CAR. Responsable : María del Carmen Heras Sánchez. Asesores Técnicos : Daniel Mendoza Camacho Yessica Vidal Quintanar.

Transcripción

1 CAR Responsable : María del Carmen Heras Sánchez Asesores Técnicos : Daniel Mendoza Camacho Yessica Vidal Quintanar

2 Infraestructura de Hardware Software Conexiones remotas

3 Infraestructura de Hardware Cluster de 512 Cores de CPU, 8 GPU S y 2 nodos de visualización Cluster de 14 nodos Área de Capacitación con 14 PC s 3

4 Ocotillo Configuración Host Name ocotillo.acarus.uson.mx IP Sistema Operativo Linux (Centos 6.7) Número de Nodos 10 Número de Cores 528 Número de Cuda-Cores 4288 Memoria Total 1,28 TB Almacenamiento 44 TB Comunicaciones Mellanox Infiniband QDR Rendimiento Teórico 14 Tflops 4

5 Ocotillo Especificaciones Técnicas Nodo Maestro Modelo Dell R710 2 Procesadores Intel Xeon E5680 Hexa-Core a 3.3 GHZ 128 GB de Memoria Ram DDR MHz 1.5 TB 15K RPM SAS 6gb/s Infiniband ConnectX VPI 6 Nodos de cálculo CPU 4 Procesadores AMD Opteron 6282 SE Hexadeca-Core (64 cores a 2.6 GHz) 128 GB de Memoria Ram DDR MHz 4 TB 7.2K RPM SAS 6Gb/s Infiniband ConnectX VPI 5

6 Ocotillo Especificaciones Técnicas 2 Nodos de cálculo GPU Modelo Dell C Procesadores AMD Opteron 6282 SE Hexadeca-Core (64 cores a 2.6 GHz) 128 GB de Memoria Ram DDR MHz 4 TB 7.2K RPM SAS 6Gb/s 4 Tarjetas Nvidia Tesla M2070Q (1792 Cuda Cores) Infiniband ConnectX VPI Nodos de Visualización Científica Modelo Dell R Procesadores Intel Xeon E5620 Quad-Core (8 cores a 2.40 GHz) 72 GB de Memoria Ram DDR MHz Tarjeta Nvidia Quadro 5000 (352 Cuda Cores) 600 GB 10K RPM SAS 6Gb/s 6

7 Ocotillo Especificaciones Técnicas Almacenamiento Paralelo MDS y OSS Modelo Dell R710 2 Procesadores Intel Xeon E5620 Quad-Core (8 Cores a 2.40 GHz) 96 GB de Memoria Ram DDR MHz 600 GB 15K RPM SAS 6Gb/s UPS 20 KVA Banco de Baterías MD TB 7.2K RPM SAS 6Gb/s 2 x MD TB 7.2K RPM SAS 6Gb/s 7

8 Ocotillo Software Instalado Aplicación Centos 6.7 Gaussian 09 Gromacs Quantum Espresso NAMD 2.11 NWChem 6.1/6.6 Ansys 17 Matlab R2011b Intel Parallel Studio XE 2011/2013 Devtoolset-1/2/3 Open x86_open Categoría Sistema Operativo Química Cuántica Dinámica Molecular Cálculos Estructuras Electrónicas Dinámica Molecular Química Computacional Aplicación Aplicación Compilador Herramientas de Desarrollo Compilador Compilador 8

9 Ocotillo Software Instalado Paquete ACML 5.2.0/5.3.1/6.1.0 OpenMPI 1.4.3/1.8.3 Intel MPI Mvapich2 1.0a2 Categoría Librería Matemática Librería paso de Mensajes Librería paso de Mensajes Librería paso de Mensajes Infraestructura 9

10 Choya Configuración Host Name choya.acarus.uson.mx IP Sistema Operativo Linux (Centos 6.2) Número de Nodos 14 Número de Cores 56 Memoria Total 56 GB Almacenamiento 1 TB Rendimiento Teórico 1 Tflop 10

11 Choya Software Instalado Aplicación Centos 6.2 Intel Parallel Studio XE 2013 Intel MKL MPICH OpenMPI Enthought Canopy Geany 1.24 NumPy 1.3 Matplotlib 0.99 TurboVNC NoMachine Categoría Sistema Operativo Compilador Librería Matemática Librería Paso de Mensajes Librería Paso de Mensajes Aplicación Editor Librería Cómputo Científico Librería Graficación Escritorio Remoto Escritorio Remoto 11

12 Choya Especificaciones Técnicas Nodos de Procesamiento Modelo Lanix Titan 1 Procesador Intel Core i Quad-Core a 3.30 GHz 4 GB de Memoria Ram DDR MHz Disco Duro de 500 GB 7.2K RPM Nodo Maestro Modelo Lanix Tian 1 Procesador Intel Core i Quad-Core a 3.30 GHz 4 GB de Memoria Ram DDR MHz Disco Duro de 500 GB 7.2K RPM Switch de 24 puertos modelo 3COM 12

13 Primeros Pasos Descarga de archivos Conexión a los equipos Cambio de contraseñas 13

14 Descargas PuTTY WinSCP SSH Secure File Transfer VcXsrv TurboVNC Viewer NoMachine Descargar : Primeros Pasos 14

15 Conexión remota Terminal vía SSH PuTTY Linux Transferencia de Archivos WinSCP SSH Secure File Transfer Emulación de ventanas VcXSrv ssh X (solo para usuarios de Linux) Escritorio remoto TurboVNC Descargar : 15

16 Conexión remota desde PuTTY Putty, herramienta que permite hacer conexiones vía ssh entre dos equipos, es de licencia libre y esta disponible para varias plataformas. Descargar : 16

17 Conexión remota desde Linux

18 Conexión remota desde Linux

19 WinSCP Conexión remota WinSCP Descargar : 19

20 Conexión remota WinSCP 20

21 Conexión remota SSH SSH Secure File Transfer Descargar : 21

22 Conexión remota SSH

23 Conexión remota SSH SSH Secure File Transfer Descargar : 23

24 Emulación de ventanas VcXSrv 1. Inicializar VcXsrv Queda en segundo plano 2. Abrir PuTTY 3. Habilitar el reenvió de ventanas X11 Connection SSH X11 Enable X11 Forwarding 5. Ejecutar algún programa con interfaz gráfica como geany 4. Hacer login a nuestra cuenta Descargar : 24

25 Emulación de ventanas ssh -X desde Linux 1. Ejecutar la instrucción ssh X usuario@ip_del_servidor 2. Ejecutar algún programa con interfaz gráfica como geany

26 Escritorio Remoto 1. Se ejecuta un job interactivo srun --pty -p visualizacion /bin/bash i 2. Se levanta el sevicio TurboVNC /opt/turbovnc/bin/vncserver 3. Pide un password para conectarnos al TurboVNC 4. El programa asigna un número de puerto para la conexión 5. Reconfigurar PuTTY (en la terminal actual) Connection SSH Tunnels 6. Indica el puerto que se asigno El destino visualizacion2: Agrega (Add) 1 y visualizacion2: Ejecutar TurboVNC Indicando localhost:puerto asignado 9 Descargar : 26

27 Escritorio Remoto Para salir de TurboVNC debemos cerrar la sesión indicando el número de puerto que nos fue asignado, en este caso el 2. /opt/turbovnc/bin/vncserver -kill :2 Primeros Pasos 27

28 Cambio de contraseñas 28