Curso de ENSAMBLADO Y ANOTACIÓN DE GENOMAS EMPLEANDO SUPERCOMPUTACIÓN

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Antonio Santos López
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1 La Fundación Centro de FUNDACIÓN de Castilla y León organiza el CENTRO DE SUPERCOMPUTACIÓN DE CASTILLAY LEÓN Apoyando a la investigación, la innovación, la tecnología, la mejora de la competitividad de las empresas y el desarrollo económico de Castilla y León Curso de ENSAMBLADO Y ANOTACIÓN DE GENOMAS EMPLEANDO SUPERCOMPUTACIÓN

tecnología, la mejora de la competitividad de las empresas y el desarrollo

2 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el Dirección y coordinación académica: Dirección: Fundación Centro de de Castilla y León (FCSCL), Dirección Científica. Objetivos : Se proporciona la formación necesaria para comprender los principales sistemas de secuenciación masiva de ADN y para emplear la supercomputación y la computación en nube (cloud-computing) en el alineamiento y ensamblado de los fragmentos de ADN secuenciados, así como su posterior anotación y análisis. Destinatarios: El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas, del ámbito experimental y/o económico) de posgrado, y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.

en el alineamiento y ensamblado de los fragmentos de ADN secuenciados, así como su posterior anotación y análisis.

3 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el Número de Plazas: 20 Créditos: 2 Fecha: Del 19 al 21 de Octubre de 2011 Horario: 20 horas Miércoles de 9:00 a 14:00 horas y de 15:30 a 18:30 horas Jueves de 9:00 a 14:00 horas y de 15:30 a 18:30 horas Viernes de 9:00 a 13:00 horas Lugar: Edificio Severo Ochoa Servicios Científico-Técnicos. Campus del Cristo. Universidad de Oviedo. Campus de Excelencia Internacional, Clúster de Biomedicina y Salud Idioma: Español Importe matrícula: 400 /curso Inscripción: Cuenta corriente: Caja España

Lugar: Edificio Severo Ochoa Servicios Científico-Técnicos. Campus del Cristo. Universidad de Oviedo.

4 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el Profesorado: Jesús Lorenzana Campillo, Fundación Centro de de Castilla y León(FCSCL), León José Manuel Martínez García, Fundación Centro de de Castilla y León(FCSCL), León Javier Herrero, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Cambridge, Reino Unido Allan Orozco, Instituto Nacional de Bioinformática(INB), Madrid David Abia, Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa (CBM), Unidad de Bioinformática, Madrid Alberto Labarga, Universidad de Granada, C.C. de la Computación e inteligencia Artificial, Granada Luis Antonio Miguel Quintales, Universidad de Salamanca, Departamento de Informática y Automática, Salamanca

Nacional de Bioinformática(INB), Madrid David Abia, Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa (CBM), Unidad de Bioinformática, Madrid Alberto Labarga, Universidad de

5 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el Contenidos: PARTE I - Introducción acceso a Caléndula PARTE II - Introducción al entorno Linux PARTE III - (hpc) PARTE IV - Introducción a la computación en nube PARTE V - Introducción a la Bioinformática PARTE VI - Análisis de sitios de unión de factores de transcripción y cartografía del posicionamiento de nucleosomas utilizando tiling microarrays y secuenciación masiva. PARTE VII - Alineamiento genómico PARTE VIII - Alineaciones en genómica comparada PARTE IX - Técnicas de secuenciación masiva PARTE X - Secuenciación masiva- gestión de datos PARTE XI - Aplicaciones de la secuenciación masiva PARTE XII - Genotipado masivo

cartografía del posicionamiento de nucleosomas utilizando tiling microarrays y secuenciación masiva.

6 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el Detalle de Contenidos: PARTE I - Introducción acceso a Caléndula- Jesús Lorenzana Campillo Descripción técnica de los recursos de la Fundación Centro de de Castilla y León. - Infraestructuras de la FCSCL. - Configuración de Caléndula. Protocolos de acceso de actuación. - Proceso administrativo de alta de usuarios y grupos. - Acceso remoto a Caléndula. - Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos. Software de aplicación instalado. MPI. Compilación de aplicaciones.

- Configuración de Caléndula. Protocolos de acceso de actuación. - Proceso administrativo de alta de usuarios y grupos.

7 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el PARTE II- Introducción al entorno Linux- Alberto Labarga Núcleo de Linux. Componentes de una distribución. Inicio de sesión en una máquina a través de la red. Comandos básicos. Estructura del sistema de ficheros Linux. Usuarios. Gestión de ficheros y directorios. Manipulación de ficheros de texto. Procesos. Scripts en bash. Comunicaciones. PARTE III - (hpc)- José Manuel Martínez García Arquitectura de los computadores. Tecnologías de la - Algoritmia y técnicas de programación. Paralelización de tareas- Tipos de paralelismos. Fundación Centro de de Castilla y León.

Gestión de ficheros y directorios. Manipulación de ficheros de texto. Procesos. Scripts en bash. Comunicaciones.

8 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el PARTE IV- Introducción a la computación en nube- José Manuel Martínez García Definiciones. Beneficios. Infraestructura como servicios (Iaas). Virtualización. Plataforma cómo Servicio (Paas)- Aplicaciones. Software cómo Servicio (SaaS)- Aplicaciones. Prácticas. PARTE V- Introducción a la Bioinformática- Allan Orozco Niveles biológicos de organización. Reconstruyendo la complejidad. Qué es la bioinformática?. Subdisciplinas de la bioinformática. Conversión de la información genética. Por qué usar la Bioinformatica?.

Software cómo Servicio (SaaS)- Aplicaciones. Prácticas.

9 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el PARTE VI- Análisis de sitios de unión de factores de transcripción y cartografía del posicionamiento de nucleosomas utilizando tiling microarrays y secuenciación masiva- Luis Antonio Miguel Quintales Análisis de sitios de unión de factores de transcripción - Datos experimentales de partida: inmunoprecipitación de cromatina - Técnicas y análisis de los resultados experimentales: - Sesión práctica Cartografía del posicionamiento de nucleosomas - Datos experimentales de partida: obtención de mononucleosomas - Técnicas y análisis de los resultados experimentales: -Sesión práctica PARTE VII - Alineamiento genómico- David Abia Por qué usar alineamiento?. Aplicaciones del alineamiento de secuencias. Alineamiento múltiple. Prácticas en alineamiento, software de interés.

análisis de los resultados experimentales: - Sesión práctica Cartografía del posicionamiento de nucleosomas - Datos experimentales de partida: obtención de mononucleosomas - Técnicas y análisis de

10 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el PARTE VIII - Alineaciones en genómica comparada- Javier Herrero Estrategias de alineación genómica. Evaluación de la alineación. Secuencias de conservación. Prácticas de alineamientos de genómica comparada. PARTE IX - Técnicas de secuenciación masiva- David Abia Las bases de la estructura. Métodos de secuenciación de DNA. Opciones de secuenciación. Método de secuenciación. Métodos complementarios. Segunda generación. PARTE X - Secuenciación masiva- gestión de datos- Instituto Nacional de Bioinformática (INB) Diferencias fundamentales. Análisis Primario- Conversión de datos de imágenes a secuencias para su alineamiento/ensamblaje. Análisis Secundario. Análisis Terciario- Pipelines computacionales y Soluciones a Medida.

Opciones de secuenciación. Método de secuenciación. Métodos complementarios. Segunda generación.

11 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el PARTE XI - Aplicaciones de la secuenciación masiva- Instituto Nacional de Bioinformática (INB) Secuenciación. Ensamblado. Anotación. Genómica comparada. Genómica ecofisiológica. Genómica funcional. Genómica estructural. Metagenómica. Práctica en secuenciación masiva. PARTE XII - Genotipado masivo- Instituto Nacional de Bioinformática (INB) Mutaciones puntuales- Tipos. Bioinformatica para el análisis de variantes. Mutaciones y enfermedad. Práctica en genotipado masivo.

Genómica estructural. Metagenómica. Práctica en secuenciación masiva.

12 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el Organiza: Colaboran:

13 La Fundación Centro de de Castilla y León organiza el Edifício CRAI TIC Campus de Vegazana s/n León (España) Teléfono.: (+34) correo e: formacion@fcsc.es Copyright 2011, Fundación Centro de de Castilla y León. FCSCL Confidential For Use under NDA only. All plans, dates and figures are subject to change without any notice as they apply. Other names and brands may be claimed as the property of other.

: (+34) 987 29 3160 correo e: formacion@fcsc.es Copyright 2011, Fundación Centro de de Castilla y León.

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