Base de Datos Regional Informe del Centro de Referencia Regional

Transcripción

1 6ta Reunión n PulseNet América Latina y Caribe Buenos Aires, lunes 26 de mayo de 2008 Base de Datos Regional Informe del Centro de Referencia Regional Isabel Chinen - Mariana Pichel INEI ANLIS Carlos G. Malbrán

2 Base de Datos Regional (BDR): Organización INEI-ANLIS Carlos G. G. Malbrán ADMINISTRADOR DE DE LA LA BDR BDR Database (SQL SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin OPS-FOS SERVER Rio Rio de de Janeiro --Brasil Brasil BNServer BNClient BDN BDN alojadas en en cada cada País País que que tiene tiene software

3 Construcción de la Base de Datos Regional (BDR) Se realiza a través del aporte de las BDN desde BioNumerics Client con la revisión y asignación de patrones por parte del Administrador desde BioNumerics Admin

4 Etapas en la construcción de la BDR BN Client Primera: Instalación scripts de PulseNet Conexión Client Server Evaluación de diferentes funciones de los scripts PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR Tercera: Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde el BN Client alojado en Argentina Cuarta: Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde otros países que han aprobado la certificación para análisis

6 BDR: 1ra etapa construcción INEI-ANLIS Carlos G. G. Malbrán ADMINISTRADOR DE DE LA LA BDR BDR Database (SQL SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin OPS-FOS SERVER Rio Rio de de Janeiro --Brasil Brasil BNServer -Instalación scripts - Evaluación funciones scripts BNClient BDN BDN alojadas en en cada cada País País que que tiene tiene software

7 BDR: 1ra etapa construcción Instalación scripts : OK Bases Salmonella y E. coli Conexión Client Server: OK Salmonella y E. coli. Con dificultades esporádicas Evaluación de diferentes funciones de los scripts PulseNet: Se ha evaluado en Salmonella, se solucionaron las dificultades existentes excepto para la función match against server. Se está evaluando en E. coli. Colaboración Alberto Mendía (FOS, OPS-OMS) y Brenda Brown (CDC, USA)

9 Preparación de los datos en la BDN para el ingreso a la BDR

10 BDN Salmonella / E. coli Campos Campos comunes Campos específicos Campos en Blanco (que completa el Administrador)

11 BDR Regional: 2da etapa construcción INEI-ANLIS Carlos G. G. Malbrán Administrador de de la la Base Base de de Datos Database (SQL SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin OPS-FOS SERVER Rio Rio de de Janeiro --Brasil Brasil BNServer BNClient Preparación de datos en BDN Países

12 Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR Salmonella: Se acondicionó el formato y la información contenida en las Bases de Datos Nacionales alojadas en el CRR: - Argentina -Costa Rica - Paraguay 812 aislamientos de origen humano 245 patrones de PFGE diferentes Serovariedades (Nº aislamientos / Nº patrones): S. Typhimurium (300 / 121), S. Enteritidis (133 / 18), S. Newport (150 / 73), Otras (229/33)

13 Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR E. coli: Se acondicionó el formato y la información contenida en las Bases de Datos Nacionales alojadas en el CRR: - Argentina - Cuba - Paraguay 421 aislamientos de origen humano 194 patrones de PFGE diferentes Serotipos: (Nº aislamientos / Nº patrones): O157:H7 (320, 120), O145:NM (101 / 74)

15 BDR Regional: 3ra etapa construcción INEI-ANLIS Carlos G. G. Malbrán Administrador de de la la Base Base de de Datos Database (SQL SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin OPS-FOS SERVER Rio Rio de de Janeiro --Brasil Brasil BNServer Ingreso de datos en BDR BNClient Países

16 Ingreso de perfiles de PFGE y datos de la BDR en el Server Salmonella Se ingresaron los perfiles de PFGE y datos correspondientes a aislamientos de Paraguay, Costa Rica y Argentina: S. Typhimurium, 121 aislamientos / 89 patrones de PFGE S. Enteritidis, 106 aislamientos / 14 patrones de PFGE Se asignaron Nº de patrones de PFGE regionales Se comenzó por los patrones únicos de las BDN y se están agregando gradualmente los aislamientos de cada patrón, a partir de los más recientes. A medida que se generan nuevos perfiles de PFGE

18 Ingreso de perfiles de PFGE y datos de la BDR en el Server desde otros países que han aprobado la certificación para análisis Se le asignó un login y un password para el acceso a la BDR a los siguientes participantes de la Red: - Nélida Muñoz, Instituto Nacional de Salud, Colombia - Ana Tavecchio, Instituto Adolfo Lutz (IAL), Brasil Se realizaron las primeras pruebas de conexión desde el IAL, con algunas dificultades

19 BDR Regional: 3ra etapa construcción INEI-ANLIS Carlos G. G. Malbrán Administrador de de la la Base Base de de Datos Database (SQL SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin OPS-FOS SERVER Rio Rio de de Janeiro --Brasil Brasil BNServer Conexión con el Server BNClient Países

20 Ingreso de perfiles de PFGE y datos de la BDR en el Server desde los países que han aprobado la certificación para análisis Recomendaciones. Antes de subir información a la BDR: - Asegurarse que los geles a ingresar sean de calidad adecuada para el análisis - Recordar incluir la información complementaria para cada uno de los aislamientos datos mínimos con formato adecuado - Verificar que las columnas que debe completar el administrador estén vacías

21 Etapas en la construcción de la BDR BN Admin Primera: Instalación scripts de PulseNet Conexión Admin Server Evaluación de diferentes funciones de los scripts PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde CRR Tercera: Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde cada BDN Cuarta: Realización de informes

23 Base de Datos Regional (BDR): Organización INEI-ANLIS Carlos G. G. Malbrán ADMINISTRADOR DE DE LA LA BDR BDR Database (SQL SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin -Instalación scripts - Evaluación funciones scripts BNServer OPS-FOS SERVER Rio Rio de de Janeiro --Brasil Brasil BNClient BDN BDN alojadas en en cada cada País País que que tiene tiene software

24 BDR-Admin Admin: : 1ra etapa construcción Instalación scripts Admin: OK Bases Salmonella y E. coli Conexión Admin Server: OK Salmonella y E. coli. Con dificultades esporádicas Evaluación de diferentes funciones de los scripts PulseNet: Se evaluó Salmonella, sólo se identificó una dificultad que pudo solucionarse. Se está evaluando en E. coli. Colaboración Alberto Mendía (FOS, OPS-OMS) y Brenda Brown (CDC, USA) Para ambas Bases, la velocidad en la conexión presenta fluctuaciones

26 Base de Datos Regional (BDR): Organización INEI-ANLIS Carlos G. G. Malbrán ADMINISTRADOR DE DE LA LA BDR BDR Database (SQL SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin - Evaluación de geles - Asignación de patrones BNServer OPS-FOS SERVER Rio Rio de de Janeiro --Brasil Brasil BNClient BDN BDN alojadas en en cada cada País País que que tiene tiene software

27 BDR-Admin Admin: : 2da etapa construcción Salmonella Se asignaron los números de patrones regionales: S. Typhimurium, 121 aislamientos / 89 patrones de PFGE S. Enteritidis, 106 aislamientos / 14 patrones de PFGE

28 Etapas en la construcción de la BDR BN Admin Primera: Instalación scripts de PulseNet Conexión Admin Server Evaluación de diferentes funciones de los scripts PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde CRR Tercera: Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde cada BDN Cuarta: Realización de informes Pendientes

29 Estado de situación Qué información está disponible hoy de PN América Latina? Todos los perfiles de PFGE y datos de aislamientos de Salmonella incorporados en el Server de OPS-OMS. Todos los perfiles de PFGE y datos de los aislamientos ingresados en las BDN de los participantes que han aprobado la certificación para realización y análisis de geles. Cómo acceder a la información disponible de PN América Latina? Mediante el acceso directo a la BDR: Sólo para los participantes de PulseNet AL certificados para análisis, con login y password. A través de consultas o queries con información completa: Para los miembros de toda la Red PulseNet.

30 Siguientes pasos Salmonella: - Completar el ingreso de perfiles y datos de BDN desde el CRR. Asignar Nº de patrones regionales. - Lograr el ingreso directo por parte de participantes de BRAL y COIN. Evaluar y corregir las dificultades para la conexión desde distintos países. - Implementar el ingreso lo más cercano al tiempo real de los perfiles de PFGE y datos de aislamientos de Salmonella, desde el CRR y desde otros países participantes en forma directa. E. coli: - Solucionar los problemas de conexión. - Iniciar el ingreso de perfiles y datos de BDN desde el CRR. Asignar Nº de patrones regionales - Implementar el ingreso lo más cercano al tiempo real de los perfiles de PFGE y datos de aislamientos de E. coli, desde el CRR y desde otros países participantes en forma directa.

31