GENOMICA VEGETAL. Norma Paniego. Instituto de Biotecnología, CICVyA, CNIA INTA Castelar.

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Emilio Martín Ojeda
hace 8 años
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1 GENOMICA VEGETAL Norma Paniego Instituto de Biotecnología, CICVyA, CNIA INTA Castelar 1

2 Genómica aplicada al mejoramiento de los cultivos Progresos en el estudio de los genómas de especies agronómicas. Estratégias y tecnológias actuales para estudios de genómica vegetal Aplicaciones de la genómica de nueva generación en el mejoramiento de los cultivos Genómica de Cereales y Oleaginosas 2

Estratégias y tecnológias actuales para estudios de genómica vegetal

3 GENÓMICA: se refiere al estudio del genoma completo de un organismo A C T T T G A G C C C C A C T T T G G G C C C C 3

4 Sequenciación del genoma Arabidopsis thaliana ~ US 70M 4 John Quackenbush

5 COMO SE ESTUDIAN LOS GENOMAS: TÉCNICAS DE MAPEO 5 The Genomic Landscape: circa 2010, Eric Green

6 6 The Genomic Landscape: circa 2010, Eric Green

7 7 The Genomic Landscape: circa 2010, Eric Green

8 ESTRATEGIAS ALTERNATIVAS DE SECUENCIACIÓN 8 The Genomic Landscape: circa 2010, Eric Green

9 9 M Caccamo

10 PROGRESOS EN LA SECUENCIACION GENOMICA EN PLANTAS uva Medicago truncatula

11 TECNOLOGÍAS DE NUEVA GENERACIÓN 11

12 SECUENCIACIÓN GENOMICA EN PLANTAS Sequencing Technologies and Their Use in Plant Biotechnology and Breeding Wetterstrand KA. DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Genome Sequencing Program (GSP) 12 Available at:

DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Genome Sequencing

13 Life Technologies Illumina OpGen Argus Secuenciación EC Secuenciación de molécula simple Quantum Biosystems PacBio Secuenciación por síntesis secuenciación eléctrica 13

14 Next Generation Genomics: World Map of High-throughput Sequencers omicsmaps.com 14

15 Principles and Practices of Plant Genomics Vol. 3 Comparison of Next-Generation Sequencing Systems, Journal of Biomedicine and Biotechnology Molecular Ecology Resources 11:

16 16

17 COMPLEJIDAD DE LOS GENOMAS VEGETALES Sequencing crop genomes: approaches and applications, New Phytologist 17

18 LIMITACIONES EN EL ENSAMBLADO DE GENOMAS VEGETALES 18

19 ESTADO DE AVANCE DE UNA SELECCIÓN DE GENOMAS DE CULTIVOS PUBLICADOS HASTA

20 20 Michael M Caccamo Schatz

21 Organismos Modelo para Plantas especies con características de crecimiento y reproductivas aptas para el uso en laboratorios. son de porte pequeño, robustos, con tiempos de generación cortos y tamaño de genoma 500 Mb. 21

22 22

23 23

24 24

25 25

26 26

27 27

28 IMPACTO EN LAS CIENCIAS AGONÓMICAS BÁSICAS Y APLICADAS Conocimientos básicos: Organización del genóma y contenido Entender la función de los génes y su red de interacción Conocer mecanismos regulatorios inéditos Definir las relaciones y los procesos evolutivos Aplicaciones: Referencia para descubir y entender variantes genéticas, asociarlas a caracteristicas agronómicas, asignarle localización genómica precisa Favorecer el uso de la información genética en lugar de la fenótipica Disponer de una fuente ilimitada de marcadores moleculares Potenciar el uso de recursos genéticos Acelerar los proceso de mejorma genética 28

29 29 Bevan and Uauy Genome Biology2013, 14:206

30 30

31 GENOTIPOS 31

32 M Caccamo

33 VARIABILIDAD M Caccamo

34 ESTRATEGIAS DE MAPEO DE CARACTERISTICAS AGRONOMICAS 34

35 R Tuberosa. 2 nd National Workshop on Marker-Assisted Selection for Crop Improvement. ICRISAT 35

36 R Tuberosa. 2 nd National Workshop on Marker-Assisted Selection for Crop Improvement. ICRISAT 36

37 R Tuberosa. 2 nd National Workshop on Marker-Assisted Selection for Crop Improvement. ICRISAT 37

38 38 Sarah Ayling

39 39

40 Figure 2. Double digest RAD sequencing improves efficiency and robustness while minimizing cost. Peterson BK, Weber JN, Kay EH, Fisher HS, et al. (2012) Double Digest RADseq: An Inexpensive Method for De Novo SNP Discovery and Genotyping in Model and Non-Model Species. PLoS ONE 7(5): e doi: /journal.pone

41 GENOTIPIFICACIÓN Y FENOTIPIFICACIÓN PARA EL ANÁLISIS DE QTLS EN PLANTAS Next generation quantitative genetics in plants, Frontiers in Plant Science 41

42 42

43 43

44 FENOTIPOS 44

45 Rajeev K. Varshney 2 nd National Workshop on Marker-Assisted Selection for Crop Improvement. ICRISAT 45

46 R Tuberosa. 2 nd National Workshop on Marker-Assisted Selection for Crop Improvement. ICRISAT 46

47 Next-generation phenotyping can empower both gene discovery and crop improvement 47 Theor Appl Genet (2013) 126:867 88

48 Genómica de Nueva Generación en el Mejoramiento Asistido Mol Breeding DOI /s

49 49

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