FACULTAD DE AGRONOMÍA UNIDAD DE ENSEÑANZA UNIDAD DE POSGRADOS Y EDUCACIÓN PERMANENTE

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1 FACULTAD DE AGRONOMÍA UNIDAD DE ENSEÑANZA UNIDAD DE POSGRADOS Y EDUCACIÓN PERMANENTE FORMULARIO DE PROPUESTA DE ASIGNATURAS (curso, seminario, taller, otros) Revisado: Noviembre 2013_ ResCjo1748/13 1. Datos generales de la asignatura 1 Nombre de la asignatura (41 caracteres como máimo incluyendo espacios) Nombre abreviado Nombre de la asignatura en Inglés imágenes Análisis de imágenes para ciencias de la vida Image processing for life sciences POR FAVOR NO COMPLETE ESTE CUADRO. La información será colocada por las Unidades Técnicas (UE / UPEP / Bedelía) Créditos de Grado Código de la asignatura de Grado Nº Resolución del Consejo para cursos de Grado Año que entra en vigencia: Créditos de Posgrados Código de la asignatura de Posgrado Resolución del CAP para cursos de Posgrados Departamento o Unidad responsable: Nivel Carreras (Marque las que corresponda) Pregrado Tec. Agroenergético Tec. Cárnico Tec. de la Madera Grado Educación Permanente Posgrados Lic. en Diseño de Paisaje Lic. en Gestión Ambiental Ingeniero Agrónomo Ingeniero de Alimentos Otras (especificar): Veterinaria Marque si este curso es ofrecido eclusivamente como EP Profesionales Académicos (*) Para los casos en que esto se admite Diploma y Maestría en Agronomía Diploma y Maestría en Desarrollo Rural Sustentable Maestría en Ciencias Agrarias CUPO TOTAL Mínimo Cupos (*) Máimo Modalidad de desarrollo de la asignatura: (Marque con X lo que corresponda) Presencial A distancia

2 2 2. Equipo docente Docente responsable Cargo (especificar grado docente, Iing. Juan Cardelino Grado 3, 40 horas semanales Cargo (especificar grado docente y Institución y país: Cargo (especificar grado docente y Institución y país: Otros Docentes participantes Camila Simoes Grado 1, 20 horas Departamento de Ing. Biológica, CENUR LITORAL NORTE. UDELAR., Uruguay (Agregue los renglones que requiera para completar la información de los docentes) 3. Programa de la asignatura Generales Objetivos Los objetivos generales de la asignatura se centran en la formación de los estudiantes avanzados en la utilización de análisis de imágenes para realizar tareas en diferentes áreas de la ciencias de la vida. El estudiante desarrollará la capacidad de analizar diferentes problemas provenientes de disciplinas diversas relacionadas con organismos vivos (medicina, biología, veterinaria, agronomía), realizando el proceso de modelado y posterior traducción a una solución basada en procesamiento de imágenes de dichos sistemas. Específicos Los objetivos de esta asignatura se plantean en base al grado de avance esperado de los estudiantes. Se espera que el estudiante cuente con formación introductoria en ciencias básicas (matemática, física, química y biología). Se espera una formación avanzada en algún campo de ciencias de la vida (medicina, biología, veterinaria, agronomía). En base a esto los objetivos son: Desarrollar la capacidad de estudiar y comprender un modelo de un sistema real su campo, de una complejidad acorde a los conocimientos con los que cuentan los estudiantes. Familiarizar al estudiante con herramientas de modelado físico y matemático utilizados en el procesamiento de imágenes. Aprender a interpretar las imágenes relacionadas con su disciplina de trabajo. Identificar las formas de adquisición más comunes y las fuentes de ruido e interferencia más importantes. Familiarizar al estudiante con las principales técnicas de análisis de

3 imágenes. Traducir los problemas de su disciplina a problemas de procesamiento de imágenes y ser capaz de elegir una familia de técnicas de análisis para su resolución. Familiarizar al estudiante con las herramientas informáticas necesarias para implementar técnicas de análisis de imágenes. Desarrollar la capacidad de integrar conocimientos de diferentes disciplinas en el análisis de un sistema completo. Realizar la eperiencia de llevar adelante un proyecto simple de análisis de imágenes desarrollando la autonomía para realizar el trabajo de forma libre, bajo la tutela de un docente orientador. Incentivar la creatividad y la iniciativa necesarias para encarar problemas complejos, y abiertos y encontrar soluciones novedosas para los mismos. 3 PARTE 1: Unidades Temáticas UNIDAD 1: Presentación de la materia. Bibliografía. Mecanismos de evaluación. Qué es el procesamiento de imágenes y en que se aplica? Problemas motivadores. Traducción del problema aplicado al problema de imágenes, origen de las imágenes, fuentes de ruido. UNIDAD 2: Introducción. Representación de imágenes por computadora. Imagen Como matríz, profundidad, resolución, imágenes color, operaciones con píeles. UNIDAD 3: Intensidad. Histograma, normalización, ecualización, mejoramiento, regiones de interés. Medición automática. UNIDAD 4: Filtrado. Remoción de ruido, reducción de resolución, detectores de características, morfología. UNIDAD 5: Segmentación. Umbralización, crecimiento de regiones, watersheds. UNIDAD 6: Georeferenciación. PARTE 2: UNIDAD 7: Desarrollo del proyecto final. UNIDAD 8: Redacción de informe y presentación final. Conocimientos previos requeridos o sugeridos (necesarios para el buen aprovechamiento y comprensión de la asignatura) Cálculo Integral y diferencial de una variable. Física de la partícula. Conocimiento básicos de Biología: célula, organización de la materia. Grado de avance considerable en alguna carrera relacionada con Ciencias de la Vida (Agronomía, Veterinaria, Medicina, Biología). Metodología Esta asignatura se ajusta a un cronograma bimensual. Las clases están divididas en clases teóricoprácticas (4 horas semanales) durante las 4 semanas iniciales, y en trabajo libre y clases de consulta para el desarrollo un proyecto final en las segundas 4 semanas.

4 La organización de la primera parte del curso está estructurada en unidades temáticas para las cuales se desarrollan los fundamentos teóricos, aplicaciones y ejercitación de los conceptos aplicados. La segunda parte del curso consta del desarrollo de un proyecto de análisis de imágenes, acotado al alcance del curso y los conocimientos disponibles hasta el momento. En dicho proyecto los estudiantes deberán aplicar la metodología de trabajo desarrollada en las primeras unidades del curso. Cada una de las unidades se desarrollará en una clase teórico-práctica de 2-3 horas y requerirá unas 15 horas de estudio por parte de los estudiantes. La etensión total de una unidad será de una semana. En cada unidad se verá la teoría, y de forma inmediata la aplicación práctica sobre un problema biológico real. Al cabo de cada unidad los estudiantes deberán entregar un informe escrito. Finalizadas las unidades iniciales los estudiantes realizarán el proyecto final, el cual consiste en el trabajo libre por parte del estudiante en un tema de interés, orientado por el profesor asignado. La entrega final consiste en el sistema diseñado e implementado, un video demostrativo, un informe escrito y una presentación oral. 4 Evaluación Describa aquí las características y estructura del sistema de evaluación: Modalidad de evaluación: La asignatura se evalúa de forma continua. Durantre la primera parte del curso los estudiantes deberán entregar un informe escrito por cada unidad temática. En la segunda parte el alumno demuestra la integración de los conocimientos teórico-prácticos adquiridos en forma de la entrega final anteriormente descrita. El mismo tendrá solamente una instancia de recuperación. Criterios de aprobación: Cada una de las instancias de evaluación tendrá un mínimo de 25%. Los estudiantes que no superen dicho mínimo en cada una de las pruebas perderán automáticamente el curso. La calificación será un promedio ponderado de dichas pruebas. Aquellos estudiantes que superen el 60% aprobarán el curso. Pregrado/ Grado Posgrado y Educación Permanente Pruebas del Sistema de evaluación (marque la/las que se propone utilizar y describa brevemente cada tipo de evaluación, indicando si son individuales o grupales y número de pruebas. En los recuadros a la derecha indique el peso relativo de cada una de las pruebas en base 100) Evaluación continua: % Pruebas parciales: Individual. Evaluación de conocimientos discutidos en el curso % Pruebas parciales y trabajo: Entrega de trabajos prácticos 60 % Proyecto final 40 % Eoneración (*) % Otros (especificar): % (*)Reglamento del Plan de Estudio de Ingeniero Agrónomo. Artículo Nº15, literal B "...al menos el 80% del puntaje eigido...y más el 50% del puntaje de cada prueba de evaluación...". Bibliografía % %

5 5 Basics of Image Processing and Analysis. Kota Miura. Centre for Molecular & Cellular Imaging EMBL Heidelberg. Software de análisis de imágenes Fiji: 1 Frecuencia con que se ofrece la asignatura (semestral, anual, cada dos años, a demanda, otras) ANUAL Cronograma de la asignatura (*) Año 2018 Semestre Bimestre Fecha de inicio 01/02/18 Fecha de finalización 31/03/17 Días y Horarios 1 clase semanal de 2 horas y 1 clase de consulta. (1) Localidad/es EEMAC, Paysandú Salón (*) Los cronogramas aprobados por el Consejo NO se podrán modificar sin su debida autorización. (1) El horario es a convenir con los participantes, se fijara una reunión inicial la primera semana del curso. Asignatura presencial - Carga horaria (hs. demandadas al estudiante presenciales y no presenciales) Eposiciones Teóricas 20 Teórico - Prácticos 12 Prácticos (campo o laboratorio) Talleres Seminarios Ecursiones Actividades Grupales (presenciales) Actividades grupales o individuales de preparación de informes (no presenciales) Presentaciones orales, defensas de informes o evaluaciones 4 Plataforma Educativa (AGROS u otra) 6 Lectura o trabajo domiciliario, horas de estudio. Otras (indicar cuál/es y su modalidad ) Proyecto final Total de horas requeridas al estudiante (presencial y no presencial) Asignatura a distancia (indique recurso a utilizar y carga horaria demandada) Video-conferencia Localidad emisora Localidad receptora Plataforma Educativa (AGROS u otra) Materiales escritos Internet Horas en coneión: Horas de trabajo y estudio: Total de horas requeridas al estudiante (equivalente a presencial y de estudio): Interservicio (indique cuál/es) Otros datos de interés: 1