ANEXO FORMULARIO DE PROPUESTA DEL CURSO MASTER EN BIOINFORMATICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL

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1 ANEXO FORMULARIO DE PROPUESTA DEL CURSO MASTER EN BIOINFORMATICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DEPARTAMENTO ACADÉMICO:? FECHAS DE REALIZACIÓN: del 7 de octubre del 2013 al 7 de Octubre de 2014 NOTA: Del 30/9/13 al , se impartirá un curso de Programación no obligatorio para los alumnos. Del 7/10/2013 al 10/04/2012 Se impartirá en el ENS, la parte Teórica del master. A partir de esa fecha los alumnos comenzarán el proyecto de prácticas en empresas. HORAS LECTIVAS: 600. ( 351 teoricas y 249 practicas en empresas) PRECIO MATRÍCULA: 7000 euros. HORARIO: De lunes a Viernes de de 18:00 a 21:00h PLAZAS: 25 DIRECCIÓN ACADÉMICA: D./Alfonso Valencia Herrera (Grado académico) Doctor (Cargo e institución de procedencia) CNIO COORDINACIÓN ACADÉMICA: Miguel Ponce de León (Grado académico): Licenciado (Cargo e institución de procedencia) Coordinador del máster ( FPCM) FECHA DE INSCRIPCIÓN: Desde a 1/09/2013 o hasta cubrir el cupo. PRESENTACIÓN Y OBJETIVOS: La Bioinformática y la Biología computacional se han consolidado como una disciplina emergentes que han surgido como consecuencia del auge que ha tomado en los últimos años los avances de lo que se conoce como técnicas de alto rendimiento entre las que se encuentran, Genómica y Proteómica y donde poco a poco se incorporan otras técnicas que están dando paso a la metabolómica y Fuxollos. Hoy en día no se concibe el trabajo de un laboratorio de biología molecular sin el soporte de los desarrollos que ofrecen la Bioinformática y la Biología Computacional. De ahí la gran demanda de bioinformáticos que se detecta en el mercado laboral.

2 El Master se realiza en dos fases, una teórico-práctica que se desarrolla íntegramente en aulas de informática de la ENS- ISCIII. Y una segunda fase, donde el alumno desarrolla un Proyecto de Master y que podrá hacerse, bajo la supervisión de un tutor del Master, en empresas del sector farmacéutico y biotecnológico o en centros públicos de investigación. La gestión y coordinación del Master, así como la preparación y mantenimiento de la página web del curso se realizan a través de un convenio específico con las siguientes empresas: FPCM; CNIO, SEBIOT y la ENS-ISCIII (objetivos concretos) 1. Este Master pretende aprovechar esta característica y llegar a titulados de muy diversas licenciaturas; no sólo a Informáticos y Biólogos Moleculares, sino cualquier licenciado en cualquiera de las áreas de Ciencias, Biomedicina y Farmacia, sin dejar de lado ingenieros de determinadas escuelas como Montes o Agrónomos. 2. El Master se plantea de modo teórico y práctico, pero siempre empezando sobre la base de conocimientos consolidados. Se pretende la actualización de conocimientos generales, como técnicas de programación, entornos de trabajo basados en Linux, etc., junto con conocimientos de bioquímica y biología molecular, estructura de proteínas y ácidos nucleicos, etc. Esta formación general se impartirá por separado a los alumnos de acuerdo con su formación y titulación. Así, los alumnos de Informática no necesitarán la parte de programación, pero sí la de biología molecular. Y al contrario los alumnos de Biología, por ejemplo. Esta primera etapa de formación se completará con módulos comunes de informática (lenguaje Perl, bases de datos) y de biología molecular (genómica, proteómica, dinámica molecular). 3. Posteriormente se pretende lograr el manejo con soltura de las técnicas propias de lo que podríamos llamar el núcleo de la Bioinformática, como análisis de secuencias genómicas y análisis de estructuras. Muchas de las técnicas empleadas en bioinformática requieren algoritmos y métodos computacionales específicos, cuyo conocimiento y manejo son esenciales, junto con diversas metodologías nuevas que es importante aprender, como redes de interacción, dinámica de sistemas complejos, etc 4. Una vez terminado el programa del Master el alumno será capaz, en primer lugar, de desarrollar tareas de especialista bioinformático y cubrir la demanda en los laboratorios y centros de genómica y proteómica de este país y en las empresas del sector que ya tienen departamentos de bioinformática y están demandando especialistas con esta formación. Pero, además, se pretende lograr una formación de base que permita también la dirección de proyectos y grupos de trabajo en Bioinformática y biología computacional. Para ello se ha introducido un módulo de actividad profesional que permitan hacer estudios de mercado, elaborar un plan de negocio, diseñar un proyecto y legislación, entre otros. PERFIL Y REQUISITOS DE LOS PARTICIPANTES:

3 posesión de un título de Licenciado, Ingeniero o Ingeniero Técnico, Arquitecto y técnico de Laboratorio con experiencia previa demostrable. Para la admisión en el Magister y pre inscripción hay que enviar el CV y realizar una entrevista. PROGRAMA (estructura y contenidos): Profesor Asignatura Horas Mayte Villalba. UCM Intro. a la Biología Molecular 31.5 Jose Luis Vazquez Poletti. UCM lnformática: Linux y Cloud Computing 19.5 Daniel Mozos. UCM Programación Perl 21 Alfonso Valencia. CNIO-CSIC Actividad Profesional y Conferencias 25.5 Federico Abascal. CNIO-CSIC Análisis de Secuencias 30 Daniel Rico. CNIO-CSIC Genómica Comparativa 21 Federico Abascal. CNIO-CSIC Análisis Filogenético 13.5 Miguel Ponce de Leon. UCM Algoritmos y Métodos en B Computacional Gonzalo Gómez. CNIO Microarrays y Genómica Funcional 27 David G. Pisano. CNIO. Madrid Secuenciación de Nueva Generación 30 Michael Tress. CNIO. Madrid Estructuras de Proteínas 18 Federico Gago. UAH. Madrid Interacción con ligandos pequeños 15 Florencio Pazos. CNB-CSIC Biología de Sistemas 25.5 Ramon Diaz-Uriarte CNIO-CSIC Estadística y Programación en R 28.5

4 Total clases h de Epidemolo gia Molecular 357 Proyecto y practicas en empresas 243 Total de horas 600 (Breve descripción de los contenidos generales y duración total del curso) MÓDULO I (del 07 de Octubre de 2013 al 28 de Noviembre de 2013) créditos: Biología Molecular MÓDULO II ((del 08 de Octubre de 2013 al 29 de Noviembre de 2013) Introducción a la informática y Linux créditos: MÓDULO III (del 31 de Octubre de 2013 al 21 de Noviembre de 2013) Programación Perl créditos: MÓDULO IV (varios días durante la parte teórica del curso de Octubre 2013 a Abril 2014) Actividad Profesional e Investigación en Bioinformática créditos: MÓDULO V (del 30 de Octubre de 2013 al 29 de Noviembre de 2013) Analisis de Secuencias créditos: MÓDULO VI(del 10 de Diciembre 2013 al 19 de Diciembre 2013) Genómica Comparativa créditos: MÓDULO VII (del 25 de Octubre 2013 al 29 de Noviembre de 2013) Filogenia créditos: MÓDULO VIII (del 02 de Diembre de 2013 al 28 de marzo 2014) Algoritmos y Métodos de Análisis créditos: MÓDULO IX (del 27 de Enero 2014 al 06 de Febrero 2014) Microarrays y Genómica Funcional créditos: MÓDULO X (del 17 de Febrero de 2014 al 28 de Febrero de 2014) NGS ( Secuenciación de Nueva Generación)créditos: MÓDULO XI (del 03 de Marzo 2014 al 11 de marzo 2014) Estructura de Proteínas créditos: MÓDULO XII (del 12 de Marzo 2014 al 20 de Marzo 2014) Interacción de Moleculas y ligandos pequeños créditos: MÓDULO XIII (del 26 de Marzo 2014 al 09 de Abril de 2014)

5 Biología de Sistemas y Redes de Interacción créditos METODOLOGÍA DOCENTE Y DE EVALUACIÓN: La evaluación de los alumnos se realiza sobre la base de las dos calificaciones parciales siguientes: a) Modulos Cada Modulo se evalúa por separado teniendo en cuenta dos aspectos: (a) la correcta realización de las prácticas correspondientes y (b) la realización de un proyecto de módulo o de un ejercicio-examen de los contenidos teóricos de la misma asignatura. Adicionalmente se realizarán trabajos de grupos de 2 o más asignaturas con presentación oral en la clase. Esta Actividad tiene como objetivo propiciar el trabajo en grupo y resaltar el carácter interdisciplinar de Bioinformática. Además se pretende entrenar las presentaciones de trabajos en público. b) Proyecto fin de Master Cada alumno realizará un Proyecto Fin de Master. Este proyecto se desarrollará preferentemente en empresas o centros de investigación públicos o privados (según la oferta de centros que colaboran con el Master), aunque también se admitirán proyectos realizados de forma independiente por el alumno. Finalizado el plazo para la realización del proyecto (en la mayoría de los caso, finalizado el periodo de prácticas en la empresa o Tesis) el alumno deberá entregar en la secretaria del máster una memoria del trabajo realizado. A esta memoria se le adjuntará un informe del centro o empresa donde haya realizado el proyecto, en su caso. La Tesis del Master se defenderá ante un tribunal formado por tres vinculados que serán uno de los directores y dos profesores del master. Se dispondrán dos convocatorias Este tribunal será el encargado de calificar la Tesis del alumno. Para entregar el proyecto cada alumno dispondrá de dos convocatorias: la primera el 15 de Septiembre 2014 y la segunda el 15 de Enero del año siguiente. Condiciones de superación del curso: a) Presencia superior a un 85% de las clases b) Superación de todos y cada uno de los módulos c) Aprobación del Proyecto d) Haber pagado el importe integro de las tasas del Master Calificación: La calificación final del Master será única y corresponderá a las valoraciones Apto o No Apto.