Kit artus EBV QS-RGQ Características de rendimiento Kit artus EBV QS-RGQ, versión 1, 4501363 Compruebe la disponibilidad de nuevas revisiones electrónicas de las especificaciones en www.qiagen.com/products/artusebvpcrkitce.aspx antes de la ejecución de la prueba. El estatus de la revisión actual corresponde a la fecha del documento (formato: mes/año). Sensibilidad analítica (plasma) El límite de detección analítico teniendo en cuenta la purificación (límite de sensibilidad) se evaluó para el kit artus EBV QS-RGQ mediante muestras clínicas EBV positivas en combinación con la extracción con el QIAsymphony SP. En el caso del plasma, la sensibilidad analítica teniendo en cuenta la purificación del kit artus EBV QS-RGQ se determinó añadiendo una serie de dilución de material viral EBV de 3160 a 1 copias/ml nominales de EBV a muestras clínicas de plasma. Estas se sometieron a la extracción de ADN con el kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi en combinación con el protocolo Cellfree1000 (volumen de extracción: 1 ml, volumen de elución: 60 µl). Cada una de las 10 diluciones se analizó con el kit artus EBV QS-RGQ en 4 días diferentes y en 4 series analíticas con 8 duplicados cada una. Los resultados se determinaron mediante un análisis Probit. En la figura 1 se muestra una representación gráfica del análisis Probit. El límite de detección analítico teniendo en cuenta la purificación del kit artus EBV QS-RGQ y en combinación con el instrumento Rotor-Gene Q es de 157 copias/ml (p = 0,05). Esto significa que existe una probabilidad del 95% de que se detecten 157 copias/ml. Mayo 2012 Sample & Assay Technologies
1.0 95% Proporciones Proportions 0.8 0.6 0.4 2,20 ~ 157 copias/ml (95%) 2.20 157 copies/ml (95%) (109 260 (109 260 copias/ml) copies/ml) 0.2 0.0-1 0 1 2 3 4 log log (dose) (dosis) Figura 1. Análisis Probit: plasma, EBV (Rotor-Gene Q). Sensibilidad analítica teniendo en cuenta la purificación (plasma, utilizando el kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi) del kit artus EBV QS-RGQ en el Rotor-Gene Q. Especificidad (plasma) La especificidad del kit artus EBV QS-RGQ se asegura ante todo mediante la selección de los cebadores y de las sondas, así como mediante la selección de condiciones estrictas para la reacción. Los cebadores y las sondas se comprobaron con respecto a posibles homologías de todas las secuencias publicadas en los bancos de genes por medio de un análisis de comparación de secuencias. De este modo se ha asegurado la detección de los genotipos relevantes. La especificidad se evaluó además con 30 muestras de plasma EBV negativas diferentes. Estas no generaron ninguna señal con los cebadores y las sondas específicos del EBV que se incluyen en la mezcla maestra EBV RG Master. Se analizó una posible reactividad cruzada del kit artus EBV QS-RGQ mediante el grupo de control indicado en la tabla 1 (pág. 3). Ninguno de los patógenos analizados mostró reactividad. No se produjo ninguna reactividad cruzada en el caso de infecciones mixtas. Características de rendimiento: Kit artus EBV QS-RGQ página 2 de 8
Tabla 1. Análisis de la especificidad del kit con patógenos con posible reactividad cruzada Grupo de control EBV (Cycling Green) Control interno (Cycling Yellow) Virus del herpes humano 1 (virus herpes simplex 1) Virus del herpes humano 2 (virus herpes simplex 2) Virus del herpes humano 3 (virus varicela-zóster) Virus del herpes humano 5 (citomegalovirus) Virus de la leucemia de células T humana tipo 1 Virus de la leucemia de células T humana tipo 2 Intervalo lineal (plasma) El intervalo lineal teniendo en cuenta la purificación del kit artus EBV QS-RGQ se determinó mediante el análisis de una serie de dilución de material del EBV que varía de 1,00 x 10 7 copias/ml a 1,00 x 10 2 copias/ml. La purificación se realizó en duplicados (n = 4 para concentraciones 1,00 x 10 6 copias/ml; n = 8 para concentraciones <1,00 x 10 6 copias/ml) mediante el kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen en combinación con el protocolo Cellfree1000 (volumen de extracción: 1 ml, volumen de elución: 60 µl). Cada una de las muestras se analizó con el kit artus EBV QS-RGQ. Se determinó el intervalo lineal teniendo en cuenta la purificación del kit artus EBV QS-RGQ para incluir concentraciones de 3,16 x 10 2 copias/ml hasta 1,00 x 10 7 copias/ml para plasma (figura 2). Características de rendimiento: Kit artus EBV QS-RGQ página 3 de 8
log log 10 concentración calculada (copias/ml) 10 estimated concentration (copies/ml) 10 8 6 y = y = 1,0528x 1.0528x 0,1729 0.1729 4 R 2 = 0,9991 R 2 = 0.9991 2 0 0 2 4 6 8 10 log 10 10 concentración nominal concentration nominal (copies/ml) (copias/ml) Figura 2. Intervalo lineal del kit artus EBV QS-RGQ (plasma). Cálculo del intervalo lineal. La línea recta se determinó mediante una regresión lineal de las concentraciones calculadas por medio de log 10 con las concentraciones nominales log 10. La ecuación de la línea de regresión está incluida en la figura. Robustez (plasma) La verificación de la robustez permite determinar el índice total de fracaso del kit artus EBV QS- RGQ. Para verificar la robustez se añadieron 30 copias/ml de EBV (aproximadamente tres veces la concentración del límite de sensibilidad analítico) a 30 muestras de plasma EBV negativas. Tras realizar la extracción de ADN con el kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi en combinación con el protocolo Cellfree1000_DSP (volumen de extracción: 1 ml, volumen de elución: 60 µl), las muestras se analizaron con el kit artus EBV QS-RGQ. Además, la robustez del control interno se evaluó mediante la purificación y el análisis de 30 muestras de plasma adicionadas. No se observaron inhibiciones. Por tanto, la robustez del kit artus EBV QS-RGQ es 99%. Sensibilidad analítica (sangre completa) En el caso de la sangre completa, la sensibilidad analítica teniendo en cuenta la purificación del kit artus EBV QS-RGQ se determinó añadiendo una serie de dilución de material viral EBV de 3160 a 3,16 copias/ml nominales de EBV a muestras clínicas de sangre completa. Estas se sometieron a la extracción de ADN con el kit QIAsymphony DNA Mini en combinación con el protocolo VirusBlood200 (volumen de extracción: 200 µl, volumen de elución: 60 µl). Cada una de las 10 diluciones se analizó con el kit artus EBV QS-RGQ en 3 días diferentes y en 3 series analíticas con 11 duplicados cada una. Los resultados se determinaron mediante un análisis Probit. En la figura 3 se muestra una representación gráfica del análisis Probit. Características de rendimiento: Kit artus EBV QS-RGQ página 4 de 8
El límite de detección analítico teniendo en cuenta la purificación del kit artus EBV QS-RGQ y en combinación con el instrumento Rotor-Gene Q es de 288,42 copias/ml (p = 0,05). Esto significa que existe una probabilidad del 95% de que se detecten 288,42 copias/ml. 1.0 95% 0.8 Proporciones Proportions 0.6 0.4 0.2 2,46002 2.46002 ~ ~ 288,42 288.42 copias/ml copies/ml (95%) (95%) (169,53 710,95 (169.53 710.95 copias/ml) copies/ml) 0.0-1 0 1 2 3 4 log log (dosis) (dose) Figura 3. Análisis Probit: sangre completa, EBV (Rotor-Gene Q). Sensibilidad analítica teniendo en cuenta la purificación (sangre completa, utilizando el kit QIAsymphony DNA Mini) del kit artus EBV QS-RGQ en el Rotor-Gene Q. Especificidad (sangre completa) La especificidad del kit artus EBV QS-RGQ se asegura ante todo mediante la selección de los cebadores y de las sondas, así como mediante la selección de condiciones estrictas para la reacción. Los cebadores y las sondas se comprobaron con respecto a posibles homologías de todas las secuencias publicadas en los bancos de genes por medio de un análisis de comparación de secuencias. De este modo se ha asegurado la detección de los genotipos relevantes. La especificidad se evaluó además con 30 muestras de plasma EBV negativas diferentes. Estas no generaron ninguna señal con los cebadores y las sondas específicos del EBV que se incluyen en la mezcla maestra EBV RG Master. Se analizó una posible reactividad cruzada del kit artus EBV QS-RGQ mediante el grupo de control indicado en la tabla 1 (véase la página 3). Ninguno de los patógenos analizados mostró reactividad. No se produjo ninguna reactividad cruzada en el caso de infecciones mixtas. Características de rendimiento: Kit artus EBV QS-RGQ página 5 de 8
Intervalo lineal (sangre completa) El intervalo lineal teniendo en cuenta la purificación del kit artus EBV QS-RGQ se determinó mediante el análisis de una serie de diluciones de material viral de EBV de 5,00 x 10 7 copias/ml a 1 x 10 2 copias/ml en sangre completa. La purificación se realizó en duplicados (n = 4 para concentraciones 1,00 x 10 7 copias/ml; n = 8 para concentraciones <1,00 x 10 7 copias/ml) mediante el kit QIAsymphony DNA Mini en combinación con el protocolo VirusBlood200 (volumen de extracción: 200 µl, volumen de elución: 60 µl). Cada una de las muestras se analizó con el kit artus EBV QS-RGQ. Se determinó el intervalo lineal teniendo en cuenta la purificación del kit artus EBV QS-RGQ para incluir concentraciones de 1,00 x 10 3 copias/ml hasta 5,00 x 10 7 copias/ml para sangre completa (figura 4). log 10 concentración calculada (copias/ml) log 10 estimated concentration (copies/ml) 10 8 6 y y = 1,0261x 1.0261x 0.0477 0,0477 R 2 = 0,9993 R 2 = 0.9993 4 2 0 0 2 4 6 8 10 log 10 log concentración 10 nominal concentration nominal (copias/ml) (copies/ml) Figura 4. Intervalo lineal del kit artus EBV QS-RGQ (sangre completa). Cálculo del intervalo lineal. La línea recta se determinó mediante una regresión lineal de las concentraciones calculadas por medio de log 10 con las concentraciones nominales log 10. La ecuación de la línea de regresión está incluida en la figura. Robustez (sangre completa) La verificación de la robustez permite determinar el índice total de fallos del kit artus EBV QS-RGQ. Para verificar la robustez se añadieron 750 copias/ml de EBV (aproximadamente tres veces la concentración del límite de sensibilidad analítico) a 30 muestras de sangre completa EBV negativas. Tras realizar la extracción de ADN con el kit QIAsymphony DNA Mini en combinación con el protocolo VirusBlood200 (volumen de extracción: 200 µl, volumen de elución: 60 µl), las muestras se analizaron con el kit artus EBV QS-RGQ. Además, la robustez del control interno se Características de rendimiento: Kit artus EBV QS-RGQ página 6 de 8
evaluó mediante la purificación y el análisis de 30 muestras de sangre completa adicionadas. No se observaron inhibiciones. Por tanto, la robustez del kit artus EBV QS-RGQ es 99%. Reproducibilidad Los datos de reproducibilidad permiten evaluar periódicamente el rendimiento del kit artus EBV QS-RGQ y comparar su eficacia con la de otros productos. Estos datos se obtienen por medio de la participación en programas de competencia establecidos. Contaminación cruzada Se ha demostrado la ausencia de una contaminación cruzada entre las muestras para el flujo de trabajo completo por medio de la detección correcta de todas las muestras positivas y negativas conocidas en posiciones alternantes (patrón de cuadrícula) para un sistema artus QS-RGQ representativo. Características de rendimiento: Kit artus EBV QS-RGQ página 7 de 8
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