Universidad Autónoma de Sinaloa. Characterization of Time Series Applied Electrocardiograms

Transcripción

1 Universidad Autónoma de Sinaloa Characterization of Time Series Applied Electrocardiograms

2 Introducción Con los avances en la tecnología que soporta a la electrocardiografía se ha llegado a un nivel donde la adquisición y almacenamiento puede darse con una facilidad y eficiencia sin precedentes Ante esta situación, surgen nuevos retos de investigación para proponer métodos de búsqueda y recuperación eficiente de este tipo de datos y que puedan dar soporte a tareas de descubrimiento de información

3 Objetivos Evaluar de manera exhaustiva las técnicas de caracterización de series de tiempo Determinar cual o cuales de ellas pueden dar un soporte eficiente a la búsqueda de patrones de interés en bases de datos de electrocardiogramas

4 Electrocardiogramas En la actualidad el estudio de los electrocardiogramas representa una gran oportunidad de investigación y desarrollo en la búsqueda de patrones. Al ser una secuencia de registros que miden la actividad eléctrica del corazón, puede ser tratado como una serie de tiempo.

5 Caracterización Este proceso es la representación vectorial que mantiene la información relevante de un electrocardiograma conocido como el vector característico. El proceso de caracterización de una serie de tiempo también es denominado reducción de la dimensionalidad porque produce una representación de la serie de tiempo con un número reducido de valores

6 Técnicas de caracterización utilizadas Transformada Discreta de Fourier (DFT) Transformada Discreta de Wavelet Haar (DWT Haar) Piecewise Aggregate Approximation (PAA) Adaptive Piecewise Constant Approximation (APCA) Clipped Symbolic Aggegrate Approximation (SAX)

7 Bases de Datos de Prueba Instituto Tecnológico de Massachusetts

8 Ejecución de la Aplicación./exp_PAA_bak.sh $PROGRAMA $DB $RESULTADOS $INDICE $COLUMNAS DONDE: $PROGRAMA : ES EL NOMBRE DEL PROGRAMA QUE SE EJECUTARÁ $DB : ES LA DIRECCIÓN A LA BASE DE DATOS CON LOS ARCHIVOS ASCII $RESULTADOS : ES LA DIRECCIÓN DONDE SE GUARDARÁN LOS ARCHIVOS RESULTANTES $INDICE : COLUMNA DE DATOS QUE SE UTILIZARÁ DEL ARCHIVO ASCII $COLUMNAS : CANTIDAD DE COLUMNAS DE DATOS EN EL ARCHIVO ASCII

9 Avances (caracterizacion.jdl) Type = "Job"; JobType = "Normal"; Executable = "grid.sh"; StdOutput = "output.txt"; StdError = "error.txt"; InputSandbox = {"grid.sh", db.tar.gz,"exp_paa_bak.sh","busqueda"}; OutputSandbox = {"resultados.tar.gz","output.txt", "error.txt"};

10 Avances (Batch de Ejecución) #!/bin/bash #Extrae archivos de la base de datos tar -zxvf $1 #Crea directorio de resultados mkdir -p resultados/paa #Asigna Permisos de ejecucion chmod +x exp_paa_bak.sh chmod +x Busqueda # Ejecuta la aplicacion./exp_paa_bak.sh Busqueda Databases/PAA/ resultados/paa/ 0 2 # Comprime y empaca los resultados tar -zcvf resultados.tar.gz resultados

11 Avances 2 (caracterizacion_se.jdl) Type = "Job"; JobType = "Normal"; Executable = "grid_se.sh"; StdOutput = "output.txt"; StdError = "error.txt"; InputSandbox = {"grid_se.sh","exp_paa_bak.sh","busqueda"}; OutputSandbox = {"resultados.tar.gz","output.txt", "error.txt"};

12 Avances 2 (Batch de Ejecución) #!/bin/bash #Descargar Archivo de SE (db.tar.gz) export LFC_HOST=lfc.grid.unam.mx lcg-cp --vo prod.vo.eu-eela.eu lfn:/grid/prod.vo.eu-eela.eu/gerardo/db.tar.gz db.tar.gz #Extrae archivos de la base de datos tar -zxvf db.tar.gz #Crea directorio de resultados mkdir -p resultados/paa #Asigna Permisos de ejecucion chmod +x exp_paa_bak.sh chmod +x Busqueda # Ejecuta la aplicacion./exp_paa_bak.sh Busqueda Databases/PAA/ resultados/paa/ 0 2

13 Avances 3 Acceso de Archivos Remotos gfal_access gfal_chmod gfal_close gfal_closedir gfal_creat gfal_lseek gfal_mkdir gfal_open GFAL gfal_opendir gfal_read gfal_readdir gfal_rename gfal_rmdir gfal_stat gfal_unlink gfal_write

14 Avances 3 Función de Acceso Remoto #include "gfal_api.h" char *get_file(char *nomarch); char *get_file(char *nomarch){ int block_size =1, FD; int *readvalues; struct stat datos_archivo; //Informacion del archivo remoto char str[999]; char *read_buffer; int j=0, i=0; FD = gfal_open ( nomarch, O_RDONLY,0 ); if(fd < 0) { } perror ("error in gfal_open"); exit(1); // Determina informacion del Archivo abierto gfal_stat(nomarch,&datos_archivo); // Crea buffer para los datos del archivo read_buffer=(char *)malloc(datos_archivo.st_size); // Lee el archivo de la Grid gfal_read(fd,read_buffer,datos_archivo.st_siz e); return read_buffer; }