Proyectos Programa Marco. Juan Elvira Deputy CTO Integromics, S.L.

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1 Proyectos Programa Marco Juan Elvira Deputy CTO Integromics, S.L.

2 Agenda Integromics Proyectos Reflexiones finales Q&A

3 Integromics (Partner) (Partner) (Partner) (Partner) (Partner) Integromics (Operating in Spain, US and UK) Research Scientist Software Developers Market Specialist Application Testers (Philadelphia) (London) Technical Support (Granada & Madrid) (Software Factory, Bulgaria) (Software Factory, Colombia)

4 Product portfolio: complete solution

5 Product Portfolio RealTime StatMiner: High throughput qpcr Integromics BioMarker Discovery (IBD): DNA Microarrays SeqSolve: NGS OmicsHub-Proteomics: Proteomics

6 Next-Gen Sequencing analysis now available to biologists Before... Data overload + Lack of automated tool Bioinformatics expertise needed to process the data Now: All-in-one, easy-to-use, advanced solution Click And Go publication-ready results Human resource bottleneck Biologists are now one click away from their results!

7 SeqSolve: NGS

8 Number of NGS articles SeqSolve: NGS Year Número de artículos científicos mencionando Next Generation Sequencing (Fuente: Google Scholar) Número de Estudios de Secuenciación submitidos en NCBI Sequence Read Archive

9 SeqSolve: NGS

10 Publicaciones 2010 Published in 2010 Comprehensive polyadenylation site maps in yeast and human reveal pervasive alternative polyadenylation. Ozsolak F, Kapranov P, Foissac S, Kim SW, Fishilevich E, Monaghan AP, John B, Milos PM. Cell Dec 10;143(6): New class of gene-termini-associated human RNAs suggests a novel RNA copying mechanism. Kapranov P, Ozsolak F, Kim SW, Foissac S, Lipson D, Hart C, Roels S, Borel C, Antonarakis SE, Monaghan AP, John B, Milos PM. Nature Jul 29;466(7306): Laboratory information management systems in the Omics era. González Couto E. LifeSciencesLab Mar-Apr; Data Management, Analysis, Standardization and Reproducibility in a ProteoRed Multicentric Quantitative Proteimics Study with OmicsHub Proteomics Software Tool. Yankilevich, P., J Biomol Tech September; 21(3 Suppl): S35 International Ranking OmicsHub Proteomics Software Tool, Yankilevich, P.,, J Biomol Tech September; 21(3 Suppl): S21 (Integromics authors highlighted underlined and in BOLD) Source

11 Nuestro clientes The Norwegian Microarray Consortium

12 International FP7 R&D Projects As Coordinator: IRIS (EraNET-EuroTransBio ETB ) As Full Partner: PROACTIVE (health-f ) LIPIDOMIC NET (health-f ) RESOLVE (health-f ) PROTEOMEXCHANGE (health ):

13 Criterios de selección de proyectos Alineamiento con la estrategia de desarrollo de productos Fortalecimiento de productos existentes Innovación y desarrollo de nuevos productos Impacto en publicaciones científicas Visibilidad Networking Validación

14 Resolve The RESOLVE project is intended to provide researchers and clinicians with data on genes involved in ageing, wound healing and fibrosis, and relies on Integromics solutions for collaborative Web-LIMS custom design and implementation, and advanced bioinformatics data mining

15 Resolve: Participantes Medizinische Universität Wien Integromics S.L. Biotalentum Ltd. Politecnico di Torino University of Verona Austrian Research Centers GmbH Centro Nacional de Biotecnología hasta 13 participantes

16 Resolve Workpackages

17 Integromics en Resolve Gestión de datos (WP4) Desarrollo de un sistema de gestión de datos de laboratorio (web LIMS) Desarrollo de algoritmos de minería de datos Análisis de Ontología (GeneCodis, Analysis de Literatura (SENT,

18 Resolve LIMS

19 Resolve LIMS Aug- 09 Sep- 09 Oct- 09 Nov- 09 Dec- 09 Jan- 10 Feb- 10 Mar- 10 Apr- 10 May- 10 Jun- 10 Jul- 10 Aug- 10 Sep- 10 Oct- 10 Quantity Months Resolve LIMS data Patients / Organisms Samples

20 Resolve Data Mining

21 Resolve Data Mining

22 Resolve: Impacto en Integromics Nueva linea de LIMS para muestras y pacientes como resultado de la generalización del LIMS desarrollado para RESOLVE

23 ProteomeXchange The ProteomeXchange consortium has been set up to provide a single point of submission to proteomics repositories, and encourage the data exchange between the repositories so that the community may easily find datasets in the participating repositories.

24 ProteomeXchange EMBL-European Bioinformatics Institute University of Liverpoo VIB ETH Zurich Institute for Systems Biology University of Michigan Integromics Ruhr-Universitaet Bochum Swiss Institute of Bioinformatics GeneBio Wiley-VCH CSIC

25 ProteomeXchange

26 ProteomeXchange

27 Our role in ProteomeXchange -Participate to the development of the XML-based data formats like mzml, mzidentml, and mzquantml (WP2) -Extend OmicsHub Proteomics to become ProteomeXchange compliant (WP3)

28 ProteomeXchange: OmicsHub Proteomics Laboratory Workflow with OmicsHub Proteomics all-in-one solution

29 ProteomeXchange: Impacto en Integromics Integración en nuestro software de Proteómica (OmicsHub) de los nuevos estándares de intercambio de datos. Visibilidad Red de beta-users

30 Equipo Humano Proyectos Integromics Gestión y administración: 1 persona (75%) Coordinación científica: 1 persona (100%) Coordinación técnica: 1 persona (100%) Grupo de desarrollo (variable) Grupo de I+D (variable)

31 Consideraciones finales A. Validación y maduración de nuevas ideas de desarrollo de productos (prototipos) B. Desarrollo de nuevos productos C. Especialización de productos existentes D. Expansión a otras áreas de aplicación (clínica, medicina traslacional) E. Beta users para nuevos productos

32 Consideraciones finales FINANCIACIÓN n n o v a c i ó n i e n c i a e t w o r k i n g

33 Q&A Gracias por vuestra atención!

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