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1 PCI 00 Acción Preparatoria Computación Avanzada en Aplicaciones Biomédicas CaaB (High Performance Computing applied to Life Sciences) Equipamiento disponible Participantes Universidad de Málaga, España CIEMAT, Madrid, España Universidad de Talca, Chile Universidad Nacional de Colombia Dr. Oswaldo Trelles Dr. Rafael Mayo Dr. Danilo González Dr. Emiliano Barreto

2 Centro de Investigaciones Energéticas. Medioambientales y Tecnológicas CIEMAT, Madrid, España Euler ( Constellation cluster) 44 procesadores Dual Xeon quad-core 3.0 GHz ( GB por core) 96 procesadores Dual Xeon quad-core.96 GHz ( GB por core) Memoria RAM de 3.8 TB para los 90 cores (todos ellos para ejecución de trabajos) Conectados por Infiniband Arquitectura X86 con Lustre R_peak = 3 Tflops, R_max = 9.6 Tflops Nodo Grid: 50 cores (3.0 GHz - GB) TB memoria

3 Universidad Nacional de Colombia. En la actualidad cuenta con una infraestructura básica de computo representada en varios servidores y un servidos HPC con 48 núcleos y 7 TB de almacenamiento. Adicionalmente cuenta con acceso a la infraestructura de computo y de comunicaciones disponible para investigación, implementada por la Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá. Dell PorwerEdge M000e, 0 nodos ( procesadores Xeon.6 GHz quad Core, 8 Gb RAM), PowerVault MD000 Storage 7 Tb Raid 5). Dell PorwerEdge M000e,5 nodos ( procesadores Xeon.5 GHz quad Core, 6 Gb RAM), PowerVauld Storage 5 Tb ).

4 Universidad de Talca. El Centro de Bioinformática y Simulación Molecular (CBSM) de la Universidad de Talca cuenta con un centro de computo constituido por un cluster de 308 cores interconectados por un sistema Infiniband y dos SGI ALTIX con un total de 36 IA64 y un total de 56 GB de memoria RAM compartida, entre otros varios servidores menores. Además, cuenta con una completa sala de visualización 3D acondicionada para 0 personas. En esta sala se hace difusión de videos científicos a estudiantes de secundaria y además es utilizada para el análisis de sistemas moleculares complejos que requieran de este sistema de visualización. En el CBSM cuanta con dos Laboratorios para Bioinformáticos con un total de 4 estaciones de trabajo. Estas estaciones de trabajo cuentan con equipos móviles y con varios servidores de última generación que son utilizados para análisis de trayectorias de dinámica molecular y de cálculos hecho con mecánica cuántica. El año 00 se ha inaugurado el laboratorio de bioquímica del CBSM, acondicionado para la expresión, purificación y caracterización de proteínas. Junto con ellos nuestra Universidad ha instalado en el CBSM un Microscopio Electrónico de Bajo Voltaje, el primero en su tipo en Iberoamérica. Este instrumento, de un costo cercano a los dólares, fue instalado como contraparte del acuerdo de colaboración con SAIC-NCI de EE.UU. Cluster HP 304 core (Xeon Quad Core e540). 600 GB Ram. 3 TB HDD. 4X DDR Infiniband. Software Rocks 5. SGI Altix 450 of 0 cores 0 core (Itanium ) 40 GB Ram. 500 GB HDD. Software Suse 0 Entrepise Server. SGI Altix core (Itanium ) 6 GB Ram. 73 GB HDD. Software Suse 0 Entrepise Server. Resumen: HPC con mas de 350 núcleos de alto rendimiento Sala de visualización 3D Laboratorio de Bioquímica Laboratorio de Microscopia Electrónica 4 estaciones de trabajo para bioinformáticos Salas de reuniones, oficinas de postdocs y varias oficinas. Diagrama Cluster Talca:

5 O K O K O K OSPARE NLINE M IRO R P OWE RP OWE R S UP P LY S UP P LY DIM M S P M P ROP CR O C F AN S UID INTERLO CK O VER TEM P P CI R ISE R C AG E H P P ro L ia n t D L 3 0 s St orage Ser ver H P P ro L ia n t D L G 5 NODOS DE COMPUTO 37 BL460c LAN UNIVERSIDAD DE TALCA NODO DE ADMINISTRACION INFINIBAND DATA LAN 000BT LAN ADMINISTRACION 0/00BT ILO LAN DL380G5 DL30S STORAGE SERVER HP UCP - 37 Nodos de computo (8 Core x Nodo) - Nodo de administracion (8 Core) - GB RAM x Core en cada Nodo - Conectividad de Computo Infiniband - Conectividad de Adminitracion GigaBit - Rack 4U - Consola TFT7600rkm 7" TFT7600 CONSOLA BLADE C-CLASS

6 Servidor Modelo Memoria RAM No. De CPUs Tipo de CPUs Adaptadoras IB HP Proliant DL380G5 8GB Quad-Core Intel Xeon Processor X540 (.50 GHz, 80 Watts) HP IB 4X DDR PCI-E Dual Port HCA Discos Sistema Operativo Máx. CPUs Máx. Memoria Máx. Discos Internos Controlador RAID 8 x HP 46GB 3G SAS 0K SFF HDD Red Hat 3GB 8 HP Smart Array P400/56 Servidor Modelo Memoria RAM No. De CPUs Tipo de CPUs Adaptadoras IB HP Proliant Blade BL460c 6GB Quad-Core Intel Xeon Processor X540 (.50 GHz, 80 Watts) HP BLc 4X DDR IB Mezz HCA Opt Kit Discos Sistema Operativo Máx. CPUs Máx. Memoria Máx. Discos Internos Controlador RAID x HP 7GB 3G SAS 0K SFF HDD Red Hat HPC 3GB HP Smart Array E00/64MB

7 Universidad de Málaga - Pablo: Cluster de memoria distribuida con 56 Nodos JS0 de IBM con 5 CPUs y Tb de Memoria distribuida. Cada nodo esta compuesto de CPUs IBM-PowerPC single-core 970FX de 64 bits a GHz y 4 GB de memoria RAM y 40 GB de disco duro local y red MERINET de interconexión entre nodos. - Picasso: Cluster de memoria compartida con 64 Nodos Superdome HP y 8 CPU. Cada nodo compuesto por CPU Intel Itanium- "Dual Core" a,6 GH y 8 GB de Memoria compartida. - Almeria: Equipo para paralelismo de grano fino en la GPU. CPU Intel Core Quad Q9450 a.66 GHz,.33 GHz FSB, MB L. Dispone de placa GPU: GeForce 9800 GX, 600/500 MHz, x GHz DDR3, Gbyte & 5 bits y para almacenamiento un HD: x 7 GB (RAID 0) Western Digital Raptors 0000 RPM.

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