Curso Metodología de la investigación en Ciencias de la Salud: Difusión de la investigación Docente: Loreto Carmona Ortells Fechas de realización: 03,04,17,18 de junio Horario: 16:00 a 19:00 Lugar:. Edificio de Consultas Externas, Nivel -1 del Hospital Reina Sofia. Aula de Informática 3 Objetivos: El curso tiene como objeto adquirir competencias para la difusión de la investigación, tanto escrita como visual y oral. Se enseñarán dinámicas, procesos incluso trucos y atajos, con un enfoque claramente práctico. Competencias: Los alumnos, tras el curso, deberían poder ser capaces de redactar un abstract bien estructurado e informativo, ser capaces de plantear una presentación oral, y de bosquejar el primer borrador de un artículo científico. Programa: Lunes 03 junio: Qué hacer con los resultados de la investigación. Del estudio al abstract. Martes 04 junio: Presentaciones orales eficientes. Preparación. Diseño. Puesta en escena. Lunes 17 de junio: Escritura de artículos científicos. Reglas de escritura. Martes 18 junio: Lectura crítica de la investigación clínica.
Curso Metodología de la investigación en Ciencias de la Salud: Gestión de la investigación Docente: Loreto Carmona Ortells Fechas de realización: M 21, L 27 y M 28 de Mayo Horario: 16:00 a 19:00 Lugar: Aula 3 del Nivel -1 del Hospital Reina Sofía Objetivos: El curso tiene como objeto adquirir competencias para la gestión de la investigación, cronograma, presupuesto y plan de trabajo. Se enseñarán dinámicas, procesos incluso trucos y atajos, con un enfoque claramente práctico. Competencias: Los alumnos, tras el curso, deberían poder ser capaces de identificar las necesidades de un proyecto de investigación, así como poner en práctica las competencias para poder desarrollar las distintas fases de un proyecto de investigación (cronograma, presupuesto y plan de trabajo). Horario y contenidos DÍA DE A TEMA Martes, 21 mayo 16:00 19:00 Necesidades y fases de un proyecto de investigación - Gestión de la investigación - Cronograma, presupuesto y plan de trabajo. Lunes, 27 mayo 16:00 19:00 Office: todos los trucos para un investigador eficiente Lunes, 28 mayo 16:00 19:00 Gestión de la bibliografía: Endnote
Curso Teórico-Práctico de Metodología de la investigación en Ciencias de al Salud: Elaboración de un protocolo de investigación Docente: Loreto Carmona Ortells Tipo de actividad: Presencial Fechas de realización: 06, 07, 13 y 20 de mayo Lugar: Aula 3 del Nivel -1 del Hospital Reina Sofía Objetivos del curso El curso tiene como objeto servir de repaso de los conceptos básicos para el planteamiento de la investigación clínica, de modo que puedan afianzarse en el contexto de la investigación que los alumnos estén realizando, con un enfoque claramente práctico. Competencias Los alumnos, tras el curso, deberán plantearse las preguntas de investigación de forma correcta, entender sus objetivos y la forma de alcanzarlos (diseño, variables, plan de análisis), esto es, en suma, cómo plantear el borrador de un protocolo viable de investigación. Horario y contenidos DÍA DE A TEMA Lunes, 06 mayo 16:00 19:00 Las fases de la investigación. La pregunta de investigación. Hipótesis y objetivos. Martes,07 mayo 16:00 19:00 La justificación de la investigación. Búsquedas bibliográficas. Lunes, 13 mayo 16:00 19:00 Diseños de investigación clínica. Sujetos/ Pacientes/ unidades de estudio Lunes, 20 mayo 16:00 19:00 Variables, mediciones, datos Procedimiento de recogida de datos. Plan de análisis. Cálculo del tamaño muestral.
II Curso de Formación en Bioinformática Básica 1. Objetivo del curso Proporcionar recursos bioinformáticos y conocimientos suficientes para enfrentarse a las tareas bioinformáticas rutinarias inherentes al trabajo de laboratorio relacionado con biología molecular, obtención de información de bases de datos, manejo y presentación de resultados para publicación. 2. Profesorado: Mario Durán Prado, Profesor Contratado Doctor, Área de Biología Celular, Facultad de Medicina, Campus de Ciudad Real, Universidad de Castilla la Mancha. E-mail: mario.duran@uclm.es. Juan Ramón Peinado Mena, Profesor Contratado Doctor, Área de Biología Celular, Facultad de Medicina, Campus de Ciudad Real, Universidad de Castilla la Mancha. E-mail: juanramon.peinado@uclm.es. 3. Contenidos 3.1. Bloque introductorio general Conceptos básicos de Informática e Internet. Presentación de las Bases de datos de interés (bibliográficas, de secuencias, estructuras, etc). Búsquedas bibliográficas y gestores bibliográficos. Software gratuito y principales webs de Bioinformática. 3.2. Ácidos nucleicos Obtención de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas. Formatos más usuales de ambos tipos de secuencias. Identificación de secuencias codificantes y elementos reguladores. Principales servidores para la identificación de promotores, mirnas y secuencias codificantes en secuencias desconocidas. Manipulación básica de secuencias. Concepto de alineamientos locales y globales de pares de secuencias. FASTA y BLAST; similitudes, diferencias y utilidades. Alineamientos de más de dos secuencias con CLUSTAL. Aplicaciones: clonación mediante oligonucleótidos degenerados. Diseño de oligonucleótidos. Diseño específico para PCR cuantitativa en tiempo real. Diseño específico para clonaje. Introducción a los paquetes bioinformáticos EMBOSS y UGENE. Filosofía de trabajo, aplicaciones más relevantes y manejo básico. Caso práctico (en función del ritmo de los alumnos). Concepto y análisis básico de microarrays de DNA. 3.3. Proteínas Análisis de modificaciones postraduccionales. Estructura tridimensional de proteínas. 1
Nociones básicas de proteómica clásica y avanzada. Electroforesis bidimensional, DIGE, huella peptídica (MALDI-TOF), LC-MS/MS. Procesamiento de datos de proteómica para publicaciones científicas. 4. Organización Bloque introductorio 17 Junio, 16:00-20:00 - Presentación de los contenidos y distribución temporal. - Conceptos básicos, sistemas operativos y herramientas básicas. - Utilidades (escritorio remoto, google docs, dropbox, etc.). - Bases de datos bibliográficas. Pubmed, GoPubmed. - Tag clouds: LigerCat. - Gestión de bibliografía. Alternativas libres a EndNote: Zotero y Mendeley Desktop. - Organización de bibliografía y mapas mentales: Introducción a Docear. Ácidos nucleicos 18 Junio, 16:00-20:00 - Bases de datos de secuencias. GenBank, EMBL, DDBJ, etc. - Formatos de secuencias. FASTA, EMBL, etc. - Obtención de secuencias y extracción de datos. - Biobar Toolbar: Utilidades. - Alineamientos de secuencias. Pares (FASTA y Blast) y múltiples (Clustal). 19 Junio, 16:00-20:00 - Análisis de secuencias de ácidos nucleicos de novo. - Predicción de genes. - Predicción de promotores. - Intrones y exones. - Predicción de mirnas y sus secuencias de unión. 20 Junio, 16:00-20:00 - Diseño de oligonucleótidos. - Introducción a los paquetes bioinformáticos EMBOSS y UGENE. 21 Junio, 16:00-20:00 - Introducción a los microarrays. - RMAexpress y MEV 4. - Procesamiento básico de los datos y análisis de los resultados. 2
Proteínas 24 Junio, 16:00-20:00 - Introducción al estudio de proteínas: Webs de referencia. Servicios de predicción CBS, Expasy, etc. - Identificación de las modificaciones postraduccionales de las proteínas. Herramientas bioinformáticas para su predicción. - Identificación de la localización celular de las proteínas mediante estudios de sus propiedades físicas. Bases de datos. Relaciones Estructura-Actividad. Elementos clave en familias proteicas. - Posibilidades para la detección experimental de las modificaciones postraduccionales. - Conocer la importancia de algunas modificaciones postraduccionales en la funcionalidad de la proteína, (i.e. citrulinación, acetilación, fosforilación, etc). 25 Junio, 16:00-20:00 - Qué es y como alcanzan las proteínas la estructura 3D. concepto de cristalización de proteínas. - Bases de datos de estructuras 3D de proteínas. Archivos PDB. Dominios. - Software para la visualización de la estructura 3D de proteínas. J-Mol, SwissPdbviewer (DeepView), etc. - Predicción de estructura terciaria e interpretación de su funcionalidad. SwissModel. 26 Junio, 16:00-20:00 - Proteómica clásica y avanzada. - Aplicabilidad. LC-MS/MS, proteómica bidimensional. - Ventajas e inconvenientes de ambas aproximaciones experimentales - Aproximaciones para la proteomica basada en Gel: Electroforesis bidimensional, DIGE. - Proteómica basada en técnicas cromatográficas: LC-MS/MS. - Presentación del servicio de proteómica del IMIBIC. David Ovelleiro (bioinformatica@imibic.org). 27 Junio, 16:00-20:00 - Conocer el fundamento de las base de datos GO y del navegador AmiGO. - Procesamiento de datos Bioinformáticos de estudios proteómicos. Ingenuity Pathway Analysis y Wikipathways. - Como preparar resultados de proteómica para publicaciones científicas. 28 Junio, 16:00-20:00 - Farmacoinformática. Nuevas entidades moleculares (ChEBI). 3
- Interactoma. Yeast two-hybrid. ORFeome. BioGRID. Interacciones proteínaligando. - Resumen de los recursos disponibles para facilitar el trabajo con proteínas. Proteored. - Coste económico de las aproximaciones proteómicas y de su puesta en marcha. 5. Programas de interés 5.1. Programas Dropbox. Zotero. Mendeley Desktop. Docear. EMBOSS. UGENE. RMAexpress. MEV 4. Pathvisio. Ingenuity pathway analysis. Advanced pathway painter. PDQuest. SwissPdbviewer (DeepView). HEX. ( ). 4