IDENTIFICACIÓN GENERAL. Bioinformática aplicada. Maestría en Ciencias Básicas Biomédicas. IDENTIFICACION ESPECÍFICA (Ver nota 1)

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1 Fecha: Pág. 1 de 5 IDENTIFICACIÓN GENERAL Nombre del curso Programa académico Bioinformática aplicada Maestría en Ciencias Básicas Biomédicas IDENTIFICACION ESPECÍFICA (Ver nota 1) Código Semestre 2015-II N de créditos 4 Horas semanales acompañamiento profesor 4 Horas semanales trabajo independiente 8 Teórico Práctico Teórico-Práctico X H (habilitable)? SI NO X V (validable)? SI NO X C (clasificable)? SI NO X Prerrequisitos: (incluir códigos y nombre): Ninguno Correquisitos: (incluir códigos y nombre): Ninguno DATOS DEL PROFESOR (o profesores que elaboraron el Programa) Nombres y Apellidos Correo Electrónico Rodrigo Alonso Ochoa Deossa rodrigo.ochoa@udea.edu.co DESCRIPCION Curso de 64 horas (4 horas semanales) en el cual se tratarán las unidades propuestas en el área de la Bioinformática a través de sesiones magistrales y prácticas de computador. El curso busca proporcionar al estudiante conceptos introductorios de una línea multidisciplinar, con el fin de integrar herramientas informáticas para el almacenamiento, análisis y procesamiento de datos a nivel biológico para resolver problemas de investigación y/o desarrollo de índole biomédico JUSTIFICACIÓN Desde el perfil de formación del estudiante de posgrado en Ciencias Básicas Biomédicas, la Bioinformática se convierte en una disciplina idónea como línea de desarrollo profesional, con múltiples aplicaciones en problemas de impacto en salud o biomédicos, además de ambiental, y tecnológico, brindando soporte para diferentes proyectos de investigación ejecutados por los estudiantes. OBJETIVOS ELABORÓ REVISÓ APROBÓ Líder del proceso Comité de Calidad Comité de Calidad Copia no controlada al imprimir o descargar, la versión vigente se encuentra en:

2 Pág. 2 de 5 General Introducir al estudiante en conceptos y manejo de herramientas bioinformáticas, con el fin de generar soluciones en diferentes áreas de las Ciencias Básicas Biomédicas y de contribuir a la ejecución de sus tesis en donde aplique Específico (s) 1. Conocer las aplicaciones de la Bioinformática en problemas de índole biomédico. 2. Conocer los elementos necesarios para la manipulación de datos en la web. 3. Aplicar elementos básicos de programación en protocolos bioinformáticos. 4. Alinear los conceptos aprendidos en proyectos de investigación y/o desarrollo. 5. Comprender la importancia e impacto de la Bioinformática. CONTENIDO (Ver nota 2) Modulo Descripción Fecha Total horas Profesor 1. Introducción a la Bioinformática Importancia y realidad de la Bioinformática en Colombia y el Julio 21 mundo 1. Introducción a la Bioinformática Temáticas abiertas de investigación en el área Julio 23 Bases de datos de ácidos nucleicos. Julio 28 Bases de datos para el estudio de proteínas Julio 30 Formatos y archivos comunes en Bioinformática. Agosto 4 Protocolos básicos en el manejo de secuencias Emboss Agosto 6 Introducción a la secuenciación, Agosto 11 incluido NGS Aplicaciones para el ensamblaje de secuencias Agosto 13 Anotación de genomas a través de Artemis Agosto 18

3 Pág. 3 de 5 Teoría de los algoritmos de alineamiento genómico Agosto 20 Revisión de herramientas de alineamiento local BLAST Agosto 25 Alineamiento múltiple entre secuencias Agosto 27 Aplicación: Diseño y evaluación de la calidad de primers y mapeo de restricción 1 Evaluación Parcial I 3 2 presenciales Todos Teoría e importancia de Genome-Wide Association Studies 8 Identificación de SNPs a nivel genómico 10 Aplicación de metodologías de modelación en GWAS 15 Interpretación biológica y análisis de resultados en GWAS 17 Teoría sobre la estructura primaria, secundaria y terciaria de proteínas. Caracterización e identificación computacional de péptidos obtenidos por espectrometría de masas Visualizadores de estructuras proteicas 29 Predicción de estructura secundaria Octubre 1 Modelación de proteínas Octubre 6 Técnicas para la validación de estructuras Octubre 8

4 Pág. 4 de 5 Preparación de moléculas y minimización de estructuras para docking molecular Octubre 13 Ejecución de docking molecular Octubre Análisis de redes y Bases de datos de interacción aplicaciones biomédicas de proteínas Octubre Análisis de redes y aplicaciones biomédicas Detección de interólogos Octubre Análisis de redes y Visualización y análisis de aplicaciones biomédicas redes en Cytoscape 6. Análisis de redes y Teoría y análisis de modelos aplicaciones biomédicas enzimáticos I Octubre 27 Octubre 29 / 6. Análisis de redes y Teoría y análisis de modelos aplicaciones biomédicas enzimáticos II Noviembre 3 / Evaluación Parcial II Noviembre 5 2 presenciales Todos ESTRATEGIAS METODOLÓGICAS (Ver nota 3) Combinación entre clases magistrales con diapositivas y ejemplos en la web en la sala de computadores, con talleres y prácticas guiadas. Revisión de artículos de investigación en el área por medio de foros y exposiciones que serán preparadas por los estudiantes y guiadas por los profesores EVALUACIÓN (Ver nota 4) El curso se evaluará a través de prácticas, y el seguimiento a un proyecto específico en el área, relacionado con el trabajo de grado del estudiante. Específicamente se realizarán: - Prácticas en sala de computadores (45%) - Parcial I (10%) - Parcial II (15%) - Exposiciones preparadas por los estudiantes (30%) PROFESOR (ES) Nombre completo Dependencia Formación Rodrigo Alonso Ochoa Deossa Investigador Asociado Programa MSc en Ciencias Básicas de Estudio y Control de Enfermedades Tropicales -PECET Informática Médica/Bioinformática

5 Pág. 5 de 5 Carlos Enrique Muskus López Coordinador Unidad de Biología Molecular y Computacional del PECET PhD en Ciencias Básicas Parasitología César Hernando Segura Latorre Investigador Senior Grupo Malaria y Coordinador del Laboratorio de Espectrometría de Masas PhD en Ciencias Básicas Parasitología y Espectrometría de Masas BIBLIOGRAFÍA Durbin, R., Eddy, S., Krogh. A., Mitchison., G. Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, Goecks J., Nekrutenko A., Taylor J. Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life science. Genome biology. 2010, 11(8):R86 Bairoch, A., Apweiler, R., Wu, C. H., Barker, W. C., Boeckmann, B., Ferro, S., Yeh, L.-S. L. (2005). The Universal Protein Resource (UniProt). Nucleic Acids Research, 33(Database issue), D154 9 Lesk, A. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, Xiong, J. Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, McEntyre, J., Ostell, J. The NCBI Handbook. National Center for Biotechnology Information (US), Eswar, N., Webb, B., Marti-Renom, M. a, Madhusudhan, M. S., Eramian, D., Shen, M.-Y., Sali, A. (2007). Comparative protein structure modeling using MODELLER. Current Protocols in Bioinformatics, Chapter 2(15), NOTAS 1. Según el artículo 11 del Decreto 1295 del 20 de abril de 2010 emitida por el Ministerio de Educación Nacional: Un crédito académico equivale a cuarenta y ocho (48) horas de trabajo académico del estudiante, que comprende las horas con acompañamiento directo del docente y las horas de trabajo independiente que el estudiante debe dedicar a la realización de actividades de estudio, prácticas u otras que sean necesarias para alcanzar las metas de aprendizaje. Para un curso de 6 créditos, se tienen como mínimo 4 horas acompañamiento semanal por parte del (de los) profesor (es) y 14 horas de trabajo independiente. 2. Teniendo en cuenta que el número de semanas semestrales es 18, deben establecerse 16 o 17 módulos y 1 o 2 semanas de evaluación. Cada módulo debe dar cuenta de las horas de acompañamiento semanal por el profesor y de las horas de trabajo independiente por parte del estudiante. 3. Describir las estrategias metodológicas que se usarán por parte de los docentes. 4. Se deben especificar los porcentajes de cada una de las actividades evaluativas. INFORMACIÓN PARA SER DILIGENCIADA POR LA CORPORACIÓN Acta No. 255 Aprobación Consejo Directivo Fecha: 24 de Junio de 2015