1 Facultad: Ingeniería. Escuela: Biomédica Asignatura: Digitalización de Información en Servicios Médicos Manejo de Archivos DICOM (Utilización de Osirix) Objetivos Utilizar herramientas de Distribución libre para visualizar imágenes en formato DICOM Utilizar las herramientas de manipulación de imágenes Manipular y leer imágenes en formato DICOM Conocer los tres niveles de presentación del estándar (binario, XML y visualizador especializado). Recomendaciones Tenga orden y aseo para trabajar Al finalizar el laboratorio se debe dejar en la misma ó mejor condición en que se encontró. (Asegúrese de apagar el Equipo antes de retirarse). Materiales y equipos Computadora Software para Visualizar Imagenes (OSIRIX) Introducción Teórica La primera parte de esta práctica consistirá en la utilización del visor OSIRIS, el cual es uno de los más completos de entre los que se pueden encontrar de forma gratuita. Osirix fue desarrollado en la Universidad de Ginebra y se presenta en 3 versiones diferentes para Unix, Apple Macintosh y PC con Windows. Trabaja con imágenes almacenadas en formato PAPYRUS y 3, formato basado en el ACR/NEMA DICOM 3.0, desarrollado en esa misma universidad.
Entre sus funcionalidades están las siguientes: Permite manipular muchas características de las imágenes, niveles, colores, contraste, etc., incluyendo herramientas de dibujo. Dispone de varias herramientas clínicas de ayuda al diagnóstico (Secciones multiplanares, cálculo de la "fracción de ejección", etc.) Tiene la posibilidad de segmentar las imágenes. Se pueden medir ángulos y distancias. Procedimiento EJERCICIO 1 Pasos para cargar una imagen en formato DICOM (.DCM) El programa OSIRIS permite al usuario abrir varios archivos de imágenes al mismo tiempo. Cada archivo contiene un estudio médico que se define como un conjunto de una o más imágenes que aparecen en la ventana principal. Con el fin de abrir un archivo se debe seleccionar el comando Abrir del menú Archivo. Un diálogo de selección aparecerá en la pantalla tal y como se muestra en la figura 1, en la cual se muestra los archivos disponibles en el disco local. Figura 1: Pantalla de selección de imágenes En la figura 1 se detalla algunos datos que permite la ubicación y descripción de la imagen a visualizar, dentro de los cuales se encuentra: Nombre del paciente, Estructura anatómica
3 estudia, etc. Los cuales son actualizados automáticamente cuando se abre un archivo y se realiza alguna modificación. Una vez se ha seleccionado un archivo pulsando el botón de apertura se moverá a un segundo cuadro de selección (Figura ) que permite al usuario obtener una vista previa de las imágenes contenidas en el archivo en un formato minimizado para seleccionar un subconjunto de las imágenes de las necesarias. En la figura, se muestra una pantalla que permite visualizar el número de imágenes existentes en el archivo y el número máximo de imágenes que la actual memoria tiene disponible y las cuales permite abrir. Si este número de imágenes es inferior al total de número de imágenes contenidas en el archivo, el programa automáticamente selecciona las primeras imágenes en el conjunto. El usuario puede seleccionar otras imágenes ya sea cambiando los números en el campo numérico correspondiente o simplemente haciendo clic en las imágenes minimizadas. El clic va a alternar entre el modo seleccionados y no seleccionados para cada imagen. Esto permite seleccionar imágenes individuales al azar en el archivo si necesario. Visualización de imagen en Windows La representación de las imágenes médicas a menudo vienen en grupos (imágenes secuenciales de la misma sección o conjuntos de puntos de vista diferentes o secciones) es necesario proporcionar una manera de manejar más de una imagen a la vez. El software Osiris es compatible con dos modos de presentación de un conjunto de imágenes: Modo de Mosaico (imágenes lado a lado en una cuadrícula) Modo de pila (imágenes apilados uno encima del otro)
4 Es posible cambiar de un modo a otro en cualquier momento haciendo clic en la pila de botón de azulejos y baldosas. El modo pila tiene dos sub-modos: estático y dinámico. Modo de Mosaico En el modo de mosaico, un conjunto de imágenes se muestran al lado del otro en una cuadrícula que está optimizado para ser lo más perpendicular posible, basándose en el número y el tamaño de las imágenes a mostrar. Si el número de imágenes que se muestra no puede llenar una cuadricula, las celdas vacías serán oscurecidas para proporcionar una cuadricula rectangular. Los controles de la ventana de desplazamiento permiten recorrer el conjunto de imágenes. Todo el conjunto se comporta como una gran imagen única. Por lo tanto, la ampliación o reducir de las imágenes cambiarán automáticamente el factor de aumento de la disposición general. El diseño puede ser modificado con el comando Modo de diseño Azulejos del menú de pantalla. Modo de pila En el modo pila, las imágenes son colocadas prácticamente una encima de otra para formar una pila. Es posible moverse hacia arriba y abajo de la pila utilizando los botones de selección de la imagen (a la izquierda y los botones de flecha derecha). Una pantalla especial indica el número secuencial de la imagen que esta siendo desplegada. Los comandos de manipulación de imágenes básicos ejecutados en este modo se aplican a todo el conjunto de imágenes en la pila. En la figura 3 se muestra los dos modos tal y como se muestra en el software Osiris. Figura 3. Modo Mosaico y Modo pila
5 Pantalla Dinámica Las imágenes en el modo pila también pueden ser mostradas en forma dinámica en un bucle continuo también llamado "movie mode". El cual es un botón especial (que contiene una cámara) que permite iniciar con movie mode cuando todas las imágenes son mostradas en forma secuencial. Las flechas que se utilizan para desplazarse sobre las imágenes serán sustituidas en este modo por un cursor para ajustar la velocidad de visualización dinámica. En la figura 4 se muestra los tres modos de visualización dinámica se proporcionan: 1) Bucle continuo hacia adelante a través de la imagen ) Bucle continuo hacia atrás a través de la imagen 3) Modo de balanceo que va y viene a través de la imagen Figura 4. Modo de visualización dinámica Para detener el modo de película, haga clic en la imagen en sí (el cursor aparece como una señal de stop).
6 EJERCICIO Exploración del Menú de Herramientas El menú de herramientas permite la creación de superposiciones y anotaciones, además del acceso a algunas herramientas básicas, tales como la lupa, cursor, la pinza, etc. Las mismas herramientas se pueden acceder por medio del menú de herramientas y paleta de herramientas haciendo clic en el botón de herramientas en la ventana principal de OSIRIS. Algunas herramientas también son accesible por un acceso directo (tecla de comando + tecla alfanumérica) en la versión Macintosh. Nota: Las herramientas de selección son permanentes. Haga doble clic sobre una imagen para volver a la herramienta neutral y desactivar la herramienta actual. Neutral Tool. Esta herramienta se utiliza para seleccionar una o un conjunto de superposiciones. Para seleccionar varias superposiciones se utiliza la combinación shift + mouse clic. Un doble clic en cualquier lugar de la imagen permite seleccionar todas las capas de una imagen. Asimismo, haciendo clic y arrastrando el mouse se puede definir un rectángulo. Al soltar el mouse todas las superposiciones incluidas en el rectángulo serán seleccionadas. Si cualquier otra herramienta se activa a través de doble clic cambia de nuevo al modo neutral. En el modo de mosaico, esta herramienta permite activar/desactivar las imágenes pulsando el botón derecho, y para cambiar el orden de las imágenes pulsando el botón de desplazamiento.
7 Selector. Selecciona una región de la imagen actual. Esta selección puede ser utilizado para cortar o para aplicar un filtro a la región seleccionada. Manteniendo pulsada la tecla shift mientras se selecciona una región se propaga esta región en todas las imágenes activas de la serie. Rect. ROI. Permite la creación de un retorno de la inversión rectangular. Sólo tiene que pulsar y arrastrar el mouse para definir el rectángulo. La tecla de opción permite que el rectángulo que se limite a un cuadrado. Ellip. ROI. Permite la creación de un ROI elíptico. Sólo tiene que pulsar y arrastrar el mouse para definir la elipse. La tecla de opción permite a la elipse que se restrinja a un círculo. Polyg. ROI. Permite la creación de un polígono. Haga clic en el botón del mouse para definir el primer punto, mover el mouse hasta el punto siguiente y haga clic. Cada clic en el botón del mouse se define un nuevo punto del polígono. Para terminar el polígono, haga doble clic. Si el último punto es situado alrededor del primer punto (en la región delimitada por un círculo), entonces el polígono se cerrará automáticamente (el último punto será modificado para igualar el primer punto). Un polígono puede ser posteriormente editado punto por punto (haga clic en el punto que debe moverse), un punto puede ser suprimido (haz clic en la opción sobre el mismo) y es posible crear un nuevo punto con la opción haciendo clic en un segmento de línea. Pencil ROID. Permite la creación de un polígono por el dibujo a mano alzada continua de un contorno irregular. Simplemente haga clic y arrastre el mouse para trazar un contorno. Para finalizar, suelte el botón del mouse. Si esto se hace lo suficientemente cerca del primer punto, el contorno se cerrará automáticamente. Colliper. Permite mediciones de distancia que debe hacerse entre dos puntos. La longitud aparece como una anotación asociada con la línea. El postit adjunto contendrá más información (puntos de inicio y final, el ángulo con la línea horizontal). Si el archivo PAPYRUS contiene un factor de calibración de las unidades de distancia será automáticamente mm (milímetros). Si este factor no existe, a continuación se utilizan unidades de píxel. Manteniendo pulsada la tecla de Option permite calibrar la imagen de forma manual. Manteniendo pulsada la tecla shift restringe el colliper a una línea horizontal o vertical. Angle. Define tres puntos (P0, P1, P) para crear un ángulo (haciendo clic con el mouse) y para medir el ángulo formado por las líneas de conexión (P0, P1) y (P0, P). Tenga en cuenta que el primer punto determina el punto central. Al mover el ángulo, al pulsar la tecla de Option permite la visualización de un objetivo en torno al punto en movimiento. Profiler. Permite mostrar el histograma de la imagen de niveles de gris a lo largo de una línea. Después de crear la línea de comandos a mostrar los datos en el menú de superposición muestra el histograma a lo largo de esta línea. Trae una ventana secundaria que muestra el histograma de perfil a lo largo de la línea. Al hacer clic y
8 arrastrando el cursor dentro de esta ventana secundaria permite explorar individualmente los valores de píxeles. Annotations. Crea una anotación. Haga clic sobre la imagen para seleccionar un punto de anclaje de la anotación. Una ventana de dialogo aparecerá cuando la etiqueta de anotación sea introducida. Si se añade comentarios, la anotación será seguida por un pequeño postit. Basta con hacer clic en ella para abrir una ventana de postit con las observaciones adjuntas. La combinación option + mouse click permite que el contenido de una anotación sea modificado en cualquier momento. Mover. Provee otra forma de desplazamiento dentro de una ventana, además de la barra de desplazamiento. Haga clic sobre la imagen y arrastre el mouse para mover la imagen. Magn. Glass. Esta herramienta que simula una lupa proporciona una manera rápida interactiva de zoom local. Que amplia una porción de la imagen. La combinación option + mouse click aparece una ventana de dialogo que permite cambiar algunos parámetros tales como: forma de la copa, factor de ampliación. PROCEDIMIENTO 1 1. Cargar la imagen MR-MONO-8-16x-heart en el programa Osiris. Aplicar el modo Pila y el modo Mosaico. Registrar los resultados por medio de imágenes. 3. Aplicar tres modos de visualización dinámica que ofrece el programa Osiris. Registrar los resultados por medio de imágenes.
9 PROCEDIMIENTO 1. Cargar la imagen IM-0001-0007.dcm en el programa Osiris. Hacer uso de la paleta de herramientas. Tomar mediciones de la imagen haciendo uso de la herramienta Colliper. 3. Encontrar el ángulo existente los tres puntos que se visualizan en la siguiente imagen. 4. Obtener el Histograma existente entre dos de los puntos visto en la imagen anterior. 5. Con los cambios realizados a la imagen. Investigar que opción dentro de Osiris permite cambiar los datos del paciente.
10 En este sector muestra los datos del paciente. Nombre del paciente Sexo ID del paciente Fecha de nacimiento Investigación Complementaria 1. Investigar acerca de las funciones de procesamiento y herramientas clínicas.. Investigar como convertir una imagen.dcm a JPG. 3. Investigar que opción permite visualizar el tamaño de la imagen en pixeles y el grosor del corte. 4. Cual es la utilidad de obtener el histograma de una imagen? Qué permite manipular? 5. Investigar la función principal de la opción Tile Mode Layout. Cuándo se utiliza? 6. Investigar que función cumplen los Overlays y para que sirven. Bibliografía 1. http://www.rubomed.com/dicom-viewer.html. http://www.osirix-viewer.com/aboutosirix.html