Alineamiento de pares de secuencias

Transcripción

1 Dr. Eduardo A. RODRÍGUEZ TELLO CINVESTAV-Tamaulipas 30 de mayo del 2013 Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

2 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

3 Introducción 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

4 Introducción Alineamiento de pares de secuencias Introducción La comparación de secuencias es una de las actividades fundamentales en el análisis bioinformático Es un primer paso hacia el análisis estructural y funcional de nuevas secuencias descubiertas A medida que nuevas secuencias están siendo generadas a tasas exponenciales, la importancia de la comparación de secuencias ha aumentando considerablemente Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

5 Introducción Alineamiento de pares de secuencias Introducción Esto se debe a que gracias a la comparación de secuencias es posible realizar inferencias sobre la evolución de una nueva proteína en base a proteínas existentes en las bases de datos (BD) El proceso fundamental detrás de este tipo de comparación es el alineamiento de secuencias En términos simples el alineamiento de secuencias es el proceso en el cual diferentes secuencias son comparadas mediante la búsqueda de patrones de caracteres comunes y el establecimiento de correspondencias residuo-residuo entre secuencias relacionadas Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

6 Introducción Alineamiento de pares de secuencias Introducción El alineamiento de pares de secuencias es el proceso de alineamiento de dos secuencias y es la base de diversas herramientas de análisis de secuencias: Alineamiento múltiple de secuencias Desarrollo de modelos ocultos de Márkov (búsqueda de familias de proteínas) Predicción de la estructura 3D de proteínas Análisis filogenético Búsqueda de similitud en BD Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

7 Introducción Alineamiento de pares de secuencias Introducción Alineamiento de secuencias producido con ClustalW entre dos secuencias de proteínas zinc finger disponibles en GenBank Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

8 Evolución de secuencias 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

9 Evolución de secuencias Evolución de secuencias El ADN y las proteínas son producto de la evolución Recordemos que los componentes básicos de estas macromoléculas (bases y aminoácidos) forman secuencias lineales que determinan la estructura primaria de las moléculas Una característica importante de estas moléculas es que codifican la historia de millones de años de evolución Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

10 Evolución de secuencias Evolución de secuencias Durante este largo período de evolución las secuencias moleculares han sufrido cambios aleatorios (mutaciones) que las hacen diferir Sin embargo, algunos rastros de la evolución pueden quedar en ciertas porciones de las secuencias, lo que permite identificar los ancestros comunes La presencia de estos rastros se debe a que los residuos que realizan papeles importantes (funcionales o estructurales) tienden a ser preservados por la selección natural Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

11 Evolución de secuencias Evolución de secuencias Por otra parte los residuos que son menos cruciales tienden a mutar más frecuentemente Ejemplo: los sitios activos de los residuos de una familia de enzimas tienden a ser conservados porque son responsables de las funciones catalíticas Gracias a la comparación de secuencias mediante alineamiento es posible identificar la conservación y variación de patrones Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

12 Evolución de secuencias Evolución de secuencias El grado de conservación en el alineamiento revela las relaciones evolutivas de secuencias diferentes Mientras que la variación entre secuencias refleja los cambios que han ocurrido durante la evolución (substituciones, inserciones y eliminaciones) Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

13 Evolución de secuencias Evolución de secuencias La identificación adecuada de las relaciones evolutivas entre secuencias permite caracterizar la función de secuencias desconocidas de la siguiente forma: Cuando un alineamiento de secuencias revela una similitud significativa entre un grupo de secuencias entonces se puede considerar que pertenecen a la misma familia (mismo origen evolucionario) Si un miembro de esa familia tiene una estructura o funciones conocidas, entonces esa información puede extrapolarse a aquellos que aún no se han caracterizado experimentalmente Es así como el alineamiento de secuencias es usado como base para la predicción de la estructura y función de secuencias no caracterizadas Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

14 Evolución de secuencias Evolución de secuencias Extrapolación de información acerca de una secuencia utilizando las características conocidas de otra secuencia Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

15 Evolución de secuencias Evolución de secuencias Relaciones en la evolución de secuencias Misma secuencia Mismo origen Misma función Mismo plegado 3D Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

16 Homología y similitud de secuencias 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

17 Homología y similitud de secuencias Homología y similitud de secuencias Un concepto importante en el análisis de secuencias es la homología de secuencias Cuando dos secuencias descienden de un origen evolucionario común, se dice que tienen una relación homóloga o que comparten una homología Por su parte la similitud de secuencias mide el porcentaje de residuos alineados que son similares en cuanto a propiedades fisicoquímicas tales como el tamaño, carga, e hidrofobicidad Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

18 Homología y similitud de secuencias Homología y similitud de secuencias Aun cuando los dos términos suelen confundirse, es importante distinguir sus diferencias La homología de secuencias es una conclusión (inferencia) acerca de una relación ancestral común hecha a base de comprobar que existe un grado de similitud suficientemente alto entre las secuencias comparadas La homología es una afirmación cualitativa (homólogas o no homólogas) Por otra parte, la similitud es un resultado directo de la observación de un alineamiento de secuencias y se cuantifica usando porcentajes (40 % similitud) Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

19 Homología y similitud de secuencias Homología y similitud de secuencias En la práctica el decidir a que nivel de similitud puede uno inferir relaciones de homología no es siempre fácil La respuesta depende del tipo de secuencias examinadas y de sus longitudes Las secuencias de nucleótidos consisten solo de 4 caracteres, y por lo tanto, las secuencias no relacionadas tiene al menos 25 % de oportunidad de ser idénticas Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

20 Homología y similitud de secuencias Homología y similitud de secuencias Para las secuencias de proteínas, hay 20 posibles residuos de aminoácidos, y por lo tanto dos secuencias no relacionadas pueden coincidir hasta en 5 % de los residuos por azar Además si se permiten huecos, el porcentaje puede incrementarse entre 10 y 20 % La longitud de las secuencias también es un factor muy importante Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

21 Homología y similitud de secuencias Homología y similitud de secuencias Entre más corta es una secuencia más alta es la posibilidad de que algún alineamiento se deba al azar Entre más larga es una secuencia es menos probable que una coincidencia en el mismo nivel de similitud sea atribuible al azar Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

22 Homología y similitud de secuencias Homología y similitud de secuencias Tres zonas de los alineamientos de secuencias: homólogas, probablemente homólogas, no es posible determinar homología Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

23 Similitud e identidad de secuencias 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

24 Similitud e identidad de secuencias Similitud e identidad de secuencias Otros dos conceptos relacionados con la comparación de secuencias son la similitud y la identidad de secuencias Cuando se trata de secuencias de nucleótidos estos dos términos son sinónimos Sin embargo, para secuencias de proteínas los dos conceptos son muy diferentes Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

25 Similitud e identidad de secuencias Similitud e identidad de secuencias En el alineamiento de secuencias de proteínas, la identidad de secuencias se refiere al porcentaje de coincidencias de los mismos residuos de aminoácidos entre las dos secuencias alineadas Por su parte la similitud de secuencias se refiere al porcentaje de residuos alineados que tienen características fisicoquímicas similares y que pueden ser substituídos entre sí Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

26 Similitud e identidad de secuencias Similitud e identidad de secuencias Para calcular el porcentaje de similitud de dos secuencias se emplea la siguiente fórmula que hace uso de la totalidad de las longitudes de ambas secuencias: S = [(L s 2)/(L a + L b )] 100 (1) donde S es el porcentaje de similitud de las secuencias, L s es el número de residuos alineados con características similares, y L a, L b son las longitudes totales de cada secuencia Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

27 Similitud e identidad de secuencias Similitud e identidad de secuencias La identidad (I) de las secuencias puede ser calculada de manera similar: I = [(L i 2)/(L a + L b )] 100 (2) donde L i es el número de residuos alineados idénticos Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

28 Métodos de alineamiento de secuencias 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

29 Métodos de alineamiento de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias El alineamiento de pares de secuencias consiste en encontrar la mejor forma de emparejar (aparear) dos secuencias, de forma tal que haya una máxima correspondencia entre los residuos Para realizar esto, una de las secuencias necesita ser corrida con relación a la otra para encontrar la posición donde se da el máximo de coincidencias Hay dos estrategias diferentes de alineamiento que son utilizadas: Alineamiento global Alineamiento local Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

30 Métodos de alineamiento de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias En el alineamiento global, se asume que las dos secuencias que se van a alinear son generalmente similares sobre sus longitudes totales El alineamiento se lleva a cabo a todo lo largo de ambas secuencias para encontrar el mejor posible Este método es más aplicable para alinear dos secuencias relacionadas estrechamente de aproximadamente la misma longitud En el caso contrario no entregará buenos resultados, pues tiene problemas para reconocer regiones locales altamente similares entre dos secuencias Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

31 Métodos de alineamiento de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Por el contrario, el alineamiento local no asume que las dos secuencias en cuestión tienen similitud sobre la longitud total Sólo encuentra regiones locales con el más alto nivel de similitud entre las dos secuencias y alinea estas regiones sin preocuparse por el resto de las secuencias Este enfoque es el más apropiado para alinear secuencias biológicas divergentes que contienen módulos que son similares (dominios o motivos) y de esta forma encontrar patrones conservados en secuencias de ADN o proteínas Incluso las dos secuencias pueden ser de diferentes longitudes Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

32 Métodos de alineamiento de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Alineamiento global de secuencias Alineamiento local de secuencias Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

33 Métodos de alineamiento de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Los algoritmos de alineamiento, tanto globales como locales son fundamentalmente similares y sólo difieren en la estrategia de optimización utilizada al alinear los residuos similares Ambos tipos de algoritmos pueden estar basados en uno de tres métodos: Matriz de puntos Método de palabra corta Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

34 Método de matriz de puntos 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

35 Método de matriz de puntos Método de matriz de puntos El método de la matriz de puntos es una forma gráfica de comparar dos secuencias utilizando una matriz bidimensional Las secuencias comparadas se escriben en los ejes vertical y horizontal de la matriz La comparación es realizada verificando la similitud entre cada residuo de una secuencia contra los de la otra Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

36 Método de matriz de puntos Método de matriz de puntos Si una coincidencia de residuos es encontrada, un punto se coloca en la gráfica De otra forma, las posiciones de la matriz se dejan en blanco Cuando las dos secuencias tienen regiones substancialmente similares, muchos puntos se alinean para formar líneas diagonales continuas, las cuales revelan el alineamiento de las secuencias Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

37 Método de matriz de puntos Método de matriz de puntos Si hay interrupciones en las líneas diagonales, éstas indican inserciones o eliminaciones Las líneas diagonales paralelas representan regiones repetitivas de las secuencias Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

38 Método de matriz de puntos Método de matriz de puntos Ejemplo del método de la matriz de puntos Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

39 Método de matriz de puntos Método de matriz de puntos Cuando este método es usado para comparar secuencias largas genera un alto grado de ruido En la mayoría de los casos hay demasiados puntos en la gráfica, lo que dificulta la identificación del verdadero alineamiento Para reducir el ruido, en vez de usar un solo residuo para verificar la similitud, se emplea (filtrado) una ventana de longitud fija que cubre un conjunto de pares de residuos Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

40 Método de matriz de puntos Método de matriz de puntos Con esta técnica de filtrado los puntos solo se dibujan cuando un conjunto de residuos de tamaño igual al de la ventana de una secuencia coincide completamente con el de la otra secuencia Esta técnica ha demostrado ser efectiva reduciendo el nivel de ruido Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

41 Método de matriz de puntos Método de matriz de puntos El método de la matriz de puntos despliega todas las posibles coincidencias de las secuencias Sin embargo, comúnmente el usuario debe construir el alineamiento completo al ir uniendo las diagonales Otra limitación de este método visual de análisis es que carece de rigor estadístico para medir la calidad del alineamiento Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

42 Método de matriz de puntos Método de matriz de puntos Además, el método está restringido solo a alienamiento de pares de secuencias Los siguiente son ejemplos de páginas Web que proveen comparación de pares de secuencias usando matrices de puntos: Dotmatcher interfaces/dotmatcher.html Dottup dottup.html Dothelix http: // MatrixPlot Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

43 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

44 La programación dinámica es un método que determina el alineamiento óptimo de dos secuencias al verificar las coincidencias para todos los posibles pares de caracteres entre las dos secuencias También crea una matriz bidimensional Sin embargo, encuentra un alineamiento en una forma más cuantitativa al convertir la matriz de puntos en una matriz de puntajes para contar las coincidencias y divergencias entre las secuencias Buscando el conjunto de puntajes más altos en esta matriz, es posible obtener de manera confiable el mejor alineamiento Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

45 El método de programación dinámica se compone de 3 pasos fundamentales: 1 Inicialización 2 Construcción de la matriz de puntajes 3 Rastreo del alineamiento Veamos un ejemplo de alineamiento de secuencias global utilizando el algoritmo de programación dinámica de Needleman/Wunsch Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

46 Ejemplo: Para este ejemplo las dos secuencias a alinear son: G A A T T C A G T T A (secuencia 1) G G A T C G A (secuencia 2) Por lo tanto las longitudes de las secuencias son X = 11 y Y = 7 respectivamente Utilizaremos el siguiente esquema de puntaje simple: S i,j = 1, si el residuo en la posición i de la secuencia uno es el mismo que el de la posición j de la secuencia dos; sino S i,j = 0 (no hay coincidencia) w = 0 (penalidad por hueco) Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

47 Inicialización El primer paso consiste en crear una matriz con X + 1 columnas y Y + 1 filas donde X y Y son los tamaños de las secuencias En este ejemplo asumimos que no hay penalidad por huecos (w = 0) por lo que llenamos la primera fila y columna con 0 Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

48 Construcción de la matriz de puntajes Se inicia en la esquina superior izquierda y se encuentra el máximo puntaje M i,j para cada posición i, j Para conocer M i,j se necesita saber el puntaje de las posiciones M i 1,j, M i,j 1 y M i 1,j 1 y usar la siguiente fórmula: M i,j = Max[M i 1,j 1 + S i,j, M i,j 1 + w, M i 1,j + w] (3) Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

49 Usando esta información el puntaje para la posición 1,1 en la matriz puede ser calculado En ambas secuencias el primer residuo es G entonces, S 1,1 = 1, y como w = 0, entonces M 1,1 = Max[M 0,0 + 1, M 1,0 + 0, M 0,1 + 0] = Max[1, 0, 0] = 1 (4) Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

50 Como w = 0, el resto de la fila 1 y columna 1 puede llenarse con 1 s Tomemos de ejemplo la fila 1 columna 2 M 1,2 = Max[M 0,1 + 0, M 1,1 + 0, M 0,2 + 0] = Max[0, 1, 0] = 1 (5) Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

51 Ahora llenemos la columna 2. En la fila 2 que tendra el valor: M 2,2 = Max[M 1,1 + 0, M 2,1 + 0, M 1,2 + 0] = Max[0, 1, 0] = 1 (6) Y la columna 2, fila 3: M 3,2 = Max[M 2,1 + 1, M 3,1 + 0, M 2,2 + 0] = Max[2, 1, 1] = 2 (7) Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

52 Usando el mismo procedimiento se llena la columna 3 Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

53 Después de calcular todos los valores, la matriz de puntajes queda así: Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

54 Rastreo del alineamiento De la matriz anterior observamos que el puntaje máximo del alineamiento es 6 El paso de rastreo del alineamiento determina el alineamiento que lleva a este resultado Éste comienza en la posición M X,Y de la matriz y verifica sus predecesores directos: Vecino a la izquierda (hueco en secuencia 2) Vecino en la diagonal (coincidencia/no coincidencia) Vecino hacia arriba (hueco en secuencia 1) Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

55 Se elige uno de los vecinos (marcados en rojo) Debido a que la celda actual vale 6, el único vecino que es posible elegir es el de la diagonal Lo que da el alineamiento A A Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

56 Ahora determinamos cual es el predecesor directo de la celda actual, en este caso la celda roja con el 5 Esto agrega un hueco a la secuencia 2, por lo que el alineamiento actual es: T A _ A Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

57 Una vez más, el predecesor directo produce un hueco en la secuencia 2: T T A A Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

58 Continuado estos pasos llegamos al siguiente alineamiento: G A A T T C A G T T A G G A _ T C _ G A Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

59 Una solución alternativa es el siguiente alineamiento: G _ A A T T C A G T T A G G _ A _ T C _ G A Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

60 Tarea 1 Alineamiento de pares de secuencias Introducción Evolución de secuencias Homología y similitud de secuencias Similitud e identidad de secuencias Métodos de alineamiento de secuencias Método de matriz de puntos Tarea Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61

61 Tarea Alineamiento de pares de secuencias Tarea Implemente en el lenguaje de su preferencia el algoritmo de programación dinámica para alineamiento de pares de secuencias visto en clase. El algoritmo recibe como entrada dos secuencias (posiblemente de longitudes diferentes) tomadas de una BD biológica disponible en Internet, una matriz de puntajes y regresa el mejor alineamiento así como su puntaje. Debera entregar el código fuente documentado y un reporte (en Latex) indicando los detalles de su implementación y las instrucciones para utilizarlo Fecha de entrega: 6 de junio antes de las 16h00 Dr. Eduardo RODRÍGUEZ T. (CINVESTAV) Alineamiento de pares de secuencias 30 de mayo del / 61