Innovaciones tecnológicas en diagnóstico microbiológico. Mejores técnicas, mejores cuidados? PCR Múltiple en infecciones gastrointestinales

Transcripción

1 Innovaciones tecnológicas en diagnóstico microbiológico. Mejores técnicas, mejores cuidados? PCR Múltiple en infecciones gastrointestinales Dra. Paulette Legarraga Departamento de Laboratorios Clínicos Escuela de Medicina Pontificia Universidad Católica de Chile

2 Temario 1. Introducción 2. Experiencia en nuestro centro 3. Presentación de resultados:casos clínicos Ventajas del filmarray: rendimiento, sensibilidad, detección de co-infecciones, menú de patógenos Problemas: interpretación de resultados, costo 4. Conclusiones

3 Consideraciones del síndrome diarreico Consideraciones del Síndrome diarreico 1,7 billones de casos de diarrea reportadas al año Segunda causa de muerte en <5 años en el mundo 2,2 millones de muertes/año Asociado a una amplia gama de patógenos Definición Clasificación según duración Clasificación según etiología 3 deposiciones líquidas al día Aguda Persistente Crónica Infecciosa No infecciosa 14 días >14 y <30 días >30 días Bacterias, Virus, parásitos Intolerancia alimentaria, reacciones medicamentosas, síndrome de intestino irritable, Enfermedades inflamatorias intestinales IDSA, American College of Gastroenterology

4 Diagnóstico microbiológico tradicional Bacteriológico: Hektoen (Salmonella, Shigella) Mc Conkey Sorbitol (E. coli O157) TCBS (Vibrio spp) Cultivo de Campylobacter CNI Yersinia AS Plesiomonas shigelloides PCR específicos Salmonella, Yersinia, Verotoxina Virus: Inmunoensayos/Detección antígenos (PCR) Diagnóstico tradicional engorroso, puede ser de alto costo requiere una sospecha diagnóstica Bajo rendimiento: 3 a 5% (coprocultivo) Parasitológico: Observación microscópica Inmunoensayos (PCR) Consenso Síndrome diarreico agudo: recomendaciones para el diagnóstico microbiológico. Rev. Chil. Infectol, 2002; 19(2)

5 Rol de los NAAT en el diagnóstico de diarrea Infectious Diseases Society of America (IDSA) A guide to utilization of the microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases. Clin Infect Dis;57(4):e22-e121

6 Paneles moleculares disponibles (Aprobados FDA) FilmArray GI (Biofire) xtag GPP (Luminex) Verigene EP (Nanosphere) N Patógenos detectados Bacterias Virus Parásitos TOTAL Tiempo procesamiento 1 muestra en 80 min 24 muestras en 5 horas 1 muestra en 2 horas Equipo Tecnología Sistema PCR anidado + curva de melting Cerrado/ automatizado PCR+ detección por hibridación perlas Abierto/ semiautomatizado PCR+ hibridación nanopartículas Cerrado/ automatizado Otros paneles disponibles no aprobados por FDA: Seeplex Diarrhea ACE detection; EntericBio Panel, RIDA GENE GI, otros Gray et al. Epidemiol Infect. (2014)

7 Caracterización etiológica del síndrome diarreico agudo en adultos en un hospital universitario mediante un PCR múltiple Legarraga P 1,3, Valenzuela C 2, Miranda C 3, García P 1,3 y C. Alvarez 2 Departamento de Laboratorios clínicos, Departamento de Gastroenterología, P. Universidad Católica de Chile, Laboratorio Microbiología, Red de Salud UC-CHRISTUS Estudio prospectivo desde diciembre 2014-Marzo 2016 Caracterización clínica y etiológica del síndrome diarreico agudo en adultos ambulatorios que consultan al servicio de urgencia mediante un PCR múltiple (FilmArray, Biofire) Diarrea aguda: 3 o más deposiciones líquidas por día, > 24 horas y < 14 días de duración IDSA Guidelines for the management of infectious diarrhea. Clin Infect Dis 2001; 32:

8 Patógenos detectados por FilmArray

9 Nuestro estudio 1. Recopilación datos 2. Coprocultivo 3. FilmArray Salmonella/Shigella Agar Hecktoen Vibrio Agar TCBS Discordancias BACTERIAS Clostridium difficile o cultivo negativo PARÁSITOS Búsqueda en coprocultivo o medio especial (Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, Plesiomonas) PCR específico ( C. difficile, Salmonella, Campylobacter, Shigella, verotoxina 1 y 2) Observación microscópica y tinción de Zielh-Neelsen

10 Resultados

11 Caso clínico 1 Paciente 20 años, sexo masculino, estudiante Sin antecedentes mórbidos MC: Diarrea 12 días evolución, (promedio 14 dep/día), con sangre, acompañado de fiebre, dolor abdominal, deshidratación Recibe tratamiento con ciprofloxacino ambulatorio, con respuesta parcial Hospitalización: Hidratación y estudio Obs: EII, colitis pseudomembranosa?

12 Caso clínico 1 Exámenes: Coprocultivo: NEGATIVO Cultivo Campylobacter: NEGATIVO Parasitológico: NEGATIVO Plan: Pendiente Colonoscopía. Panel GI FilmArray: Campylobacter sp. Manejo: tratamiento con Azitromicina Evolución: buena respuesta, disminución de los síntomas

13 Rendimiento coprocultivo Total muestras procesadas: 174 % de Resultados (+) por FilmArray % de Resultados (+) por coprocultivo 6,3% 37% 63% Positivos Negativos Positivos Negativos Resultado FilmArray: 111 muestras (+) 60 (-) por FilmArray 3 Inhibidas 93,7% Obtuvimos un total de 9 muestras (+) por Coprocultivo Mejor rendimiento global del FilmArray

14 Mejor rendimiento Clin Microbiol Infect 2014; 20: O460 O467 Aumento del número de muestras positivas de 12% por metodología convencional a 22% mediante PCR múltiple

15 Sensibilidad cultivos tradicionales 17 (+) para Shigella/ Salmonella/Vibrio 83 Bacterias detectadas por FilmArray 23 (+) Campylobacter Todas las muestras de Campylobacter y Salmonella fueron confirmadas por PCR o cultivo De los 60 FilmArray negativos no se obtuvieron cultivos (+) 70% Cultivo Salmonella 100% Cultivo Vibrio 61% cultivo Campylobacter (+) Mejor sensibilidad que cultivo tradicional Buena especificidad

16 Ventajas y Desventajas FilmArray VENTAJAS Mejor rendimiento y sensibilidad Permite cambios en el manejo: Inicio de tratamiento ATB DESVENTAJAS

17 Caso clínico 2 Paciente sexo femenino 21 años. Sin antecedentes mórbidos, estudiante. MC: dolor abdominal intenso 10/10, asociado a diarrea aguda 2 días evolución, 8 episodios/día sin elementos patológicos, vómitos y con fiebre hasta 38ºC. Examen físico: deshidratación moderada. Manejo: Hospitalización Hidratación parenteral Inicio tratamiento antibiótico empírico

18 Caso clínico 2 Coprocultivo: NEGATIVO Parasitológico: NEGATIVO Panel VIRAL Gastrointestinal : NEGATIVO (Adenovirus, Astrovirus, Norovirus GI, Norovirus GII y/o Rotavirus) Panel GI FilmArray:

19 Caso clínico 2 Coprocultivo: NEGATIVO Parasitológico: NEGATIVO Panel VIRAL Gastrointestinal : NEGATIVO (Adenovirus, Astrovirus, Norovirus GI, Norovirus GII y/o Rotavirus) Panel GI FilmArray: SAPOVIRUS Manejo: Suspensión de tratamiento antibiótico

20 % de enteropatógenos identificados por PCR Agentes etiológicos encontrados 30% 25% 20% 15% Bacterias 74,7% Virus 24,3% Parásitos 12,6% 10% 5% 0% Resultados (+) para 19 de los 22 patógenos buscados Número importante de infecciones por Sapovirus

21 Ventajas y Desventajas FilmArray VENTAJAS DESVENTAJAS Mejor rendimiento y sensibilidad Permite cambios en el manejo: Inicio de tratamiento ATB FilmArray presenta un menú extenso con detección de patógenos no buscados previamente Permite cambios en el manejo: Suspensión tratamiento ATB

22 Caso clínico 3 Paciente 49 años, sexo masculino (paciente número 5 reclutado) Sin antecedentes mórbidos ni antecedentes de viaje MC: Diarrea 10 días evolución, promedio de 10 deposiciones/día, sin elementos patológicos, sin fiebre, sin dolor abdominal ni deshidratación. Manejo: Hidratación en servicio de urgencia Alta con indicación de hidratación oral y régimen liviano

23 Caso clínico 3 Coprocultivo: NEGATIVO FilmArray:

24 Caso clínico 3 Coprocultivo: NEGATIVO FilmArray: ECEA, ECEP, Shigella/ECEI, Astrovirus, Norovirus, Sapovirus

25 Caso clínico 3 Coprocultivo: NEGATIVO FilmArray: ECEA, ECEP, Shigella/ECEI, Astrovirus, Norovirus, Sapovirus Dra su equipo se les contaminó!!!!

26 Co-infecciones El 37% de la muestras positivas (41/111) presenta dos o más microorganismos Porcentaje de infecciones según número de microorganismos 37% ,6 10,8 1,8 1,8 0,

27 Porcentaje de de co-infecciones según país Presencia de coinfecciones varía según país Porcentaje varía: EEUU 31,5% Europa 30% Chile 48% Spina et al. Clin Microbiol Infect 2015; 21:

28 Comparación características clínicas entre positivos vs negativos y monomicrobianos vs polimicrobiano Características clínicas Positivos Negativos P value Mono-microbiano Poli-microbiano P value N 133 N 66 N 79 N 54 NS Sexo femenino (%) NS NS Edad promedio (años) , NS Días de diarrea al consultar 4,9 7,3 0,0005 5,3 4,6 NS Frecuencia deposiciones/día 8,6 6,7 0,017 8,4 8,9 NS Disentería (%) NS NS Fiebre (%) , NS Vómitos (%) NS NS Náuseas (%) NS ,046 Dolor abdominal (%) NS <0,0001 Deshidratación (%) NS NS Leve (%) NS NS Moderada (%) NS NS Severa (%) 3 0 NS 3 4 NS Necesidad hospitalización (%) NS NS Antecedente de viaje (%) 11 7 NS ,0102 Los cuadros polimicrobianos no presentan diferencias con cuadros monomicrobianos salvo por presencia de dolor abdominal y naúseas

29 Ventajas y Desventajas FilmArray VENTAJAS Mejor rendimiento y sensibilidad Permite cambios en el manejo: Inicio de tratamiento ATB FilmArray presenta un menú extenso con detección de patógenos no buscados previamente Permite cambios en el manejo: Suspensión tratamiento ATB Cambio en el conocimiento de la etiopatogenia del SDA DESVENTAJAS Relevancia clínica de las co-infecciones?

30 Paciente 45 años, sexo femenino Sin antecedentes mórbidos ni antecedentes de viaje Vive en una zona rural al sur de Chile MC: Diarrea crónica ( 4 meses de duración), sin elementos patológicos, sin fiebre ni baja de peso, coprocultivo y parasitológico (-) Colopatía funcional pero paciente vuelve a consultar por persistencia de síntomas FilmArray: Caso 4

31 Caso 4 Paciente 45 años, sexo femenino Sin antecedentes mórbidos ni antecedentes de viaje Vive en el campo al sur de Chile MC: Diarrea crónica ( 4 meses de duración), sin elementos patológicos, sin fiebre ni baja de peso Colopatía funcional pero paciente vuelve a consultar por persistencia de síntomas FilmArray: ECEP Se inicia tratamiento antibiótico

32 % de enteropatógenos identificados por PCR Agentes etiológicos encontrados 30% 25% 20% 15% 10% Bacterias Virus Parásitos 5% 0% EPEC fue el patógeno más prevalente en nuestra serie

33 Porcentaje total y de co-nfección Distribución de microorganismos según co-infecciones 120% 100% 80% 60% 40% 20% 0% 89% 88% 88% 82% 78% 57% 55% 50% 44% 44% 42% 39% 38% 33% % Co-infección Total EPEC está frecuentemente asociada a otros microorganismos Spina et al. Clin Microbiol Infect 2015; 21:

34 Presencia de enteropatógenos en población asintomática No hubo diferencias estadísticamente significativa en el número de casos y controles positivos para EPEC, STEC Bruijinesteiin Van Coppenraet et al.clin Microbiolo Infect 2015 ;21(6(592

35 Ventajas y Desventajas FilmArray VENTAJAS Mejor rendimiento y sensibilidad Permite cambios en el manejo: Inicio de tratamiento ATB FilmArray presenta un menú extenso con detección de patógenos no buscados previamente Permite cambios en el manejo: Suspensión tratamiento ATB Cambio en el conocimiento de la etiopatogenia del SDA DESVENTAJAS Relevancia clínica de las coinfecciones? Relevancia clínica de los patógenos encontrados? Necesidad de una interpretación juiciosa

36 Caso clínico 5 Paciente 23 años, sexo femenino. Antecedente psoriasis Tratamiento empíricio con ciprofloxacino y metronidazol MC: Diarrea 10 días de evolución, con sangre y mucosidad, promedio de 7 deposiciones/día, acompañado de dolor abdominal Examen físico: deshidratación leve Manejo: Hospitalización

37 Caso clínico 5 Resultados exámenes: Coprocultivo: NEGATIVO Parasitológico: NEGATIVO Panel GI FilmArray

38 Caso clínico 5 Resultados exámenes: Coprocultivo: NEGATIVO Parasitológico: NEGATIVO Panel GI FilmArray: NEGATIVO

39 Caso clínico 6: COLONOSCOPÍA

40 Utilidad clínica: Buen valor predictivo negativo 66 muestras (-) por FilmArray todas negativas por coprocultivos En el 44% de los pacientes con FilmArray (-) se identificó una causa no infecciosa Colitis isquémica, EII, Amiloidosis, Enteropatía diabética, cáncer, etc. Resultado (-) Pensar en causa no infecciosa de diarrea

41 Ventajas y Desventajas FilmArray VENTAJAS Mejor rendimiento y sensibilidad Permite cambios en el manejo: Inicio de tratamiento ATB FilmArray presenta un menú extenso con detección de patógenos no buscados previamente Permite cambios en el manejo: Suspensión tratamiento ATB Cambio en el conocimiento de la etiopatogenia del SDA Buen valor predictivo negativo DESVENTAJAS Relevancia clínica de las coinfecciones? Relevancia clínica de los patógenos encontrados? Necesidad de una interpretación juiciosa

42 Caso clínico Final Paciente 28 años. Sin antecedentes mórbidos MC: Diarrea de 3 días de evolución, 4 deposiciones por días, con estrías sanguinolentas, dolor abdominal intenso 10/10, fiebre hasta 39ºC Exámenes en SU: Coprocultivo: pendiente Parámetros inflamatorios elevados TAC abdomen y pelvis: engrosamiento difuso colon descendente y sigmoides, colitis colon izquierdo. Hospitalización para continuar el estudio: Colonoscopía

43 Caso clínico Final Colonoscopía: Perdida transparencia vascular, eritema y erosiones colon izquierdo, biopsias Colitis izquierda inespecífica Biopsia: Elementos de inflamación aguda inespecífica. Sin hallazgos de cronicidad Panel GI FilmArray (a las 48 hrs de hospitalización): Salmonella sp.

44 Caso clínico Final Colonoscopía: Perdida transparencia vascular, eritema y erosiones colon izquierdo, biopsias Colitis izquierda inespecífica Biopsia: Elementos de inflamación aguda inespecífica. Sin hallazgos de cronicidad Panel GI FilmArray (a las 48 hrs de hospitalización): Salmonella sp. Coprocultivo: Salmonella spp

45 Conclusiones Fácil y rápido Resultados en <2 horas Muchas ventajas técnicas Mejor sensibilidad que los métodos tradicionales y buena especificidad Mejor rendimiento Puede requerir más de un equipo Alto costo Su uso requiere un conocimiento de sus características Cómo interpretar resultados? Rol de las E. coli? Rol de las co-infecciones Es costo efectivo? No dejar de lado nuestros exámenes tradicionales

46 Muchas Gracias