Microdeleciones-Microduplicaciones SMD-

Transcripción

1 Microdeleciones-Microduplicaciones SMD- 1p36 (1p36 microdeletion syndrome) 4p16 (Wolff-Hirschorn syndrome) 5p15.2 (Cri du Chat syndrome) 7q11.23 (Williams-Beuren syndrome) Diseño 1 7q11.23 (Williams-Beuren syndrome) Diseño 2 12p (Pallister Killian) 15q11 (Prader Willi / Angelman syndrome [UBE3A]) 15q11-q13 (Prader Willi / Angelman syndrome [SNRPN]) 16p13.3 (ATR syndrome) 17p13.3 (Miller Dieker syndrome) 17p11.2-p12 (Charcot Marie Tooth / HNPP syndrome) 17p11.2 (Smith Magenis syndrome) 17q11.2 (Neurofibromatosis Type1) 21q21.3 (APP locus duplication [Alzheimer]) 21q22 (Down Syndrome Critical Region]) 22q11.2 (Velocardiofacial / DiGeorge syndrome) Xp22.3 (X-linked ichthyosis syndrome) Xp22.31 (Kallman) Yp11.31 (SRY Microdeletion)

2 Sonda Microdeleción 1p36 1p KB CDC2L1 CDC2L2 SLC35E2 FLJ13052 GNB1 119KB SHGC D1S1372 AL El Síndrome de Microdeleción 1p36 es el más común de los Síndromes de Deleción Terminal, afectando 1/5000 nacimientos. La región distal de 1p es muy rica en genes por lo que hay gran cantidad de posibles candidatos que podrían estar involucrados en esta anomalía. LIVe ofrece un kit que abarca dos regiones críticas cuya deleción parece ser clave en la ocurrencia de este síndrome (Heilstedt et al. 2003). El control positivo de reacción es 1qter. 1q44 Citas (References): Population data suggest that deletions of 1p36 are a relatively common chromosome abnormality. Heilstedt HA, Ballif BC, Howard LA, Kashork CD, Shaffer LG. Clin Genet Oct;64(4): Physical map of 1p36, placement of breakpoints in monosomy 1p36, and clinical characterization of the síndrome. Heilstedt HA, Ballif BC, Howard LA, Lewis RA, Stal S, Kashork CD, Bacino CA, Shapira SK, Shaffer LG. Am J Hum Genet May;72(5): Epub 2003 Apr 8.

3 Sonda Microdeleción Wolff-Hirschhorn 4p q 12 W-H region I CTBP1 SPON2 MGC21675 LOC FLJ Kb W-H region II LETM1 WHSC1 La región crítica del Síndrome de microdeleción Wolf-Hirschhorn se encuentra en 4p16. El genotipo-fenotipo de este síndrome se correlaciona con el tamaño de la región delecionada (deleciones menores a 3.5Mb resultan en fenotipos sin malformaciones físicas (Zollino et al.). En el 95% de los casos estas microdeleciones pueden ser detectadas por FISH con sondas específicas. LIVe ofrece en su kit dos sondas que hibridan sobre regiones críticas de esta anomalía, aumentando notablemente la definición del análisis. Además, un control positivo hibrida sobre 4q12. -Am J Med Genet. 2000;94;254-61

4 Sonda Microdeleción Cri-Du-Chat 5p15.2 SEMA5A D5S721 SNORD123 5q KB TAS2R1 AF BC D5S23 La mayoría de las deleciones del brazo corto del cromosoma 5 son asociadas con el síndrome de Cri du Chat. Se sabe que existe una severidad progresiva de manifestaciones clínicas y retardo físico-motor relacionada directamente con el incremento del tamaño de la deleción (Mainardi et al. 2001). La sonda LIVe 5p15.2 hibrida sobre marcadores claves en esta microdeleción. Esta sonda está acompañada por la sonda EN 5 (5 q11.2) Citas (Referentes): Clinical and molecular characterisation of 80 patients with 5p deletion: genotype-phenotype correlation P Cerruti Mainardi, C Perfumo, A Calì, G Coucourde, G Pastore, S Cavani, F Zara, J Overhauser,M Pierluigi, F Dagna Bricarelli J Med Genet 2001;38:

5 Sonda Microdeleción Williams-Beuren (Diseño 1) Control 7 Cent. 7q Kb ELN El síndrome de Williams-Beuren generalmente es causado por una deleción hemicigota de entre 1.5 a 1.8Mb que involucra por lo menos 25 genes en 7q La sonda MD7q11.23 detecta cualquiera de estas variantes de la deleción abarcando genes críticos como Elastina, LIMK1 y WBSCR1 entre otros. Cuenta con un control en centrómero de cromosoma 7.

6 Sonda Microdeleción Williams-Beuren (Diseño 2) 7p22.3 7q Kb 70 Kb WBSCR23 GTF2IRD1 ELN LIMK1 NTAL El síndrome de Williams-Beuren generalmente es causado por una deleción hemicigota de entre 1.5 a 1.8 Mb que involucra por lo menos 25 genes en 7q LIVe ofrece un kit con dos sondas para secuencias críticas de esta región, abarcando, tanto el gen de la elastina (ELN) como otros genes involucrados en esta anomalía. Un control sobre 7p22.3 completa el kit. Citas (References): Osborne LR, Li M, Pober B, Chitayat D, Bodurtha J, Mandel A, Costa T, Grebe T, Cox S, Tsui LC, Scherer SW. A 1.5 million-base pair inversion polymorphism in families with Williams-Beuren syndrome. Nat Genet. 2001;29; Schubert C, Laccone F. Williams-Beuren syndrome: determination of deletion size using quantitative real-time PCR. Int J Mol Med Nov;18(5): Gilbert-Dussardier B. Williams-Beuren syndrome. Rev Prat Dec 15;56(19):

7 Sonda Duplicación Pallister-Killan 12p Kb Control 12qter El síndrome Pallister-Killan es causado por un desorden cromosómico caracterizado por tetrasomía 12p como consecuencia de un isocromosoma. Este material extra es generalmente encontrado en mosaico y su presencia está casi exclusivamente restringida a fibroblastos, lo cual permite detectar tempranamente esta anomalía en muestras de líquido amniótico. LIVe diseñó el kit MD12p compuesto por una sonda específica para 12p33 y un control sobre 12qter. Este kit está especialmente optimizado para lograr resultados óptimos en muestras de isopado bucal o cualquier tipo de muestra celular sin procesar (células con citoplasma).

8 Sonda Microdeleción Prader Willi / Angelman (UBE3A) 15q11-q13 BP1 D15S18 200Kb CYFIP1 D15S1035 BP2 2.4Mb Control 15q26.3 BP3 200Kb D15S164E D15S839 UBE3A Los desórdenes genómicos de imprinting conocidos como Prader-Willi / Angelman están asociados a alteraciones genómicas de la región 15q11-q13. Aproximadamente el 70% de los pacientes presentan una microdeleción intersticial de 5-7Mb en esta región. LIVe ofrece dos kits con sondas para la región 15q11-q13 que hibridan sobre genes claves cercanos a los 3 puntos de rupturas (BP1, 2, y 3) eventualmente involucrados en los síndromes de Prader Willi / Angelman. Estas sondas están diseñadas para examinar más de una región por vez, maximizando la definición del análisis. 15q26.3 se utiliza como control positivo en ambos kits.

9 Sonda Microdeleción Prader Willi / Angelman (SNRPN) 15q11-q13 BP2 130Kb MKRN3 1Mb Control 15q26.3 BP3 180Kb SNRPN SNURF Los desórdenes genómicos de imprinting conocidos como Prader-Willi / Angelman están asociados a alteraciones genómicas de la región 15q11-q13. Aproximadamente el 70% de los pacientes presentan una microdeleción intersticial de 5-7Mb en esta región. LIVe ofrece dos kits con sondas para la región 15q11-q13 que hibridan sobre genes claves cercanos a los 3 puntos de rupturas (BP1, 2, y 3) eventualmente involucrados en los síndromes de Prader Willi / Angelman. Estas sondas están diseñadas para examinar más de una región por vez, maximizando la definición del análisis. 15q26.3 se utiliza como control positivo en ambos kits.

10 Sonda Microdeleción ATR 16p Kb SOX8 Control 16q11.2 Alpha Thalasemia Retardation (ATR) ha sido definida como un síndrome de genes contiguos resultado de la haploinsuficiencia del cluster del gen de la alfa globina y otros genes involucrados en retardo mental. Recientemente, la región que causa este síndrome ha sido localizada entre 0,9 y 1,7Mb del telómero. La sonda LIVe 16p13.3 hibrida sobre esta región abarcando el gen SOX8, presunto causante de esta anomalía. Como control positivo está acompañada por EN16. Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a 45ºC y los reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade + DAPI).Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones.

11 Sonda Microdeleción Miller-Dieker 17p13.3 MET10 Control Cent Kb LIS1 El Sindrome Miller-Dieker es una afección de malformaciones múltiples, caracterizado por licencefalia y asociado con deleciones visibles o submicroscópicas en 17p13.3. Estas deleciones varían en tamaño entre 0,1 y 2,9Mb y siempre involucran al gen LIS1. La sonda LIVe 17p13.3 hibrida sobre el gen LIS1 y viene acompañada por la sonda de enumeración EN17 en 17p11.2 como control de reacción. Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a 45ºC y los reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade + DAPI). Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones.

12 Sonda Microduplicación 17p12 Charcot Marie Tooth (1A) / Microdeleción HNPP 17p PMP22 RAI1 2.3Mb Entre el 70-80% de todos los casos de CMT tipo 1 son de la variante A (CMT1A) e involucra anomalías en el gen PMP22. Los casos de CMT1A son causados por la duplicación de una región de 1.5Mb en la región 17p12 que contiene al gen PMP22. El producto recíproco de esta duplicación es una deleción del mismo tamaño que causa una neuropatía hereditaria denominada HNPP. La sonda LIVe 17p12 hibrida sobre el gen PMP22 y está diseñada para analizar metafases e interfases permitiendo detectar tanto la duplicación como la deleción de este gen. Como control está acompañada por una sonda ubicada a 2.3Mb (que incluye el locus RAI).

13 Sonda Microdeleción Smith Magenis 17p Kb Control Cent 17 RAI1 Todas las deleciones en 17p11.2 asociadas con el síndrome de Smith Magenis (SMS) incluyen la deleción del gen RAI1. Por otro lado, estudios recientes detectaron que otros genes dentro de la misma región contribuyen a las características variables y la severidad general de este síndrome. La sonda LIVe 17p11.2 está diseñada para detectar esta deleción con alta eficacia ya que no solamente abarca genes críticos de la región sino que incluye específicamente el gen RAI1. Como control de reacción se incluye la sonda Centromérica 17.

14 Sonda Microdeleción Neurofibromatosis Tipo 1 17q Kb NF1 La Neurofibromatosis Tipo 1 (NF-1) es un desorden autosómico dominante con una incidencia de 1 en 2500 nacidos vivos. Aproximadamente 5% de los pacientes presentan deleciones del gen NF-1 y otros genes contiguos, encontrándose una relación directa entre el tamaño de la deleción y la severidad fenotípica. Se han caracterizado 2 tipos de eventos que resultan en deleción del gen NF1. La deleción tipo I ocurre por recombinación intercromosómica durante la meiosis, la denominada tipo II está mediada por recombinación intracromosómica en la mitosis. Esta última puede generar mosaicos somáticos. Lexel In vitro ofrece un kit de sondas específicas apuntadas a detectar la pérdida del gen NF1 como consecuencia de deleción cromosómica. Esta sonda está acompañada de un control en la región centromérica 17.

15 Sonda Microduplicación 21q21.3 Early Onset Alzheimer 21q Kb APP Control 21q22.3 Estudios recientes han detectado que la duplicación del gen APP (Amyloid Precursor Protein) en el cromosoma 21 está relacionado con la aparición temprana de la enfermedad de Alzheimer. Una duplicación de entre 0.58 y 6.37Mb se encontró en pacientes con abundantes depósitos de peptidos β-amiloides. Se ha comprobado que sondas de FISH específicas para el locus APP detectan correctamente esta duplicación. LIVe ofrece la sonda 21q21.3 que hibrida completamente sobre el locus APP. Como control de reacción está acompañada por 21q22.3. Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a 45ºC y los reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade + DAPI). Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones.

16 Duplicación 21q22 Región Crítica Sindrome Down DSCR4 21q Kb DSCR8 ERG Células de Material de Aborto hibridadas con MD21q22. Izq. Célula normal, Der. Célula con ganancia para la región 21q22 La sonda MD21q22 ha sido específicamente diseñada para la detección de dos regiones críticas del cromosoma 21 cuya ganancia está directamente asociada con el Síndrome de Down. Esta sonda hibrida sobre 316kb abarcando completamente las regiones Down Syndrome Critical Region 2 y 4. Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a 45ºC y los reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade + DAPI). Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones

17 Sonda Microdeleción Velocardiofacial o DiGeorge 22q q Kb TBX1 HIRA 22q13.32 Los síndromes de DiGeorge y Velo-cardio-facial (DGS/VCFS) son causados por una microdeleción hemicigota de entre 1.5 y 3Mb en el cromosoma 22 (q11.2). Se presume que dos de los principales genes responsables de la mayoría de las malformaciones físicas serían el gen TBX1 y el HIRA (también llamado TUPLE1). LIVe ofrece la sonda MD22q11.2 que hibrida sobre los loci TBX1 y Tuple1 (o HIRa) y contiene además un control de reacción sobre 22qter. Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a 45ºC y los reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade + DAPI). Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones.

18 Sonda Microdeleción X-linked ichthyosis Xp22.3 DXS Kb DXS7434E Xp11.2 DXS Kb VCX STS DXS7956 La Ictiosis ligada al X (XLI), con una prevalencia estimada de 1/6000, es un desorden genético causado por un déficit en la enzima sulfatasa esteroide (STS). Cerca del 90% de las pacientes con Ictiosis pierden el gen STS entero. La mayoría de estos pacientes con STS delecionada sólo tienen las características clínicas de XLI, pero hay casos con desórdenes mas complejos, incluyendo retardo mental, que son el resultado de deleciones intersticiales o terminales que también incluyen el gen VCX. La sonda LIVe Xp22.3 X-linked ichthyosis region probe hibrida no solo sobre el gen STS, sino también sobre VCX aumentando la definición del análisis. Como control de reacción está acompañada por la sonda EN X (Xp11.2).

19 Sonda Microdeleción Kallman Xp22.31 DXS7470 DXS Kb Kal1 Xp11.2 El síndrome de genes contiguos (CGS) presenta una serie de características clínicas como resultado de deleciones intersticiales o terminales de varios genes adyacentes. Varios genes importantes han sido identificados en la región Xp22.3 como responsables de enfermedades genéticamente heterogéneas, uno de ellos es KAL1. Se ha demostrado que las mutaciones en este gen ubicado en Xp22.3 resulta en la forma del síndrome ligada al cromosoma X. Varios tipos de anomalías genéticas en KAL1 han sido reportados en pacientes con síndrome de Kallman, incluyendo mutaciones missense y nonsense, mutaciones del sitio de empalme, deleciones intragénicas y deleciones cromosómicas submicroscópicas involucrando todo el gen KAL1. Lexel in vitro ofrece un kit específico cuya sonda principal hibrida sobre la región del gen Kal1 y una sonda control en Xp11.2 (ENX).

20 Sonda Microdeleción / Translocación Locus SRY Yp Kb SRY Control Yq11.21 El gen SRY (Yp11.3) está involucrado en diversos eventos relacionados al sexo. A escala cromosómica presenta principalmente dos anomalías, deleción y translocación. La deleción de la región cromosómica conteniendo este gen es un importante factor de riesgo en pacientes con Disgenecia Gonadal completa ya que genera Carcinoma in situ y Gondadoblastoma en el 10-15% de los casos. Por otro lado la translocación de este gen ya sea al cromosoma X o, menos frecuentemente a cualquier autosoma, provoca cariotipos masculinos 46,XX. Las consecuencias fenotípicas de estas anomalías pueden ser diversas pero frecuentemente conllevan infertilidad. Esta sonda está acompañada por un control sobre Yq11.21