INFORMACIÓN AL USUARIO

Transcripción

1 INFORMACIÓN AL USUARIO 1. SERVICIOS QUE SE OFRECEN 2. CONDICIONES QUE DEBEN CUMPLIR LAS MUESTRAS 3. INFORMACIÓN ADICIONAL 4. CÓMO HACER USO DEL SERVICIO 5. RESULTADOS

2 1.- SERVICIOS QUE SE OFRECEN Nuestro servicio de secuenciación automática ofrece la determinación de secuencias de DNA a partir de moldes de DNA ya sean: Productos de PCR Plásmidos BAC s Los primers utilizados para la reacción de secuenciación pueden ser universales (consultar listado de los primers disponibles en el servicio en el apartado de información adicional ) o específicos (proporcionados por el usuario). El usuario puede elegir entre las siguientes modalidades de servicio:

3 El usuario puede elegir entre las siguientes modalidades de servicio: Secuenciación DNA+primer: las muestras deben contener una mezcla de 5 ul de DNA y 1 ul de primer en un único tubo, partiendo de las concentraciones indicadas en la TABLA1. Secuenciación estándar: las muestras de DNA y los primers se envían en tubos separados a las concentraciones indicadas en la TABLA 1. Secuenciación con ajuste de concentración: las muestras de DNA se pueden enviar a una concentración variable dentro de los rangos indicados en la TABLA 2 y nosotros nos encargamos de ajustar la reacción. Secuenciación express: el usuario envía la reacción de secuenciación ya procesada y purificada, lista para cargar en el secuenciador. Servicio disponible únicamente para envío de muestras en formato placa.

4 2.- CONDICIONES QUE DEBEN CUMPLIR LAS MUESTRAS : 2.1- Secuenciación DNA+primer y Secuenciación estándar: CONCENTRACIÓN: TABLA 1. VOLUMEN: -Secuenciación DNA+primer: 5 ul de DNA y 1 ul de primer (en un solo tubo) -Secuenciación estándar: volumen mínimo por reacción de secuenciación solicitada, 6 ul de DNA y 2 ul de primer (en tubos separados).

5 2.2- Secuenciación con ajuste de concentración: Las muestras pueden enviarse a la concentración que más convenga al usuario dentro de los intervalos que a continuación se indican y nosotros nos encargamos de ajustar la reacción. Para ello, es imprescindible indicar la concentración a la que se envía las muestras en el correspondiente apartado de la solicitud de servicio. CONCENTRACIÓN. TABLA 2 VOLUMEN: - Volumen mínimo por reacción de secuenciación solicitada: 6 ul de DNA y 2 ul de primer (en tubos separados) También existe la posibilidad de enviar las muestras sin cuantificar, solicitando nuestro servicio de cuantificación de DNA. (Consultar tarifas)

6 2.3- Secuenciación express**: Las reacciones de secuenciación deben ser enviadas listas para ser cargadas en el secuenciador. Ello supone que el usuario previamente tiene que haber realizado los siguientes procesos en su laboratorio; La reacción de secuenciación con la versión de BigDye "Terminator V3.1 Cycle Sequencing Kit". La purificación de las reacciones de secuenciación para eliminar ddntps no incorporados en la reacción, con alguno de los sistemas disponibles en el mercado. ** Servicio disponible a partir de 48 muestras.

7 3.- INFORMACIÓN ADICIONAL: PRIMERS UNIVERSALES A DISPOSICIÓN DEL USUARIO SIN COSTE M13Rv: 5 CAGGAAACAGCTATGACC 3 M13Fw: 5 TGTAAAACGACGGCCAGT 3 Sp6: 5 GATTTAGGTGACACTATAGAATAC 3 T7: 5 TAATACGACTCACTATAGGG 3 T3: 5 ATTAACCCTCACTAAAG 3

8 SECUENCIAS FALLIDAS Los métodos empleados en nuestro servicio están diseñados para minimizar los casos de secuencias fallidas. No obstante pueden producirse fallos debido a diferentes causas: 1) características de las muestras (DNA molde y/o primers), 2) información insuficiente por parte de usuario, 3) error operativo (funcionamiento del servicio). Cuando los resultados no sean los esperados se procederá de la siguiente manera: Cuando se considere probable un error en el procesamiento de las reacciones de secuenciación, las secuencias fallidas se repetirán sin coste para el usuario. En caso de que no se puedan determinar las causas y el usuario así lo solicite, se repetirá el ensayo. Si la repetición de nuevo falla, se asumirá que no se ha debido a errores operativos y la repetición se facturará. Cuando el material proporcionado por el usuario no cumpla los requisitos de las tablas 1 y 2 anteriores o la información proporcionada sea incorrecta, la Unidad no se hará responsable de los resultados. Si el usuario solicita la repetición del ensayo, ésta será facturada. NOTA: se considera repetición siempre y cuando se trate del mismo DNA y primer.

9 RECOMENDACIONES PREPARACIÓN DE LAS MUESTRAS: - La calidad de los datos obtenidos va a depender en gran medida de la pureza y correcta cuantificación de las muestras de ADN. Recomendamos utilizar métodos de purificación y cuantificación fiables así como verificar la integridad y concentración de las muestras. - Un factor importante es la correcta cuantificación del ADN. Si la cantidad de ADN presente en la muestra es inferior a la necesaria, probablemente la reacción de secuenciación fallará. La cuantificación se puede realizar mediante espectrofotometría a 260 nm o bien mediante electroforesis en gel de agarosa junto a un control de concentración conocida. - Recomendamos diluir las muestras en agua. Evitar los tampones de elución de DNA de los kits comerciales y el tampón TE ya que la presencia de EDTA en la muestra puede inhibir la reacción de secuenciación.

10 4.- CÓMO HACER USO DEL SERVICIO: Cómo darse de alta como usuario? Para darse de alta como usuario simplemente hay que rellenar y enviar el formulario que encontrará en la página web Cómo enviar las muestras? Las muestras de ADN y los primers (debidamente identificados) pueden enviarse en formato TUBO o PLACA. Deben ir acompañados de una copia impresa de la SOLICITUD DE SERVICIO DE SECUENCIACIÓN DE ADN. Las distintas modalidades de solicitud se pueden descargar en la página Esta misma solicitud debe enviarse por correo electrónico a la siguiente dirección: sec.dna@ucm.es

11 Cómo enviar las muestras? (cont.) El ENVÍO DE MUESTRAS podrá realizarse por correo o bien ser entregadas en persona en el laboratorio. En determinados centros, el servicio de secuenciación de la Unidad de Genómica- Campus Moncloa, realiza una recogida diaria o semanal de muestras. Si está interesado, consúltenos si su centro cuenta con este servicio. Para evitar la rotura de los tubos/placas se recomienda el uso de sobres acolchados. La dirección postal a la que deben enviar las muestras es la siguiente: Servicio de Secuenciación Unidad de Genómica - Campus Moncloa Facultad de Ciencias Biológicas - UCM C/ José Antonio Nováis, Madrid Tel.: (+34) Fax: (+34)

12 Gestión de muestras: El usuario puede solicitar la devolución de las muestras y/o primers indicándolo en el apartado de OBSERVACIONES de la solicitud de servicio. Podrá recogerlas en el laboratorio en el plazo de un mes a partir de la entrega de resultados. Tras este plazo las muestras se eliminarán siguiendo el plan de gestión de residuos de la UCM. 5.- RESULTADOS: El envío de resultados se realiza por correo electrónico a la/s dirección/es indicadas en la solicitud de servicio. Los archivos de resultados de extensión Ab1 contienen el electroferograma. Pueden abrirse con diversos programas de análisis de secuencias o con visores gratuitos como los siguientes: Sequence Scanner Software V1.0 (PC), Chromas (PC), BioEdit (PC), FinchTV (PC o Mac) o 4Peaks (Mac).