PCR Múltiple en infecciones gastrointestinales:

Transcripción

1 PCR Múltiple en infecciones gastrointestinales: Diagnóstico microbiológico del síndrome diarreico agudo, experiencia en la Universidad Católica Dra. Paulette Legarraga Departamento de Laboratorios Clínicos Escuela de Medicina Pontificia Universidad Católica de Chile

2 Temario LO QUE SE SABE Definiciones Diagnóstico microbiológico tradicional Rol de los NAATs/Paneles de PCR múltiple LO QUE HEMOS APRENDIDO Caracterización etiológica síndrome diarreico agudo SDA Cultivos tradicionales LO QUE AUN NO SE SABE Cuál es el rol patógenico de ciertos microorgnismos? Costo-efectividad?

3 Consideraciones del síndrome diarreico Consideraciones del Sindrome diarreico 1,7 billones de casos de diarrea reportadas al año Segunda causa de muerte en <5 años en el mundo 2,2 millones de muertes/año Definición Clasificación según duración Clasificación según etiología 3 deposiciones líquidas al día Aguda Persistente Crónica Infecciosa No infecciosa 14 días >14 y <30 días >30 días Bacterias, Virus, parásitos Intolerancia alimentaria, reacciones medicamentosas, síndrome de intestino irritable, Enfermedades inflamatorias intestinales IDSA, American College of Gastroenterology

4 Diagnóstico microbiológico Bacteriológico: Hektoen (Salmonella, Shigella) Mc Conkey Sorbitol (E. coli O157) TCBS (Vibrio spp) Cultivo de Campylobacter CNI Yersinia AS Plesiomonas shigelloides (PCR) tradicional Virus: Inmunoensayos/Detección antígenos (PCR) Parasitológico: Observación microscópica Inmunoensayos (PCR)

5 Diagnóstico microbiológico tradicional Bajo rendimiento (2 a 5% ámbito ambulatorio ) Alto costo (Coprocultivo) Consenso Síndrome diarreico agudo: recomendaciones para el diagnóstico microbiológico. Rev. Chil. Infectol, 2002; 19(2)

6 Rol de los NAAT en el diagnóstico de diarrea Infectious Diseases Society of America (IDSA) A guide to utilization of the microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases. Clin Infect Dis;57(4):e22-e121

7 Rol de los NAAT en el diagnóstico de diarrea Infectious Diseases Society of America (IDSA) A guide to utilization of the microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases. Clin Infect Dis;57(4):e22-e121

8 Paneles moleculares disponibles (Aprobados FDA) FilmArray GI (Biofire) xtag GPP (Luminex) Verigene EP (Nanosphere) N Patógenos detectados Bacterias Virus Parásitos TOTAL Tiempo procesamiento 1 muestra en 80 min 24 muestras en 5 horas 1 muestra en 2 horas Equipo Tecnología Sistema PCR anidado+ curva de melting Cerrado/ automatizado PCR+ detección por hibridación perlas Abierto/ semiautomatizado PCR+ hibridación nanopartículas Cerrado/ automatizado Otros paneles disponibles no aprobados por FDA: Seeplex Diarrhea ACE detection; EntericBio Panel, RIDA GENE GI, otros Gray et al. Epidemiol Infect. (2014)

9 Plataformas

10 Temario LO QUE SE SABE Definiciones Diagnóstico microbiológico tradicional Rol de los NAATs/Paneles de PCR múltiple LO QUE HEMOS APRENDIDO Caracterización etiológica síndrome diarreico agudo SDA Cultivos tradicionales LO QUE AUN NO SE SABE Cuál es el rol patógenico de E.coli? C. difficile? Costo-efectividad?

11 Algunas preguntas 1. Es necesario tener un examen tan amplio? 2. Son la infecciones gastrointestinales mono o polimicrobiana microbianas? 3. Cuáles son los principales agentes etiológicos del SDA en diarrea aguda en adultos ambulatorios? 4. Cuál es la sensibilidad de los cultivos tradicionales? 5. Cambia conductas? 6. costo?

12 Nuestra experiencia Caracterización etiológica del síndrome diarreico agudo en adultos en un hospital universitario mediante un PCR múltiple Estudio prospectivo desde diciembre 2014 hasta Octubre 2015 Descripción etiológica del síndrome diarreico agudo bacteriano en adultos ambulatorios que consultan al servicio de urgencia mediante un PCR múltiple Diarrea aguda: 3 o más deposiciones líquidas por día, > 24 horas y < 14 días de duración IDSA Guidelines for the management of infectious diarrhea. Clin Infect Dis 2001; 32:

13 Materiales y métodos Paciente FilmArray panel GI procesado antes de 48 horas Coprocultivo + Tinción de Hucker 1 muestra PAF (guardada)

14 Patógenos estudiados

15 Nuestro estudio A. coprocultivo Salmonella/Shigella Agar Hecktoen Campylobacter Tinción de Hucker Vibrio Agar TCBS B. Estudio según resultado de FilmArray BACTERIAS Clostridium difficile o cultivo negativo PARÁSITOS Búsqueda en coprocultivo o medio especial (Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, Vibrio, Plesiomonas) PCR específico ( C. difficile, Salmonella, Campylobacter, Shigella, verotoxina 1 y 2) Observación microscópica y tinción de Zielh-Neelsen

16 Resultados 1. Positividad de las muestras por PCR múltiple 2. Co-infecciones 3. Agentes etiológicos: bacterianos (mención de algunos especiales), virales y parasitarios 4. Resultados de los métodos convencionales (sensibilidad) 5. Conducta clínica

17 Resultados FilmArray 174 muestras procesadas 111 muestras positivas (65,3%) 60 muestras negativas (34,3%) 3 Inhibidas (1,7%)

18 Resultados 174 muestras procesadas 111 muestras positivas por FilmArray (65,3%) 19 de 22 patógenos No se detectaron V. cholerae, Cyclospora cayetanesis ni Entamoeba histolytica

19 Resultados 174 muestras procesadas 83 (74,7%) Bacterias 111 muestras positivas por FilmArray (65,3%) 19 de 22 patógenos No se detectaron V. cholerae, Cyclospora cayetanesis ni Entamoeba histolytica

20 Resultados 174 muestras procesadas 83 (74,7%) Bacterias 111 muestras positivas por FilmArray (65,3%) 27 (24,3%) Virus 19 de 22 patógenos No se detectaron V. cholerae, Cyclospora cayetanesis ni Entamoeba histolytica

21 Resultados 174 muestras procesadas 83 (74,7%) Bacterias 111 muestras positivas por FilmArray (65,3%) 27 (24,3%) Virus 19 de 22 patógenos 14 (12,6%) Parásitos No se detectaron V. cholerae, Cyclospora cayetanesis ni Entamoeba histolytica

22 Distribución co-infecciones 83 (74,7%) BACTERIAS (24,3%) VIRUS (12,6%) PARASITOS

23 Parece que se nos contaminó!! El 37% de la muestras (41/111) presenta dos o más microorganismos Co-infecciones Porcentaje de infecciones según número de microorganismos % 21,6 10,8 1,8 1,8 0,

24 Agentes etiológicos 2,7% 1,8% 0,9% 0,9% E.coli 9,0% 9,0% 9,9% 20,7% 24,3% 45,0% Virus Campylobacter Cryptosporidium Salmonella C. difficile Giardia Plesiomonas Vibrio Yersinia IDSA Guidelines for the management of infectious diarrhea. Clin Infect Dis 2001; 32:

25 Agentes etiológicos Distribución E. coli E.coli Virus Campylobacter Cryptosporidium Salmonella C. difficile Giardia Plesiomonas 2,7% 9,0% 9,0% 9,9% 1,8% 0,9% 0,9% 6,8% 11% 45,0% 45% 15,1% 31,5% 35,6% EPEC EAEC ETEC EC shiga toxina Vibrio Yersinia 20,7% EI/Shigella 24,3% 73 E. coli en 50 pacientes Sólo 11 de ellas como patógeno único

26 Agentes etiológicos E. coli shiga-toxina positivo 8 muestras positivas 2 positivas para E. coli O157 Ambos pacientes hospitalizados en ambos se suspende la terapia antibiótica 1 de ellos con anemia y hematuria leve

27 Agentes etiológicos Clostridium difficile 10 muestras positivas para C. difficile Se obtuvo muestra para confirmación en 6 de ellas Resultados GenXpert: 4 positivas 1 negativa 1 rechazada por muestra formada Falsos positivos? Son clínicamente relevantes? 50% requiere hospitalización (4/5 como patógeno único) 70% fue el único patógeno encontrado

28 Agentes etiológicos Distribución VIRUS E.coli Virus Campylobacter Cryptosporidium Salmonella C. difficile Giardia Plesiomonas Vibrio Yersinia 1,8% 0,9% 0,9% 2,7% 9,0% 9,0% 45,0% 9,9% 24,3% 20,7% 6,9% Sapovirus 24,3% 24,1% Rotavirus 20,7% Norovirus Astrovirus 24,1% 24,1% Adenovirus

29 Parásitos 14 (12,6%) Parásitos Filmarray 11 Cryptosporidium 3 Giardias Microscopía 90,9% (10/11) 33,3% (1/3) En 11 de los 14 casos el parásito fue el único microorganismo aislado Sensibilidad de la microscopía: 64,3% Muestra única!!!

30 Rendimiento del coprocultivo 174 muestras procesadas Resultados FilmArray 111 muestras (+) por FilmArray (63,2%) Resultados Coprocultivo 9 coprocultivos (+) 6,3% (9/111) Bajo rendimiento general del coprocultivo

31 Sensibilidad cultivos tradicionales 83 (74,7%) Bacterias 17 (+) para Shigella/ Salmonella/Vibrio 23 (+) Campylobacter 2 Plesiomonas 1 Yersinia 53 % coprocultivos (+) 61% cultivo Campylobacter (+) No detectamos Plesiomonas No detectamos Yersinia 70% Cultivo Salmonella 100% Cultivo Vibrio Comparado con cultivo no se observaron falsos negativos en FilmArray

32 Algunas preguntas 1. Es necesario tener un examen tan amplio? 2. Son la infecciones gastrointestinales mono o polimicrobiana microbianas? 3. Cuáles son los principales agentes etiológicos del SDA en diarrea aguda en adultos ambulatorios? 4. Cuál es la sensibilidad de los cultivos tradicionales? 5. Cambia conductas? 6. Alto costo?

33 Cambio en la conducta clínica? Ambos pacientes con E. coli O157 fueron hospitalizados (previo a conocer el resultado) y en ambos casos se suspendió tratamiento al conocer los resultados Todos los pacientes de esta serie recibieron tratamiento para C. difficile Un paciente con FilmArray repetidamente negativo colonoscopía cáncer

34 Costo Costo mayor que el de un coprocultivo solo Es mayor el costo que un estudio completo?

35 Impresión global Fácil y rápido Resultados en 2 horas Mejor sensibilidad que los métodos tradicionales y buena especificidad Entrega más información de la que el clínico pide!!!

36 Temario LO QUE SE SABE Definiciones Diagnóstico microbiológico tradicional Rol de los NAATs/Paneles de PCR múltiple LO QUE HEMOS APRENDIDO Caracterización etiológica síndrome diarreico agudo SDA Cultivos tradicionales LO QUE AUN NO SE SABE Tiene algún significado clínico las infecciones polimicrobianas? Cuál es el rol patógenico de E.coli? C. difficile? Costo-efectividad?

37 Aprendimos algo de nuestra experiencia pero aún queda mucho por responder 1. Porcentaje importante de infecciones múltiples Requieren tratamiento? Son más graves? 2. Cómo interpretar los resultados positivos para C. difficile? Virus? Para E. coli? Cuál es el rol de las E.coli? Se estima una colonización en paciente asintomático por C. difficile entre 7 a 15% Virus pueden ser eliminados por varias semanas post infección (hasta 8 semanas para Norovirus) Portación asintomática en población pediátrica de hasta un 78% 3. Tiene mayor costo pero Es costo-efectivo? Enserink R, et al. (2014) High Detection Rates of Enteropathogens in Asymptomatic Children Attending Day Care. PLoS ONE 9(2)

38 Gracias