Microbiological Information System

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1 National Centre of Epidemiology Manual or electronic sending Feedback Microbiological Information System Autonomous Community Episouth Project First Training Module Madrid, September, 2007 Manual or electronic sending Lab A Lab B Lab C Feedback Pilar Soler Centro Nacional de Epidemiología. Instituto de Salud Carlos III What agents are reported? Transmisión sexual Foodborne agents N. gonorrhoeae Air Transmission C.botulinum Chlamydophila sp V.cholerae O1 Zoonosis T. pallidumc. burnetii Shigella spp. Haemophilus influenzae (invasive) Enf. prevenibles S. typhi y S. paratyphi por inmunización Brucella C. trachomatis spp. Legionella sp Salmonella spp. Bacilus Haemophilus Otros anthracis microorganismos M. ducreyi pneumoniae Campylobacter spp. Borrelia burgdorferi C. diphtheriae N. meningitidis E. coli O157 Rickettsia S. agalactiae S. conorii pneumoniae ( Meningitis) (invasive) B. pertussis Vibrio parahaemolyticus Leptospira Herpes simple Yersinia enterocolitica Listeria monocytogenes Hepatitis Influenzae A Sarampión Trichinella spiralis Hepatitis Parainfluenza B Adenovirus 40/41 Tularemia Virus Hepatitis respiratory C sintitial Rubeola Rotavirus Enterovirus (Meningitis) Poliovirus Complex M. tuberculosis G. Parotiditis lamblia Leishmania Plasmodium Entamoeba histolytica M. kansasii Cryptosporidium M.marinum M. ulcerans What information is reported? RELATED TO TEST NUMBER IDENTIFICATION RELATED DATE TO CASE OF SAMPLE ENTRY TO LAB COMPLEMENTARY DATE OF DIAGNOSES NUMBER INFORMATION IDENTIFICATION LABORATORY IMPORT SEX DISEASE COUNTRY AGENT BIRTH DATE EVOLUTION SAMPLE AGE NOSOCOMIAL METHOD OUTBREAK POSTCODESUBTYPE RISK FACTOR ANTIMICROBIAL RESISTANCE 1

2 What definition of case are used? Data outputs AGENT DIAGNOSTIC CRITERIA SAMPLE European Union Salmonella spp. Salmonella typhi Data sent to WHO Shigella spp. Streptococcus agalactiae Reports of infectious diseases Spanish regions Genoma detection Streptococcus pneumoniae Antigen detection Urine Genoma detection Streptococcus pyogenes Specific response of antibodies Serum 2

3 Limitations Regional level: - laboratory-based surveillance in 10 regions - different and few agents to be reported - little information about illness and risk factors - Only 3 regions receive and put data in database automatically National level: - no software to put data in database automatically Low geographic representativity: 25% population Low oportunity: delay average of one month Even so, the system is capable of.. Estimate the magnitude of a health problem; follow trends in incidence and distribution Evaluate control and prevention measures Monitor changes in infectious agents Facilitate epidemiologic and laboratory research; formulate hypotheses Detect changes in health practice (e.g., impact of use of new diagnostic methods on case counts) 3

4 Biotipado Serotipado Principales serotipos de Salmonella. España Datos actualizados a 01/06/2004 Serotipo Nº de cepas S. Enteritidis 4150 S. Typhimurium 1388 S. Hadar 115 S. 4,5,12:i:- (I) 101 S. Virchow 90 S. Infantis 87 S. Ohio 75 S. Rissen 69 S. Bredeney 54 S. Anatum 35 Resto* 574 Total 6738 Ampicilina Cloramfenicol Ciprofloxacino Gentamicina Cefotaxima Kanamicina Cefalotina Nalidíxico Estreptomicina Sulfonamidas Cotrimoxazol Tetraciclina Sensibilidad antimicrobiana ASuNx Fagotipado Fagotipos de Salmonella Enteritidis. España Datos actualizados a 01/06/2004. Fagotipos Número de cepas A B A Otros 328 PNR* 322 No Tipables 85 Total

5 MLEE (Multilocus Enzyme ) Cepa bacteriana Crecimiento Lisis de las bacterias Extracción sobrenadante Tinción Proteínas RFLP/PFGE (Restriction Fragment Length Polimorphism / Pulse Field Gel Electrophoresis) Cepa única Crecer las células Romper las células Extraer el ADN Digerir con enzimas de restricción en campo pulsado Tinción Células Enzimas restricción Células Células + agarosa Solución de lisis Bloques agarosa + ADN Electroforésis en campo pulsado Análisis de los datos PFGE Salmonella 5

6 RFLP/Hibridación Cepa única Transferencia a una membrana Crecer las células Hibridación con sonda marcada Romper las células Autoradiografía u otra Extraer el ADN Digerir con enzimas de restricción PCR (Polimerase Chain Reaction) PCR Desnaturalización ADN (92ºC) Norovirus Anillamiento primers (40-50ºC) Polimerización (72ºC) + 4 dntps + Taq polimerasa Secuenciación 6

7 RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) AFLP (Amplified Fragment Lengtgh Polymorphism) VNTR (Variable Number Tandem Repeat) Test comerciales rápidos para bacterias y toxinas en alimentos Microorganismo Test B. Cereus (toxina) ELISA Toxina botulínica ELISA Campylobacter Aglutinación latex, ELISA C. Perfringens (enterotoxina) Aglutinación latex Aglutinación latex, ELISA, E. Coli O157:H7 Inmunoblot, Inmunomagnetics beads Toxina Shiga Aglutinación latex, ELISA Listeria ELISA, Inmunobeads, Inmunoprecipitación Aglutinación latex, Inmunomagnetics beads, Salmonella Inmunoblot, Inmunoprecipitación, ELISA Shigella Aglutinación latex S. Aureus (enterotoxina) Aglutinación latex, ELISA V. Cholerae Inmunoprecipitación Toxina Cholerae y enterotoxina E. Coli Aglutinación latex 7