlaces para optar por otras bases, portapapeles, historial, índice y vista previa, límites y otras opciones que aparecen en las páginas que se muestran los resultados obtenidos en una búsqueda. Area para acceder a servicios especiales Es la porción de la izquierda en azul que siempre acompañará al usuario en las diferentes instancias de búsqueda y cambiará las opciones según el lugar donde se encuentre. En la página de inicio permite acceder a servicios tales como la Ayuda del PubMed, un Tutorial interactivo, el MeSH Browser, el Journal Browser, el Citation Matcher, los Clinical Queries, etc. Reglas para el ingreso de términos Se pueden ingresar uno o más términos en el casillero de texto y luego presionar la tecla Enter de su computadora u oprimir el botón SEARCH a la derecha del casillero. Existen determinadas reglas a ser tenidas en cuenta con respecto a la forma en la cual los términos deben ser ingresados en el casillero de texto, las cuales son comentadas a continuación: Términos de Búsqueda: ingrese uno o más términos de búsqueda (separar los términos por espacios) en el casillero de texto. Luego de presionar el botón SEARCH o la tecla Enter PubMed compara los términos ingresados con una serie de tablas (Véase Mapeo Automático de Términos) y luego automáticamente combina los términos agregando el operador lógico de intersección AND.

4 Nombres de Autores: para realizar la búsqueda de citas por el nombre del autor, el mismo deberá ser ingresado con el apellido separado por un espacio de las iniciales del o los nombres sin signos de puntuación. Por ejemplo: cheja d (las iniciales son opcionales). Mediante el ingreso del formato antedicho (apellido + iniciales) el término es buscado en el campo de Autor del MEDLINE [AU], en principio PubMed automáticamente trunca (véase Truncación de palabras) el nombre del autor para toda la variedad de iniciales. Si solamente se ingresa el apellido del autor, PubMed realizará la búsqueda de ese nombre en todos los campos [All Fields] y no solamente en el de Autor. Títulos de Journals o revistas: los títulos o nombres de las revistas pueden ingresarse: Completos: por ejemplo New England Journal of Medicine Abreviados según el MEDLINE: N Engl J Med Números del International Standard Serial Number (ISSN): Si el nombre de la revista es igual a algún término MeSH, por ejemplo Gene Therapy, Science o Cell, PubMed buscará el término como MeSH y como texto libre y no como nombre de publicación. Para evitar lo antedicho habría que agregar el nombre del campo, por ejemplo Science [TA], con lo cual si será buscado en para evitar que sea buscado en todos los campos existentes. El número de ISSN no es recomendado para las citas antiguas. Realizando la primera búsqueda Una vez definidos el o los términos que mejor representan lo que deseamos buscar deben ser escritos en el casillero de texto. Para ilustrar los pasos correspondientes a una búsqueda desde la página de inicio del PubMed utilizaremos la estrategia necesaria para encontrar citas que versen sobre el tratamiento farmacológico del asma en niños. En primer lugar se debe abstraer de la sentencia previa los términos que mejor la representan y escribirlas correctamente. Para ello es fundamental aprender a usar una de las interfaces especiales del PubMed, el MeSH Browser, ya que así nos aseguraremos de no cometer errores ortográficos al ingresar los términos en el casillero de texto. Con respecto a nuestro ejemplo los términos que conforman nuestra primera estrategia de búsqueda son: drug therapy asthma children los cuales deberán ser escritos en el casillero de texto separados por espacios tal como se ve en la Figura 2, luego se debe oprimir la tecla Enter o el botón Go a la derecha del casillero de texto. Inmediatamente después de haber apretado el botón SEARCH, la próxima pantalla que aparece es la Página de Resultados donde veremos las citas recuperadas de la base con la estrategia utilizada (Figura 3). Más adelante se describe en detalle dicha página.

5 Figura 3: Página de resultados Mecanismos internos de búsqueda Luego de ingresar la estrategia de búsqueda en el casillero de texto y oprimir el botón Go se activan los mecanismos internos de búsqueda, que posibilitan la recuperación de las citas. En la Figura 4 se puede observar un esquema del proceso que sufre la estrategia ingresada hasta la página de resultados. Mapeo automático de términos Los términos ingresados en el formulario de búsqueda son comparados ( en este orden) contra las siguientes tablas de términos : MeSH (Medical Subject Headings), Publicaciones, lista de frases y el índice de autores. 1-Tabla de traducción a MeSH La tabla de traducción MeSH contiene los términos MeSH, Subencabezados, los sinónimos de los MeSH. Si se encuentra un resultado será buscado como término MeSH y como palabra de texto. Por ejemplo, si ingresa vitamin h en el formulario, PubMed lo traducirá en la siguiente búsqueda: ("Biotin"[MeSH Terms] OR vitamin h[text Word]) - vitamin h es un sinónimo para el término MeSH Biotin. 2-Tabla de traducción de Publicaciones La tabla de traducción de publicaciones contiene el nombre completo de la revista, la abreviatura de MEDLINE, y el número ISSN. Por ejemplo, si ingresa el título new england journal of medicine en el formulario, PubMed lo traducirá a: "N Engl J Med"[Journal Name]. 3-Lista de frases Si no se encuentra resultados en las tablas MeSH y de Publicaciones, PubMed consulta la lista de frases generada a punto de partida de todos los componentes de la bases de datos, ej., cold compresses. 4-Indice de Autores Si no se encuentra la frase en los puntos anteriores y es una palabra seguida de una o dos letras, PubMed chequea el índice de autores. Si no se encuentran resultados, PubMed descompone la frase y repite el proceso anterior hasta encontrar resultados. Si los resultados no son positivos combinara los términos mediante AND y buscará en todos los campos.

6 Figura 4: Mecanismos internos de búsqueda Truncación Colocar un asterisco al final de un término a buscar, encontrara todas las combinaciones a partir del asterisco, por ejemplo bacter* encontrará todos los términos que comiencen con bacter; ej., bacteria, bacterium, bacteriophage, etc. PubMed usa las primeras 150 variantes del término truncado. No toma las frases por ejemplo "infection*" incluye "infections," pero no "infection control." El truncar anula el mapeo automático de términos. Búsqueda de frases PubMed consulta un índice de frases y agrupa los términos en frases lógicas. Por ejemplo, si ingresa poison ivy, PubMed la reconoce como frase y lo busca como un solo término. Se puede forzar la búsqueda de frases mediante la utilización de comillas. El uso de las mismas también anula el mapeo automática de términos. Página de resultados Las citas recuperadas de la base MEDLINE son mostradas en la página de resultados del PubMed inicialmente en el formato resumido (Figura 3). Todas las citas siempre pueden ser mostradas en otros formatos (VER FORMAT en la siguiente Figura):

7 Límites Desde ADVANCE SEARCH Ud podra acceder a LIMITS, posibilitandole esta opcion limitar su estrategia de búsqueda (Figura 5).

8 Figura 5: opciones para limitar la estrategia de búsqueda En esta página es posible limitar o refinar los términos ingresados a diferentes opciones a saber: Campos de búsqueda Mediante la selección de alguna de las opciones que se muestran en este menú desplegable se obliga al motor del PubMed a realizar la búsqueda del término ingresado solamente en el campo del MEDLINE seleccionado en esta opción. Tenga en cuenta que esta acción anula el mapeo automático de términos ya que específicamente se le está indicando al PubMed en que campo se debe realizar la búsqueda, de alguna manera es una función que le brinda un vía intuitiva para realizar una búsqueda avanzada por calificadores de campo. Tipos de publicación Mediante este menú es posible limitar la recuperación de citas basado en el tipo de material que el artículo representa, es decir en el tipo de publicación de la cita. En este menú se presentan los más frecuentemente utilizado en las búsquedas. Si usted no selecciona ninguno de los tipos de publicación el PubMed no restringe a ninguno en particular. Tenga en cuenta que si se selecciona alguno de los tipos de publicación, esta limitando su búsqueda a la base MEDLINE ya que tanto las citas contenidas en el PreMEDLINE como en las enviadas por los editores aún no cumplieron el proceso de indización y por lo tanto no tienen asignado aún el tipo de publicación. Las posibles opciones a seleccionar son: Clinical Trial Editorial

9 Letter Meta-Analysis Practice Guideline Randomized Controlled Trial Review Edades Los indexadores de la NLM cada vez que procesan una cita consignan si esta trata en particular sobre algún grupo etario para estudios sobre humanos. Mediante este menú es posible limitar la recuperación de citas a alguno de estos grupos de edades. Nuevamente tenga en cuenta que si no selecciona ningún grupo de edad la recuperación se realizará sin tener en cuenta esta limitación y si por el contrario si se selecciona algún grupo etario la búsqueda se realizará solamente en el MEDLINE. Observe que en el ejemplo que se utilizó sobre tratamiento farmacológico del asma en niños podría haber sido limitado desde esta función para seleccionar la opción All Child. Las posibles opciones a seleccionar son: All Infant: nacimiento-23 meses All Child: 0-18 años All Adult:19+ años Newborn: nacimiento-1mes Infant: 1-23 meses Preschool Child: 2-5 años Child: 6-12 años Adolescent: años Adult:19-44 años Middle Aged:45-64 años Aged:65+ años 80 and over: 80+ años Fechas El PubMed contiene citas de trabajos publicados desde 1966 y nuevas citas con adicionadas todas las semanas. Existe la posibilidad de limitar la recuperación de citas en base a dos fechas, el Entrez Date (fecha en la cual la cita ingreso a la base del PubMed) y el Publication Date (fecha en la cual el artículo fue publicado en la revista en papel). Cuando las citas son mostradas en la página de resultados, las mismas son ordenadas con las que ingresaron recientemente al PubMed (por la fecha del Entrez Date) en primer lugar y las más antiguas luego. El primero de los menús desplegables es el del Entrez Date que permite limitar la recuperación de citas desde los últimos 30 días hasta los últimos 10 años. Inmediatamente por debajo del menú antedicho aparece un nuevo menú que permite limitar la recuperación de los artículos según su fecha de publicación o nuevamente por la fecha de ingreso al PubMed, pero ahora según un período de tiempo según el formato Año/Mes/Día. En primer lugar se debe seleccionar Publication Date o Entrez Date del menú desplegable y luego ingresar el rango de fechas, en los casilleros a la derecha del menú, según el formato YYYY/MM/DD, cabe señalar que tanto el mes como el día son de ingreso opcional. Solo con resumen Mediante esta opción es posible limitar la recuperación de citas solamente a aquellas que contengan abstract o resumen. Cabe señalar que el 76% de las referencias bibliográficas contenidas en el MEDLINE contienen resumen y todas las citas ingresadas en la base antes de 1975 no poseen resumen. Mediante la marcación del casillero es posible activar este refinamiento en la recuperación de citas de la base. Idiomas En el MEDLINE se indizan artículos escritos originalmente en más de 40 lenguajes

10 diferentes. El menú desplegable de lenguajes contiene una lista de los más frecuentemente solicitados a la base. Tenga en cuenta que con este refinamiento se pide al PubMed que recupere citas publicadas originalmente en esos idiomas en las revistas, ya que el 100% de las citas que se recuperarán de la base serán mostradas en inglés independientemente del lenguaje original de publicación. Si no se selecciona ningún lenguaje se recuperarán citas publicadas originalmente en cualquiera de los lenguajes, opción por defecto. Las posibles opciones a seleccionar son: English French German Italian Japanese Russian Spanish Humano o animal Mediante este menú de selección es posible limitar los resultados solamente a artículos que versen sobre estudios realizados en humanos o animales seleccionando las opciones Human o Animal respectivamente de dicho menú. Subsets Este menú de opciones permite limitar la recuperación de citas a determinados tipos de agrupamientos de publicaciones. Las posibles opciones a seleccionar son: AIDS Complementary Medicine Core clinical journals Dental journal MEDLINE Nursing journals In process Publisher PubMed Central Toxicology Cada una de estas opciones puede ser agrupada para su mejor entendimiento según: 1. Estado de procesamiento de la cita: MEDLINE: citas del MEDLINE. In process: citas en proceso de indización que pasan una vez por semana al MEDLINE. Publisher: citas que acaban de ingresar al PubMed o que no versan sobre temas biomédicos (véase además Proceso de incorporación de las citas en el MEDLINE). PubMed Central: citas que fueron asignadas a dicho servicio 2. Filtros por temas: AIDS: son filtros específicos sobre SIDA basados en una estrategia desarrollada por los creadores de la base AIDSLINE de la NLM.. Toxicology: filtro sobre toxicología basado en estrategias desarrollada por los creadores de la base TOXLINE de la NLM. Otros filtros están siendo desarrollados y serán prontamente incorporados Complementary Medicine: fue creado por el National Center for Complementary and Alternative Medicine (CAM) y la NLM para la facilitar la búsqueda de artículos en dicha area. 3. Agrupamiento de revistas: Core clinical journals (antes mencionado como Abridged Index Medicus): subset de 120 revistas escritas originalmente en inglés, fue diseñado para clínicos y bibliotecarios

11 de pequeños hospitales y clínicas. El mismo contiene las publicaciones que son consideradas como las más importantes a tener en cuenta para su adquisición, generalmente acotar la recuperación de citas a este subset asegura el poder conseguir los textos completos en las bibliotecas médicas regionales. Dental journals: subset de revistas sobre odontología. Permite acotar la búsqueda de información en la base del PubMed a las publicaciones del Dental Index. Nursing journals: subset de revistas sobre enfermería que acota la recuperación de citas contenidas en el Nursing Index. 4. PubRef: Es un servicio del PubMed diseñado para expandir las características de enlace bibliográfico. El PubRef facilita el enlace a un set más amplio de revistas científicas no indizadas en el MEDLINE (revistas de física, astronomía, etc.) con un enlace a la versión en full-text o texto completo de estos artículos al sitio web del editor de la publicación. Si se selecciona este subset la búsqueda NO está limitada solamente a las citas del PubMed. Sexo También es posible seleccionar entre femenino o masculino, seleccionando entre Female o Male en el menú con la leyenda Gender, para limitar la búsqueda a citas con un sexo en particular para estudios sobre humanos. Historial PubMed guardará todas sus estrategias de búsqueda y resultados en History. History solo está disponible luego de haber corrido la primera búsqueda. Nos muestra en orden numerado todas las búsquedas según el orden en que se hicieron. Para acceder a History debe hacer clic en ADVANCE SEARCH. Par ver los resultados solo haga click en el número de resultados (Figura 7). Figura 7: Historial Puede combinar las búsquedas o agregar términos a la existente utilizando el signo numeral (#) antes del número de búsqueda, ej., #2 AND. Una vez revisada la estrategia solo clickee en SEARCH. El número máximo disponible en History es de 100. Se pierde luego de una hora de inactividad Portapapeles Una vez evaluadas las citas en la página de resultados, si alguna de ellas llegara a interesarnos es posible guardarla en el portapapeles, con lo cual es posible seguir realizando búsquedas o refinándolas, y recién al final de nuestro trabajo guardarlas o imprimirlas. El número máximo de citas que se puede guardar es de 500.

12 Agregar citas al portapapeles Para colocar una cita en el portapapeles, clickee en el cuadro a la izquierda de la cita y luego seleccione Add to Clipboard. Una vez agregada el numero cambia al color verde. Si se llegara a oprimir el botón sin haber seleccionado ninguna cita, por defecto se guardarán todas las citas mostradas en esa página de resultados. El Clipboard se pierde luego de una hora de inactividad en PubMed. Guardar los resultados de la búsqueda Para guardar el set completo de resultados (todas las citas obtenidas), seleccione el formato de display y clickee en Save. Para guardar citas específicas, clickee el cuadro de la izquierda de cada cita y elija Save. El número máximo que se puede guardar es 10,000 citas. Con las opciones anteriores es posible guardar las citas en el formato de presentación elegido pero siempre se guardarán elementos contenidos en la página de resultados como indicadores de enlaces y otros elementos, para eliminar dichos elementos del formato de presentación se debe oprimir el botón Text de la barra de acciones, con lo cual se mostrará una nueva página con las citas seleccionadas (o todas las de la página en cuestión) en formato de texto puro sin agregados (elementos HTML o de página Web), luego de lo cual puede guardarse o imprimirse. Imprimir A diferencia de la antigua interface del PubMed, que poseía un botón a pie de página para imprimir, en la nueva interface para imprimir citas se debe utilizar la opción de impresión del navegador (generalmente en la menú Archivo de la barra de opciones del navegador), esta opción imprimirá todas las citas que se muestran en ese momento en la página de resultados, por lo cual es conveniente utilizar la opción de Show de la barra de acciones para aumentar o disminuir el número de citas a imprimir (con un máximo de 500 por página), de la misma forma se debe seleccionar previamente el formato de presentación de las citas. Tenga en cuenta la posibilidad de utilizar la opción de texto puro mediante el botón Text de la barra de acciones con lo cual se eliminan todos los elementos de la página de resultados del PubMed. Artículos relacionados Una de las características diferenciales de PubMed es la capacidad de encontrar artículos que son similares a una cita dada. Esto es posible gracias a un poderoso algoritmo de comparación del contenido de las citas contenidas en la base. PubMed compara las palabras del título y del abstract tanto como los términos MeSH de cada cita con un poderoso algoritmo de comparación de palabras. Por medio de éste, selecciona los artículos que coinciden mejor con el evaluado, el mejor resultado es guardado y almacenado en un set precalculado con las otras citas estrechamente relacionadas. Siguiendo el enlace ofrecido en el margen superior derecho de cada cita es posible acceder en una nueva página a los artículos relacionados de la cita (Figura 18). En dicha

13 página, similar a la página de resultados, la cita índice aparece en primer lugar y los artículos relacionados son mostrados en orden decreciente de relevancia en cuanto al resultado de la comparación. Es posible que algunas citas no posean el enlace mencionado, lo cual estaría significando que la misma aún no sufrió el proceso de creación del set precalculado. También es posible visualizar los artículos relacionados de una cita, mediante la selección de dicha opción en el menú desplegable de los formatos de presentación. Si usted encontró uno o más artículos que describen exactamente lo que busca, usando esta función incrementará la especificidad de su búsqueda en relación a las vías convencionales. Una de las limitaciones de esta forma de ver citas relacionadas es el hecho de recuperar artículos con características similares también en cuanto al tipo de publicación por lo cual si la cita de la que parte la relación no tenía abstract, las que recupere tampoco lo tendrán. Otros Servicios del PubMed MeSH Browser El vocabulario de términos controlados por el cual se indexan los artículos se denomina MeSH que es el acrónimo de Medical Subject Headings. La búsqueda en el MeSH Browser permite mostrar términos MeSH en una estructura jerárquica, seleccionar los términos MeSH para la búsqueda, limitar los términos MeSH a un concepto mayor (tópico principal), y agregar subencabezados que califiquen a ese término Journal Browser Esta página se utiliza para buscar las publicaciones indexadas en MEDLINE, por título, abreviatura del título o el ISSN (International Standard Serial Number) correspondiente. Permite ver de una revista todo lo publicado, es una buena manera de acceder a revistas difíciles de conseguir. Citation Matcher El Citation Matcher es un buscador de citas, volumen, una edición en especial o la tabla de contenidos de una revista usando la información bibliográfica como Nombre de la revista, volumen, edición, número de página y año de publicación. Ingrese la mayor cantidad de información que disponga. Solo un campo es necesario. PubMed le informará si no encuentra resultados con la información ingresada.

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