PATOLOGÍA COMPUTACIONAL

Transcripción

1 VISTA POR UN PATÓLOGO PATOLOGÍA COMPUTACIONAL DERMATOPATOLOGÍA Jose Aneiros-Fernandez Unidad de Patología Digital y Patología Computacional de Anatomía Patológica Hospital Universitario San Cecilio,

2 UNIDAD ANATOMÍA PATÓLOGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100% Baza Granada Unidad Intercentros Multiservidor

3 UNIDAD ANATOMÍA PATÓLOGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100% Unidad Intercentros Multiservidor 2,5 años de experiencia

4 UNIDAD ANATOMÍA PATÓLOGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100% Unidad Intercentros Multiservidor 2,5 años de experiencia > portaobjetos digitalizados y archivados

5 UNIDAD ANATOMÍA PATÓLOGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100% Calidad de la imagen (0,24 um/pixel) > portaobjetos digitalizados y archivados Unidad Intercentros Multiservidor 2,5 años de experiencia

6 UNIDAD ANATOMÍA PATOLÓGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100% IFD FISH Calidad de la imagen (0,24 um/pixel) > portaobjetos digitalizados y archivados Unidad Intercentros Multiservidor 2,5 años de experiencia

7 Patólogos Tiempo de escaneado Técnico Factor de escaneado Algoritmos QUE ES LO IMPORTANTE PARA LA PATOLOGÍA DIGITAL? Trazabilidad Escáner Visualizador Archivo?

8 Patólogos Tiempo de escaneado Técnico Factor de escaneado Algoritmos QUE ES LO IMPORTANTE PARA LA PATOLOGÍA DIGITAL? Trazabilidad Escáner Visualizador Archivo TRAZABILIDAD

9

10 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO SIN PATOLOGÍA DIGITAL REGISTRO TALLADO GENERAL LIS INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR

11 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL REGISTRO - Docencia - Casos consulta - Deslocalización de patólogos - Intraoperatorias - Subspecialización TRAZABILIDAD DEL PROCESO ANALÍTICO (VISUALIZACIÓN) TALLADO GENERAL LIS INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR SE INCREMENTA LA EFICIENCIA?

12 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL & COMPUTACIONAL REGISTRO TALLADO GENERAL LIS INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR

13 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL & COMPUTACIONAL REGISTRO TALLADO GENERAL LIS INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Facultad de Ingeniería Informática, UGR

14 DEEP LEARNING

15 ImageNet Large Scale Visual Recognition Challenge

16 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL & COMPUTACIONAL REGISTRO QUEREMOS 100% COMPUTACIONAL TALLADO GENERAL LIS INFORME IHQ ALGORITMO DIAGNÓSTICO ALGORITMO CUANTIFICACIÓN ALGORITMO DETECCIÓN DE PATRONES BIOLOGÍA MOLECULAR

17 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL & COMPUTACIONAL ALGORITMO DIAGNÓSTICO CARCINOMA BASOCELULAR VALIDACIÓN REGISTRO TALLADO GENERAL LIS INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR

18 ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE CARCINOMA BASOCELULAR 256 casos de carcinoma basocelulares (CB) de tres laboratorios diferentes. 102 casos de CB nodular 44 casos micronodulares 50 casos de basocelules superficiales 60 casos de basocelulares infiltrantes/esclerodermiformes Formato BigTIF Resolución (tamaño de pixel): 0,24 um/pixel x40 Tamaño: 6 gigapixel ( x 50000).

19 ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE CARCINOMA BASOCELULAR Proceso de anotación

20 Proceso de anotación

21 Proceso de anotación

22 ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE CARCINOMA BASOCELULAR Proceso de anotación manual de cada caso Etiquetado: Tumor y No Tumor Extracción de parches (64 x 64pixel) mediante rejilla y solapamiento Transformaciones para el aumento de muestra Balanceo de clases y estandarización por canales

23 ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE CARCINOMA BASOCELULAR Red neuronal convolucional Entrada: Parche Salida: clasificación del parche Arquitectura no compleja

24 RESULTADOS

25 PATRÓN MORFOLÓGICO ESPESOR TUMORAL ÁREA TUMORAL DISTANCIA AL MARGEN - Células tumorales - Área nuclear - Perímetro nuclear - Ratio núcleo/citoplasma

26 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL & COMPUTACIONAL ALGORITMO DIAGNÓSTICO CARCINOMA BASOCELULAR VALIDACIÓN REGISTRO TALLADO GENERAL LIS GPU INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR

27 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL & COMPUTACIONAL ALGORITMO DIAGNÓSTICO CARCINOMA BASOCELULAR VALIDACIÓN REGISTRO TALLADO GENERAL LIS GPU INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR ALGORITMO DETECCIÓN DE PATRONES

28 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL & COMPUTACIONAL ALGORITMO DIAGNÓSTICO CARCINOMA BASOCELULAR VALIDACIÓN REGISTRO ALGORITMO CUANTIFICACIÓN TALLADO GENERAL LIS GPU INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR ALGORITMO DETECCIÓN DE PATRONES

29 ALGORITMO DE MITOSIS FOSFOHISTONA 3 / HEMATOXINA MELANOMA HE FOSFOHISTONA (PHH3)

30 CLASIFICACIÓN Y REGISTRADO PHH3 & HE MELANOMA

31 PETICIÓN ELECTRONICA FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA DIGITAL & COMPUTACIONAL ALGORITMO DIAGNÓSTICO CARCINOMA BASOCELULAR VALIDACIÓN REGISTRO ALGORITMO CUANTIFICACIÓN TALLADO GENERAL LIS GPU INFORME IHQ BIOLOGÍA MOLECULAR ALGORITMO DETECCIÓN DE PATRONES

32 No importa cuantas vueltas demos con la inmunohistoquímica, biología molecular, genética, al final la patología computacional hará que regresemos a la morfología de la célula.

33 CURSO LARGO DE PATOLOGÍA COMPUTACIONAL #SEAP2019G

34 #DPCadiz2018 GRACIAS!!!!