Alineamientos Bioinformática. Daniel M. Alberto M. Fernando M.
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- Víctor Manuel Lagos Poblete
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1 Alineamientos Bioinformática Daniel M. Alberto M. Fernando M.
2 Repasando Qué son los alineamientos?
3 Repasando Qué son los alineamientos? Comparación de dos o más secuencias de DNA.
4 Repasando Qué son los alineamientos? Comparación de dos o más secuencias de DNA. Para qué sirven los alineamientos?
5 Repasando Qué son los alineamientos? Comparación de dos o más secuencias de DNA o proteínas. Para qué sirven los alineamientos? Permite resaltar las zonas similares de las secuencias. Relaciones funcionales. Relaciones evolutivas.
6 Repasando Qué son los alineamientos? Comparación de dos o más secuencias de DNA o proteínas. Para qué sirven los alineamientos? Permite resaltar las zonas similares de las secuencias. Relaciones funcionales. Relaciones evolutivas. Y las zonas no comunes?
7 Repasando Qué son los alineamientos? Comparación de dos o más secuencias de DNA o proteínas. Para qué sirven los alineamientos? Permite resaltar las zonas similares de las secuencias. Relaciones funcionales. Relaciones evolutivas. Y las zonas no comunes? Posibles mutaciones, cambios en el linaje
8 Repasando Cómo se alinea?
9 Repasando Cómo se alinea? Se parte de dos (o más) secuencias.
10 Repasando Cómo se alinea? Se parte de dos (o más) secuencias. Se aplican operaciones sobre ellas para igualarlas.
11 Repasando Cómo se alinea? Se parte de dos (o más) secuencias. Se aplican operaciones sobre ellas para igualarlas. Inserción Borrado Sustitución (desacuerdo) O coincidencia
12 Repasando Cómo se alinea? Se parte de dos (o más) secuencias. Se aplican operaciones sobre ellas para igualarlas. Inserción Borrado Sustitución (desacuerdo) O coincidencia Se aplica una valoración a cada operación, dando una valoración final a la comparación de las secuencias.
13 Repasando Cómo se alinea? Se parte de dos (o más) secuencias. Se aplican operaciones sobre ellas para igualarlas. Inserción Borrado Sustitución (desacuerdo) O coincidencia Se aplica una valoración a cada operación, dando una valoración final a la comparación de las secuencias. Función de similitud.
14 Repasando Cómo se logra? Programación dinámica. Grafos de edición. Heurísticas.
15 Repasando Mutaciones aceptadas: PAM
16 Repasando Mutaciones aceptadas: PAM Mutaciones en una proteína que NO afectan a su función biológica, y puede pasar a la siguiente generación.
17 Repasando Mutaciones aceptadas: PAM Mutaciones en una proteína que NO afectan a su función biológica, y puede pasar a la siguiente generación. Dos secuencias están a una unidad PAM si una se transforma en la otra por mutaciones aceptadas.
18 Repasando Mutaciones aceptadas: PAM Mutaciones en una proteína que NO afectan a su función biológica, y puede pasar a la siguiente generación. Dos secuencias están a una unidad PAM si una se transforma en la otra por mutaciones aceptadas. Importante luego.
19 Herramientas de alineamiento Existen herramientas diversas: Clustal Omega Permite alinear MSAviewer Visualización y estudio de alineamientos
20 Clustal Omega Herramienta de alineamiento para 3 o más secuencias.
21 Clustal Omega Herramienta de alineamiento para 3 o más secuencias. Existen otras herramientas para sólo 2 secuencias.
22 Clustal Omega Herramienta de alineamiento para 3 o más secuencias. Existen otras herramientas para sólo 2 secuencias. Permite comprobar qué características se repiten.
23 Clustal Omega Herramienta de alineamiento para 3 o más secuencias. Existen otras herramientas para sólo 2 secuencias. Permite comprobar qué características se repiten. Permite comprobar qué regiones se mantienen más.
24 Clustal Omega Herramienta de alineamiento para 3 o más secuencias. Existen otras herramientas para sólo 2 secuencias. Permite comprobar qué características se repiten. Permite comprobar qué regiones se mantienen más. Facilita el análisis filogenético.
25 Clustal Omega Herramienta de alineamiento para 3 o más secuencias. Existen otras herramientas para sólo 2 secuencias. Permite comprobar qué características se repiten. Permite comprobar qué regiones se mantienen más. Facilita el análisis filogenético. Sustituciones que han ocurrido a lo largo de la evolución. Relaciones evolutivas entre secuencias.
26 Clustal Omega: Uso Vamos a usar la versión instalada en Linux. Existe también una versión de navegador. Es visualmente más cómoda y comprensible.
27 Clustal Omega: Uso Versión del s
28 Clustal Omega: Uso Introducción de datos: Fichero con las secuencias Formatos: NBRF / PIR EMBL / UniProt FASTA GDE Clustal GCG / MSF RSF
29 Clustal Omega: Uso Introducción de datos: Fichero con las secuencias Formatos: NBRF / PIR EMBL / UniProt FASTA GDE Clustal GCG / MSF RSF
30 Clustal Omega: Uso Selección de alineamiento
31 Clustal Omega: Uso
32 Clustal Omega: Uso Formato de salida: Ajustable Fichero con los resultados
33 Clustal Omega: Navegador Entrada: Secuencias o ficheros soportados.
34 Clustal Omega: Uso Salida: diversos formatos disponibles.
35 Clustal Omega: Uso Se puede pedir para llevar. Se envían los resultados al correo.
36 Clustal Omega: Uso
37 Clustal Omega: Uso Puntuación
38 Clustal Omega: Uso Puntuación Comparaciones
39 Clustal Omega: Uso Qué símbolos de consenso se usan? Asterisco ( * ): Coincidencia. Dos puntos ( : ): Existe una conservación fuerte. (el nuevo elemento es bastante equivalente, con una puntuación >0.5 en una matriz 250 PAM) Un punto (. ): Existe una conservación débil. (el nuevo elemento es algo equivalente, con una puntuación <0.5 y >0 en una matriz 250 PAM) Espacio ( ): No hay coincidencia.
40 Clustal Omega: Uso Otras muchas posibilidades:
41 MSAviewer Visualización de alineamientos
42 MSAviewer Visualización de alineamientos Sencilla Muy comprensible Cómoda Intuitiva
43 MSAviewer Más a fondo Datos de entrada en diversos formatos: MSA en FASTA o CLUSTAL. GFFv3 o JalView. Árbol filogenético en Newick.
44 MSAviewer Más a fondo Datos de entrada en diversos formatos: MSA en FASTA o CLUSTAL. GFFv3 o JalView. Árbol filogenético en Newick. Datos de salida: Panel principal Panel vista de pájaro (El de arriba, más simple)
45 MSAviewer Más a fondo Ordenamiento de secuencias
46 MSAviewer Más a fondo Ordenamiento de secuencias Por identificador. Por etiquetas. Por el número de gaps. Por secuencias de consenso.
47 MSAviewer Más a fondo Ordenamiento de secuencias Por identificador. Por etiquetas. Por el número de gaps. Por secuencias de consenso. Filtrado de secuencias.
48 MSAviewer Más a fondo Otras formas de visualización, ajustes...
49 MSAviewer Más a fondo Exportación de resultados a otros formatos. Fasta URL. GFF. PNG.
50 Más información Web Elvira Nosotros Daniel: Fernando: Alberto:
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