HOSPITAL CLÍNIC-IDIBAPS RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA

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María Teresa Ramírez Rivas
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1 HOSPITAL CLÍNIC-IDIBAPS RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA CATÁLOGO DE OFERTA DE SERVICIOS GENÓMICOS I. INFORMACIÓN GENERAL: NOMBRE DE UNIDAD: Unidad de Genómica CENTRO DE LA RED: IDIBAPS RESPONSABLE DEL GENERAL DE LA UNIDAD: Elías Campo TELÉFONO DE CONTACTO: DE CONTACTO: ecampo@clinic.ub.es RESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: Pedro Jares NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO: (Genómica) DE CONTACTO: msreina@clinic.ub.es TELÉFONO DE CONTACTO: FAX DE CONTACTO: DIRECCIÓN PARA FACTURACIÓN: NOMBRE: Emili Bargalló (ebargallo@clinic.ub.es) INSTITUCIÓN: Institut d Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS) CALLE: C/ Villarroel 10 CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Barcelona DIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS: NOMBRE: Pedro Jares/Montse (Unitat de Genòmica) INSTITUCIÓN: IDIBAPS CALLE: C/ Villarroel 10, Hospital Clinic, Esc. 9-5ª planta. CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Barcelona

ecampo@clinic.ub.es RESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: Pedro Jares NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO: (Genómica) E-MAIL DE CONTACTO: msreina@clinic.ub.es TELÉFONO DE CONTACTO: 923-294816 FAX DE CONTACTO: 923-29443 DIRECCIÓN PARA FACTURACIÓN: NOMBRE: Emili Bargalló (ebargallo@clinic.

2 II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS: SERVICIOS OFERTADOS 1. Análisis de RNA/DNA por BioAnalyzer Lectura espectrofotométrica de RNA/DNA mediante el NanoDrop 3. Chips de expresión de Affymetrix 4. Chips de genotipado de Affymetrix 5. Escaneado de arrays de vidrio (autoservicio) NOMBRE DE TÉCNICO RESP. TIEMPO ESTIMADO DE SERVICIO (EN DÍAS) PRECIO DEL SERVICIO (INCLUYENDO IVA) /muestra /muestra /muestra* /muestra** 1 33 /hora * Precio correspondiente al GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0. Para otros arrays ponerse en contacto con la Unidad de Genómica. Incluye la subvención de Genoma España. ** Precio correspondiente a los arrays GeneChip Human Mapping 50K. Incluye la subvención de Genoma España. III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS: 1. Bioanalyzer 2100 de Agilent Nuestra Unidad cuenta con el Bioanalyzer 2100 de Agilent que permite analizar diferentes formas de ácidos nucleicos en una misma plataforma. Actualmente ofrecemos la posibilidad de analizar muestras de RNA con RNA 6000 NanoLapChips. Estos chips permiten cuantificar y analizar la calidad del RNA. Para poder realizar un análisis cuantitativo el rango de concentración de la muestra es de ng/µl. La calidad del RNA se puede valorar en muestras con una concentración de entre 5-500ng/µl. 2

TIEMPO ESTIMADO DE SERVICIO (EN DÍAS) PRECIO DEL SERVICIO (INCLUYENDO IVA) 1-2 5.3 /muestra 1 0.

3 2. Lectura espectrofotométrica mediante el NanoDrop Se cuantifica y se valora la pureza de ácidos nucleicos (RNA/DNA) mediante el NanoDrop ND-1000 que permite analizar 1 ul de la muestra con gran precisión y reproducibilidad un microlitro sin necesidad de realizar diluciones. El rango de cuantificación va de 2ng-3000 ng/ul. 3. Chips de expresión de Affymetrix La unidad de Genómica del IDIBAPS ofrece el análisis de los perfiles de expresión génica mediante microarrays de oligonucleótidos (Affymetrix). El usuario proporcionará RNA total (2-5 µg). Previa comprobación de la calidad del RNA mediante el Bioanlyzer 2100(Agilent), se procederá al marcado e hibridación sobre GeneChips de Affymetrix por personal de la Unidad de Genómica. En la actualidad nuestra Unidad no utiliza Test-Arrays de Affymetrix como control de calidad para reducir costes. Todos los controles de calidad se realizan con el Bioanalyzer Los ficheros generados que contienen los datos crudos y los resultados obtenidos mediante el software GCOS ( Statistical Algorithm, Affymetrix) serán entregados en su totalidad al usuario en un CD. Estos archivos son compatibles con otros programas informáticos. En caso de que el usuario quiera realizar análisis posteriores tendrá acceso a una posición de trabajo que cuenta con distintos softwares (GCOS y Data Mining Tool 3.0) 4. Chips de genotipación de Affymetrix La unidad de Genómica del IDIBAPS ofrece el genotipado masivo de SNPs mediante microarrays de oligonucleótidos (Affymetrix). El usuario proporcionará DNA genómico (250 ng) de alta calidad diluido en TE- EDTA reducido. Se procederá a la digestión, ligación y amplificación por PCR para obtener una representación del genoma. Esta fracción será marcada e hibridada sobre GeneChips Human Mapping 50k. Los ficheros generados que contienen los datos crudos y los resultados obtenidos mediante el software GDAS ( GeneChip DNA Analysis Software ) serán entregados en su totalidad al usuario en un CD. 5. Lectura de chips de vidrio mediante el scanner GenePix4000B (Axon). Se ofrece el acceso al scanner GenePix4000B y al programa GenePrix Pro 4.0 para la lectura y análisis de microarrays de cdna, oligonucleótidos largos o microarrays de proteínas (en régimen de autoservicio). Nuevos servicios para Nuevos microarrays de Affymetrix (exon-arrays, promotor-arrays and tiling-arrays). Affymetrix ha lanzado nuevos productos como son los arrays diseñados para Chip-onchip que permitirán estudiar las dianas de factores de transcripción o modificaciones de la cromatina, los exon arrays y los tiling arrays. Una vez se realice la actualización del GeneChip Scanner 3000 durante el 2006 se podrán procesar este tipo de arrays. 3

Chips de expresión de Affymetrix La unidad de Genómica del IDIBAPS ofrece el análisis de los perfiles de expresión génica mediante microarrays de oligonucleótidos (Affymetrix).

4 HOSPITAL CLÍNIC-IDIBAPS RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER PROGRAMA DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA CATÁLOGO DE OFERTA DE SERVICIOS PROTEÓMICOS I. INFORMACIÓN GENERAL: NOMBRE DE UNIDAD: Plataforma Mixta de Proteómica UB-PCB-IDIBAPS CENTRO DE LA RED: IDIBAPS RESPONSABLE GENERAL DE LA UNIDAD: Oriol Bachs TELÉFONO DE CONTACTO: DE CONTACTO: obachs@ub.edu RESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO: DE CONTACTO: jmestanyol@ub.edu TELÉFONO DE CONTACTO: /29 FAX DE CONTACTO: DIRECCIÓN PARA FACTURACIÓN: NOMBRE: Serveis Cientificotècnics UB INSTITUCIÓN: Universitat de Barcelona CALLE: c/josep Samitier, 1-5 CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Barcelona DIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS: NOMBRE: INSTITUCIÓN: Plataforma de Proteómica UB-PCB-IDIBAPS Fac. Medicina UB CALLE: Casanova 143 CÓDIGO POSTAL: LOCALIDAD: Barcelona 4

DE CONTACTO: obachs@ub.edu RESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO: E-MAIL DE CONTACTO: jmestanyol@ub.

5 II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS: SERVICIOS OFERTADOS Digestión MALDI/Fingerprinting Interno s Público s Privado s NOMBRE DE TÉCNICO RESP. TIEMPO ESTIMADO DE SERVICIO (EN DÍAS) 1 a 4 muestras a 23 muestras a 48 muestras a 96 muestras Digestión caplc/ms/ms y búsqueda en base de datos Digestión nanoes/ms/ms y búsqueda en base de datos Precio /muestra Determinación peso molecular (MALDI-TOF) Digestión tríptica manual Eletroforesis 1D (punto isoeléctrico) Electroforesis 2D (gel acrilamida de 26x20 cm, precast) Precio/gel Análisis de imagen (precio/h) SDS-PAGE (8x cm) Tinción de Geles (Plata) Precio/gel Depende análisis. Consultar (26 x 20 cm) (8 x cm) Tinción de Geles (Coomassie) (26 x 20 cm) (8 x cm) Expresión Diferencial DIGE Depende experimento. Consultar

66 15 Digestión caplc/ms/ms y búsqueda en base de datos Digestión nanoes/ms/ms y búsqueda en base de datos Precio /muestra Determinación peso molecular (MALDI-TOF) Digestión tríptica manual

6 III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS: 1.- Caracterización de proteínas por fingerprinting mediante una digestión con endoproteasa. Búsqueda en el banco de datos incluida. 2.- Secuenciación de péptidos de una muestra en gel digerida con endoproteasa online. Análisis de todos los péptidos posibles. Búsqueda en el banco de datos incluida. 3.- Secuenciación de péptidos de una muestra en gel digerida con endoproteasa offline. Análisis de todos los péptidos posibles. Búsqueda en el banco de datos incluida. 4.- Digestión de bandas o spots que precisen de una particular digestión que tenga que hacerse manualmente. 5.- Separación de las proteínas por pi y peso mlecular (2D) 6.-Tinción de geles SDS-PAGE o 2D con plata o coomassie.- Análisis de expresión diferencial mediante marcaje con fluoróforos. DIGE 6

- Secuenciación de péptidos de una muestra en gel digerida con endoproteasa offline. Análisis de todos los péptidos posibles. Búsqueda en el banco de datos incluida. 4.

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