U-Redes: BioMed-HPC III Reunión. I. Jueves 28 de Marzo del II. Miércoles 4 de Septiembre del 2013

Transcripción

1 U-Redes: BioMed-HPC III Reunión Red de Biología y Medicina Computacional de Alto Rendimiento I. Jueves 28 de Marzo del 2013 II. Miércoles 4 de Septiembre del 2013 III. Martes 14 de Enero 2014

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5 El objetivo principal es crear conectividad de alto nivel entre la F-Med, STI, REUNA, NLHPC/CMM/FCFM, GOCCHI/USLACRN y experticia en el manejo de grandes volúmenes de datos (storage and handling) provenientes de imágenes de origen biológico/médico y del campo de la genómica/proteómica. BioMed-HPC (i) abre una perspectiva vital para proyectos vigentes y el desarrollo de futuras sinergias, (ii) genera un antecedente clave de competencias e infraestructura escalable para conectar otras Facultades de la U-Chile (FOUCH, FCQF, F-Ciencias) o el Hospital Clínico, y (iii) abre una perspectiva específica para desarrollar el campo de la Medicina Computacional dentro de la U-Chile en el interfase de jóvenes investigadores de los campos de las ciencias biomédicas, físicas, computación, bioinformática y neurociencias. Gracias a BioMed-HPC, se visualiza aumentar la productividad académica en todas sus facetas, basado en redes colaborativas y asociativas dentro de la Biomedicina Computacional con orientación en ciencia básica (FONDECYTS, Anillos, Núcleos Milenio) y investigación clínica aplicada (FONIS, FONDEF, CORFO). 1. Crear una estructura organizacional que facilite el funcionamiento de la red (corto plazo). 2. Desplegar una infraestructura base y escalable que permita crear una conectividad con tecnología de punta, entre la F-Med y el NLHPC (mediano plazo). 3. Mejorar la infraestructura de red de laboratorios computaciones en F-Med (mediano plazo). 4. Crear experticia en el manejo (storage and handling) de grandes volúmenes de datos en genómica e imágenes biomédicas a través de la organización de cursos de postgrado, simposios y escuelas de verano (mediano plazo) 5. Realizar transferencia y procesamiento de datos biológicos y biomédicos/clínicos a través de la red (mediano plazo) y elaborar protocolos de uso para futuros proyectos (mediano/largo plazo). 6. Formulación de nuevos proyectos colaborativos en biomedicina computacional (mediano/largo plazo).

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7 Consolidación de estructura de la red mediante organigrama U-Redes: BioMed-HPC International Advisors - Luis Barbeito, Pasteur Institute, Uy - Jaime Combariza, Brown Univ, EEUU - Anne Siegel, INRIA, F - Directory - (Petit Comité) Director: S Härtel Co-Director: R Verdugo NLHCP&CMM: E Vera / A Maass USLACRN/GOCCHI: B Müller / R Arminsen ICBM: B Suarez / C Larrañaga Members REUNA, STI, GOCCHI, CMM, NLHPC, SCIAN, OMICS, ICBM, ESP, CITC, NLHPC, BNI, FCFM, FOUCH, F-Science, F-Med, CCTVal, HCUCH Operational Unit - Victor Castañeda (Ing. Redes Computacionales) - Martin Pinuer (Géstor y Secretaria) - NN/Jorge Mansilla (Programador/Administrador) Network Set Up and Management Science and Training New Collaborative Projects - Corto plazo - Mediano plazo - Mediano largo plazo

8 Avances Marzo Enero 2014 U-Redes: BioMed-HPC International Advisors - Luis Barbeito, Pasteur Institute, Uy - Jaime Combariza, Brown Univ, EEUU - Anne Siegel INRIA, F - Directory - (Petit Comité) Director: S Härtel Co-Director: R Verdugo NLHCP&CMM: E Vera / A Maass USLACRN/GOCCHI: B Müller / R Arminsen ICBM: B Suarez / C Larrañaga Members REUNA, STI, GOCCHI, CMM, NLHPC, SCIAN, OMICS, ICBM, ESP, CITC, NLHPC, BNI, FCFM, FOUCH, F-Science, F-Med, CCTVal, HCUCH Operational Unit - Victor Castañeda (Ing. Redes Computacionales) - Martin Pinuer (Géstor y Secretaria) - NN/Jorge Mansilla (Programador/Administrador) Network Set Up and Management - Contratación Ginés Guerrero, NLHPC - Contratación Network Rodrigo Set Up Assar, and Académico, ICBM, F-Med Management - PostDoc Victor Castañeda - PostDoc Mauricio Cerda - Corto plazo Science and Training - First La Serena School of Data Science NLHPC / PAC - Third Pucón Symposium 2013, NLHPC, SCIAN, GOCCHI, CMM, PAC, BNI Advanced Science Tools Applied and to Training Frontier Astronomy, BioMedicine and Massive Data-driven Sciences - II Encuentro Básico-Clinico BNI - Mediano Primer Encuentro plazo Científico BioMed-HPC - New Collaborative Projects : Programa de Actividades Comunes, PAC, FONDEF Initiative for Big-Data-Management, Processing, and Distribution for Science and Education in R&D - FONDEF/VID... New Collaborative HAMAMATZU, Digital Projects Pathology - FONDEQUIP I Cellomics, C Hetz - FONDEQUIP II Light Sheet Microscopy, LEO/SCIAN - BMBF, Mediano Núcleos largo Milenio, plazo -

9 Network Set Up and Management U-Redes: BioMed-HPC International Advisors - Luis Barbeito, Pasteur Institute, Uy - Jaime Combariza, Brown Univ, EEUU - Anne Siegel INRIA, F - Directory - (Petit Comité) Director: S Härtel Co-Director: R Verdugo NLHCP&CMM: E Vera / A Maass USLACRN/GOCCHI: B Müller / R Arminsen ICBM: B Suarez / C Larrañaga Members REUNA, STI, GOCCHI, CMM, NLHPC, SCIAN, OMICS, ICBM, ESP, CITC, NLHPC, BNI, FCFM, FOUCH, F-Science, F-Med, CCTVal, HCUCH Operational Unit - Victor Castañeda (Ing. Redes Computacionales) - Martin Pinuer (Géstor y Secretaria) - NN/Jorge Mansilla (Programador/Administrador) Network Set Up and Management - Contratación Ginés Guerrero, NLHPC -> Ver Sesión I: BioMed-HPC Eduardo Vera / Ginés Guerrero: Visión y Misión: Recursos y políticas de uso del NLHPC - Contratación Rodrigo Assar, Académico, ICBM, F-Med -> Ver Sesión IV: Simulando decisiones celulares de herencia epigenética para la formación de hueso - PostDoc FONDECYT Victor Castañeda, SCIAN-Lab -> Ver Sesión I: BioMed-HPC Steffen Härtel / Victor Castañeda: Estado de avance del proyecto U-Redes BioMed-HPC - PostDoc FONDECYT Mauricio Cerda,, SCIAN-Lab -> Ver Sesión V: Imaging and HPC HPC for Image Processing Algorithms, Current Work and Future Perspectives

10 New Collaborative Projects U-Redes: BioMed-HPC International Advisors - Luis Barbeito, Pasteur Institute, Uy - Jaime Combariza, Brown Univ, EEUU - Anne Siegel INRIA, F - Directory - (Petit Comité) Director: S Härtel Co-Director: R Verdugo NLHCP&CMM: E Vera / A Maass USLACRN/GOCCHI: B Müller / R Arminsen ICBM: B Suarez / C Larrañaga Members REUNA, STI, GOCCHI, CMM, NLHPC, SCIAN, OMICS, ICBM, ESP, CITC, NLHPC, BNI, FCFM, FOUCH, F-Science, F-Med, CCTVal, HCUCH Operational Unit - Victor Castañeda (Ing. Redes Computacionales) - Martin Pinuer (Géstor y Secretaria) - NN/Jorge Mansilla (Programador/Administrador) New Collaborative Projects : Programa de Actividades Comunes, PAC, FONDEF Initiative for Big-Data-Management, Processing, and Distribution for Science and Education in R&D (31 MCLP) - Acceso al Centro de Datos Hospital Clínico Universidad de Chile HCUCH; GOCCHI/USLACRN, SCIAN/FONDEF - FONDEF/VID... HAMAMATSU TISSUE SCANNER, Digital Pathology (165 MCLP) - FONDEQUIP I Cellomics, C Hetz (150 MCLP) - FONDEQUIP II Light Sheet Microscopy, M Concha LEO/SCIAN (200 MCLP) - CORFO: Estudiantes del nuevo Magister en Informática Médica: U-Chile/Heidelberg Microscopio estereoscópico digital para intervenciones quirúrgicas. (220 MCLP) - BMBF, Anillos, Núcleos Milenio,

11 Capacitación, Difusión y Transferencia Tecnológica Simposio / Escuela de verano Programa de Actividades Comunes (PAC) FONDEF, : S. Härtel, C. Hetz, R. Arminsén, F. Salazar, L. Cifuentes, M. Solar Initiative for Big-Data-Management, Processing, and Distribution for Science and Education in R&D D11I1096 Microscopia Virtual-Centro de Patología Digital Asisitida por Internet- D11I1007 UPRplus una nueva terapia génica para el tratamiento de la enfermedad de Parkinson D11I1029 Incorporación de la Secuenciación de la Última Generación en el cuidado de los pacientes con cáncer D11I1036 Caracterización y compuestos Antigénicos Tumorales para Activación exvivo de Células Autólogas de Uso Potencial en Inmunoterapia Celular contra el Cáncer D10I1007 Genómica de la población chilena: Obtención de perfiles genéticos necesarios en investigación clínica, salud pública y medicina forense D11I1060 Desarrollo de una plataforma astroinformática para la administración y análisis inteligente de datos a gran escala

12 Capacitación, Difusión y Transferencia Tecnológica Simposio / Escuela de verano Programa de Actividades Comunes (PAC) FONDEF, : S. Härtel, C. Hetz, R. Arminsén, F. Salazar, L. Cifuentes, M. Solar Initiative for Big-Data-Management, Processing, and Distribution for Science and Education in R&D AC1. Compra e instalación de servidores para el manejo de imágenes microscópicos virtuales. AC2. Compra e instalación de un servidor para el análisis de datos bioinformáticos. AC3. Organización de un workshop internacional Advanced Imaging: 'Digital Imaging and High Performance Computing AC4. Organización de un simposio internacional en 'El Genoma de los Chilenos y sus Implicancias para Desarrollar Medicina Personalizada en Chile', a ser incluido al programa del XLVI Congreso de la Sociedad de Genética de Chile, La Serena, 7-9 de Noviembre AC5: Co-Organizadores: First La Serena School for Data Science: Applied Tools for Astronomy. AC6: Co-Organizadores: Third CMM Pucón Symposium 'Advanced Tools Applied to Frontier Astronomy, Biomedicine, and Massive Data-driven Sciences', Pucón, Chile, August 20-23, 2013

13 Consolidación de estructura de la red mediante organigrama U-Redes: BioMed-HPC International Advisors - Luis Barbeito, Pasteur Institute, Uy - NN Brown University, EEUU - Anne Siegel INRIA, F - Directory - (Petit Comité) Director: S Härtel Co-Director: R Verdugo NLHCP&CMM: E Vera / A Maass USLACRN/GOCCHI: B Müller / R Arminsen ICBM: B Suartez / C Larrañaga Members REUNA, STI, GOCCHI, CMM, NLHPC, SCIAN, OMICS, ICBM, ESP, CITC, NLHPC, BNI, FCFM, FOUCH, F-Science, F-Med, CCTVal, HCUCH Operational Unit - Victor Castañeda (Ing. Redes Computacionales) - Martin Pinuer (Géstor y Secretaria) - NN/Jorge Mansilla (Programador/Administrador) Science and Training - First La Serena School of Data Science 2013, NLHPC / PAC - Third Pucón Symposium 2013, NLHPC, SCIAN, GOCCHI, CMM, PAC, BNI, Advanced Tools Applied to Frontier Astronomy, BioMedicine and Massive Data-driven Sciences - II Encuentro Básico-Clinico BNI, U-Cancer, NLHPC, GOCCHI - BNI-Neurosur II en Buenos Aires, Pasteur, Leloir, Max Planck - Primer Magister en Informática Medica - Primer Encuentro Científico BioMed-HPC,

14 Magister en Informática Medica Inscripciones abiertas hasta 15 de Marzo 2014

15 With the permission of Dr. J Gómez

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