LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA.

Transcripción

1 HOSPITAL UNIVERSITARIO MARQUÉS DE VALDECILLA Santander - Cantabria LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA. CARTERA DE SERVICIOS: ASPECTOS FUNDAMENTALES DE LA OBTENCIÓN, MANEJO Y PROCESADO DE MUESTRAS D. Jesús Padrino Gandía Supervisor Laboratorio Microbiología.

2 Conocer mejor el Laboratorio de Microbiología Qué se hace? Cómo se trabaja? Qué aporta al clínico?

3 La actividad que se desarrolla en nuestro laboratorio está orientada específicamente al diagnóstico microbiológico de las enfermedades infecciosas en los humanos mediante: A. Técnicas diagnóstica directas: 1. Examen directo (tinciones) 2. Aislamiento, identificación y sensibilidad a los antimicrobianos 3. Detección de antígeno de microorganismos 4. Detección de ácidos nucleicos. B. Técnicas diagnósticas indirectas 1. Detección de anticuerpos específicos El elemento diferencial de la Microbiología con respecto a otros laboratorios es la diversidad de muestras y de técnicas que pueden realizarse.

4 Principalmente son: 1. La recogida de muestra (procedimiento de obtención y cantidad adecuada). Hay que tener en cuenta que la calidad de los resultados dependen DIRECTAMENTE DE LA CALIDAD de la muestra que nos remiten 2. El transporte rápido y adecuado a la muestra 3. El procesamiento

5 Consideraciones para una muestra de calidad Valorar el riesgo/beneficio de la recogida de la muestra para el paciente 1. Recogida de muestra con la máxima asepsia 2. Enviar en los contenedores adecuados 3. Debe ir bien etiquetada e identificada 4. Recoger en cantidad suficiente para realizar todas las determinaciones que se solicitan

6 Consideraciones para una muestra de calidad 1. No debe de estar en contacto con sustancias desinfectantes o anestésicas 2. Recoger antes de cualquier terapia antimicrobiana siempre que sea posible 3. Evitar, en lo posible, el contacto de la muestra con la flora comensal del paciente 4. Enviar lo más rápido posible al laboratorio con objeto de asegurar la supervivencia de microorganismos de difícil crecimiento y evitar el sobrecrecimiento de la flora comensal

7 Primero hay que diferenciar a los microorganismos en función de sus necesidades de O2 para sobrevivir 1. Aerobios (crecen en presencia de O2 ) Porque lo necesitan (A. estrictos) Porque lo toleran (A. facultativos) 2. Anaerobios (mueren en presencia de O2)

8 1. Envase estéril de boca ancha 2. Tubo estéril 3. Torunda seca de alginato cálcico o dacrón 4. Torunda con medio de transporte 5. Torunda nasofaríngea 6. Torundas especiales (Chlamydia, virus...) 7. Placa Petri 8. Moqueta estéril 9. Frascos de Hemocultivos 10.Tubos de extracción de sangre

9 ENVASE ESTERIL TUBO ESTERIL HISOPO ESTERIL

10 MOQUETA PLACA PETRI

11 HEMOCULTIVO AEROBIO HEMOCULTIVO PEDIATRICO

12 1. Viales para muestra de líquidos 2. Frascos para biopsias 3. Frasco hemocultivo

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14 La persona encargada de recibir la muestra comprueba si cumple los requisitos mínimos para su procesamiento. Si no los cumple, se rellenará un impreso de incidencias y se devolverá al servicio solicitante Las causas más frecuentes son: 1. Muestras mal identificadas o con datos incompletos 2. Muestra mal recogidas, con derrames o contaminadas 3. Transporte inadecuado por el envase o por la conservación

15 1. Para cada muestra es necesario un volante (excepto hemocultivos) 2. Incluir código de destino 3. Código de Médico 4. Nombre y apellidos del paciente 5. Firma del Facultativo 6. Fecha de toma 7. Juicio Clínico 8. Tipo de muestra 9. Estudios solicitados 10.Tratamiento antimicrobiano

16 Los dos pasos que se hacen son: 1.Recepción 2.Procesamiento

17 Es el lugar donde recibimos la muestra y comprobamos si cumple o no los requisitos para su posterior procesamiento, comprobando : 1. Si la identificación es correcta (muestra/volante) 2. Si la cantidad es la adecuada para los estudios solicitados 3. Si el envase, transporte y conservación ha sido en las condiciones adecuadas para la preservación de la muestra

18 1. Identificar tipo de muestra (para saber si requiere tratamiento previo ejemplo centrifugado, homogeneización etc) 2. Información sobre el diagnóstico clínico (necesario para seleccionar los medios y métodos de cultivo adecuado a inocular) El propósito de este procedimiento es establecer unas normas para asegurar que la calidad en la fase pre-analítica en la que afecta a la recogida, transporte y envase sean las adecuadas.

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21 Básicamente se hace: 1. Tinciones 2. Inoculación en medios de cultivo apropiados 3. Pruebas de identificación y antibiograma 4. Pruebas rápidas (detección de antígenos, detección de ácidos nucleicos y detección de anticuerpos).

22 GRAM PARASITOS

23 DIRECTIGEN AGLUTINACION

24 Los pasos esenciales en el diagnostico microbiológico son: 1. La obtención de una muestra representativa del proceso infeccioso 2. El continuo contacto microbiólogo/clínico es fundamental 3. La información y elaboración de la cartera de servicios por parte del laboratorio es necesaria

25 Principalmente en: 1. Aislar el agente patógeno 2. Identificar al agente patógeno 3. Determinar la sensibilidad de los antimicrobianos.

26 API PANEL IDENTIFICACION Y ANTIBIOGRAMA

27 Principalmente en: 1. Anticuerpos 2. Antígenos 3. Ácidos nucleicos

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29 TRACTO REPIRATORIO MUESTRAS TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE OBSERVACIONES Aspirado bronquial (BAS) Cultivo cuantitativo Cultivo micobacterias Cultivo Legionella Cultivo Nocardia PCR Mycobacterium Diagnostico de virus Hisopo especial recoger en laboratorio Aspirado traquial (AT) Cultivo cuantitativo solo en Fibrosis Quisticas Cultivo micobacterias Cultivo Legionella solo en neumonías Cultivo Nocardia Biopsia (B) Cultivo micobacterias Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio Cultivo legión ella Cultivo Nocardia

30 Cepillo protegido (CP) Cultivo cuantitativo Cultivo anaerobios Cultivo micobacterias Cultivo Legionella Cultivo Nocardia PCR Mycobacterium Envase especial TRACTO REPIRATORIO recoger en laboratorio Esputo (ES) Cultivo cuantitativo Cultivo micobacterias Cultivo Legionella Cultivo Nocardia PCR Mycobacterium Pneumocistis carinii xxxxxxxxxxx solo Fibrosis Quisticas solo neumonías solo esputos inducidos

31 Frotis faríngeo (FF) Cultivo anaerobios Cultivo Neisseria gonorr. Anfígeno Strepto pyogenes Diagnostico de virus Hisopo especial TRACTO REPIRATORIO solo abscesos amigdalinos sin medio de trasporte recoger en laboratorio Frotis nasal (FN) Frotis nasofaríngeo (FNF) xxxxxxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxx Lavado bronco alveolar (BAL) Cultivo cuantitativo Cultivo micobacterias Cultivo Legionella Cultivo Nocardia PCR Mycobacterium Diagnostico de virus xxxxxxxxxxx

32 TRACTO RESPIRATORIO MUESTRAS TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE OBSERVACIONES Lavado/aspirado nasofaríngeo (LNF) Diagnostico de virus Liquido pleural (LP) Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio Cultivo micobacterias Cultivo Legionella Cultivo Nocardia Antígeno Legionella Pn. solo neumonías Antígeno Neumococo solo neumonías PCR Mycobacterium xxxxxxxxxxxxxx Diagnostico de virus Oído medio (OM) Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio

33 Punción pulmonar/trastraqueal (PPT) Cultivo anaerobios Cultivo Legionella Cultivo Nocardia Envase especial TRACTO RESPIRATORIO recoger en laboratorio Punción seno paranasales (PS) Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio

34 TRACTO UROGENITAL MUESTRAS TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE OBSERVACIONES Dispositivo intrauterino (DIU) Cultivo anaerobios xxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxxxxx Cultivo Actinomyces Exudado Bartholino (EXB) Cultivo anaerobios xxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxxx Diagnóstico micoplasma Exudado endocervical (EXEC) Cultivo Actinomyces PCR Chlamydia trachomatis Hisopo especial Detección parásitos Diagnóstico virus

35 TRACTO UROGENITAL Exudado endometrial/anejos (EXEM) Cultivo anaerobios Cultivo Actinomyces PCR Chlamydia trachomatis Hisopo especial Diagnóstico micoplasma Detección parásitos Exudado uretral (EXU) PCR Chlamydia trachomatis Hisopo especial Diagnóstico micoplasma Detección parásitos Diagnóstico virus Hisopo especial recoger en laboratorio Exudado vaginal (EXV) Cultivo St. Agalactiae embarazadas Detección parásitos Diagnóstico virus Hisopo especial recoger en laboratorio Frotis ano rectal (FA) Cultivo St. Agalactiae embarazadas

36 Orina (O) Cultivo anaerobios Cultivo micobacterias Cultivo Corynebacterias Cultivo St. Agalactiae PCR Chlamydia trachomatis Diagnóstico micoplasma Diagnóstico virus Ag. Legionella pneumophila Ag. Neumococo Envase especial embarazadas neumonías neumonías TRACTO UROGENITAL P. Suprapúbica y nefrosto. Secreción prostática (SP) Cultivo micobacterias Detección parásitos Semen (SE) PCR Chlamydia trachomatis Diagnóstico micoplasma Detección parásitos Hisopo especial

37 TRACTO GASTROINTESTINAL MUESTRAS TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE OBSERVACIONES Aspirado duodenal (AD) Detección parásitos Aspirado gástrico (AG) Cultivo micobacterias Biopsia colom (BC) Cultivo Clostridium difficile cultivo + toxina Biopsia gástrica (BG) Cultivo Helicobacter pylori Envase especial cultivo + visión d.+ureasa Frotis ano rectal (FA) Cultivo Neisseria gonorrhoeae Detección parásitos Diagnóstico virus Hisopo especial recoger en laboratorio

38 Heces (H) Cultivo micobacterias Cultivo Clostridium difficile Detección parásitos TRACTO GASTROINTESTINAL cultivo + toxina

39 SANGRE Y FLUIDOS ORGANICOS MUESTRA TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE OBSERVACIONES Aspirado duodenal (AD) Detección parásitos Bilis (BI) Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio Líquido amniótico (LA) Detección parásitos Diagnóstico virus Líquido articular/sinovial (LAR) Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio Cultivo micobacterias Cultivo Brucella PCR Mycobacterium tuberculosis

40 SANGRE Y FLUIDOS ORGANICOS Líquido ascítico/peritoneal (LAS) Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio Cultivo micobacterias Líquido cefalorraquídeo (LCR) Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio Cultivo micobacterias Cultivo Brucella Diagnóstico Cryptococcus neof. visión + detección Ag. Detección Ag. Neumococo PCR Mycobacterium tuberculosis Detección parásitos Diagnóstico virus Diagnóstico serológico xxxxxxxxxxxxxxxxxxx Líquido pericárdico (LPE) Diagnóstico virus Plasma (PL) Diagnóstico virus xxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxx

41 SANGRE Y FLUIDOS ORGANICOS Sangre (S) Cultivo anaerobios Cultivo micobacterias Cultivo Brucella Detección parásitos Diagnóstico virus Suero (SU) Diagnóstico Cryptococcus neof. Diagnóstico virus Diagnóstico serológico

42 OTRAS MUESTRAS MUESTRA TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE OBSERVACIONES Biopsias, adenopatías (B) Cultivo anaerobios Envase especial recoger en laboratorio Cultivo micobacterias Cultivo Nocardia Cultivo Actinomyces Cultivo Brucella PCR Mycobacterium tuberculosis Detección parásitos Diagnóstico virus Catéter (CAT) Control esterilidad (CE) Exudados en general (EX) Cultivo anaerobios Envase especial Toma profunda Cultivo micobacterias Cultivo Nocardia Cultivo Actinomyces Detección parásitos xxxxxxxxxxxxx Diagnóstico virus Hisopo especial recoger en laboratorio

43 Frotis conjuntival (FC) PCR Mycobacterium tuberculosis Diagnóstico virus xxxxxxxxxxxxx Hisopo especial OTRAS MUESTRAS recoger en laboratorio Frotis corneal (FCO) PCR Mycobacterium tuberculosis Diagnóstico virus xxxxxxxxxxx Hisopo especial recoger en laboratorio Frotis piel o anejos (FP) Líquido Diálisis (LD) Líquido endoftálmico (LE) Cultivo anaerobios xxxxxxxxxxxxxx Líquido quiste (LQ) Detección parásitos

44 OTRAS MUESTRAS Líquido vesícula (LV) Diagnóstico virus Médula ósea (MO) Cultivo Brucella Detección parásitos Diagnóstico virus Muestra ambiental (AMB) Cultivo Legionella Oído externo (OE) Prótesis (P)

45 SEROLOGÍA Bacterias TIPO DE GERMEN DETERMINACIÓN DE ANTICUERPOS EN SUERO Y / O LCR Bartonella sp. Tubo rojo Borrelia burgdorferi Tubo rojo Brucella sp. Tubo rojo Chlamydia pneumoniae Tubo rojo Chlamydia psitacchi Tubo rojo Chlamydia trachomatis Tubo rojo Coxiella burnetti Tubo rojo Helicobacter pylori Tubo rojo Legionella pneumophilia Tubo rojo Mycoplasma pneumoniae Tubo rojo Rickettsia conorii Tubo rojo Salmonella typhi Tubo rojo Treponema pallidum Tubo rojo

46 SEROLOGÍA Virus Citomegalovirus Tubo rojo Enterovirus Tubo rojo Epstein-Barr Tubo rojo Hepatitis Tubo rojo Herpes simplex Tubo rojo Parotiditis Tubo rojo Parvovirus B19 Tubo rojo Rubéola Tubo rojo Sarampión Tubo rojo Sida Tubo rojo Varicella-Zoster Tubo rojo Parásitos Echinococcus granulosus Tubo rojo hidatidosis Entamoeba histolytica Tubo rojo amebas Fasciola hepática Tubo rojo Toxoplasma gondii Tubo rojo Hongos Aspergilus sp. Tubo rojo Cándida sp. Tubo rojo

47 PARASITOLOGÍA MUESTRA MICROORGANISMO RECIPIENTE OBSERVACIONES Absceso hepático (AH) Entamoeba Aspirado duodenal (AD) Giardia Biopsia (B) Microfilaria Exudado endocervical (EXEC) Trichomonas Exudado endometrial (EXEM) Trichomonas Exudado herida (EX) Leishmania Exudado uretral (EXU) Trichomonas Exudado vaginal (EXV) Trichomonas Frotis ano rectal (FA) Enterobius (oxiuros)

48 PARASITOLOGÍA Heces (H) Áscaris Cryptosporidium Entamoeba Giardia Hymenolepsi Isospora Tenia Trichuris (tricocéfalo) Líquido amniótico (LA) PCR Toxoplasma Líquido cefalorraquídeo (LCR) PCR Toxoplasma Líquido quiste (LQ) Echinococcus (hidatidosis) Médula ósea (MO) Leishmania Sangre (S) Microfilaria Plasmodium PCR Toxoplasma

49 PARASITOLOGÍA Secreción prostática (SP) Trichomonas Semen (SE) Trichomonas

50 VIROLOGIA MUESTRA MICROORGANISMO RECIPIENTE OBSERVACIONES Aspirado bronquial (BAS) Adenovirus Citomegalovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial Virus varicela zoster Biopsia (B) Adenovirus Citomegalovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Virus varicela zoster Exudado endocervical (EXEC) Adenovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Exudado uretral (EXU) Adenovirus Herpes simple (tipos 1, 2)

51 VIROLOGIA Exudado vaginal (EXV) Adenovirus Exudado-úlcera (EX) Herpes simple (tipos 1, 2) Frotis ano-rectal (FA) Adenovirus Enterovirus Rotavirus-adenovirus Frotis conjuntival (FC) Adenovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Frotis corneal (FCO) Herpes simple (tipos 1, 2) Virus varicela zoster Frotis faringeo (FF) Adenovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3)

52 VIROLOGIA Frotis nasofaríngeo (FNF) Adenovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial Lavado bronco alveolar (LBA) Adenovirus Citomegalovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial Virus varicela zoster Lavado-aspirado nasofaríngeo (LNF) Enterovirus Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial

53 VIROLOGIA DETERMINACIONES LABORATORIO RECIPIENTE OBSERVACIONES Líquido amniótico (LA) Citomegalovirus Líquido cefalorraquídeo (LCR) Citomegalovirus Enterovirus Virus varicela zoster PCR virus JC/BK PCR virus herpes Líquido pericárdico (LPE) Adenovirus Citomegalovirus Enterovirus Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Líquido pleural (LP) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial Líquido vesícula (LV) Adenovirus Enterovirus Virus varicela zoster

54 VIROLOGIA Médula ósea (MO) Citomegalovirus Orina (O) Adenovirus Citomegalovirus PCR virus JC/BK Plasma (PL) PCR hepatitis -C PCR cuantitativa hepatitis-b y C Genotipos hepatitis-c PCR cuantitativa sida Resistencias retrovirales sida carga viral carga viral Sangre (S) Adenovirus Citomegalovirus Enterovirus Virus varicela zoster PCR virus sida en neonatos Suero (SU) PCR hepatitis -C PCR cuantitativa hepatitis-b y C Genotipos hepatitis-c carga viral