UNIDAD 5: GRÁFICOS DE PUNTOS, LÍNEAS E HISTOGRAMS EN R

Transcripción

1 UNIDAD 5: GRÁFICOS DE PUNTOS, LÍNEAS E HISTOGRAMS EN R Técnicas Inteligentes en Bioinformática Master en Lógica, Computación e Inteligencia Artificial Dpto. Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial Francisco J. Romero Campero Universidad de Sevilla

2 CONTENIDOS 1. Nubes de puntos: plot 2. Gráficos de líneas: plot 3. Histogramas: hist 4. Gráficos de sectores: pie 5. Gráficos de barras: barplot 6. Gráficos de cajas y bigotes: bloxplot

3 CONTENIDOS 1. Nubes de puntos: plot 2. Gráficos de líneas: plot 3. Histogramas: hist 4. Gráficos de sectores: pie 5. Gráficos de barras: barplot 6. Gráficos de cajas y bigotes: bloxplot

4 Nubes de puntos: la función plot La función básica para realizar gráficos en R es plot. La mayoría de los argumentos de plot son compartidos por el resto de las funciones gráficas de R. Cuando recibe como argumentos dos vectores x e y de la misma longitud construye la nube de puntos (x[i],y[i]). > light.intensity <- c(20, 20, 20, 20, 21, 24, 44, 60, 90, 94, 101) > growth.rate <- c(1.73, 1.65, 2.02, 1.89, 2.61, 1.36, 2.37, 2.08, 2.69, 2.32, 3.67) > plot(light.intensity,growth.rate)

5

6 El parámetro pch que recibe como valor un entero 0:18 cambia el formato de los puntos de la nube. > plot(light.intensity,growth.rate,pch=0) > plot(light.intensity,growth.rate,pch=1) > plot(light.intensity,growth.rate,pch=2) > plot(light.intensity,growth.rate,pch=3)

7 El parámetro col recibe como valor una cadena de caracteres que especifica el color a utilizar (blue, red, green, black, etc) en los puntos de la nube. > plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="blue") > plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="red") > plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="green") > plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="black")

8 Los parámetros xlab/ylab reciben como valor cadenas de caracteres para etiquetar el eje x e y respectivamente. > plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="blue", xlab="light intensity",ylab="growth rate")

9 El parámetro main recibe como valor una cadena de caracteres para poner un título al gráfico. > plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="blue", xlab="light intensity",ylab="growth rate", main="chlorella growth with different light intensities",ylim=c(0,5))

10 Una vez creado un gráfico se pueden añadir más puntos si no cerramos la ventana del gráfico utilizando la función points que puede recibir los mismo argumentos que plot. > chlamy.growth.rate <- c(2.13, 1.97, 1.82, 2.15, 2.91, 1.76, 2.17, 1.98, 2.89, 2.12, 4.15) > points(light.intensity, chlamy.growth.rate, pch=2, col="red")

11 Sin cerrar la ventana del gráfico podemos añadir una legenda utilizando la función legend. Su primer argumento es una cadena de caracteres para fijar su posición: "bottomright", "bottom", "bottomleft", "left", "topleft", "top", "topright", "right" y "center". Las etiquetas para cada tipo de punto se especifica en el argumento legend que recibe como valor un vector de cadenas de caracteres. El color y el formato de cada punto en la legenda se especifica con los parámetros pch y col. > legend("topright",legend=c("chlorella","chlamydomonas"), col=c("blue","red"),pch=c(1,2))

12 CONTENIDOS 1. Nubes de puntos: plot 2. Gráficos de líneas: plot 3. Histogramas: hist 4. Gráficos de sectores: pie 5. Gráficos de barras: barplot 6. Gráficos de cajas y bigotes: bloxplot

13 plot también se puede utilizar para construir gráficos de líneas para ello se utiliza el parámetro type. Este puede tomar los valores p (puntos, valor por defecto), l (líneas), o (puntos y líneas overplotted), etc. > nitrogeno1 <- c( , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ) > ganancia1 <- c( , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ) > plot(nitrogeno1,ganancia1,type="l") > legend("topright",legend=c("chlorella","chlamydomonas"), col=c("blue","red"),pch=c(1,2))

14 El resto de parámetros son los mismos. > plot(nitrogeno1, ganancia1, type="overplotted", pch=1, col="blue", xlab="nitrógeno", ylab="ganancia", main="ganancia vs Nitrógeno", ylim=c(10,60))

15 Sin cerrar la ventana del gráfico se pueden añadir más líneas utilizando la función lines. > nitrogeno2 <- c( , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ) > ganancia2 <- c( , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ) > lines(nitrogeno2,ganancia2,type="overplotted",pch=2,col="red") > legend("topleft",legend=c("clase1","clase2"), pch=c(1,2),col=c("blue","red"))

16

17 CONTENIDOS 1. Nubes de puntos: plot 2. Gráficos de líneas: plot 3. Histogramas: hist 4. Gráficos de sectores: pie 5. Gráficos de barras: barplot 6. Gráficos de cajas y bigotes: bloxplot

18 Histogramas: la función hist Un histograma es una representación gráfica de las frecuencias (absolutas o relativas) de ciertos valores en un vector. hist es la función que permite construir histogramas y comparte la mayoría de sus parámetros con plot. > fecundidad <- c(12.8, 21.6, 14.8, 23.1, 34.6, 19.7, 22.6, 29.6, 16.4, 20.3, 29.3, 14.9, 27.3,22.4, 27.5, 20.3, 38.7, 26.4, 23.7, 26.1, 29.5, 38.6, 44.4, 23.2, 23.6, 38.4, 32.9, 48.5, 20.9, 11.6, 22.3, 30.2, 33.4, 26.7, 39, 12.8, 14.6, 12.2, 23.1, 29.4, 16, 20.1, 23.3, 22.9, 22.5, 15.1, 31, 16.9, 16.1, 10.8, 35.4, 27.4, 19.3, 41.8, 20.3, 37.6, 36.9,37.3, 28.2, 23.4, 33.7, 29.2, 41.7, 22.6, 40.4, 34.4, 30.4, 14.9, 51.8, 33.8, 37.9, 29.5, 42.4, 36.6, 47.4) > hist(fecundidad)

19 La mayoría de los parámetros de plot también se utilizan en hist > hist(fecundidad, col="grey", xlab="fecundidad", ylab="número de hembras",main="fecundidad en Drosophila melanogaster")

20 Algunos párametros específicos El parámetro breaks se utiliza para determinar de cajas a utilizar (número de barras) por defecto utiliza el algoritmo de sturges para determinarlo. > par(mfrow=c(1,2)) > hist(fecundidad, breaks=7, col="grey", xlab="fecundidad", ylab="número de hembras",main="fecundidad en Drosophila melanogaster") > hist(fecundidad, breaks=seq(from=10,to=60,by=10), col="grey", xlab="fecundidad", ylab="número de hembras", main="fecundidad en Drosophila melanogaster")

21 El parámetro border cambia el color del borde de las barras. > hist(fecundidad, breaks=seq(from=10,to=60,by=10), col="grey", border="blue", xlab="fecundidad", ylab="número de hembras",main="fecundidad en Drosophila melanogaster")

22 This work is licensed under the Creative Commons Attribution- NonCommercial NoDerivs 3.0 Unported License. To view a copy of this license, visit Estas transparencias están basadas en el material docente desarrollado por Francisco J. Romero Campero e Ignacio Pérez Hurtado de Mendoza para la asignatura Informática Aplicada a la Bioquímica del Grado Conjunto en Bioquímica por la Universidad de Sevilla y la Universidad de Málaga (Andalucía Tech). Este trabajo está liberado bajo la licencia Creative Commons Attribution-NonCommercial NoDerivs 3.0 Unported License.