Experiencia del Marqués de Valdecilla en NGS. Javier Freire

Experiencia del Marqués de Valdecilla en NGS Javier Freire

NGS: porqué la necesitamos A qué nos enfrentamos con la NGS? A nosotros mismos? A nuestros límites? A la administración? A otros

Genotipado del Carcinomas de células no pequeñas CCnP Clasificación morfológica Escamoso Escamoso 34% otros 11% Adenocarcinoma

Y después de EGFR and ALK? Ensayos clínicos y dianas ya aprobadas 9 Hematox Hematox Diagnóstico diferencial y molecular 8 / 1 IHC panel: p40, TTF1/Napsin A, CK7, CK20 ALK & EGFR

Y después de EGFR and ALK? Ensayos clínicos y dianas ya aprobadas 9 Hematox 21 Hematox 20 11... Hematox Hematox 10 Nuevos dianas moleculares Diagnóstico diferencial y molecular Diagnóstico diferencial y molecular 9 8 / 1 IHC panel: p40, TTF1/Napsin A, CK7, CK20 ALK & EGFR 8 / 1 IHC panel: p40, TTF1/Napsin A, CK7, CK20 ALK & EGFR

ALK, ROS BRCA somático

Medicina de Precisión: Mejora paciente Menos coste si fármaco dirigido Menos tiempo en hospital Menos externalización (hasta hace poco sólo a plataformas privadas) BRCA: 3 años: más de 400.000

LOS SERVICIOS Unidad de NGS

Nodo Germinal Cáncer hereditario Cardiopatías hereditarias Fibrosis quística Anemias Hipoacusias Nodo somático Oncología tumor sólido Hematooncología Tipajes HLA Microbiología Trastornos neurológicos

Unidad de NGS: nodo somático En qué estamos ahora entonces: RUTINA: BRCA: somático y germinal Panel de Hostspot y translocaciones tumores sólidos PUESTA A PUNTO PARA RUTINA Panel síndromes mielodisplásico y neoplasias mieloproliferativas Panel Leucemia Mieloide Aguda Panel Leucemia Linfocítica Crónica INVESTIGACIÓN Soporte y uso de los secuenciadores Asesoramiento Formación

Mujer de 61 años de edad exfumadora de 50 paquetes/año Padre y hermana con cáncer de pulmón En marzo de 2014 lobectomía media derecha por Adenocarcinoma pt2, pn0 Noviembre de 2014 nuevo nódulo en lóbulo superior izquierdo Metástasis por Adenocarcinoma triple negativo (EGFR, ALK y ROS1) Carboplatino-Paclitaxel 6 ciclos Enero 2016 nueva recaída locorregional Cisplatino-Pemetrexed con Pemetrexed de mantenimiento hasta noviembre de 2016 Enero de 2017 persistencia de enfermedad. Radioterapia Enfermedad estable hasta septiembre de 2017. Progresión pulmonar Solicitan PD-L1 y NGS

PD-L1 22C3 Neg

Reported Variants Classification Unclassified Location exonic Variant Effect missense Genes KRAS Length 1 dbsnp rs121913529, rs121913530 Mutation c.34g>t Oncomine Variant Class Hotspot Coverage 1995 Type SNV Oncomine Gene Class Gain-of-function % Frequency AAA=0.00, AAC=0.00, AAG=0.00, AAT=0.00, ACA=26.17, ACG=0.00, ACT=0.00, AGC=0.00, ATA=0.00, ATC=0.75, ATT=0.00, CCA=0.00, CTC=0.00, GAC=0.00, GCA=0.10, GTC=0.00, TTC=0.00 Classification Unclassified Genes ERBB2 Mutation c.2305g>a Type SNV Location exonic Length 1 Oncomine Variant Class Hotspot Oncomine Gene Class Gain-of-function Variant Effect missense dbsnp rs121913468 % Frequency A=4.86, C=0.00, T=0.00 Coverage 925 Variant Details Gene: KRAS -- Exon: 2 --- chr12:25398283 --- NM_033360.3 --- Classification: Unclassified Sample Genotype Amino Acid b17-21437_v1 c.34g>t p.gly12cys * protein change takes into account changes at multiple genomic loci in same codon Source UserName Description Notes Gene: ERBB2 -- Exon: 19 --- chr17:37880261 --- NM_004448.3 --- Classification: Unclassified Sample Genotype Amino Acid b17-21437_v1 c.2305g>a p.asp769asn * protein change takes into account changes at multiple genomic loci in same codon

p.asp769asn

Reported Variants Classification Unclassified Location exonic Variant Effect missense Genes KRAS Length 1 dbsnp rs121913529, rs121913530 Mutation c.34g>t Oncomine Variant Class Hotspot Coverage 1995 Type SNV Oncomine Gene Class Gain-of-function % Frequency AAA=0.00, AAC=0.00, AAG=0.00, AAT=0.00, ACA=26.17, ACG=0.00, ACT=0.00, AGC=0.00, ATA=0.00, ATC=0.75, ATT=0.00, CCA=0.00, CTC=0.00, GAC=0.00, GCA=0.10, GTC=0.00, TTC=0.00 Classification Unclassified Location exonic Variant Effect missense Variant Details Genes ERBB2 Mutation c.2305g>a Length Oncomine Variant Class Lo 1 trataríais???? Hotspot dbsnp % Frequency rs121913468 A=4.86, C=0.00, T=0.00 Type SNV Oncomine Gene Class Gain-of-function Coverage 925 Gene: KRAS -- Exon: 2 --- chr12:25398283 --- NM_033360.3 --- Classification: Unclassified Sample Genotype Amino Acid b17-21437_v1 c.34g>t p.gly12cys * protein change takes into account changes at multiple genomic loci in same codon Source UserName Description Notes Gene: ERBB2 -- Exon: 19 --- chr17:37880261 --- NM_004448.3 --- Classification: Unclassified Sample Genotype Amino Acid b17-21437_v1 c.2305g>a p.asp769asn * protein change takes into account changes at multiple genomic loci in same codon

Mujer de 24 años con un Timoma tipo AB de la OMS seguido en otro centro que fue sometido a quimioterapia neoadyuvante Masa de 16 cm que engloba vasos mediastínicos y afecta pericardio Neumonectomía derecha en 2013

b13-8576_f3_v1 SLC34A2(4) ROS1(34) chr4:25665952 chr6:117645578 Variant Details * protein change takes into account changes at multiple genomic loci in same codon Gene(s): SLC34A2(4) ROS1(34) - Location: chr4:25665952 chr6:117645578 - Classification: Unclassified Source Description Sample Genes Location UserName b13-8576_f3_v1 Notes SLC34A2(4) ROS1(34) chr4:25665952 chr6:117645578 * protein change takes into account changes at multiple genomic loci in same codon Gene(s): SLC34A2(4) ROS1(32) - Location: chr4:25665952 chr6:117650609 - Classification: Unclassified Source Description Sample Genes Location b13-8576_f3_v1 UserName Notes SLC34A2(4) ROS1(32) chr4:25665952 chr6:117650609 * protein change takes into account changes at multiple genomic loci in same codon Gene(s): SLC34A2(4) ROS1(32) - Location: chr4:25665952 chr6:117650609 - Classification: Unclassified Source UserName Description Notes Gene(s): AR - Location: chrx:66776185 - Classification: Unclassified Confirmamos????? Sample Location Copy Number b13-8576_f3_v1 chrx:66776185 6.86 * protein Gold change takes into standar???? account changes at multiple genomic loci in same codon Source Description UserName Notes