Control de la calidad en R: Uso de Markdown para creación de informes y reportes técnicos

Transcripción

1 Control de la calidad en R: Uso de Markdown para creación de informes y reportes técnicos Xavier Buenaño xgoodyear@gmail.com Noviembre 2016

2 Resumen Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (2/17)

3 Resumen Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (2/17)

4 Resumen Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (2/17)

5 Resumen Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (3/17)

6 Reportes técnicos con R Markdown Los reportes técnicos automáticos pueden generarse mediante varias opciones. El data literacy o conocimiento práctico de los datos es una importante herramienta para la consecución de la investigación reproducible. Opciones ECLIPSE L A TEX (knitr) R Markdown Lenguajes R Python SQL Bash JavaScript CSS Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (4/17)

7 Resumen Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (5/17)

8 La manera más práctica de trabajar: R Notebooks Pasos Ventajas Instalar versión más actualizada de RStudio Descargar librería Rmarkdown Crear un nuevo archivo R Notebook No es necesario correr un script completo Visualización de resultados paso a paso Es posible compartir tus resultados y operaciones con otros, generando archivos pdf, html, Word y presentaciones (con Beamer) Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (6/17)

9 Proceso automatizado de conversión de archivos Proceso Figura: Procedimiento en el que un documento Rmarkdown es renderizado Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (7/17)

10 Estructura de un archivo R Notebook Componentes Cabecera YAML (header) Chunks (pedazo de código) Texto (fuera de chunks) Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (8/17)

11 Opciones de cabecera YAML YAML (YAML Ain t Markup Language) es una lista anidada con los metadatos del documento Opciones básicas title: Reporte de calidad (Exactitud temática) Author: X. Buenaño date: 1 de Noviembre, 2016 output: html_document Se pueden incluir varios formatos de salida y configuraciones en los mismos. Lo veremos en el ejercicio práctico. Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (9/17)

12 Opciones en un chunk Este es un listado de algunas opciones que se pueden usar. Las opciones por defecto pueden cambiarse al inicio del documento. Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (10/17)

13 Markdown código Sintaxis # xxxx *xxxx* **xxxx** [xxxx]( *** r 2+2 Resultado Sección (inicio) Cursiva Negrita Hyperlink Línea horizontal Código incrustado en texto Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (11/17)

14 Otras opciones importantes Bibliografía: Insertar citas en el texto con El estilo de cita también puede ser especificado con un archivo csl. Insertar bibliografía usando un archivo xxx.bib y nombrándolo en la cabecera YAML. Tabla de contenidos: Incluir la opción toc: yes en la cabecera YAML. Otras opciones como nivel de profundidad y despliegue de la tabla de contenidos pueden ser configuradas Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (12/17)

15 Resumen Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (13/17)

16 RMarkdown constituye únicamente una herramienta para la elaboración de reportes de calidad (reproducible research). Es fundamental el conocimiento y experiencia de la temática a analizar/reportar. Es posible compartir los resultados a través de la página web RPubs u otros mecanismos. Y ahora vamos a la práctica... Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (14/17)

17 Entorno R Figura: Interfase de R Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (15/17)

18 I Xie, Yihui (2015). Dynamic Documents with R and knitr. Vol. 29. CRC Press. Buenaño, X Fundamentos de RMarkdown (16/17)