1 MACROPROCESO GENERAL Procedimiento general GC DTL CSm ED01 Nombre y Cargo CARTERA DE SERVICIO DE MICROBIOLOGÍA Firma U. Organizativas Afectadas: Hospital Universitario Virgen de la Victoria Fecha Encarnación Clavijo Frutos y FEAs de Microbiologia Revisado Encarnación Clavijo Frutos Aprobado Juan de Dios Colmenero Castillo
2 Cartera de Servicios del Laboratorio de Microbiología H.U. Virgen de la Victoria (Málaga)
3 Este documento ha sido elaborado por: Coordinadora de la Unidad Prfa. Titular FEA del Servicio de Microbiología (H.U. Virgen de la Victoria) E. Clavijo Frutos FEA Microbiología M.V. García López M. Ortega Torres I. Viciana Ramos L. Mora Navas B. Perea López
4 Cartera de servicios del Laboratorio de Microbiología La actividad asistencial del Servicio de Microbiología del HUVV se realizará de la siguiente manera: Lunes a Viernes 8-22 h: Actividad normal, recepción, estudio e informe de muestras ordinarias y urgentes. 22-8h: Conservación de las muestras y realización de las pruebas urgentes Sábado, Domingo y Festivos 8-15 h: Actividad normal, recepción, estudio e informe de muestras ordinarias y urgentes. 15-8h: Conservación de las muestras y realización de las pruebas urgentes El teléfono de contacto para la actividad de urgencias es el 677904134 Los facultativos pertenecientes al Servicio de microbiología del HUVV realizan actividad de asistencia continuada (15:00 a 22:00) de lunes a viernes. Los sábados, domingos y festivos realizan jornada complementaria de 8:00 a 15:00 h y a partir de esta hora están de guardia localizada los residentes.
5 1- Determinaciones urgentes DETERMINACIONES MUESTRAS SERVICIOS AUTORIZADOS Detección de antígeno de S.pneumoniae Orina Todos los servicios Detección de antígeno de L.pneumophila Orina OTRAS CARACTERÍSTICAS Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Tinción de Plasmodium spp Sangre Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Detección de hemocultivos positivos Detección de antígeno de S. agalactiae Rosa de Bengala (Brucella spp) Monosticón Vagino-rectal / orina (R.N.) Suero Suero Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Siempre acompañado de frascos de hemocultivos. Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Antígeno de superficie VHB Detección de anticuerpos VIH Suero Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Suero Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia
6 Tinción de Gram LCR Líquidos biológicos estériles Muestras procedentes de quirófano y radiología intervencionista Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Tinción de Ziehl (TBC) Muestra respiratoria Área de urgencias Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Tinción de Tinta china LCR Previo contacto y acuerdo con Facultativo de guardia Procesamiento de las muestras debidamente justificadas con la realización de los cultivos pertinentes
7 2- Cartera de servicios por muestra MUESTRA DETERMINACIÓN TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR VOLUMEN MÍNIMO - T.Gram - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 y hongos 3 - Micobacterias 1 - de bacterias (Brucella 4, Nocardia 2 ) 2días 7 días Jeringa con tapón Tubo cónico estéril de tapón de rosca 1-5ml Biopsia - T. Gram 3 - Cultivo de bacterias aerobias y hongos - H. pylori (biopsia gástrica o duodenal) 7 días 7 días con suero fisiológico Biopsia de tejidos blandos - T.Gram 2 3 - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias y hongos 7 días - Micobacterias 1 7 días con suero fisiológico Biopsia de tracto respiratorio (PPA,PBP,BP) - T.Gram y Pneumocystis 2 3 - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias y hongos - Cultivo de Nocardia 2, - Cultivo e inmunofluorescencia de Legionella 2 - Micobacterias 1 7 días 7 días fisiológico con suero - T. Gram - Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 2 días 5 días - Cultivo de Nocardia 2, - Cultivo e inmunofluorescencia de Legionella 2 - Micobacterias 1 2-10ml Catéter -Cultivo semicuantitativo (T. de Maki) -Cultivo cuantitativo 2 días 5 días 3-4 cm (porción más distal) - T. Gram y Pneumocystis (solo en esputo inducido) 2 días 5 días Esputo - Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 - Cultivo de Nocardia 2 - Cultivo e inmunofluorescencia de Legionella 2 - Micobacterias 1 2-4 ml 1-Ver apartado correspondiente 2- El tiempo máximo de respuesta será de 7 días 3- El tiempo máximo de respuesta para hongos filamentosos será de 15 días 4- El tiempo de respuesta máximo será de 21 días 9- Solicitar en el laboratorio de Microbiología.
8 MUESTRA DETERMINACIÓN TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR VOLUMEN MÍNIMO E. Conjuntival - Cultivo de bacterias aerobias - Chlamydia E. Endocervical - Cultivo de bacterias aerobias (gonococo) y hongos - Detección de Mycoplasma - Detección de Chlamydia 2 días 5 días Torunda con medio de transporte (cultivo) Torunda sin medio (Chlamydia) 9 2 días 5 días -Torunda con medio de transporte (cultivo) - 2 Torundas sin medio de transporte (Mycoplasma y Chlamydia) 9 E. Endometrial - T. Gram - Cultivo bacteriano 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. Faringo-amigdalar - Cultivo de bacterias aerobias 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. Fistulas E. Herida - T.Gram - Cultivo de bacterias aerobias y hongos - T.Gram 2 - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias y hongos 3 - Micobacterias 1 2 días 5 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca 1-5ml 2 días 5 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Torunda con medio de transporte (no para estudio de anaerobios) Exudado Nasal -Estudio de portadores de MRSA 2 días 5 días Torunda con medio de transporte Aspirado sinusal - Cultivo de bacterias aerobias y anaerobias 2 días 5 días de catéter - T.Gram 2 días 5 días Torunda con medio de transporte - Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 3 E. Oral - Cultivo de hongos 2 días 5 días Torunda con medio de transporte 1-Ver apartado correspondiente 2- El tiempo máximo de respuesta será de 7 días 3- El tiempo máximo de respuesta para hongos filamentosos será de 15 días 4- El tiempo de respuesta máximo será de 21 días 9- Solicitar en el laboratorio de Microbiología.
9 E. ótico DETERMINACIÓN Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 TIEMPO DE RESPUESTA Min Max 2 días 5 días CONTENEDOR Torunda con medio de transporte MINIMO E. uretral -T. Gram -Cultivo bacterias aerobias -Detección de Mycoplasma - Detección de Chlamydia Torunda con medio de transporte (cultivo) 2 días 5 días 2 Torundas sin medio de transporte (Mycoplasma y Chlamydia) 9 E. vaginal -T. Gram -Cultivo bacterias aerobias y hongos -Embarazadas: Despistaje de S. agalactiae - Detección de Chlamydia (estudio de ITS) 2 días 5 días Torunda con medio de transporte (cultivo) Torunda sin medio de transporte (Chlamydia) 9 Heces -Fresco -Cultivo de enteropatógenos -Toxina Clostridium difficile 1 -Antígenos Rotavirus, Adenovirus, Helicobacter, Astrovirus. 1 - E.coli EH 1 -Parásitos 1 -Micobacterias 1 2 días 5 días - H. formadas/ pastosas: 4-6 gr H. diarreicas:5-10ml Adultos: 5-10 ml/ -T. Gram Hemocultivo - botella hemocultivo aerobio por botella - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 2 extracciones y hongos 3 2 días 5 días - botella hemocultivo anaerobia (cada extracción - Micobacterias 1 con una botella - Cultivo de bacterias especiales (Brucella 4, - botella pediátrica aerobia y otra Nocardia 2 ) anaerobia) Pediátricos: 0,5-3ml en botella pediátrica 1-Ver apartado correspondiente 2- El Tiempo máximo de respuesta será de 7 días 3- El tiempo máximo de respuesta para hongos filamentosos será de 15 días 4- El tiempo de respuesta máximo será de 21 días 9- Solicitar en el laboratorio de Microbiología.
10 Jugo gástrico -Micobacterias 1-5-10ml Lavado broncoalveolar - T. Gram y Pneumocystis - Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 - Cultivo de Nocardia 2 2 días 5 días - 2-10ml - Cultivo e inmunofluorescencia de Legionella 3 - Micobacterias LCR Líquidos orgánicos - T Gram - Criptococo (tinta china/latex) - Cultivo de bacterias y hongos - PCR (CMV, VHS,VVZ, Enterovirus) - Micobacterias 1 - Serología sífilis 1 - Ag Neumococo, Neisseria, Haemophilus, E.coli K1, S. agalactiae - Brucella -Amebas -T.Gram -Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 y hongos -Micobacterias 1 -PCR (CMV, VHS,VVZ, Enterovirus) -Ag neumococo (L. pleural) 1 2 días 5 días -Tubo cónico estéril de tapón de rosca 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca - 1ml (estudio bacteriano rutinario) - Para otras determinaciones 0,5ml adicionales por cada uno de los estudios - 10ml (estudio rutinario) - Anaerobios inyectar de 5-10ml en botella anaerobia de hemocultivos Material protésico - Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 2 días 7 días -Cultivo de bacterias aerobias, anaerobias 2 1 días 5 días (punción suprapúbica) y hongos -Micobacterias 1 Orina -Detección Ag neumococo, Legionella -Parásitos 1 - Detección de Chlamydia (estudio de ITS en varón) Raspado conjuntival y corneal Cultivo de bacterias aerobias y hongos 3 2 días 5 días Portaobjetos y medios de cultivo 5-5-10ml -Micobacterias 100ml -Parásitos orina 24 h - Virus 1ml
11 MUESTRA DETERMINACIÓN - T.Gram - Cultivo de bacterias aerobias, Úlcera anaerobias 2 y hongos - Micobacterias 1 Sangre - Serología 1 - PCR - Parásitos 1 Secreción prostática TIEMPO DE RESPUESTA Min Max CONTENEDOR 2 días 5 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Torunda con medio de transporte (no para anaerobios) (Técnica de Meares-Stamey) - Cultivo 2 días 5 días VOLUMEN MINIMO - Orina 10ml - Fluido prostático toda la muestra que se obtenga Semen - Cultivo aerobio y hongos 2 días 5 días - Cultivo de Mycoplasma y Ureaplasma 1-Ver apartado correspondiente 2- El tiempo máximo de respuesta será de 7 días 3- El tiempo máximo de respuesta para hongos filamentosos será de 15 días 4- El tiempo de respuesta máximo será de 21 días 5-Contactar previamente con el laboratorio de Microbiología
12 3-Micobacterias DETERMINACIÓN Cultivo Hemocultivo MUESTRA - Absceso - Biopsias - Bronco-aspirado(BAS) - Exudados 7 - Esputo - Esputo inducido (EI) - Heces 7 - Jugo gástrico - Lavado bronqueoalveolar (BAL) - LCR - Líquidos orgánicos (pleural, abdominal ) - Orina TIEMPO DE RESPUESTA MAXIMO 42dias (si cultivo negativo) 42dias (si cultivo negativo) CONTENEDOR botella Myco/F-lytic (solicitar al laboratorio de microbiología) VOLUMEN MINIMO - Orina 100 ml ( tres días consecutivos) - Esputo, EI, BAL, BAS (tres muestras 5-10 ml) 1-5ml IGRA-Quantiferon 7días Tubos específicos (solicitar al laboratorio de microbiología) Tinción Auramina 6 Min 1día Max 3días Tinción Ziehl Neelsen 6 Urgente 1 Detección mediante PCR 5 1 1-Ver apartado correspondiente 5-Contactar previamente con el laboratorio de microbiología 6- mismas muestras que para el cultivo 7- Justificar petición
13 4- Serología TIEMPO DE MÍNIMO Aspergillus (Galactomanano) Suero BAL 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Adenovirus Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Borrelia burgdorferi Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Brucella Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Chlamydophila pneumoniae Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Chlamydophila psittaci Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Chlamydia trachomatis Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Citomegalovirus Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Coxiella burneti Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Entamoeba histolytica Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Epstein-Barr Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml
14 TIEMPO DE E. granulosus Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml MEDIO Erythrovirus B19 Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Helicobacter pylori Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml HSV 1+2 Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Hepatitis A IgM/G Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Hepatitis B AgHBs ahbs ahbc ahbc IgM AgHBe ahbe Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Hepatitis C ahvc Confirmatorio Hepatitis Delta IgM Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Legionella pneumophila Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Leishmania Suero 3días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml
15 Leptospira Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Mycoplasma pneumoniae Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Parotiditis Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Rickettsia conorii Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Rickettsia typhi Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Rubéola Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Sarampión Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Sífilis Suero LCR (VDRL) 3días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Tubo cónico estéril de tapón de rosca Toxoplasma gondii Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Trypanosoma cruzi Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Varicela-Zoster Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml
16 Virus influenza A,B Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Virus VIH (ELISA, ELFA, test confirmatorio) Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Virus parainfluenza Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml VRS Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml Yersinia enterocolítica Yersinia Pseudoyuberculosis Suero 2días 7días Tubo sin anticoagulante 7ml
17 5-Detección de antígenos DETERMINACIÓN MUESTRA TIEMPO DE CONTENEDOR VOLUMEN MÍNIMO Max Adenovirus Heces diarreicas 1día 3 días Astrovirus Heces diarreicas 1día 3 días Clostridium difficile (Detección de toxina) Heces diarreicas 1día 4 días Cryptococcus LCR 1día 3 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca E. coli O157:H7 Heces diarreicas 1día 3 días Helicobacter pylori Heces 1día 3 días Legionella pneumophila Orina 1día 3 días Rotavirus Heces diarreicas 1día 3 días S. pneumoniae Orina, L. pleural 1día 3 días Virus VIH Suero, plasma Urgente 1 Tubo sin anticoagulante 7mL Antígenos solubles: - Neisseria meningitidis, -Streptococcus pneumoniae, -Haemophilus influenzae, -Streptococcus agalactiae LCR Urgente -Tubo cónico estéril de tapón de rosca 1mL
18 6. Biología molecular CMV BAL Biopsia LCR Orina Plasma 2 días 7 días Orina 1ml Plasma 2ml Tubo cónico estéril de tapón de rosca LCR>0.5ml Enterovirus LCR Plasma 2 días 7 días Orina 1ml Plasma 2ml Tubo cónico estéril de tapón de rosca LCR : 0.5 ml Genotipo virus hepatitis C, Plasma Suero 2 día 15 dias 20iddi Tubo sin anticoagulante 2ml 7 ml Carga viral C Plasma 2 días 10 días 2 ml VHS 1,2 LCR Plasma Exudado úlcera 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Torunda sin medio de transporte LCR>0,5ml Plasma 2ml VHS 6,7,8 LCR Plasma 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca LCR>0,5ml Plasma 2ml Micobacterias : Detección del complejo tuberculosis Absceso, Biopsias, Bronco aspirado, Exudados 7, Esputo, Esputo inducido, Heces 7, Jugo gástrico, Lavado bronquioalveolar, LCR, Líquidos orgánicos (pleural, abdominal ), Orina 1día 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca 1ml
19 Mycoplasma spp. Sobrenadante de cultivo celular 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca VHB Suero ó Plasma 7días 21 días Tubo sin anticoagulante o 7ml Genotipo y estudio de resistencia) Carga viral Suero ó plasma 2 días 10 días Virus influenzae A/B Muestra respiratoria (Frotis faríngeo, frotis nasal, aspirado nasofaríngeo) 2días 3 días Torunda con medio de transporte viral Virus varicela-zoster LCR Plasma Vesícula 2 días 7 días Tubo cónico estéril de tapón de rosca Torunda sin medio de transporte LCR>0,5ml Plasma 2ml Virus del papiloma humano Condilomas Endocervical 1día 15días Torunda sin medio de transporte VIH Carga viral Resistencia VIH Resistencia Tropismo viral integrasa Plasma 2días 10 días 7 días 21 días 7 días 21 días 7 días 21 días 7ml PCR Chlamydia trachomatis Neisseria gonorrhoeae Exudado vaginal Exudado endocervical Orina (varón) Exudado rectal Exudado faríngeo 7días 14 días Torunda sin medio de transporte 7- Justificar petición 8-Es necesario contactar con microbiología para justificación y aceptación de la realización de la prueba
20 7-Parásitos/Hongos DETERMINACIÓN MUESTRA TIEMPO DE RESPUESTA CONTENEDOR VOLUMEN MÍNIMO Min Max -Valorar la periodicidad de la filaria para la extracción diurna o Microfilarias nocturna de la muestra. Sangre 2días 4días -Si la filaria no presenta periodicidad extraer dos muestras(diurna/nocturna) La toma de muestras deberá Oxiuros Test de Graham 2días 4días Porta-objetos con cinta adhesiva realizarse a primera hora de la mañana Parásitos intestinales Heces 2días 4días -Contenedor específico para parásitos con conservantes -Si se sospecha Cryptosporidium spp, Giardia o Entamoeba enviar heces frescas sin conservantes () Parásitos en orina Orina de 24h 2días 4días Contenedor específico para orina de 24 h Orina: muestra de las 11 A.M. tras 10 minutos de ejercicio Parásitos sanguíneos Sangre 2días 4días Toma de muestra para estudio de dermatofitos Escamas uñas Escamas piel Pelos 2días 21días Contenedor estéril Previa cita al número 951032080, la toma se puede realizar en la consulta del Servicio de Microbiología
21 8-Vigilancia epidemiológica/vigilancia infección nosocomial TIEMPO DE RESPUESTA Min Max MÍNIMO E. Faringo-amigdalar - Estudio de portadores de MRSA - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. ótico - Estudio de portadores de MRSA - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte Exudado Nasal - Estudio de portadores de MRSA - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. pliegues cutaneos - Estudio de portadores de MRSA - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte E. Rectal - Estudio de bacterias multiresistentes 2 días 5 días Torunda con medio de transporte Estudio de necropsias Contenedor estéril L. pneumophila - Agua y muestras ambientales 2 días 14días Contenedor estéril