Dr. Jorge Humberto Ramírez Prado

Transcripción

1 Dr. Jrge Humbert Ramírez Prad Prfesr-Investigadr Titular A Centr de Investigación Científica de Yucatán, A.C. jhramirez@cicy.mx CV Resumen. Interés de investigación: Métds biinfrmátics aplicads al estudi de events genómics y evlución mlecular. Filgenética y filgegrafía de hngs fitpatógens. Categría actual: Prfesr-Investigadr Titular B 09/02/2015 a la fecha. Unidad de bitecnlgía, Centr de Investigación Científica de Yucatán, A.C Categrías previas: Prfesr-Investigadr Titular A 26/05/ /02/2015. Unidad de bitecnlgía, Centr de Investigación Científica de Yucatán, A.C Prfesr-Investigadr Asciad C 01/ /05/2011. Unidad de bitecnlgía, Centr de Investigación Científica de Yucatán, A.C Membresía en el Sistema Nacinal de Investigadres: Nivel I 01/01/ /12/ /01/ /12/2012 Nivel Candidat 01/01/ /12/2009 Grads académics. Dctrad en ciencias cn especialidad en bitecnlgía, CINVESTAV U. Irapuat, Méxic, 2004 Departament de ingeniería genética Tesis: Análisis de ls elements que actúan en cis para mdular la estabilidad del RNA mensajer del gen cry1aa de Bacillus thuringiensis en B. subtilis Lic. en química, Universidad de Guanajuat, Méxic, 1998 Facultad de química, Institut de investigacines en bilgía experimental IIBE Tesis: Diferenciación de Neurspra crassa: Expresión diferencial de genes invlucrads en la bisíntesis de la pared celular Experiencia en investigación. Prfesr-Investigadr Titular A, 2011-a la fecha. Centr de Investigación Científica de Yucatán, A.C., Unidad de bitecnlgía Pryects: Saprfits vs. Patógens: Genómica cmputacinal de la distribución y rganización de quitina-sintasas en hngs y su relación cn patgénesis Análisis filgegráfic y filgenétic de hngs fitpatógens de imprtancia agrnómica Estancia de investigación, Juni 2010-Agst 2010 Biinfrmatics center, Institute fr chemical research, Kyt University Pryect: Orthlgy and paralgy in bisynthetic gene clusters f pathgenic fungi Financiamient: Matsumae Internatinal Fundatin MIF Prfesr-Investigadr Asciad C, Centr de Investigación Científica de Yucatán, A.C., Unidad de bitecnlgía Pryect: Análisis filgegráfic y filgenétic de hngs fitpatógens de imprtancia agrnómica Investigadr pstdctral, Nrth Carlina State University, Plant pathlgy department, CIFR Pryects: The evlutin f the mating type genes in Aspergillus spp., Recmbinatin and evlutin f the aflatxin gene cluster in Aspergillus spp. Estancia de investigación, Nrth Carlina State University, Bichemistry department Pryect: Geminivirus resistance mediated by peptide aptamares

2 Publicacines Arbitradas. 13. Pachec-Arjna, JR, Ramirez-Prad, JH Large-scale phylgenetic classificatin f fungal Chitin synthases and identificatin f a putative cell-wall metablism gene cluster n Aspergillus genmes. PLOS ONE. 9(8):e Mahendhiran, M, Ramirez-Prad, JH, Escbed-Gracia Medran, RM, Cant-Canché, B, Tzec-Simá, MA, Grijalva-Arang, R, James-Kay, A Single nucletide plymrphisms in partial sequences f the gene encding the large sub-units f ADP-glucse pyrphsphrylase within a representative cllectin f 10 Musa gentypes. Electrnic Jurnal f Bitechnlgy. 17(3): Mren-Enriquez A, Miner-Garcia Y, Ramirez-Prad JH, Leza-Kuk E, Uc-Varguez A., Mren- Valenzuela OA Cmparative analysis f 16S ribsmal RNA f Candidatus Liberibacter asiaticus assciated with Huanglngbing disease f Persian lime and Mexican lime reveals a majr hapltype with wrldwide distributin. African Jurnal f Micrbilgy Research. 8(30): E Zamudi-Mren, JH Ramirez-Prad, OA Mren-Valenzuela and LA Lpez-Ocha Early diagnsis by RT-PCR f a Mexican variant f Papaya meleira virus (PMeV-Mx). Genetics and Mlecular Research, 14(1): Kantún-Mren N, Vázquez-Euán R, Tzec-Simá M, Peraza-Echeverr A L, Grijalva-Arang R, Rdríguez- García C, James-Kay AC, Ramirez-Prad JH, 2013, Islas-Flres I, Cant-Canché B., Genme-wide in silic identificatin f GPI prteins in Mycsphaerella fijiensis and transcriptinal analysis f tw GPI-anchred β- 1,3-Glucansyltransferases, Myclgia, 105(2): Santiag-Stel P., Ramirez-Prad J.H., 2012, prfectblast: a platfrm-independent prtable frnt end fr the cmmand terminal BLAST+ stand-alne suite, Bitechniques, 53(5): Hrn BW, Ramirez-Prad JH, Carbne I, 2009, The Sexual State f Aspergillus parasiticus, Myclgia, 101(2): Hrn BW, Ramirez-Prad JH, Carbne I, 2009, Sexual reprductin and recmbinatin in the aflatxinprducing fungus Aspergillus parasiticus, Fungal Genet Bil 46(2): Ramirez-Prad JH, Mre GG, Hrn BW, Carbne I, 2008, Characterizatin and ppulatin analysis f the mating-type genes in Aspergillus flavus and Aspergillus parasiticus, Fungal Genet Bil 45(9): Carbne I*, Ramirez-Prad JH*, Jakbek JL, Hrn BW, 2007, Gene duplicatin, mdularity and adaptatin in the evlutin f the aflatxin gene cluster, BMC Evl Bil 7:111 *equal cntributrs 3. Carbne I, Jakbek JL, Ramirez-Prad JH, Hrn BW, 2007, Recmbinatin, balancing selectin and adaptive evlutin in the aflatxin gene cluster f Aspergillus parasiticus, Ml Ecl 16(20): Ramirez-Prad JH, Martinez-Marquez EI, Olmed-Alvarez G, 2006, cry1aa lacks stability elements at its 5 -UTR but integrity f its transcriptin terminatr is critical t prevent decay f its transcript, Curr Micrbil 53(7): Lpez-Ocha L, Ramirez-Prad J, Hanley-Bwdin L, 2006, Peptide aptamers that bind t a geminivirus replicatin prtein interfere with viral replicatin in plant cells, J Virl 80(12): Capítuls de librs. 2. Andrew C. James, Mahdi Arzanlu, Blndy Cant Canche, Jrge Humbert Ramirez, Laura Cnde Ferraez and Santy Peraza Echeverria, 2010, Fungal diseases, En: Bananas: Nutritin, Diseases and Trade Issues, Editad pr Frank Clumnbus, Nva publishers, NY, USA. 1. Lpez-Ocha, L., Nash, T.E., Ramirez-Prad, J. and Hanley-Bwdin, L., 2009, Islatin f peptide aptamers t target prtein functin, En: Nucleic Acid and Peptide Aptamers, Editad pr Günter Mayer, Humana Press, 415p. Desarrlls tecnlógics, sftware, derechs de autr. 2. Sftware registrad cn derech de autr: prfectblast, Ramírez Prad J.H., Santiag Stel P., Registr ante INDAUTOR , 22 de febrer de Sftware: Interfaz gráfica y buscadr para base de dats de genes rtólgs, Ramírez Prad J.H., Hernández Bautista C., 02 de febrer de 2010.

3 Dcencia y frmación de recurss humans. Centr de Investigación Científica de Yucatán, A.C., Unidad de bitecnlgía Dirección de tesis. Dctrad después de maestría. M.C. Jsé Ramón Pachec Arjna. Genómica cmputacinal de la distribución y rganización de las quitina-sintasas en hngs. Agst 2008-Juli Grad Obtenid 17 de Juli de Dctrad después de maestría. M.C. Muhilan Mahendhiran. Develpment f a set f Cnserved Orthlgus Sequence (COS) markers fr starch metablic traits fr Musa germplasm. Febrer 2009-Juli 2014 Grad Obtenid 11 de Juli de Maestría. I.B.Q. Lilia Pérez Oysa. Caracterización mlecular de la expressin de ls genes Quitina Sintasa en Mycsphaerella fijiensis. Agst 2011-May Grad Obtenid 13 de May de 2014 Residencia prfesinal/tesis de licenciatura. C. Candelaria Hernández Bautista. Interfaz gráfica y buscadr para base de dats de genes rtólgs y parálgs de hngs fitpatógens. Memrias de residencia prfesinal cm pción de titulación. Grad btenid: 07/07/2010. Tesis de licenciatura. C. Perfect Santiag Stel. Antación de regines genéticas mediante análisis autmatizad de reprtes BLAST. Ener 2011-Agst (Servici scial: Agst-Diciembre 2009; Residencia prfesinal: Febrer-Juni 2010) Curss de pstgrad. Bitecnlgía I (8 hras/semestre) 2008-I, 2009-I, 2010-I, 2011-I, 2011-II, 2012-I, 2012-II, 2013-I, 2013-II, 2014-I, 2014-II Biinfrmática (44 hras/semestre y 48 hras crdinación) 2009-II, 2011-II, 2013-II Bilgía Mlecular y Celular Avanzada (6 hras/semestre) 2008-II, 2010-II, 2012-II Tópics Selects: Genómica (8 hras/semestre) 2009-II, 2011-II, 2012-II, 2014-II Tópics Selects: Epigenética (4 hras/semestre) 2010-II Biquímica (4 hras/semestre) 2009-I, 2009-II, 2010-I, 2010-II, 2011-I, 2011-II, 2012-I, 2012-II, 2013-I, 2013-II, 2014-I, 2014-II Ingeniería genética de plantas (aprx. 4 hras/semestre) 2009-I, 2010-II, 2011-II Biestadística (6 hras/semestre) 2010-II Nrth Carlina State University, Graduate prgram, Plant pathlgy department Prfesr invitad. Curs de pstgrad. An applied curse in the evlutinary analysis f ppulatin genetic data Agst-Diciembre 2007 (16 hras)

4 Vinculación. Pryects de investigación cm respnsable técnic cn financiamient extern. Clúster de cómput de alt rendimient biinfrmátic APROBADO en la cnvcatria de Apys Institucinales Centrs CONACYT Vigencia Juli-Diciembre Mnt aprbad: MXN $5 000, Saprfits vs. Patógens: Genómica cmputacinal de la distribución y rganización de quitina-sintasas en hngs y su relación cn patgénesis APROBADO en la cnvcatria de investigación básica SEP- CONACYT Vigencia riginal Cerrad ficialmente el 15 de Septiembre de Mnt aprbad: MXN $996, Orthlgy and paralgy in bisynthetic gene clusters f pathgenic fungi, Matsumae Internatinal Fundatin Fellwship. APROBADO diciembre Vigencia Juni-Agst Mnt aprbad: aprx. MXN $115, (JPY 820,000.00) Análisis biinfrmátic aplicad al estudi filgenétic y filgegráfic de Mycsphaerella fijiensis, smetid dentr de la prpuesta Repatriación del Dr. Jrge Humbert Ramírez Prad a la Unidad de Bitecnlgía del Centr de Investigación Científica de Yucatán A.C. en la cnvcatria 2008 para Apys cmplementaris para la cnslidación institucinal de grups de investigación del CONACYT. APROBADO. Vigencia Nviembre 2008 a Octubre Mnt aprbad: MXN $400, Pryects de investigación cm clabradr cn finaciamient extern. Enfque agrgenómic en el estudi de la sigatka negra, financiad pr ciencia básica SEP-CONACYT Respnsable del pryect: Dra. Blndy Cant Canché, CICY. Análisis del genma y transcriptma de Achite (Bixia rellana) para su mejramient genétic y su explración cm aliment funcinal, financiad pr ciencia básica SEP-CONACYT Respnsable del pryect: Dra. Renata L.B. Rivera Madrid, CICY. Vigilancia epidemilógica del virus de influenza H1N1 y detección de variantes genéticas cn ptencial epidémic en humans, financiad pr CONACYT Fnds Mixts Respnsable del pryect: Dra. Guadalupe Ayra Talavera, Universidad Autónma de Yucatán. Develpment f a set f Cnserved Orthlgus Sequence (COS) markers fr starch bisynthesis and drught tlerance fr Musa germplasm, financiad pr Internatinal Atmic Energy Agency. Respnsable del pryect: Dr. Andrew James Kay, CICY. Desarrll de una muerte celular artificial en plátan que pueda cnducir al cntrl de la enfermedad fúngica más devastadra de este cultiv, la Sigatka Negra, financiad pr ciencia básica SEP-CONACYT Respnsable del pryect: Dr. Santy Peraza Echeverría, CICY. Estudi sbre ls mecanisms de defensa de ccter a fitplasmas del amarillamient letal, financiad pr ciencia básica SEP-CONACYT Respnsable del pryect: Dr. Carls M. Orpeza Salim, CICY. Divulgación. Entrevista radifónica, Biinfrmática, W Radi Cadena Rasa, (May 2014). Cnferencia, Evlución de ls virus de la influenza, dentr del simpsi La influenza en Yucatán, SIIDETEY/Centr de Investigacines Reginales Hidey Nguchi, Mérida, Yucatán (Septiembre 2009). Entrevista radifónica, Prgrama: Impact Universitari (UADY), Respnsable: Alma Acuña Gallareta (Marz 2009). Entrevista, Cnvergen cncimients en pr del desarrll científic, De la Peña, H., Suplement Investigación y Desarrll 249 Añ XVI (Septiembre 2008). Pláticas pr invitación. Genómica cmputacinal de la distribución y rganización de las quitina-sintasas en hngs, Prgrama de prfesres invitads, psgrad del Departament de Bilgía, DCNE, Universidad de Guanajuat, 24/10/2014 Biinfrmática e Ingeniería química, psgrad en Ingeniería química, Universidad de Guanajuat, 11/01/2011

5 Fungal gene clusters and phytpathgens phylgenetics, Kanehisa labratry, Biinfrmatics center, Kyt University, 28/06/2010. Fungal gene clusters and phytpathgens phylgenetics, Mamitsuka labratry, Biinfrmatics center, Kyt University, 06/08/2010. Organización de events. XIII Cngres de Estudiantes del CICY, Reginal, Centr de Investigación Científica de Yucatán A.C., representante de la unidad de bitecnlgía, 21 al 23 de abril de Simpsi Bidiversidad: Enfques en bilgía mlecular, INTERNACIONAL, Centr de Investigación Científica de Yucatán A.C., 19 al 23 de ctubre de 2009 (Financiamient CONACYT, CONCYTEY, CONABIO). XII Cngres de Estudiantes del CICY, Reginal, Centr de Investigación Científica de Yucatán A.C., representante de la unidad de bitecnlgía, 6 y 7 de abril de Asistencia y presentacines en cngress , 1st Bitechnlgy Wrld Sympsium & 9 Encuentr Nacinal de Bitecnlgía del IPN, Gnzález Muñz Muriel Elisa; Valdez-Ojeda, R. A.; Cant-Canché Blndy; Ramírez Prad, Jrge H. Pster: Hydrgen Sulfide Prductin by Sulfate Reducing Bacteria frm Castal Sediments, CIBA-IPN, Tlaxcala, Méxic , II Simpsi Internacinal de Raíces, Rizmas, Tubérculs, Plátans, Banans y Papaya, Mahendhiran Muhilan; Ramírez Prad, Jrge H.; Escbed Gracia-Medran, R. M.; Cant-Canché Blndy; Tzec-Simá Miguel; Grijalva-Arang, R.; James-Kay, Andrew C. Presentación Oral: Single Nucletide Plymrphism in partial sequences f Large Sub-units f the ADP-Glucse Pyrphsphrylase gene within a representative cllectin f 10 Musa gentypes, INIVIT, Sant Dming, Villa Clara, Cuba , 13th Annual Internatinal Wrkshp n Biinfrmatics and Systems Bilgy, Jrge H. Ramirez- Prad, Minru Kanehisa, Susumu Gt Pster: Orthlgy and paralgy in plyketide bisynthetic gene clusters f pathgenic fungi, Kyt University, Uji, Kyt, Japan , VI Cngres de Bitecnlgía y Biingeniería del Sureste, Perfect Santiag-Stel, Jrge Humbert Ramirez-Prad Pster: prfectblast: Interfáz gráfica (GUI) multiplatafrma para la suite de aplicacines lcales NCBI-BLAST+, Mérida, Yucatán, Méxic , IX Cngres Nacinal de Bilgía Mlecular y Celular de Hngs, Pachec Arjna, J.R. y Ramírez-Prad, J.H., Presentación ral: Genómica cmputacinal de la distribución y rganización de las quitina-sintasa en hngs, San Luis Ptsí, Méxic , Tenth Annual Internatinal Wrkshp n Biinfrmatics and Systems Bilgy IBSB 2010, Kyt University, Uji, Kyt, Japan , Xth Internatinal Fungal Bilgy Cnference & VIIIth Mexican Cngress f Mlecular and Cellular Bilgy f Fungi, Hrn, B.W., Ramirez-Prad, J.H., Mre, G.G., and Carbne, I., Pster: Sexual reprductin in Aspergillus flavus and A. Parasiticus, Ensenada, Baja Califrnia, Méxic , Xth Internatinal Fungal Bilgy Cnference & VIIIth Mexican Cngress f Mlecular and Cellular Bilgy f Fungi, Kantun-Mren, N., Tzec-Sima, M., Peraza-Echeverria, L., Grijalva-Arang, R., James-Kay, A., Rdriguez-Garcia, C., Islas-Flres, I., Ramirez-Prad, J., Ruiz-Herrera, J., ans Cant-Canche, B., Pster: In silic identificatin f GPI and PIR genes in the Mycsphaerella fijiensis genme: Predicting the functin in pathgenesis, Ensenada, Baja Califrnia, Méxic , Plant & Animal Genmes XVII Cnference, James, A.C., Cant-Canché, B.B., Tzec-Simá, M.A., Ramirez-Prad, J., Raigsa-Flres, N.E., Pster: Develpment f a set f Cnserved Orthlgus Sequence (COS) Markers fr Starch metablism traits in Musa germplasm, San Dieg, Califrnia, USA , XXVII Cngres Nacinal de la Sciedad Mexicana de Biquímica, López, V., Alcaraz L.D., Ramírez Prad, J.H., Mren Hagelsieb, G., Olmed G., Pster: Análisis de la diversidad de RNA helicasas en ls genmas bacterians, Mérida, Yucatán, Méxic , VII Cngres Nacinal de Bilgía Mlecular y Celular de Hngs, Ramírez-Prad, J.H., Mre, G.G., Hrn, B.W., Carbne, I., Presentación ral: Genética Pblacinal de Aflatxinas y la Evlución del Tip Sexual en Aspergillus, Guanajuat, Guanajuat, Méxic , APS-SON Jint Meeting/APS Annual Meeting, Ramirez-Prad, JH, Mre, GG, Hrn, BW, Carbne, I., Pster: Cryptic sexuality influences aflatxigenicity in Aspergillus parasiticus and A. flavus, San Dieg, Califrnia, USA [Phytpathlgy, 2007, 97(7), S96-S96] , APS-SON Jint Meeting/APS Annual Meeting, Mre, GG, Ramirez-Prad, JH, Hrn, BW, Carbne, I., Pster: Evidence f extensive recmbinatin in the aflatxin gene cluster f Aspergillus flavus, San Dieg, Califrnia, USA [Phytpathlgy, 2007, 97(7), S79-S79]

6 , Ppulatin and Evlutinary Bilgy f Fungal Symbints, Carbne, I., Jakbek, J., Ramirez-Prad, J.H., Hrn, B.W., Presentación ral: The evlutin f aflatxin bisynthesis, Ascna, Suiza , The 24 th Fungal Genetics Cnference at Asilmar, Ramírez-Prad, J.H., Mre, G.G., Hrn, B. W., Carbne, I., Pster: Cryptic Sexuality in Aspergillus parasiticus and A. flavus, Mnterey, CA, USA , APS-CPS-MSA Jint Meeting/APS Annual Meeting, Carbne, I, Jakbek, JL, Ramirez-Prad, JH, Hrn, BW, Pster: The rles f recmbinatin and selectin in the evlutin f the aflatxin gene cluster, Quebec, Canada [Phytpathlgy, 2006, 96(6), S138-S138] , 8 th Internatinal Cngress f Plant Mlecular Bilgy, Lpez-Ocha, L., Ramirez-Prad, J., Hanley- Bwdin, L., Pster: Peptide aptamers as tls fr geminivirus disease resistance and virus hst factr interactins, Adelaide, SA, Australia , The 19 th Annual Plant Mlecular Bilgy Retreat, Lpez-Ocha, L., Nash, T., Ramirez-Prad, J., Hanley-Bwdin, L., Presentación ral: Peptide aptamers that interfere with geminivirus replicatin as a strategy fr brad-based disease resistance, Wilmingtn, NC, USA , Mlecular Genetics f Bacteria & Phages Meeting at CSHL, Ramírez-Prad Jrge H., Martínez- Márquez, Eva I., Olmed-Alvarez, Gabriela, Pster: Study f the Endribnuclelytic Prcessing f the cry1aa mrna in Bacillus subtilis, Cld Spring Harbr, NY, USA , Psttranscriptinal Regulatin, FASEB, Ramírez-Prad Jrge H., Martínez-Márquez, Eva I., Olmed-Alvarez, Gabriela, Pster: Study f the Endribnuclelytic Prcessing f the cry1aa mrna in Bacillus subtilis, Cpper Muntain, Clrad, USA , XXII Cngres Nacinal de la Sciedad Mexicana de Biquímica A.C., Jrge Ramírez-Prad y Patricia Pnce Nyla, Pster: Diferenciación de Neurspra crassa: Expresión Diferencial de genes invlucrads en la bisíntesis de la pared celular, Mérida, Yucatán, Méxic , II Reunión Nacinal de Bilgía Mlecular y Celular de Hngs, Jrge Ramírez-Prad y Patricia Pnce Nyla, Pster: Diferenciación de Neurspra crassa: Expresión Diferencial de genes invlucrads en la bisíntesis de la pared celular, Sn. Miguel de Allende, Guanajuat, Méxic Recncimients. Miembr del Sistema Nacinal de Investigadres Nivel I, , Miembr del Sistema Nacinal de Investigadres Nivel Candidat, Matsumae Internatinal Fundatin Fellw, 2010 Miembr numerari de la Sciedad Mexicana de Biquímica, 2008 Beca nacinal CONACYT para estudis de dctrad Tesis de licenciatura Laureada