CARTERA DE SERVICIOS DE MICROBIOLOGIA

Transcripción

1 HGU DE ELCHE S. MICROBIOLOGÍA REALIZADO POR: Dra. M. Ruiz Dra. P. López Dr. J.C. Rodríguez APROBADO POR: Dra. Gloria Royo PAG: 13 CONTENIDO: Cartera de servicios de la Sección de Microbiología FECHA REALIZACION: 2003 FECHA ULTIMA REVISIÓN: diciembre 2009 CARTERA DE SERVICIOS DE MICROBIOLOGIA ATENCION PRIMARIA DIRECCIÓN S. de Microbiología. Anexo II. Planta 2 Hospital General Universitario de Elche Camí de L Almàssera, nº Elche (Alicante) TELÉFONOS Laboratorio bacteriología Interno Desde el exterior

2 Laboratorio serología Interno Desde el exterior: Laboratorio micobacterias Interno Desde el exterior: Secretaría Interno Desde el exterior: Dra. Gloria Royo Interno Desde el exterior: Dra. Montserrat Ruiz Interno Desde el exterior: Dra. Pilar López Interno Desde el exterior: Dr. Juan Carlos Rodríguez Interno Desde el exterior: FAX: HORARIOS DE FUNCIONAMIENTO DE LABORATORIO Mañanas de 8:00 a 15:00 h Tardes hasta las 22:00 h de lunes a viernes (guardias de los residentes) Domingos de 8:00 a 15:00 h (guardias de residentes) Jefe de Sección: Gloria Royo García Facultativos especialistas Pilar López García Juan Carlos Rodríguez Díaz

3 Montserrat Ruiz García Residentes María Moreno Rodríguez (Residente 4º año) Sofía Belda Gas (Residente 3º año) Ledicia Álvarez Paredes (Residente 2º año) David López Parra (Residente 1º año)

4 I.-DETERMINACIONES ANALITICAS REALIZADAS MEDIANTE ESTUDIOS SEROLOGICOS. Detección de anticuerpos Virus Epstein Barr - Ig G (ELISA) - Ig M (ELISA) - Ig M Ag VCA (IFI) - Anticuerpos heterófilos (Aglutinación) Toxoplasma gondii - Ig M (ELFA) - Ig G (ELISA) Sífilis - RPR (Aglutinación) - TPHA (Hemaglutinación) - IgM (ELISA) - FTA (Inmunofluorescencia) - VDRL (LCR) Micoplasma pneumoniae - Hemaglutinación - IgM (ELISA) Brucella - Rosa de Bengala - Aglutinación específica - Test de Coombs VALORES Sangre en tuboinfección aguda: IgM tapón amarillovca positiva Sangre en tuboinfección aguda: IgM tapón amarillopositiva y seroconversión Sangre en tuboconfirmación de tapón amarillodiagnóstico: TPHA 1/160 o FTA positivo LCR Neurosífilis: VDRL positivo en líquido Sangre en tuboinfección aguda: IgM tapón amarillopositiva y seroconversión o títulos altos Sangre en tuboinfección aguda: Rosa tapón amarillobengala positivo, aglutinación 1/160 y Coombs 1/160 Mínimo: 2días Mínimo: 1 días Máximo: 7 días Métodos de cribado: Ac heterófilos e IgG/IgM totales Técnica de cribado: RPR Técnicas confirmatorias: TPHA y FTA Neurosífilis: VDRL en LCR Se recomienda el envío de dos muestras del paciente, obtenidas con un intervalo de 2-4 semanas Salmonella Por aglutinación: - Ag O de S. typhi - Ag H de S. typhi - Ag O de S. paratyphi A - Ag H de S. paratyphi A - Ag O de S. paratyphi B - Ag H de S. paratyphi B Virus herpes - Ig G (ELISA) - Ig M (ELISA) Sangre en tuboinfección aguda: tapón amarillo Títulos 1/160 Sangre en tuboinfección aguda: IgM tapón amarillopositiva En caso de resultado positivo, se recomienda confirmar mediante cultivo No diferencia infección entre tipo 1 y 2 Citomegalovirus - Ig G (ELISA) - Ig M (ELISA) Sangre en tuboinfección aguda: IgM tapón amarillopositiva Se recomienda confirmar con cultivo viral o detección de Ag en leucocitos Legionella - Ac totales (IFI) Rickettsias Por aglutinación: - Ag OX2 de Proteus - Ag OXK de Proteus - Ag OX19 de Proteus Sangre en tuboinfección aguda: tapón amarilloseroconversión Sangre en tuboinfección aguda: tapón amarillotítulos 1/160 Se recomienda el envío de dos muestras del paciente, obtenidas con un intervalo de 2-4 semanas Complementar con detección de Ag en orina Se requiere confirmación con serología especifica de R. conorii (IFI) Hidatidosis Sangre en tuboinfección: Títulos Puede complementarse con

5 - Hemoaglutinación tapón amarillo 1/160 estudio mediante ELISA en Majadahonda Virus de la rubéola - Ig G (ELISA) - Ig M (ELISA) Borrelia burgdorferi - Ac totales (ELISA) Coxiella burnetti - Ig G frente a Ag de fase II (IFI) - Ig M frente a Ag de fase II (IFI) Leishmania - Ig G (IFI) Sangre en tuboinfección aguda: IgM tapón amarillopositiva Sangre en tubosospecha de Infección: Mínimo: 1 días tapón amarillopresencia de Ac. Sangre en tuboinfección aguda: IgM tapón amarillopositiva y seroconversión o títulos altos Sangre en tubosospecha de Infección: Mínimo: 1 días tapón amarillopresencia de Ac. Si hay Ac se deben caracterizar en Majadahonda (IgG, IgM) mediante ELISA y WB Se recomienda el envío de dos muestras del paciente, obtenidas con un intervalo de 2-4 semanas En caso de sospecha de infección crónica se debe hacer serología frente a Fase I en Majadahonda Se debe completar el diagnóstico con el cultivo si es posible Trypanosoma cruzi (enfermedad Sangre en tubosospecha de Infección Mínimo: 1 días de Chagas) tapón amarilloen adultos: presencia Máximo: 15 días IgG (ELISA) de IgG Confirmación IgG (IFI) Infección en neonatos: IgM (IFI) Presencia de Ig M Virus hepatitis A - Ig M (ELFA) Virus hepatitis B - HBsAg (ELFA) - Anti HBs (ELFA) - Anti HBc (ELFA) - Anti HBc (Ig M) (ELFA) - HBe (ELFA) - Anti HBe (ELFA) Virus hepatitis C - Ac totales (ELFA) - Western Blot Sangre en tuboinfección aguda: IgM tapón amarillopositiva Sangre en tubose detecta HbsAg, tapón amarillohbeag, anti HBc (total/igm), antihbs y anti HBe Mínimo: 1 días Mínimo: 1 días Sangre en tubopresencia de Ac Mínimo: 1 días tapón amarillomediante ELISA y Máximo: 15 días confirmación mediante WB En neonatos de madres de anticuerpos, se debe completar el diagnóstico con la visualización del parásito en sangre y la detección de DNA mediante PCR en Majadahonda Se requiere un segundo suero del paciente para realizar en él la técnica confirmatoria Virus HIV - Ac totales (ELFA) - Ac totales (ELISA) - Western Blot Sangre en tubopresencia de Ac Mínimo: 1 días tapón amarillomediante ELISA y Máximo: 15 días confirmación mediante WB Se requiere un segundo suero del paciente para realizar en él la técnica confirmatoria Detección de antígenos Legionella pneumophila - Inmunocromatografía Virus respiratorio sincitial - ELISA Streptococcus pneumoniae - Inmunocromatografía Entamoeba histolytica - ELISA Orina Infección aguda: Mínimo: 1 días Presencia de Ag Máximo: 3 días Aspirado Infección aguda: Mínimo: 1 días nasofaringeo Presencia de Ag Máximo: 3 días Orina Infección aguda: Mínimo: 1 días Presencia de Ag Máximo: 3 días Heces Infección aguda: Mínimo: 1 días Presencia de Ag Adjuntar datos epidemiológicos y heces

6 Rotavirus y adenovirus - Inmunocromatografía Plasmodium - Inmunocromatografía Helicobacter pylori - Inmunocromatografía Heces Infección aguda: Mínimo: 2 horas Presencia de Ag Máximo: 1 día Sangre en tuboinfección aguda: Mínimo: 1 días tapón violetapresencia de Ag Máximo: 3 días (EDTA) Heces Infección: Presencia Mínimo: 1 días de Ag Máximo: 3 días recién emitidas Se confirma mediante PCR en Majadahonda En pacientes pediátricos o en adultos solicitándolo en la petición Adjuntar datos epidemiológicos IGRA - Quantiferon Tres tubos deinfección tuberculosa: sangre recién Positividad de la extraída (1 ml) prueba Se necesitan tubos especiales. Recoger en Microbiología Determinaciones enviadas a laboratorios de referencia Ac Ricketsia conorii - Ig G (IFI) - Ig M (IFI) Sangre en tuboinfección aguda: Mínimo: 3 días tapón amarillopresencia de IgM y seroconversión Adjuntar datos epidemiológicos

7 II.-DETERMINACIONES ANALITICAS PARA EL DIAGNOSTICO DE INFECCIONES POR BACTERIAS Microorganismos del tracto gastrointestinal Coprocultivo y antibiograma Heces Aislamiento de Salmonella, Shigella, Máximo: 5 días Yersinia, Vibrio Aeromonas, E. coli O157, Campylobacter Plesiomonas, Edwarsiella, etc Indicar datos epidemiológicos Microorganismos en tracto urinario Sedimento Orina Infección: Presencia Mínimo: 1 días de leucocitos Máximo: 2 días Tinción de gram Orina La presencia de 1 microorganismo x campo (1000x) se correlaciona con más de UFC/ml Urocultivo y antibiograma Orina Infección: Presencia Mínimo: 1 días de más de Máximo: 5 días UFC/ml Técnica urgente Mínimo: 30 Máximo: 1 hora El número de UFC/ml necesario para diagnosticar infección de orina puede ser menor en determinados casos (en función del paciente y del microorganismo) Microorganismos del tracto respiratorio superior e inferior Tinción de Gram Muestras delpresencia tracto respiratorio inferior Cultivo y antibiograma de bacterias habituales - Streptococcus pneumoniae - Haemophilus influenzae - Moraxella catarrhalis - Staphylococcus aureus - Bacilos Gram Negativos - Streptococcus pyogenes Cultivos especiales y antibiograma - Neisseria meningitidis - Bordetella -SARM Muestras respiratorias Exudados nasofaringeos leucocitos y flora predominante de Mínimo: 30 Máximo: 2 horas Aislamiento de bacterias patógenas Máximo: 5 días Aislamiento de estos patógenos Máximo: 15 días Legionella, Nocardia, Rhodococcus Esputo, BAS, Aislamiento de este Mínimo: 5 días BAL, cepillado patógeno Máximo: 15 días En ocasiones puede ofrecer una información importante de forma rápida Si se trata de esputo, BAS o aspirado traqueal hay que valorar la calidad de la muestra mediante Gram Indicar sospecha clínica Indicar sospecha clínica

8 Microorganismos que se encuentran en exudados, líquidos y tejidos Cultivo de bacterias habituales Exudados Liquidos Biopsias Cultivo de bacterias poco frecuentes - Brucella sp. - Actinomyces sp - Nocardia sp. - Eikenella corrodens Examen directo de las muestras - Tinción de Gram Catéteres Exudados Liquidos Biopsias Exudados Liquidos Biopsias Aislamiento bacterias patógenas Aislamiento bacterias patógenas Visualización bacterias de de de Mínimo: 1 día Máximo: 2 días Indicar sospecha clínica Microorganismos que se encuentran en el tracto genitourinario Cultivo Muestras del tracto genital Aislamiento de bacterias patógenas Máximo: 5 días Screening portadoras de Strepococcus agalactiae (cultivo) y sensibilidad a macrólidos Chlamydia - Detección de antígeno Examen directo de muestras - Tinción de Gram Exudado vaginal y rectal (en Aislamiento de Streptococcus Máximo 1 día escobillones diferentes) agalactiae Muestra endocervical, exudado uretral Muestras del tracto genital Visualización de Mínimo: 1 día bacterias patógenas Máximo: 2 día Escobillón contactar microbiología especial, con Microorganismos anaerobios Cultivo Muestras adecuadas Aislamiento para anaerobios bacterias patógenas Examen directo Muestras adecuadas Visualización - Tinción de Gram para anaerobios bacterias patógenas de de Mínimo: 1 día Máximo: 2 días

9 III.- PRUEBAS DE SUSCEPTIBILIDAD BACTERIANA A LOS ANTIBIÓTICOS Pruebas de susceptibilidad antibiótica bacteriana Estudios de sensibilidad in vitro - Difusión con disco - Dilución en placa - Microdilución - Betalactamasas - E-test - BLEAS - SARM - Carbapenemasas Cepas bacterianas Normas de la NCCLS

10 IV.- INFECCIONES CAUSADAS POR HONGOS Diagnóstico de infecciones causadas por hongos Cultivo Detección directa - Tinción de Gram - KOH Identificación - Hongos filamentosos - Hongos levaduriformes -Hongos dermatofitos Sensibilidad de levaduras Levaduras de muestras clínicas Muestras adecuadas paraaislamiento de hongos hongos patógenas Muestras adecuadas paravisualización de Mínimo: 1 hora hongos elementos fúngicos Máximo: 2 días Hongos de muestras clínicas Criterios de la Sociedad Americana de Microbiología Normas de la NCCLS Máximo: 5 días Los hongos tardan en crecer

11 V.- INFECCIONES CAUSADAS POR PARASITOS Diagnóstico de infecciones causadas por parásitos Parásitos gastrointestinales - Estudio en fresco - Concentración - Tinción con lugol - Tinción de Ziehl (Cryptosporidium y Cyclospira) - Tinción para Microsporidium - Técnica de Graham Heces Aspirado duodenal Visualización de los Mínimo: 1 día parásitos Máximo: 15 días Paludismo y otros parásitos hemáticos Tubo tapón violeta Visualización de los Mínimo: 1 día - Tinción de Giemsa (sangre con EDTA) parásitos Máximo: 2 días Helmintos Heces Visualización de los Mínimo: 3 día - Técnica de Harada Mori parásitos Máximo: 15 días - Siembra en agar Parásitos urinarios Orina para parásitos Visualización del Mínimo: 1 día - Concentración y visualización parásito Máximo: 2 días Parásitos del tracto genital Muestras del tracto Aislamiento o Mínimo: 1 día - Fresco genital visualización del Máximo: 3 días - Cultivo Trichomonas parásito

12 VI.- INFECCIONES CAUSADAS POR MICOBACTERIAS Diagnóstico de infecciones causadas por micobacterias Detección directa Muestras paravisualización de los Mínimo: 1 día - Tinción de auramina micobacterias microorganismos Máximo: 3 días - Tinción de ziehl Cultivo Muestras paraaislamiento de los Mínimo: 7 días - Medios sólidos micobacterias microorganismos Máximo: 60 días - Medios líquidos Identificación de las cepas aisladas Cepas aisladas encriterios de la muestras clínicas Sociedad Americana de Microbiología Antibiograma Cepas aisladas ennormas de la NCCLS Mínimo: 7 días - Medio sólido muestras clínicas - Medio líquido

13 VII.- DETERMINACIONES ANALITICAS REALIZADAS MEDIANTE TÉCNICAS DE BIOLOGÍA MOLECULAR Tipificación molecular de Aislados clínicos En función de la Mínimo: 30 días Mycobacterium tuberculosis técnica aplicada Máximo: 60 días Identificación de micobacterias no Aislados clínicos Secuenciación 16 S Mínimo: 7 días tuberculosas Tipificación genómica de cepas de Aislados clínicos En función de la Mínimo: 30 días Salmonella técnica aplicada Máximo: 60 días Cuantificación del virus HCV Sangre obtenida enlímite de detección: 15 Mínimo: 3 días - PCR a tiempo real tubo de conui/ml. Por debajo de Máximo: 15 días separador y EDTAesta cantidad, no es de 4,5 ml (tubo posible la violeta ocuantificación, pero sí blanco/violeta) la detección Genotipos de HCV Sangre obtenida enpatrones Mínimo: 3 días - LIPA tubo de coninternacionales Máximo: 15 días separador y EDTA de 4,5 ml (tubo violeta o blanco/violeta) Cuantificación del virus de la hepatitis Sangre obtenida enlímite de detección: 12 Mínimo: 3 días B tubo de conc/ml. Por debajo de Máximo: 15 días - PCR a tiempo real separador y EDTAesta cantidad, no es de 4,5 ml (tuboposible la violeta ocuantificación, pero sí blanco/violeta) la detección Detección y genotipado de Muestra Patrones Mínimo: 3 días papilomavirus endocervical internacionales -Arrays Identificación bacteriana mediante Cepas bacterianas Secuencias del Gen Mínimo: 3 días estudio del 16S - Secuenciación Bank Detección de virus influenza Muestras Presencia de ácidos Mínimo: 1 días estacional y nueva variante H1N1 - PCR a tiempo real respiratorias nucleicos Máximo: 3 días Determinaciones enviadas a centros de Referencia Detección de herpervirus LCR, orina, sangrepresencia de ácidos Mínimo: 7 días - PCR obtenida en tubonucleicos, Ag tapón violeta, BAL, Aislamiento viral exudados de lesiones, etc. Confirmación de la identificación de Cepas bacterianas Mínimo: 7 días bacterias Máximo: 15 días Confirmación de la identificación de Cepas de hongos Mínimo: 7 días hongos Confirmación de la identificación de Cepas de levaduras Mínimo: 7 días levaduras Máximo: 15 días Sensibilidad de hongos filamentosos Cepas de hongos Mínimo: 7 días Sólo a nivel de investigación Sólo a nivel de investigación Se necesita extraer la muestra en un tubo especial Se necesita extraer la muestra en un tubo especial Se necesita extraer la muestra en un tubo especial Se debe tomar con una torunda especial y resuspender la muestra en un líquido de conservación Se debe tomar con una torunda especial y resuspender la muestra en medio de transporte para virus Determinadas cepas de dudosa identificación Determinadas cepas de dudosa identificación Determinadas cepas de dudosa identificación Determinados hongos sistémicos significativos

14 Sensibilidad de levaduras Cepas de levaduras Mínimo: 7 días Máximo: 15 días Detección de Mycobacterium LCR Presencia de ácidos Mínimo: 7 días tuberculosis nucleicos - PCR Determinados levaduras significativas

15 VIII.- ESTUDIOS EPIDEMIOLOGICOS MEDIANTE METODOS CLÁSICOS Determinaciones enviadas a centros de Referencia Serotipificación y fagotipificación de Aislados clínicos Criterios del Instituto Mínimo: 7 días Salmonella Carlos III Fagotipificación de S. aureus Aislados clínicos Criterios del Instituto Mínimo: 7 días Carlos III Serotipificación de S. pneumoniae Aislados clínicos Criterios del Instituto Mínimo: 7 días Carlos III