Lic. Marlery Sánchez Díaz * * infctf@biocen.cu. Centro Nacional de Biopreparados, Carretera Beltrán km 1 ½ Bejucal, La Habana, Cuba

Transcripción

1 Análisis de dominio de la temática medios de cultivo, a partir del estudio de la investigación publicada en la revista Applied and Environmental Microbiology ( ). Lic. Marlery Sánchez Díaz * * infctf@biocen.cu Centro Nacional de Biopreparados, Carretera Beltrán km 1 ½ Bejucal, La Habana, Cuba Enviar correspondencia a: Lic. Marlery Sánchez Díaz R e s u m e n Se realiza un análisis de dominio de temática medios de cultivo, a partir del estudio de la investigación publicada en la revista Applied and Environmental Microbiology correspondiente a los años 2005 y Para la recuperación bibliográfica, se utiliza la versión en Internet del ISI Web of Knowledge mediante la estrategia de búsqueda culture media. Se tratan diferentes aspectos: la producción por autores e instituciones, citas por autor, revistas y años. Se construye y estudia la red de co-ocurrencia de autores y co-ocurrencia de autores citados. Se realiza un análisis de cocitación de revistas mediante un análisis de clustering y un mapa de escalamiento multidimensional. Se utilizan diferentes softwares: Bibexcel, MS-Excel, Ucinet, Netdraw, y Statistica. Abstract It is carried out a domain analysis of thematic "culture media", starting from the study of the investigation published in the journal Applied and Environmental Microbiology corresponding to the years 2005 and For the bibliographical recovery the version is used in Internet of the ISI Web of Knowledge by means of the search equation "culture media". Different aspects are trated, among those that are the production for authors and institutions, appointments for author, journals, and years. It is built and studies the net of authors' co_ocurrence and cited authors' co_ocurrence. It is carried out an analysis of co-citation of journals by means of a clustering analysis and a map of multidimensional scaling. They are used different softwares: Bibexcel, MS-Excel, Ucinet, Netdraw, Statistica. P a l a b r a s c l a v e s Análisis de dominio, medios de cultivo, redes sociales, escalamiento multidimensional, análisis de clusterin g. Introducción Desde la década de los años 80, Cuba ha despegado en el campo de la biomedicina, poniendo en marcha en todo el país instituciones de avanzada dedicadas a esta importante labor. Muestra de ello es el Centro Nacional de Biopreparados que dentro de su misión se encuentra la investigación, desarrollo, producción y comercialización de Medios de Cultivo para su uso en la microbiología, en la industria biotecnológica, en la alimentación y muchas otras aplicaciones. BioCen cuenta con una planta de Medios de Cultivo que es la única de su tipo en Cuba. El Centro Nacional de Biopreparados ha convocado la celebración de diferentes talleres sobre esta temática, celebrados los mismos en 1993, 1996, 1999 y En este último, se acuerda realizar un próximo Taller de Medios de Cultivo con mayor calidad. En este sentido, se hace muy valioso contar con un estudio de la temática medios de cultivo que permita que la toma de decisiones para la preparación del mismo se realice a partir de determinados análisis. El presente trabajo tiene como objetivo brindar un análisis de dominio de la temática medios de cultivo, a partir del estudio de la investigación publicada en la revista Applied and Environmental Microbiology. La medición de la producción científica es una actividad relativamente reciente si la comparamos con la antigüedad de la propia labor científica. (Herrero-Solana, 2001). Las denominaciones empleadas por los investigadores para referirse a la aplicación de los métodos cuantitativos a la información han sido muy variadas: cienciometría, bibliometría, informetría, y cibermetría. Actualmente, los típicos estudios bibliométricos basados en el análisis de una o dos variables se enriquecen con los de naturaleza multivariante. Para White y McCain este tipo de estudios deben brindar elementos que permitan visualizar de forma integral la literatura científica de un determinado campo temático, descubriendo su estructura intelectual. Ellos llaman análisis de dominio a este tipo de análisis. (White and McCain, 1997)

2 La verdadera fuerza del análisis de dominio se encuentra en el análisis multivariante, y para ello se recurre a la cocitación, un tipo de análisis que trata de identificar las zonas de alta densidad de citación y parte del principio de que cuanto mayor es el número de veces que dos trabajos son cocitados más alta será la probabilidad de que exista entre ellos afinidad temática. (Moya-Anegón y Herrero-Solana, 2001). Para ello se tratan la cocitación de trabajos, de autores y de revistas. La matriz de datos que se obtiene por el análisis de cocitación es multidimensional, por lo que se utilizan técnicas de análisis estadístico multivariante (Kinnucan, 1987) como, por ejemplo, el análisis de cluster con el objetivo de crear dendogramas bidimensionales; el análisis de componentes principales (PCA) el cual por medio de la recta de regresión se representa la relación linear entre dos variables; y el escalamiento multidimensional (MDS), que se utiliza para identificar las dimensiones que mejor explican las similaridades y diferencias entre variables cuyo producto final de MDS consiste en un mapa de dos o tres dimensiones donde se representan los objetos distanciados en función de su grado de afinidad. El tema de las redes sociales se define como el conjunto de entidades sociales (personas u organizaciones) conectado por las relaciones entre ellos (productividad, nivel de satisfacción, actividad global, roles que desempeñan). Gráficamente, la relación social es visualizada como una serie de lazos entre nodos que indican contenido, dirección e intensidad. Materiales y Métodos Para cumplir con el objetivo propuesto, se hace un estudio de la producción científica de la revista Applied and Environmental Microbiology. El criterio de selección de la misma se debe a que resultó ser la revista más productiva en un estudio anterior realizado por la autora (Sánchez, 2004). La misma es publicada por la Microbioloy Society y con presencia en las bases de datos internacionales. Como base de datos, se ha utilizado la versión en Internet del ISI Web of Knowledge, de Thomson Scientific, una de las más utilizadas en estos estudios, al ser únicas en cuanto al registro de la totalidad de los autores, de las afiliaciones institucionales y las referencias de los autores en sus trabajos. Este recurso categoriza las revistas que recoge (Grupo Scimago, 2005). Existe polémica en torno a las bases de datos del Institute for Scientific Information en cuanto a su validez como reflejo de la ciencia mundial, en este caso se encuentra la cobertura por países y las disciplinas (Kinnucan, 1987). Herrero-Solana plantea que hablar del ISI es hablar de la ciencia y desear un lugar en el concierto científico mundial se reduce a obtener un lugar en las bases de datos del ISI. (Herrero-Solana, 2003).No obstante, tiene sus limitantes, que también son advertidas en la literatura como sesgos a tomar en cuenta. La estrategia de búsqueda utilizada para recuperar los registros fue: culture media. La búsqueda se centró en los años 2005 y 2006, obteniéndose 1000 registros. Estos fueron descargados con formato de etiquetas de dos caracteres, para ser procesados mediante el software Bibexcel, desarrollado por Olle Persson. Bibexcel es un programa desarrollado específicamente para la manipulación y transformación de registros bibliográficos. Permite combinar la información extraída de diferentes campos de un registro, realiza conteos por frecuencia, co-ocurrencias de diversos elementos, y emparejamiento bibliográfico (bibliographic coupling). Además de estas tareas, cuenta con un procedimiento para encontrar enlaces (links) de citas entre diferentes documentos de un conjunto determinado. Es un programa de dominio público que puede obtenerse en Internet El resultado de dichas transformaciones se procesa, a su vez, mediante el MS-Excel. Antes de realizar los conteos definitivos, se realiza un fuerte control de autoridades y comprobaciones en diferentes campos. Con la información sobre cocitación, se construye una matriz de datos y aplicando la función de correlación 1-Pearson (función de similaridad vectorial Pearson) se construye una matriz de distancias. Es con esta matriz resultante con la que se trabaja utilizando distintos métodos de análisis estadístico. Usando el paquete estadístico Statistica se realiza un análisis de clustering y se obtiene el dendograma. A partir de ésta, se calculan las coordenadas de espacios 2D de cada variable por medio de la otra técnica de representación de la información: el escalamiento multidimensional (Moya-Anegón, et. al., 2005). El mapa bidimensional se representa como un gráfico de burbujas. Además, se construye y estudia la red de co-ocurrencia de autores y co-ocurrencia de autores citados. Se trabaja con Ucinet (que es el programa estándar para el análisis de redes) para trabajar con la red y Netdraw para la representación gráfica. Representación de resultados Al hacer el análisis de los autores, se puede plantear que el frente de investigación en esta temática lo constituyen colectivos de autores a partir de que la mayor cantidad de trabajos son firmados por más de un autor. En la tabla 1, se puede observar un ranking de los autores que presentan mayor cantidad de trabajos publicados en la revista objeto de estudio. Los autores más productivos no llegan a los 10 trabajos, y no aparecen como principales en ningún caso.

3 Red social 1 Co-o c u r r e n c i a d e a u t o r e s Tabla 1 Producción de autores Autores Producción de Vos WM 6 Fitzgerald GF 6 Steinbuchel A 6 Abee T 5 De Vuyst L 5 Inui M 5 Lovley DR 5 Nagasaki K 5 Yukawa H 5 Zhou JZ 5 Achenbach LA 4 Chen W 4 Coates JD 4 Hill C 4 Klaenhammer TR 4 Lee JH 4 Lidstrom ME 4 Shirai Y 4 Suzuki Y 4 Swings J 4 Takao Y 4 Tomaru Y 4 van Sinderen D 4 Verstraete W 4 Wu LY 4 En la red social 1, se presentan los 25 autores más productivos en la temática de medios de cultivo. El tamaño de los nodos representa la producción científica del autor. Aparecen 3 tamaños de nodos:

4 grandes, medianos y pequeños. Los grandes corresponden a 6 contribuciones, los medianos a 5 y los pequeños a 4. Los colores representan la autoría principal o la presencia como autor secundario, es decir, los nodos azules representan los autores que aparecen como principales y los nodos rojos los que son coautores. Se observa a través del grafo que existen 5 grupos separados de autores, que no mantienen ningún tipo de relaciones entre ellos, aislados unos de otros. La mayoría de los grupos de esta red son pequeños, formados por 2 ó 3 autores. Las relaciones existentes no descansan a nivel global de la red en ningún autor puente. Esta red tiene baja conectividad, es decir el número de relaciones presentes es bajo en comparación con las posibles. Existe un número muy bajo de menciones en toda la red y una alta dispersión entre los autores. La red muestra que no hay un autor que juega un papel central que controle la red. Existe un grupo de autores que mantiene unas relaciones mucho más intensas entre ellos que los otros grupos. En este sentido, los autores Takao Y, Nagasaki K, Shirai Y y Tomaru Y son los que más colaboran entre sí, que trabajan los mismos temas; los que tienen una mayor capacidad de relacionarse entre ellos; además, son los más centrales (aunque no están altamente conectados a la red en su totalidad); son los que controlan mayor cantidad de información. De éstos, 2 son autores principales y 2 son coautores. En el Gráfico 1, se pueden observar las instituciones que presentan una gran producción. A partir de la séptima, se forma un gran grupo de instituciones con un nivel menor de producción, que va reduciéndose lentamente. El mayor por ciento corresponde a las universidades y todas son estadounidenses. El INRA aparece como la institución más productiva. (Institute Netwal de Recherche Agronomique. France) USDA ARS Univ Wisconsin Univ Oklahoma Univ Calif Berkeley Cornell Univ N Carolina State Univ Gráfico 1 Instituciones más productivas Se conforma la Tabla 2 con la información sobre el comportamiento en materia de citación del dominio estudiado, donde se encuentran los autores más citados por Applied and Environmental Microbiology. Como se puede observar, no existe una correlación directa entre el nivel de producción y el de citación. Por ejemplo, Lovley, que es el más citado, tiene una producción de 5 artículos. Tabla 2 Citas por autor Autores Citas Lovley DR 46 Ventura M 19 Coates ID 17 Swofford DL 17 Ausubel FM 16 Sambrook J 16 Widdel F 16 Takai K 15 Felsenstein J 14 Fuhrman JA 14 En la red social 2 se presentan los 25 autores más citados donde todos los nodos están conectados y casi la mitad de los vínculos son bidireccionales.

5 Los actores Hugenholtz, Muyzer, Thompson, Glockner, Laemmli no tienen dependencia de los demás actores para llegar a otros nodos. En Gráfico 2, aparecen las revistas más citadas por Applied and Environmental Microbiology. En primer lugar, aparece la propia revista, como es común encontrarse en estos casos. R e d s o c i a l 2 C o- ocurrencia de autores citados Esta red presenta un perfil distinto a la red presentada anteriormente en el sentido que se producen unas relaciones intensas, entre todos los miembros, de tal manera que no se observan grupos definidos de investigación sino una actuación homogénea y conjunta de todos sus miembros. Esta red tiene conectividad, tiene desarrollo interno, es decir, el número de relaciones presentes es algo representativo en comparación con las posibles. Existe un número relativamente alto de menciones en toda la red y no hay gran dispersión. En esta red, no existe un actor que ejerce un papel claramente central. Altschul SF aparece como actor puente. Él es quien controla la comunicación, el que intermedia las comunicaciones entre pares de nodos. Es el autor de mayor poder para conectar a los autores de la red, que de otra forma estarían aislados, hace posible diferentes recorridos. Además es el autor que posee mayor capacidad para alcanzar a todos los nodos de la red, el que tiene mayor grado de proximidad a todos los demás. Los autores más centrales de esta red son: Alschul SF:, y Amann RI. Esto indica cómo de bien se relacionan estos 2 autores con el resto de la red, son los autores más próximos al centro de la red, los que han trabajado con mayor cantidad de colegas y, por ende, los de mayor influencia en la comunidad científica INT J FOOD MICROBIOL ARCH MICROBIOL ENVIRON MICROBIOL INFECT IMMUN FEMS MICROBIOL ECOL SCIENCE FEMS MICROBIOL LETT MOL MICROBIO J CLIN MICROBIOL NUCLEIC ACIDS RES NATURE J BIOL CHEM P NATL ACAD SCI USA J BACTERIOL Gráfico 2 Revistas más citadas APPL ENVIRON MICROB A pesar de que los trabajos fuente son del año 2005 y 2006, aparecen citas de años muy atrás. Puede verse en el Gráfico 3 que el año 2003 concentra la mayor cantidad de trabajos citados Gráfico 3 Comportamiento de los años en las citas La figura 1 muestra un mapa de burbujas resultado del análisis de cocitación de revistas (aquellas más citadas), aplicando el escalamiento multidimensional (MDS). En solo 2 dimensiones se intenta representar gráficamente el espacio multivariante de la matriz.

6 4,5 Tree Diagram for Variables Ward`s method 1-Pearson r 4,0 3,5 Linkage Distance 3,0 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5 Figura 1 Mapa en dos dimensiones En este mapa, se puede observar que se encuentra en la parte derecha superior periférica una agrupación formada por 2 revistas FEMS MICROBIOL REV y MICROBIAL ECOL lo que pone de manifiesto que publican trabajos con temas afines, su proximidad evidencia afinidad en los perfiles temáticos. En la parte derecha inferior periférica, la revista INT J SYST BACTERIOL, que aparece aislada en el contexto analizado, lo que muestra es una relación mínima con el resto de las revistas, y puede ser que sea muy especializada en ciertos aspectos frente a las fuentes que se sitúan en posiciones más centrales. En la parte derecha central periférica, la revista objeto de estudio APPLIED ENVIRON MIC, que se encuentra aislada del centro y cercana temáticamente a la FEMS MICROBIOL REV y MICROBIAL ECOL. Ocupando casi el centro del mapa, la mayoría de las revistas en 4 agrupaciones muy cercanas, en 3 de las agrupaciones las revistas se superponen, por ende, evidencian una marcada relación temática. En la parte izquierda superior periférica, la revista J BACTERIOL, alejada del centro del núcleo de revistas, lo que muestra es un aislamiento temático. En los extremos, la J BACTERIOL y la INT J SYST BACTERIOL, que parecen ser las revistas más aisladas temáticamente, y esto llama la atención. En la figura 2, se puede observar otro mapa de cocitación de revistas (clustering). 0,0 ANTON LEEUW INT J G ANAL BIOCHEM ANNU REV MICROBIOL ENVIRON SCI TECHNOL INT J SYST BACTERIOL BIOCHEMISTRY-US EUR J BIOCHEM CAN J MICROBIOL INT J FOOD MICROBIOL J APPL BACTERIOL INFECT IMMUN FEMS MICROBIOL REV GENE J APPL MICROBIOL APPL MICROBIOL BIOT ARCH MICROBIOL FEMS MICROBIOL ECOL ENVIRON MICROBIOL FEMS MICROBIOL LETT J BACTERIOL LETT APPL MICROBIOL MICROBIOL MOL BIOL R J GEN MICROBIOL J MICROBIOL METH MICROBIAL ECOL MICROBIOL REV J CLIN MICROBIOL J MOL BIOL MOL MICROBIOL J BIOL CHEM SYST APPL MICROBIOL SCIENCE NUCLEIC ACIDS RES NATURE P NATL ACAD SCI USA APPL ENVIRON MICROB Figura 2 Clustering En este dendograma, se pueden encontrar 13 bloques formados por: Bloque 1 Bloque 2 Bloque 3 Bloque 4 Bloque 5 Bloque 6 Bloque 7 Bloque 8 Bloque 9 Bloque 10 Bloque 11 Bloque 12 Bloque 13 ANTON LEEUVW INT J G ANAL BIOCHEM ANNU REV MICROBIOL ENVIRON SCI TECHNOL INT J SYST BACTERIOL BIOCHEMISTRY-US EUR J BIOCHEM CAN J MICROBIOL INT J FOOD MICROBIOL J APPL BACTERIOL INFECT IMMUN FEMS MICROBIOL REV GENE J APPL MICROBIOL APPL MICROBIOL BIOT ARCH MICROBIOL FEMS MICROBIOL ECOL ENVIRON MICROBIOL FEMS MICROBIOL LETT J BACTERIOL LETT APPL MICROBIOL MICROBIOL MOL BIOL R J GEN MICROBIOL J MICROBIOL METH MICROBIAL ECOL MICROBIOL REV J CLIN MICROBIOL J MOL BIOL MOL MICROBIOL J BIOL CHEM SYST APPL MICROBIOL SCIENCE NUCLEIC ACIDS RES NATURE P NATL ACAD SCI USA APPL ENVIRON MICROB Se puede observar que existen 2 grandes racimos, un racimo I conformado desde el bloque 1 al 8 y un

7 racimo II integrado por los bloques del 9 al 13, que se unen mostrando relación. La unión de los bloques que forma un racimo I muestra la relación temática de las revistas que lo integran. El bloque 1 se une a un conjunto de bloques, desde el bloque 2 hasta el bloque 8. Existe una unión entre las revistas que forman los bloques 9, 10 y 11 conformando un pequeño racimo 1. Existe una unión entre las revistas que forman los bloques 12 y 13, conformando un pequeño racimo 2. Las revistas que integran el pequeño racimo 1 y el pequeño racimo 2 se relacionan, bloques desde el 9 al 13, formando un racimo II. Discusión y conclusiones El análisis de los autores evidencia que es preciso aumentar la colaboración entre los científicos en materia de medios de cultivo. Este resultado ha permitido fundamentar e impulsar la realización del V Taller de Medios de Cultivo pues el mismo permite aumentar los intercambios, la realización de proyectos en conjunto, la integración en esta temática. El resultado presentado en cuanto a los autores, ha permitido diseminar las convocatorias y realizar contactos con las personas que trabajan el tema. Esto está dando la posibilidad de recibir mayor cantidad de solicitudes de participación y/o lograr mayor inscripción de trabajos para su presentación. El estudio de los autores está permitiendo que el V Taller de Medios de Cultivo pueda contar con la participación de las más reconocidas personalidades dentro de la comunidad científica, trayendo consigo una valiosa confrontación de conocimientos y análisis del trabajo con invitados de primer nivel ganando el evento en prestigio e importancia. Mostrar los títulos de revistas de alta productividad en este tema, posibilita publicar los resultados del V Taller de Medios de Cultivo en las mismas, con el objetivo de alcanzar mayor difusión e impacto internacional. El trabajo de relaciones y contactos con las diferentes instituciones aparecidas en el estudio brinda la oportunidad de establecer perspectivas de trabajo con las instituciones que llevan la ventaja en este mundo. Las agrupaciones de las revistas dan el nivel de especificidad temática de las mismas, el nivel de interrelación entre ellas, así como las distancias. Esto muestra las tendencias de desarrollo y posibilita la organización temática del evento. Bibliografía GRUPO SCIMAGO. Producción española con visibilidad internacional (ISI-WOS) en biblioteconomía y documentación I". El Profesional de la Información, 2005, 14 (6): HERRERO SOLANA, Víctor. Producción científica de la Universidad Nacional de Mar del Plata: Análisis de dominio. Nexos, 2001, 8 (14): HERRERO SOLANA, Víctor. El sesgo en las bases de datos Citation Index y la ciencia periférica. Nexos, 2003, 10 (16): KINNUCAN, Mark; NELSON, Michael y ALLEN, Bryce. Statistical methods in information science research. Annual Review of Information Science and Technology, 1987, 22: En: MOYA ANEGÓN, Félix y HERRERO SOLANA, Víctor. Análisis de dominio de la revista mexicana Investigación Bibliotecológica. Información, cultura y sociedad MOYA ANEGÓN, Félix y HERRERO SOLANA, Víctor. Análisis de dominio de la revista mexicana Investigación Bibliotecológica. Información, cultura y sociedad MOYA ANEGÓN, Félix [et al]. Análisis de dominio institucional: la producción científica de la Universidad de Granada. Revista Española de Documentación Científica, 2005, 28 (2): SÁNCHEZ DÍAZ, Marlery. Estudio métrico de la temática de Medios de Cultivo. En: Congreso Internacional de Información INFO 2004, abril Cuba, WHITE, Howard y MCCAIN, Katherine. Visualization of literatures. Annual Review of Information Science and Technology. 1997, 32: En: MOYA-ANEGÓN, Félix y HERRERO- SOLANA, Víctor. Análisis de dominio de la revista mexicana Investigación Bibliotecológica. Información, cultura y sociedad. 2001