Evaluación de Procedimientos de Tinción para el Análisis de Proteínas por Electroforesis (SDS-PAGE)

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INVURNUS En busca del conocimiento Universidad de Sonora Campus Centro Campus Caborca Volumen 8 No. 1 (Enero-Junio 2013): 19-26 INVESTIGACIÓN Evaluación de Procedimientos de Tinción para el Análisis de Proteínas por Electroforesis (SDS-PAGE) Carrillo Soto Jorge Guillermo 1, Candia Plata María del Carmen 2, Lugo Sepúlveda Ramón Efraín 3, Espinoza Ojeda Eligio 3, Noriega Rodríguez Juan Antonio 4 * 1 Egresado del Programa de Químico Biólogo Clínico. Universidad de Sonora Unidad Regional Norte. 2 Departamento de Medicina y Ciencias de la Salud. Universidad de Sonora Unidad Centro. 3 Departamento de Ciencias Químico Biológicas y Agropecuarias. Universidad de Sonora Unidad Regional Norte. 4 Departamento de Ingeniería Química y Metalurgia. Universidad de Sonora Unidad Centro. Resumen La electroforesis en geles de poliacrilamida en presencia de dodecil sulfato de sodio (SDS-PAGE) fue descrita por primera vez por Laemmli en 1970 y hasta ahora son mínimas las modificaciones realizadas a la metodología original. Sin embargo, el consumo de tiempo excesivo para el revelado de los geles la hace poco atractiva para que se pueda aplicar en los análisis de rutina de un laboratorio clínico. El objetivo de este trabajo fue la evaluación de distintos procedimientos de tinción para el revelado de geles en el análisis de proteínas del suero humano por electroforesis SDS-PAGE. Se utilizaron los colorantes Violeta de Genciana, Azure A y Azul Índigo 23, con el fin de investigar la capacidad de resolución en el revelado de geles, usando como colorante control al Azul de Coomassie. Se estandarizó la técnica de SDS-PAGE para el análisis de muestras de suero humano logrando reducir un 75% el tiempo total de análisis. El violeta de genciana presentó mayor sensibilidad para la tinción de proteínas en los geles de SDS-PAGE. El método fue validado con pruebas de control de calidad analítica, resultando una excelente linealidad (R2>0.995), con un límite de detección similar al del Azul de Coomassie (<1.0 mg) y excelente reproducibilidad (m=1.045). El análisis de muestras clínicas se validó con suero fresco humano presentando una correlación aceptable (0.971) para la albúmina que fue la proteína que se utilizó como estándar de comparación. Los resultados de este trabajo demuestran que es posible utilizar colorantes comunes disponibles en cualquier laboratorio, en análisis de proteínas por SDS-PAGE. Palabras clave: análisis de proteínas, colorantes, electroforesis, revelado, SDS-PAGE. Abstract Evaluation of staining procedures for protein analysis by electrophoresis (SDS-PAGE) The Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) technique was described for the first time by Laemmli in 1970. Since then, light modification has been done to it. However, the excessive time consumption for development of gels make this technique not attractive to be applied as routine analysis in a clinic laboratory. The objective of this work was to evaluate different staining procedures for development of gels in the analysis of the human serum proteins by SDS-PAGE. Gentian violet, azure A and indigo blue 23 were used to asses the resolution in the development of gels using Commasie blue as control. SDS-PAGE was standardized for the analysis of human serum reducing 75% the total time of analysis. Gentian violet shows higher sensibility for protein staining in SDS-PAGE. The method was validated with analytical quality control tests, resulting an excellent linearity (R2>0.995), with similar detection limit to Commasie blue (<1.0 mg) and excellent reproducibility (m=1.045). The analysis of clinical samples was validated with fresh human serum showing an acceptable correlation (0.971) for albumin, being the protein used as standard of comparison. The results of this work demonstrated that it is possible to used common dyes available at any laboratory, in the analysis of proteins by SDS-PAGE. Keywords: protein analysis, dyes, electrophoresis, development, SDS-PAGE. *Autor para envío de correspondencia: Laboratorio de Biotecnología DIQyM. Blvd. Luis Encinas y Rosales s/n Col Centro. Hermosillo, Sonora. C.P. 83000. E-mail: janoriega@guayacan.uson.mx 2013 Editorial UNISON URN. Derechos reservados.

20 Introducción La electroforesis en gel es un método que se emplea para separar macromoléculas en función del tamaño, la carga eléctrica y otras propiedades físicas. El término electroforesis describe la migración de las partículas cargadas bajo la influencia de un campo eléctrico. Muchas macromoléculas biológicas importantes (por ejemplo, los aminoácidos, los péptidos, las proteínas, los nucleótidos y los ácidos nucleicos) poseen grupos ionizables y, a un ph determinado, existen en solución como especies cargadas eléctricamente, sean cationes (+) o aniones (-). Según la naturaleza de la carga neta, las partículas cargadas migrarán hacia el cátodo o hacia el ánodo. La fuerza motriz de la electroforesis es la tensión eléctrica aplicada a los electrodos en ambos extremos del gel. Las propiedades de una molécula determinan la velocidad con que un campo eléctrico puede desplazarla a través de un medio gelatinoso. La técnica de electroforesis fue empleada por primera vez por Tiselius (1937), quien descubre que las proteínas se podían separar por acción de un campo eléctrico y fue el inventor de un equipo para la electroforesis. Raymond y Weintraub (1959), emplearon como soporte un gel de poliacrilamida (PAGE), posteriormente la técnica fue perfeccionada por otros investigadores. Laemmli (1970) describió una nueva técnica que logra un aumento en la resolución por la utilización de dodecil sulfato de sodio (SDS). En los años posteriores se emplearon agentes reductores y SDS, para la determinación del peso molecular de las proteínas en lo que se denominó electroforesis en geles de poliacrilamida con SDS o bien SDS-PAGE. Además, se investigaron procedimientos de tinción en los cuales se han venido empleando desde su surgimiento hasta los tiempos actuales (Ornstein, 1964; Davis, 1964). La electroforesis, por tanto, ofrece un método poderoso para separar las proteínas y otras macromoléculas, tales como el DNA y el RNA. Durante las últimas décadas, la electroforesis en geles de poliacrilamida ha sido la técnica de elección para el análisis de la composición proteica de un determinado tipo de célula y el seguimiento de los cambios en la actividad de los genes a través del análisis cuantitativo y cualitativo de miles de proteínas que regulan varias funciones celulares. Cuando se ha completado una electroforesis, las moléculas más pequeñas han llegado al ánodo, entonces se pueden revelar mediante la adición de un colorante específico para hacerlas visibles. Las proteínas coloreadas como la mioglobina, hemoglobina, ferritina y citocromo c, pueden ser observadas directamente en los geles, sin embargo, la visualización de la mayoría de las proteínas requiere del uso de colorantes, siendo los colorantes orgánicos que se emplearon primero para teñir proteínas en los geles. Hoy en día, se emplean compuestos como el bromuro de etidio (Bromuro de 3,8-diamino-5-etil-6-fenilfenantridinio), para INVURNUS, Vol. 8 No. 1 (2013): 19-26 la tinción de los ácidos nucléicos, mientras que para las proteínas se utiliza la tinción con plata, azul de Coomassie o reactivos fluorescentes. Es esencial, para el caso de las proteínas pequeñas, una rápida tinción, destinción y fijación de color, para evitar su elución. La omisión del metanol de la solución de tinción es benéfica, ya que se reduce el tiempo de tinción y disminuye la dilatación de los geles. El uso de nitrato de plata tiene la característica de producir una coloración caramelo (café claro) o negro, sin embargo, algunas proteínas tienen colores característicos, como las lipoproteínas que tienden a colorearse azul y algunas glicoproteínas que aparecen amarillas, caramelo o rojo (Da Woon y col., 1998). Este efecto cromático se ha demostrado que está dado por la difracción de la luz en la plata. Se han desarrollado algunos procedimientos de tinción con plata para identificar ciertas proteínas, con el empleo de combinaciones de tinción. La tinción con nitrato de plata tiene una detección de concentraciones más pequeñas que varía entre 2 a 5 ng, sin embargo, la detección con plata es exclusivamente cualitativa y no puede ser utilizada para cuantificar proteínas. El colorante azul de Coomassie es el más aceptado para el revelado de geles de electroforesis, el cual se une a las proteínas y la intensidad de coloración es, relativamente hasta cierto punto, independiente de la concentración y naturaleza química de las proteínas, de esta forma cuando se tiene que cuantificar una proteína es el colorante mas recomendado. La tinción de Coomassie puede emplearse para la determinación de proteínas cuando éstas son abundantes, pero no para la determinación de pureza de proteínas trazas. Esta tinción requiere un medio ácido para la generación de atracción electroestática entre las moléculas del colorante y los grupos amino de las proteínas. Las proteínas y el colorante forman complejos mediados por fuerzas de Van Der Walls. Esta unión es totalmente reversible en condiciones apropiadas (Patron y col., 1995; García, 2000). El objetivo de este trabajo fue la evaluación de distintos colorantes de tinción para el revelado de geles en el análisis de proteínas del suero humano por electroforesis SDS-PAGE. Materiales y Métodos El presente trabajo se desarrolló en el Laboratorio de Investigación del Departamento de Ciencias Químico Biológicas de la Universidad de Sonora Unidad Regional Norte campus Caborca. Se utilizó un sistema para electroforesis Mini-Protean 3 (Bio-Rad). Para medir los volúmenes con alta precisión se requirieron micropipetas de volumen variable (100-1000 µl y 10-100 µl) y sus respectivas puntas desechables. Las muestras fueron preparadas en tubos Eppendorf de 2 ml. En todo el trabajo se utilizó agua bidestilada y desionizada. Los reactivos fueron grado analítico especiales para electroforesis todos de la Marca SIGMA-ALDRICH, Acrilamida (A-3553), Trizma

21 base (T1503), N,N -metilen-bis-acrilamida (M-7279), Azul brillante Coomassie R-250 (27816), Azul de bromo fenol (B5525), glicina (G-8898), SDS (L3771) y persulfato de amonio (A3678). El empleo de reactivos de alta calidad y agua desionizada es un prerrequisito para hacer geles reproducibles y de alta resolución, en particular esto es muy importante para la acrilamida, ya que es el constituyente más abundante del gel y sus principales impurezas son ácido acrílico residual (que puede retardar la actividad electroforética de algunas proteínas), poliacrilamida lineal e iones (Garfin, 1990). En este trabajo se evaluaron distintos colorantes para el revelado de los geles de electroforesis utilizando Violeta de Genciana (cloruro de hexametildisilazano-p-rosanilina), Azure A (N,N -dimethylphenothiazin-5-ium-3,7-diamine), Azul Índigo 23 (2,2 -Bis(2,3-dihydro-3- oxoindolyliden)), con el fin de investigar la capacidad de resolución en el revelado de geles SDS-PAGE. Se utilizó Azul de Coomassie como control de comparación, ya que es el colorante que describe el método de referencia. La Tabla 1 muestra la estructura química y propiedades de los colorantes utilizados. Preparación de los geles Los geles de poliacrilamida (PAGE) son los soportes de elección para la electroforesis, porque son químicamente inertes y se forman con facilidad mediante polimerización de la acrilamida. Además, escogiendo distintas cantidades de Tabla 2. Volumen de soluciones requeridas para la preparación del gel de poliacrilamida al 12%, para el sistema Mini-Protean 3 de Bio-Rad. Soluciones Acrilamida/Bis-acrilamida (30%/0.8%) Gel separador (ml) Gel concentrador (ml) 4000 325 4x Trizma HCl/SDS 2500 625 Agua desionizada 3500 1250 Persulfato de amonio (10%) 40 12.5 Tetrametileltilendiamina (TEMED) 6.6 2.5 acrilamida y metilen-bis-acrilamida (un reactivo que realiza enlaces cruzados) y variando los tiempos de polimerización, se pueden conseguir tamaños de poro controlados (Campell, 1995), que servirán como tamices moleculares potenciando la separación de biomoléculas. Se ha planteado que la resolución de moléculas generalmente aumenta con la disminución del grosor del gel (Starr, 1997). En la Tabla 2 se describen las cantidades de soluciones requeridas para la formación de geles para el sistema Mini-Protean 3 de Bio-Rad con 12% de entrecruzamiento. Estas cantidades pueden adaptarse para otras cámaras de diversa capacidad, conservando las proporciones. Los geles de poliacrilamida utilizados, constan de dos partes y se preparan sobre moldes verticales de vidrio; el gel superior (gel concentrador) mide alrededor de 2 cm de longitud incluyendo los pocillos para aplicar las muestras; el gel inferior (gel separador) tiene un recorrido de unos 6 cm. Tabla 1. Características de los colorantes utilizados para la tinción de geles. Carrillo Soto y col., Evaluación del proceso de tinción para el análisis de proteínas por electroforesis (SDS-PAGE)

22 En la Figura 1 se observa el procedimiento para la preparación de los geles. En un tubo Falcón se mezclaron los reactivos para la preparación del gel separador y en otro tubo para el gel concentrador en las cantidades descritas en la Tabla 2. El persulfato de amonio al 10%, se añadió un instante antes de vaciar la mezcla en los moldes. Inmediatamente, se agregó la mezcla en el interior de los moldes hasta alcanzar tres cuartas partes del volumen. Después se adicionó agua desionizada para eliminar cualquier burbuja que se hubiera formado y para evitar la inhibición de la reacción por la exposición de la mezcla a altos niveles de oxígeno. Se permitió la polimerización durante un tiempo de 20 min aproximadamente. Una vez que polimerizó el gel concentrador se retiraron los peines deslizándolos suavemente hacia arriba. Los geles formados se enjuagaron depositando agua desionizada en el interior del casete para eliminar los residuos no polimerizados. Se tuvo especial precaución en el manejo de la acrilamida porque es un compuesto químico neurotóxico, mientras que la poliacrilamida no lo es; por lo que, para la preparación de geles fue necesario del uso de guantes de látex. INVURNUS, Vol. 8 No. 1 (2013): 19-26 de búfer de muestra 2x. Las muestras de suero fresco, se desnaturalizaron mediante calentamiento en baño maría a ebullición por un tiempo de 30 segundos. Se trasvasó una alícuota de 2 μl a un tubo de Eppendorf adicionándole 80 μl el búfer de muestra 2x. En la Figura 2 se describe el procedimiento para el montaje, carga de muestra y corrida electroforética. Los casetes con los geles polimerizados se desmontaron y se colocaron en el soporte con electrodos. Después se insertó la guía para la carga de muestra, las cuales fueron agregadas en cada pocillo utilizando una micropipeta con puntillas especiales para cargar la muestra colocando hasta 20 µl. Figura 1. Preparación del gel separador y concentrador. a) agregar el gel separador en el molde, b) nivelar la superficie del gel con agua, c) agregar el gel concentrador, d) colocar los peines para formar los pozos. Aplicación de muestra y desarrollo electroforético En este trabajo se realizaron corridas con muestras de suero humano y como proteína estándar se utilizó albúmina de suero de bovino (ASB). En el caso de la SDS-PAGE es necesario lograr una completa desnaturalización de las proteínas, para evitar la aparición de bandas fantasmas en la electroforesis. Las muestras de proteína se disolvieron en una solución reguladora con ph de 6.8 (búfer de muestra 2x) el cual además contenía SDS, 2-mercaptoetanol para reducir los puentes disulfuro, azul de bromo fenol y glicerol. Se prepara colocando 2 µl de muestra por 80 µl Figura 2. Montaje, carga de muestra y desarrollo electroforético. a) desmontado de los casetes del marco, b) colocación del casete en el soporte con electrodos, c) introducción del porta electrodos en el bastidor, d) colocación de guías y carga de muestra, e) montaje del bastidor dentro del mini tanque, f) llenado de la cámara de desarrollo y conexión de electrodos para iniciar la corrida. Una vez cargadas las muestras, el soporte se colocó dentro de la cámara de corrida y se llenó, incluyendo el interior del soporte de los geles, con solución búfer reguladora la cual contenía glicina, Trizma base y SDS (búfer para corrida 1x). Los electrodos se conectaron a la fuente de poder después de colocar la tapa sobre la cámara de desarrollo. Para iniciar el desarrollo electroforético, se energizó la fuente de poder aplicando una corriente eléctrica de 100 Volts, manteniéndola constante durante 2 h aproximadamente o hasta que el frente de la corrida alcanzó el borde inferior del gel. Es importante la uniformidad de temperatura a través del gel mientras ocurre la corrida electroforética, elimina el efecto de deformación de las bandas en forma de sonrisa (Garfin, 1990).

23 Revelado de los geles de SDS-PAGE Para la tinción con Azul de Coomassie se utilizó una solución de tinción compuesta por metanol (50%), ácido acético (10%), agua destilada (40%) y de Azul de Coomassie (0.05%p/v), mientras que la solución 1 para desteñido consistió de la misma mezcla con excepción del colorante, y la solución 2 para desteñido consistió de una mezcla de agua desionizada (88%) ácido acético (7%) y metanol (5%). Una vez concluida la corrida electroforética, se inició el procedimiento de revelado de los geles. Primeramente se retiraron los geles de los cristales depositándolos en un recipiente de plástico descartando el gel concentrador y dejando el gel separador para su tinción. Se agregó la solución para tinción de Azul de Coomassie procurando que el gel quedará totalmente sumergido. Para evitar los gases y olores que se desprenden, el recipiente de plástico se tapó y se colocó sobre la placa de agitación orbital, agitándose por un período de 12 h (overnight). Después del tiempo transcurrido se procedió a realizar el desteñido de los geles. Primeramente, se retiró la solución de tinción y se agregó la solución 1 de desteñido. Se agitó por espacio de 30 min y posteriormente se cambió la solución 1 por la solución de desteñido 2, dejándose en agitación por 30 min en agitador orbital o hasta que se observó el gel transparente. Después de haber terminado el revelado, los geles se colocaron en papel celofán transparente en forma de emparedado, esto permitió que el gel se secara sin causar ruptura, deformación, pérdida de la transparencia y sin necesidad de emplear calor o presión reducida ni ningún aparato especial para su manipulación, escaneo y almacenaje (Notsu y Shiratori, 1997; Moi y col., 1999). Una vez escaneado se hizo la comparación con los estándares adecuados. Validación del método Definida la técnica para el desarrollo y tinción de muestras de proteína por SDS-PAGE se procedió a la validación del método establecido aplicando las siguientes pruebas de control de calidad analítica (Murali Daharan, 2002). Linealidad. Con el fin de obtener el intervalo dinámico lineal, se realizaron corridas con muestras de suero humano (5%v/v) y ASB (0.625 mg/ml) a diferentes volúmenes de carga (0, 5, 8, 10, 15 y 20 ml) para la detección de las bandas de proteínas respectivamente (Murali Daharan, 2002). Para estos experimentos se utilizaron los distintos colorantes antes descritos, siguiendo los mismos procedimientos de tinción. Los geles fueron escaneados y analizados por densitocolorimetría en el programa de cómputo Image J 1.45 m (National Institute of Health; Rasband, 2011), se obtuvo el diagrama electroforético de las bandas y se determinó el área bajo la curva de cada banda, utilizando la herramienta del mismo programa como lo describen Ferreira y Rasband (2011). Posteriormente los datos fueron analizados por regresión lineal en el programa Excel (Microsoft Office 2010). Límite de detección. Las cantidades de proteína cargadas en cada pozo fueron del orden de microgramos. Para estos experimentos se utilizaron los distintos colorantes antes descritos, siguiendo los mismos procedimientos de tinción para determinar la cantidad mínima detectable por cada uno de los colorantes. Se analizó la capacidad de detección del método de tinción a diferentes concentraciones de muestra utilizando suero humano y ASB a distintas concentraciones indicando una relación lineal a las diferentes concentraciones. Cuando el análisis densitocolorimétrico no produjo un pico cuantificable se estableció la cantidad mínima detectable. Reproducibilidad. Con el fin de lograr una reproducibilidad comparable con otros métodos, además de que se arrojen resultados confiables, se realizaron corridas utilizando diferentes concentraciones de muestra con distintos colorantes. Se analizó la capacidad de reproducibilidad del método a diferentes concentraciones de muestra y colorantes, obteniendo resultados iguales en las repeticiones realizadas, de esta forma se logra realizar la reproducibilidad de este método, logrando un análisis confiable en la detección de proteínas por medio de revelados de geles de electroforesis SDS-PAGE. Resultados y Discusión Basados en la técnica de electroforesis de proteínas descrita por Laemmli (1970) se logró la estandarización de un método SDS-PAGE para el análisis de una proteína estándar de ASB y muestras de suero humano. Se determinó que los geles de poliacrilamida al 12% de concentración fueron los más convenientes para la separación de este tipo de muestras. Se realizaron corridas con las mismas cantidades de muestra utilizando suero humano y ASB para verificar si este método de detección es reproducible, al realizar los revelados para los geles SDS-PAGE con distintos tipos de colorantes, bajo las mismas condiciones y utilizando la metodología para azul de Coomassie logrando reducir el 75% del tiempo de análisis de porteinas por el método SDS-PAGE (Tabla 3). Tabla 3. Comparación de análisis de la electroforesis en muestras de suero humano y ASB reveladas con distintos colorantes. Tiempo (h) Azul Coomassie De tinción 12 (overnight) Método de tinción Violeta Genciana Azure A Azul índigo 23 1 1 1 De destinción 1 1 1 1 Del análisis 16 4 4 4 Carrillo Soto y col., Evaluación del proceso de tinción para el análisis de proteínas por electroforesis (SDS-PAGE)

24 En la Figura 3 se pueden observar los resultados de los distintos métodos de tinción. Se observó que el colorante violeta de genciana y azul de Coomassie son los que poseen una mayor resolución y detección de bandas a bajas concentraciones de muestra en comparación con el colorante Azure A y Azul Índigo 23. a b INVURNUS, Vol. 8 No. 1 (2013): 19-26 Área de pico Área de pico Área de pico c Figura 3. Estandarización del método de tinción con distintos colorantes. a) Violeta de Gensiana, b) Azure A, c) Azul Índigo 23, d) Azul de Coomassie. Intervalo dinámico lineal La Figura 4 muestra la regresión lineal aplicada a los datos experimentales de las áreas de los picos obtenidos por el análisis de densitocolorimetría usando el programa Image J. Se puede observar un buen ajuste del modelo lineal a los datos experimentales (R2>0.98). Sin embargo, el reactivo de violeta de genciana es el colorante que presentó la mayor correlación lineal (R2=0.995). Bajo estas condiciones, se estableció que los tres colorantes podrían ser útiles para la tinción de los geles de electroforesis en el intervalo de 3 mg hasta 12.5 mg de proteína cargados en los pozos del gel. Sin embargo, los colorantes Azure A y Azul Índigo 23 presentaron dificultad en el análisis del área de las bandas respectivas a 0.1 mg, lo que estableció como la cantidad mínima de detección para estos dos colorantes. Se realizó una corrida adicional cargando menor cantidad de proteína ASB en los pozos del gel para determinar la mínima concentración detectable utilizando el colorante de violeta de Genciana. Los resultados mostraron que este colorante puede detectar cantidad menor a 1.0 mg, además de que presentó un intervalo lineal desde 1 a 5 mg con d Figura 4. Intervalo dinámico lineal y límite de detección para distintos métodos de tinción. un coeficiente de correlación de R2=0.995. Este análisis demuestra que el Violeta de Genciana podría sustituir al azul de Coomassie el cual presenta un límite de detección similar en el procedimiento de tinción de geles. Bajo estas condiciones se estableció que el Violeta de Genciana puede detectar desde 1.0 mg hasta 12 mg de proteína manteniendo un intervalo lineal. Las ecuaciones de regresión obtenidas en este trabajo pueden ser utilizadas para la determinación de la cantidad de proteína de alguna muestra de tal manera que después de escanear el gel revelado con algún colorante se substituya en la ecuación el área del pico analizado por densitocolorimetría. Reproducibilidad Por medio de correlación lineal, se realizó la comparación del método de tinción con Violeta de Genciana en dos geles con una muestra de ASB a diferentes concentraciones (Murali Daharan, 2002). La Figura 5 muestra los geles revelados utilizando el violeta de genciana y el resultado de la correlación de las áreas de los picos correspondientes a cada banda. Se puede observar una buena correlación en los datos experimentales entre ambos geles (0.992). Además la pendiente de la correlación resultó muy cercana al valor

25 de proteína en la muestra. Esto es, para concentraciones de proteína alta existirá mayor desviación de los valores obtenidos con el azul de Coomassie. Sin embargo, cuando las concentraciones de proteína son bajas los valores de ambos métodos se encuentran con mejor correlación. Para efectos prácticos los métodos deben presentar buena correlación a bajas concentraciones de proteína. Además, con la calibración del método utilizando los estándares de proteína estos errores se pueden despreciar. Conclusiones Se estandarizó la técnica de electroforesis para el análisis de proteínas en suero humano, validando su desarrollo a través de pruebas de reproducibilidad, linealidad y límites de detección. Se redujo el tiempo de análisis al modificar el revelado de geles utilizando diferentes tipos de colorantes. Figura 5. Comparación de reproducibilidad del método de tinción con violeta de genciana. ideal (1.045), con una desviación de 4.5%. Se puede decir entonces, que el método de tinción con violeta de genciana presenta una reproducibilidad aceptable dentro del intervalo de concentraciones probadas. Los geles muestran que las bandas de las proteínas se electro transfieren con la misma intensidad y a la misma distancia relativa. Comparación con el método de referencia Por medio de correlación lineal, se realizó la comparación del método de tinción con violeta de genciana y la tinción de Coomassie como método de referencia (Murali Daharan, 2002). La Figura 6 muestra la línea diagonal como ideal, para que el método de prueba correlacione totalmente al método de referencia. Se puede observar una discrepancia en los datos experimentales respecto a la correlación ideal (0.511). Esto implica que para concentraciones mayores los valores del método de tinción con violeta de genciana quedan por debajo de los obtenidos por el método de comparación. Se puede decir entonces, que el método de tinción con violeta de genciana presenta errores proporcionales dependientes de la concentración Figura 6. Correlación entre los métodos de tinción con violeta de genciana y azul de Coomassie. Es posible el uso de colorantes comunes disponibles en cualquier laboratorio de análisis. Dentro de los colorantes investigados el violeta de genciana presentó mayor reproducibilidad, linealidad y sensibilidad, reflejada en un menor límite de detección, a concentraciones de muestra del orden de los microgramos. Los resultados de este trabajo pueden ser utilizados para posteriores investigaciones donde se requiere el uso de electroforesis. Bibliografía Campell, M.K. (1995). Biochemistry. Second edition: Saunders College Publishing p. 525. Carter, D. C., Chang B., J. X. Ho, K. Keeling, and Z.Krishnasami. (1994). Preliminary crystallographic studies of f our crystal forms of serum albumin. Eur. J. Biochem.226:1049 1052. Da Woon J, Gyoung Hoon T, Jin Wook L, Chan Jin B, Gil Young K, Gyurng Soo Y, y Jung Kap C. (1998). Detection of proteins in poliacrilamida gels using eriochrome black T rhodamina B. Anal. Biochem.; 263:118-120. Davis, B.J. (1964) Disc Electrophoresis. 2, Method and application to human serum proteins Ann. N.Y. Acad. Sci., 121, 404 427. Ferreira T. and Rasband W. (2010-2011) The magej User Guide IJ 1.45 pp. 129-130, imagej.nih.gov/ij/docs/ guide/. García H.M. (2000) Adaptación de geles de poliacrilamida a sistema PhastSystem. Tesis de Maestría. Facultad de Biología Universidad de la Habana, La Habana Cuba. Garfin, D.E. (1990). One dimensional gel electrophoresis. En Methods in Enzymology. vol 182. Academic press. p. 425. Carrillo Soto y col., Evaluación del proceso de tinción para el análisis de proteínas por electroforesis (SDS-PAGE)

26 Laemmli UK (1970). Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature 227 (5259): 680 685 Moi M.K., Chan R.T., Becker R.G., Chalmers K.C., inventors; 1999 C C IMEX assignee. Horizontal gel electrophoresis casting cassette. US patent 5 938 906. Aug 17. Murali Dharan, M.S. (2012). Comparación de procedimientos. En Control de Calidad en los Laboratorios Clínicos. Editorial Reverte. Barcelona España. Pp. 163-172. Notsu K. and Shiratori M, inventors; Daiichi Pure Chemicals Co., assignee. Method for drying polyacrylamide gel after electrophoresis, US patent 5 635 046. 1997 june 3. Ornstein L (1964) Disc Electrophoresis I. Background and theory. Ann. N.Y. Acad. Sci., 121, 321 349. Patron F. C, Hardy E, Sosa A, Seoane J, Castellanos L. (1995). Double staining of coomassie blue-stained polyacrylamide gels by imidazole-sodium dodecyl sulfate-zinc reverse staining: sensitive detection of coomassie blue-undetected proteins. Anal Biochem. 1;224(1):263-9. Rasband, W.S., ImageJ, U.S. National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, imagej.nih.gov/ij/, 1997 2011. Raymond, S. y Weintraub, L. (1959). Acrylamide Gel as a Supporting Medium for Zone Electrophoresis. Science, 130, (3377) 711-711. Schägger H, Von Jagow G. 1987 Tricine-sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis for separation of proteins in the range from 1 to 100kDa. Analytical Biochemistry; 166, 368-379. Starr CM, inventors; Glyko, Inc., Assignee. Utilization of additives and defined storage systems to increase the stability and performance of electrophoresis media. US patent 5,660,702. 1997 Aug 26. Tiselius (1937). A new apparatus for electrophoretic analysis of colloidal mixtures. Transactions of the Faraday INVURNUS, Vol. 8 No. 1 (2013): 19-26 Society, 33, 524. Kimball, Ralph & Ross M. 2003. Entrepòts de données, Guide pratique de modélisation dimensionnelle. France : Vuibert. Belot, Aurélian. 2002. Développement d un logiciel de cartogaphie de l offre et de la demande de soins hospitaliers en France. France : Projet ADELEM-SIGT. Gray, J., Bosworth, A., Layman, A. & Pirahesh, H. 1995. Data Cube: A Relational Aggregation Operator Generalizing Group-By, Cross-Tab and Sub-Totals. USA: Microsoft. Harinarayan, V., Rajaraman, A. & Ullman, J. 1995. Implementing Data Cubes Efficiently. A full version. USA: Stanford. Harinarayan, V., Rajaraman, A. & Ullman, J. 1996. Implementing Data Cubes Efficiently. USA: SIGMOD- ACM. Gupta, A & Mumick, I. 1995. Maintenance of Materialized Views: Problems, Techniques and Applications, Revista, vol. 18, núm 2. USA: IEEE Quarterly Bulletin on Data Engineering: Special Issue on Materialized Vies and Data Warehousing. Levy, A., Mendelzon, A., Sagiv, Y. & Srivastava, D. 1995. Answering Queries Using Views. USA: Proceedings of the 14th ACM SIGACT-SIGMOD-SIGART. Chan, G., Li, Q. & Feng, L. 1999. Design and Selection of Materialized Views in Data Warehousing: A Case Study. USA: ACM International Workshop on Data Warehousing and OLAP. Yang, J., Karlapalem, K. & Li, Q. 1997. Algorithms for Materialized View Design in Data Warehousing Environment. USA: Very Large Data Bases. Baril, X. & Bellahsène, Z. 2003. Selection of Materialized Views: A Cost-Based Approach. USA: J. Eder and M. Missikoff. Zhang, C., Yao, X. & Yang, J. 2001. An evolutionary approach to materialized view selection in da data warehouse environment, Revista, Vol 31. USA: IEEE Trans. Systems, Man, Cybernetics, PART C.