SATCAFE y control biológico como alternativa de manejo de enfermedades del café

Transcripción

1 SATCAFE y control biológico como alternativa de manejo de enfermedades del café Luis C. Mejía INDICASAT AIP

2 Las Comunidades de microorganismos (microbiomas) de plantas son altamente diversas Los hongos endófitos son particularmente diversos

3 Patógenos de plantas

4 Todo organismo en la naturaleza tiene un enemigo Control Biológico: Uso de un organismo para suprimir la actividades y poblaciones de otro organismo

5 Hongos endófitos limitan daño causado por patógeno, en campo % fruits with M. roreri spores ab C. gloeosporioides b a control C. rosea Treatment ab B. dothidea A % fruits with M. roreri spores C. rosea control AL BB RC RL A) Media (ES) % frutas de T. cacao en las que patógeno M. roreri esporuló después de 6-9 aplicaciuones en 4 fincas de Bocas del Toro, Panama. B) Media (ES) %frutas de T. cacao con esporas de M. roreri para el mismo período Mejía et al Biological Control Farm B

6 Microbioma del café y control biológico de la roya

7 Proyecto: Desarrollando tecnología de biocontrol para los agricultores combatir una enfermedad del café de importancia global Colaboradores Harry Evans, CoPI, CABI Robert Barreto. UFV El propósito principal del proyecto es estudiar comunidades de microbios (microbioma del café para aislar y probar agentes promisorios de control biológico del Hemileia vastatrix, hongo causante de la roya del café, enfermedad más importante de este cultivo a nivel local e internacional.

8 Microbioma del cafeto: Sitios de muestreo en Panama Piedra Candela Boquete Comarca Gnobe Bugle Cómo cambian las comunidades de hongos del cafeto en función del tiempo, localidad, fenología y variedad de café y variables climáticas? Dos variedades por sitio Cinco individuos por variedad Hojas, Frutas, Tallo, Raiz, Suelo

9 Métodos Cultivo de hongos Pruebas de actividad Pruebas in planta de actividad contra roya Colecta de muestras y cuanttificación de daño por patógenos (Roya y Ojo de Gallo) Limpieza superficial de tejidos Extracción de ADN y amplificación de ITS Integración de clima con dinámica de comunidades de hongos y enfermedades del café Caracterización taxonómica de comunidades de hongos basada en ADN

10 SATCAFE Indicadores de Microorganismos Benéficos? Variables Ecológicas

11 Incidencia de Roya del Café Finca Flores, Comarca Ngäbe-Buglé Typica Catuai Geisha

12 INCIDENCIA (%) Ojo de Gallo Finca Flores Comarca Ngäbe-Buglé Mayo Junio Julio Agosto Septiembre Octubre Noviembre Diciembre Catimore Tardío Pache Geisha Typica Catuaí Año 2016

13 Evaluación de antagonismo contra Mycena citricolor

14 Primer muestreo masivo de microorganismos del café en Panamá

15 Bacterias en suelos de cafetales > 30 phyla recuperados Collaboration with Kristin Saltonstall, STRI

16 Composición taxonómica de bacterias en suelo asociado a 45 árboles de café en Panamá 100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% Collaborative work with Kristin Saltonstall (STRI) k Bacteria;p [Caldithrix] k Bacteria;p WS3 k Bacteria;p Verrucomicrobia k Bacteria;p Thermi k Bacteria;p TM7 k Bacteria;p TM6 k Bacteria;p Spirochaetes k Bacteria;p Proteobacteria k Bacteria;p Planctomycetes k Bacteria;p PAUC34f k Bacteria;p OP3 k Bacteria;p Nitrospirae k Bacteria;p NKB19 k Bacteria;p Lentisphaerae k Bacteria;p Gemmatimonadetes k Bacteria;p GOUTA4 k Bacteria;p GN04 k Bacteria;p GAL15 k Bacteria;p Fusobacteria k Bacteria;p Firmicutes k Bacteria;p Fibrobacteres k Bacteria;p FCPU426 k Bacteria;p Elusimicrobia k Bacteria;p Cyanobacteria k Bacteria;p Chloroflexi k Bacteria;p Chlorobi k Bacteria;p Chlamydiae k Bacteria;p Bacteroidetes k Bacteria;p Armatimonadetes k Bacteria;p Actinobacteria k Bacteria;p Acidobacteria k Bacteria;p AD3 k Bacteria;Other k Archaea;p Crenarchaeota k Archaea;Other Unclassified;Other

17 PCoA % variation explained Resultados preliminares: Las comunidades de bacterias parecen diferir por sitio Boquete Eleta Comarca PCoA % variation explained

18 Composición taxonómica de comunidades de hongos en hojas de café Other Botryosphaeriales Capnodiales Myriangiales Pleosporales Dothideomycetes; unidentified Chaetothyriales Eurotiomycetes; unidentified Chaetosphaeriales Diaporthales Incertae sedis Sordariales Xylariales Sordariomycetes; unidentified Unidentified Agaricales Sporidiobolales Pucciniales Tremellales Unidentified Unidentified Piedra Candela Boquete Comarca Ngäbe-Buglé 43 microbiome samples reads 3893 fungal OTUs

19 Mes 4, Resultados preliminares: Las comunidades de hongos parecen diferir por sitio

20 Resumen Todos los organismos tienen enemigos naturales Podemos utilizar microorganismos que son enemigos de plagas y patógenos de plantas para hacerlas más resistentes y productivas El control biológico ofrece una alternativa efectiva de manejo de enfermedades de cultivos agrícolas que es amigable con el ambiente, las salud de las personas y por lo tanto con gran potencial de impacto social Las herramientas de sistema de alerta temprana tienen un potencial uso para monitoreo de microorganismos benéficos a través del tiempo, un componente importante para manejo agroecológico de cultivo de café FAO

21 Agradecimientos INDICASAT AIP Productores y técnicos de café por acceso a cafetales -Sr. Roberto Brenes -Sr. Price Peterson -Hacienda Café de Eleta -Hacienda Esmeralda -Sr. Kelly Hartman -Sr. Miguel Cervantes IDIAP: Ing. José Lezcano MIDA: Despacho Superior, Ing. Harry Pérez, Personal Técnico. Embajada Británica en Panamá FAO por la invitación a este evento