MARCADORES GENÉTICOS

MARCADORES GENÉTICOS

MARCADORES GENÉTICOS La diferencia entre individuos se denotaba señalando diferencias en su aspecto externo (fenotipo)

Marcadores Morfológicos Carácter Informativo Variación POLIMORFISMO

Marcadores Morfológicos Genes asociados a caracteres fenotípicos, fáciles de identificar visualmente. Número limitado Poco informativos Herencia compleja (herencia dominante/recesiva, multigénicos,etc.) Ambiguos y subjetivos

Marcadores Bioquímicos Los marcadores bioquímicos se basan en la observación del polimorfismo en la secuencia de aminoácidos de una proteína. Isoenzimas (enzimas con la misma función pero con distinto tamaño, carga o conformación) Grupos sanguíneos Inmunoglobulinas

Marcadores Bioquímicos EL NIVEL DE OBSERVACIÓN ES EL FENOTÍPICO (TIPIFICAN PROTEÍNAS). ANALIZAN SÓLO LAS SECUENCIAS CODIFICANTES DE LOCI ESTRUCTURALES, QUE CORRESPONDEN APROXIMADAMENTE AL 5% DEL GENOMA. LA FUNCIONALIDAD DE LAS PROTEÍNAS LIMITA EL GRADO DE POLIMORFISMO. LAS MUESTRAS TIENEN QUE SER FRESCAS YA QUE LAS PROTEÍNAS SE DETERIORAN CON FACILIDAD.

Marcadores Bioquímicos DESVENTAJAS: NO SE EXPRESAN EN TODOS LOS TEJIDOS. NO SE EXPRESAN EN TODAS LA EDADES. INFLUENCIADOS POR EL AMBIENTE. POCO POLIMÓRFICOS. BAJA REPRESENTACIÓN EN EL GENOMA

Marcadores Genéticos Métodos de detección de polimorfismos directamente a nivel de ADN MARCADOR MOLECULAR ES UN SEGMENTO DE ADN CON UNA UBICACIÓN FÍSICA IDENTIFICABLE Y CUYA HERENCIA GENÉTICA SE PUEDE RASTREAR Un marcador puede ser un gen o puede ser alguna sección del ADN sin función conocida.

Características de los Marcadores Genéticos Estar presentes en el individuo en el momento del nacimiento Poseer herencia mendeliana sencilla. Codominante Estar distribuidos por todo en genoma Ser informativos o sea POLIMORFICOS La metodología empleada debe ser repetible, automatizable y estandarizable

Marcadores Genéticos MARCADORES BIOQUÍMICOS MARCADORES GENÉTICOS Solo muestras frescas Muestras frescas, congeladas o conservadas en alcohol, parafina, etc. Solo muestras de sangre Cualquier clase de tejidos: pelo, músculo, hueso, semen dientes, etc. Número limitado de marcadores Número Ilimitado de marcadores Moderado grado de información Alto grado de información

Marcadores Genéticos Según la región de ADN de la que formen parte pueden tener distintos modos de Herencia

Tipos de Marcadores Genéticos SNP (o Single nucleotide polymorphism) RFLP (o Polimorfismo en la longitud de fragmentos de restricción) Microsatélites o STR RAPD (o Random amplification of polymorphic DNA) VNTR (o Número variable de repeticiones en tándem)

Métodos de estudio de Marcadores Genéticos Muestra biológica Extracción de ADN Diferentes métodos de análisis Amplificación por PCR H01 081118_M176_STRB_STRO_BTA5Run01 HeM 92002 A B C D 224 F G H 232 234 K L M N 244 216.1218.0 220.2 222.2224.1 226.1 228.2230.1 232.1233.9 236.0 238.0 240.1 242.1243.9 4000 P Q 246.3 248.3 3000 2000 1000 0 DIK5108

Cómo determino el Genotipo de una muestra? Amplificación por PCR Análisis por distintos métodos Determinación del genotipo Variantes de PCR PCR-RFLP PCR-Alelo especifica PCR-Microsatélites o Minisatelites PCR-RAPD s PCR-Secuenciación

Polimorfismos de Nucleótido Simple SNPs Es una variación en la secuencia de ADN que afecta a una sola base (adenina (A), timina (T), citosina (C) o guanina (G)) de una secuencia del genoma.

Polimorfismos de Nucleótido Simple SNPs Estas variaciones deben darse al menos en un 1% de la población para ser consideradas como un SNP. GTCCGATCC GTCCAATCC

Genotipificación de SNPs Grupo en estudio Homocigota GG Heterocigota GA Homocigota AA

PCR-RFLP (Polimorfismos de longitud de los fragmentos de restricción) 5 3 PCR Primer reverse 3 5 Primer forward Digestión con enzima de restricción BSTN I 5 CCWGG 3 3 GGWCC 5 Homocigota AA Homocigota GG Heterocigota AG

Microsatélite o STR (short tándem repeat) H01 081118_M176_STRB_STRO_BTA5Run01 HeM 92002 A B C D 224 F G H 232 234 K L M N 244 216.1218.0 220.2 222.2224.1 226.1 228.2230.1 232.1233.9 236.0 238.0 240.1 242.1243.9 4000 P Q 246.3 248.3 3000 2000 1000 0 DIK5108

RAPDs (Random Amplified Polymorphic DNA) Fragmentos obtenidos por amplificación (PCR) al azar del ADN genómico No se conoce la ubicación genómica de las bandas Utilidad en organismos de genoma desconocido: sondeo de variabilidad

Utilidades de los Marcadores genéticos Identificación individual detección de enfermedades genéticas Identificación de patógenos Sexado embrionario Caracterización de especies Marcadores Genéticos Análisis de filogenias Adulteración de alimentos Conservación de biodiversidad genética Genética forense (paternidad, identidad)

A 216.1 B 218.0 C 220.2 D 222.2 224 224.1 F 226.1 G 228.2 H 230.1 232 232.1 234 233.9 K 236.0 L 238.0 M 240.1 N 242.1 244 243.9 P 246.3 Q 248.3 H01 081118_M176_STRB_STRO_BTA5Run01 HeM 92002 0 1000 2000 3000 4000 DIK5108 A 216.1 B 218.0 C 220.2 D 222.2 224 224.1 F 226.1 G 228.2 H 230.1 232 232.1 234 233.9 K 236.0 L 238.0 M 240.1 N 242.1 244 243.9 P 246.3 Q 248.3 D01 081127_M179_STRO_BTA5Run01 HeM X71 0 1000 2000 3000 DIK5108