QUÈ ÉS LA GENÒMICA I PER A QUÈ SERVEIX

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1 QUÈ ÉS LA GENÒMICA I PER A QUÈ SERVEIX 2900 TENDENCIA GENÉTICA DEL ICO JOSÉ ANTONIO JIMÉNEZ SUMARIO Las evaluaciones genómicas Qué es necesario antes de empezar? Cómo se realizan las evaluaciones genómicas? Qué se consigue? Cómo se puede aplicar en granja? Qué otras ventajas aporta? 1

2 UN PROGRAMA DE MEJORA QUE FUNCIONE 7052 Ganaderías Reproductoras 2000 Toros probados Qué es necesario antes de empezar? Datos utilizados en las evaluaciones genéticas de CONAFE en Noviembre 2016 Calificaciones: 2.106,032 Producción: Longevidad funcional: Rec. Cél. Somáticas: Días abiertos: Velocidad de Ordeño: Facilidad de parto: SUMARIO Las evaluaciones genómicas Qué es necesario antes de empezar? Cómo se realizan las evaluaciones genómicas? Qué se consigue? Cómo se puede aplicar en granja? Qué otras ventajas aporta? 2

3 Cómo se realizan las evaluaciones? TOMA DE MUESTRAS Cómo se realizan las evaluaciones? Qué hay detrás? La información genética de casi todos los seres vivos se encuentra en el ADN de las células. Adenina (A) Timina (T) Citosina (C) Guanina (G) 3

4 Cómo se realizan las evaluaciones? Cómo se realizan las evaluaciones? La genómica nos permite saber que combinación de genes ha recibido un animal SNP T G 4

5 Cómo se realizan las evaluaciones? LA CLAVE DE LA GENÓMICA: LA POBLACIÓN DE REFERENCIA DATOS GENOTIPO Antes y después de la genómica la clave del progreso son los datos EFECTO SNP 2398 GG (2) AG (1) AA (0) SNP 2398 TG SNP 2399 TT SNP 2400 AA SNP 2401 AG SNP 2402 CC SNP SNP SNP SNP SNP Cómo se realizan las evaluaciones? EJEMPLO DEL EFECTO DE LOS SNPs SNPs con influencia en el caracter SNPs sin influencia en el caracter Cromosoma 1 Cromosoma 29 5

6 Precisión de las evaluaciones 30/11/2016 Cómo se realizan las evaluaciones? Y CUÁL ES LA GRACIA DE TODO ESTO? Predicciones genéticas de terneros equivalentes en fiabilidad a las de toros probados con hijas (En Holstein) EFECTOS ESTIMADOS SNP SNP SNP SNP SNP GENOTIPO TERNERO SNP SNP SNP SNP SNP Valor genómico directo 2 Cómo se realizan las evaluaciones? IMPORTANCIA DE LOS DATOS Generaciones Figura 1 Precisión de los valores genómicos respecto a la distancia en generaciones entre animales en la población de referencia y los animales a evaluar. Adaptado de (Zhang et al., 2010). La clave con o sin genómica sigue siendo una buena recogida de datos 6

7 Cómo se realizan las evaluaciones? VGD (Valor Genómico Directo) Valor genómico Combinado (Prueba oficial) Valor tradicional (I.Pedigrí Prueba de la Vaca o Prueba del toro) SUMARIO Las evaluaciones genómicas Qué es necesario antes de empezar? Cómo se realizan las evaluaciones genómicas? Qué se consigue? Cómo se puede aplicar en granja? Qué otras ventajas aporta? Jornada Formación Fraisoro 7

8 Qué se consigue? Nivel de nuestras evaluaciones Consorcios internacionales Programas nacionales Índice de Pedigrí Milk kg Fat kg Prot kg UD EG Boost ESP Boost ESP BL ESP BayesA Pedigree I Sólo los países con acceso a las dos grandes Poblaciones de Referencia están en este nivel Evolución del genotipado de Machos Candidatos 8

9 /11/ TENDENCIA GENÉTICA ICO MACHOS ESP CON HIJAS POR AÑO DE NACIMIENTO VALIDACIÓN DE PRUEBAS GENÓMICAS TOROS NACIDOS EN 2011 Primeros seleccionados en base a las pruebas genómicas nacionales Hoy (Noviembre 2016) ya probados por descendencia Sólo 4 toros con G-ICO 2013 inferior a 2500 mejora este nivel, y sólo uno supera los 3000 Ningún toro con G-ICO superior a 3000 tiene hoy una prueba inferior a

10 DIFERENCIAS ENTRE LA PRUEBA GENÓMICA Y LA PRIMERA PRUEBA DE HIJAS Diferencia Máxima Diferencia 95% Diferencia media Kilos de Leche +/ Kilos de Grasa +/ ,5 Kilos de Proteina +/ ,1 IPP +/- 2 1,27 0,5 ICU +/- 1,5 1 0,4 RCS +/ ,7 DIAS ABIERTOS +/ LONGEVIDAD +/ ,5 ICO +/ Aproximada mente una desviación típica genética EJEMPLO GENÓMICOS vs PROBADOS DIF. 95% , DIF MEDIA 255 9,5 8,1 0,5 0,4 4,7 3, Producción ICO Nombre Nº Genealógico BUITENEIND K&L CV CLEVER SULLY HART MERIDIAN ET VVH ARMONICO Año nacim. Fiabil. Kg Leche kg Grasa Kg Prot. IPP ICU RCS Longe v. D.A. ICO ESPM ,6 1, USAM ,3 3, ESPM ,1 2, CLEVER - MERIDIAN ,74-2, CLEVER - ARMONICO ,52-1,

11 TOROS TOP 50 ICO INCLUYENDO G-MACE DICIEMBRE 2015 AGOSTO 2016 USO DE TOROS PARTOS 2016 CUBRICIONES 2016 GENOMICOS PROBADOS GENOMICOS PROBADOS 11

12 SUMARIO Las evaluaciones genómicas Qué es necesario antes de empezar? Cómo se realizan las evaluaciones genómicas? Qué se consigue? Cómo se puede aplicar en granja? Qué otras ventajas aporta? NIVEL DE GENOTIPADO EN HEMBRAS 12

13 SEGUIMOS SIN APROVECHAR ESTA HERRAMIENTA genotipos en Eurogenomics El incremento es debido al genotipado de hembras para mejorar recría y acoplamientosc Cómo se puede aplicar en granja? Acoplamiento Antes y Después de Genotipar En promedio, el 50 % de los acoplamientos en una ganadería que use 6-8 toros cambiaría 13

14 Media Kilos Leche 305 primera lact. 30/11/ Cómo se puede aplicar en granja? Dónde podemos encontrar los mejores animales? Genotipando podemos detectar animales muy interesantes Padre Madre1 Cría1 Madre2 Cria2 Madre3 Cria3 Madre4 Cria4 Madre5 Cria5 Madre6 Cria6 El Valor genómico nos predice el potencial genético del animal y sus descendientes > <0 Valor Genómico KL 14

15 VGD como predictor del Fenotipo Correlaciones VGD_ap VGD_kg VGD_kl VGD_pu AnguloPodal 0,22 kg305 0,35 kl305 0,42 ProfUbre 0,44 ASAMBLEA FEFRICALE (AFRILE) Efecto de integrar la información propia y de hijas en la fiabilidad de las evaluaciones genómicas AÑO DE NACIMIENTO VACAS GENOTIPADAS FIABILIDAD PRODUCCIÓN FIABILIDAD TIPO Fiabilidad No Registradas 59/60 El aporte de la información propia marca la diferencia con el resto de programas de genotipado 15

16 200 Mejores Explotaciones 200 Mejores Explotaciones en Noviembre Se mantienen en Junio 2016 (Ganaderías que trabajan bien en cuanto a progreso genético) Hembras genotipadas entre 2010 y 2014 Granjas Mejores Explotaciones en Junio 2016 Progreso genético en las vacas con datos, entre Dic2013 y Jun2016 Ninguna (N) Entre 1 y 14 (S) >= 15 (G) Las cuatro mejores hoy se encuentran entre el grupo de ganaderías que comenzó a genotipar de forma rutinaria entre 2013 y 2014 Ganadería ICO MAS LA CAVALLERIA 2631 MAS GENER S.C.P LOS SALCES, C.B RAMADERIA CAN THOS, S.L Mejores Explotaciones 200 Mejores Explotaciones en Junio 2016 Homogeneidad y puntos débiles de la ganadería KL, KG,KP, IPP, ICU, IGT, RCS Numero medio de caracteres (7 de la lista) en los que la ganadería está por debajo del percentil 25 (es decir entre la 51 y la 200). Genotipos de hembras entre 2010 y 2014 Ganaderías Puntos débiles >15 (G) 13 0,53 1 y 14 (S) 35 1,37 Ninguno (N) 152 1,81 16

17 SUMARIO Las evaluaciones genómicas Qué es necesario antes de empezar? Cómo se realizan las evaluaciones genómicas? Qué se consigue? Cómo se puede aplicar en granja? Qué otras ventajas aporta? Qué otras ventajas aporta? Información Adicional Filiación 17

18 CONFIRMACIÓN DE GENEALOGÍAS ANIMAL comp padre comp madre Animal compatible ESPH PINE-TREE SID ET DE-SU BKM MCCUTCHEN ESPH Dentro del servicio se incluye -1 la búsqueda 0 de genealogías 1174 ET correctas a partir de los genotipos, el registro de genealogías y la información ESPH STARBASE complementaria que puede aportar el ganadero. ESPH El objetivo es que no -1 se quede 0 ninguna ETXALDE muestra BIARRIZ sin valorar ESPH S-S-I MOGUL DEFENDER ET ESPH ILMA DEFENDER 282 Informe de Recesivos A partir de la primera evaluación mensual de 2016 los recesivos y los haplotipos de todos los animales genotipados en LD estarán incluidos en el precio de 45 (41 si se genotipa la recría) 18

19 ACTUALIZACIÓN RECESIVOS > 8000 vacas DUMPS 0,00% BLAD 0,45% Pie de Mula 0,01% CVM 1,46% Brachyspina 6,20% Citrulinemia 0,00% R&W 0,86% RDC 4,28% VRS 0,03% VRC 0,40% POS 0,01% POC 0,98% HH1 HH2 HH3 HH4 HH5 HDC 1,59% 0,08% 4,19% 0,92% 2,82% 2,79% Beta Caseina A1A1 17% A1A2 49% A2A2 34% Kappa Caseina AA 30% AB 33% AE 18% BB 8% BE 9% EE 2% Beta Lactoglobulina AA 30% AB 49% BB 22% TUTORIALES Acoplamiento básico: Lote y función: AJXDEB5A 19

20 ACOPLAMIENTO VACA PEZONES LARGOS Calificación morfológica de la madre entre 7 y 9 Calificación morfológica de las hijas Cortos (1-3) Deseables (4-6) Largos (7-9) Valor genético del toros usado en el acoplamiento Pezones muy cortos (<-1,5) Cortos (Entre -1,5 y - 0,5) Deseable (Entre -0,5 y 0,5) Largo (Entre 0,5 y 1,5) Muy largos (>1,5) 10,7% 83,8% 5,5% 7,2% 83,6% 9,2% 5,1% 80,3% 14,6% 3,3% 75,3% 21,4% 2,7% 65,3% 31,5% BUSCADOR DE TOROS POR CRITERIOS 20

21 GRÀCIES PER L'ATENCIÓ 21