Bioinformá)ca avanzada: problemas y algoritmos. SESIÓN 4 Rodrigo Santamaría 2014

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Martín Salinas Álvarez
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1 Bioinformá)ca avanzada: problemas y algoritmos SESIÓN 4 Rodrigo Santamaría 2014

2 Proyecciones FUTURO

3 Crecimiento exponencial

4 Persepec<va

5 Perspec<va

7 Crecimiento exponencial 1 TB

8 Espera cuánto era 1TB? 1TB ~ Información en la Biblioteca del Congreso de los EEUU 147 millones de documentos 33 millones de libros 15 millones de imágenes 6 millones de par<turas 5 millones de mapas 3 millones de grabaciones 1 millón de documentos gubernamentales 1 millón de periódicos de los úl<mos 300 años 0.5 millones de microfilms 1400 Km de estanterías

La carrera por el genoma a 1000$ 1K prize (Craig Venter) 500.

genomics) 10 millones de $ para el que consiga secuenciar 10 genomas completos en 10

9 La carrera por el genoma a 1000$ 1K prize (Craig Venter) $ para el que consiga secuenciar 1 genoma por menos de 1000$ X prize (Archon genomics) 10 millones de $ para el que consiga secuenciar 10 genomas completos en 10 días por menos de $ cada uno 99$ à SNP- oma SNP: single nucleo<de polimorfism Mutaciones puntuales h_p://

13 blog.genomequest.com/2010/07/implica<ons- of- exponen<al- growth- of- global- whole- genome- sequencing- capacity

14 Más predicciones Andreas Sundquist (2012) h_p:// human- genome- sequenced- predic<ng- the- future- of- dna- tech/254068/ 2014: un millón de genomas 1 exabyte de bases (un millón de TB) Aproximadamente toda la información almacenada actualmente en los centros de datos de Google Los problemas logís<cos van a ser muy importantes

Francis de Souza, president of Illumina y la realidad 228.

15 Francis de Souza, president of Illumina y la realidad en toda la historia, el 80% en ins<tuciones cienhficas todavía h_p:// illumina- says human- genomes- will- be- sequenced- this- year/

16 Mi predicción

17 Resumiendo CONCLUSIONES

18 Resumiendo Tenemos mucha información gené<ca que hay que ges)onar y analizar Bioinformá)ca: métodos informá<cos aplicados a problemas biológicos Contexto Secuencias Expresión Función Estructura Uso informá)co almacenamiento, búsqueda y alineamientos sobre secuencias gené<cas almacenamiento y análisis de experimentos sobre ac<vación gené<ca organización, anotación y uso de funciones y relaciones conocidas modelización de estructuras 2D y 3D

19 Resumiendo Tenemos mucha información gené<ca El cuello de botella es su ges)ón y análisis Bioinformá)ca: métodos informá<cos aplicados a problemas biológicos Contexto Secuencias Expresión Función Estructura Uso informá)co almacenamiento, búsqueda y alineamientos sobre secuencias gené<cas almacenamiento y análisis de experimentos sobre ac<vación gené<ca organización, anotación y uso de funciones y relaciones conocidas modelización de estructuras 2D y 3D

20 Nature vol. 496, No. 7445, April 2013

21 40 ins<tuciones 6 relacionadas con la informá<ca o bioinformá<ca 91 autores Est. 32 relacionados con informá<ca o bioinfomá<ca 6 para el ensamblado del genoma 12 para la secuencia y análisis de RNA- seq

22 Bioinformá)ca Aspectos importantes como desarrollador Saber programar Conceptos básicos de matemá)cas y estadís)ca Evaluación de la complejidad computacional Conocimiento de la biología del problema

23 h_p://blog.fejes.ca/?p=2418

24 Mul)disciplinaridad Probablemente la clave a muchos problemas cienhficos modernos Cada persona debe hablar varios lenguajes No se puede trabajar de manera aislada Especialista en un campo, pero conocedor de otros Ayuda a entender las necesidades, complejidades, posibilidades, etc.

25 Cursos codecademy.com/es/dashboard Tutorial de Python h_ps:// Otro tutorial (un poco más avanzado) de Python

26 Python Instalando Python en casa: Anaconda python: distribución que simplifica la instalación de bibliotecas y paquetes relacionados h_p://con<nuum.io/downloads Biopython: librerías adicionales en bioinformá<ca h_p://

27 Cursos avanzados Lista con muchos cursos gra<s h_p://en.wikipedia.org/wiki/list_of_free_online_bioinforma<cs_courses Bioinforma<c Algorithms (part I) h_ps:// El primer tema más o menos es lo que hemos visto aquí por encima Duro, pero muy completo Libro: h_p:// Algorithms- Ac<ve- Learning- Approach/dp/

28 Hablad, malditos DEBATE

29 Debate Sensaciones generales del curso Publicidad Duración Calidad Complejidad

30 Debate Dudas, cues<ones, impresiones

32 Gray Fox Urocyon cineraergenteus. Gyotaku print InkedAnimal.com El Gyotaku es una técnica japonesa del S. XIX que imprime el cuerpo de un pez en un papel. Los biólogos Adam Cohen y Ben Labay la han aplicado con éxito a otros muchos animales. Su trabajo se puede contemplar en inkedanimal.com

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