II. CARACTERIZACIÓN MEDIANTE MARCADORES MOLECULARES. EJERCICIO 6. Análisis genético de poblaciones con un marcador codominante.

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1 II. CARACTERIZACIÓN MEDIANTE MARCADORES MOLECULARES. EJERCICIO 6. Análisis genético de poblaciones con un marcador codominante. Objetivos. A partir de los esquemas de bandas obtenidos tras la electroforesis de los productos de un marcador molecular, determinar con ayuda de los programas informáticos POPGENE y NTSYS los siguientes aspectos: Frecuencias genotípicas y alélicas para los diferentes loci en juego. Índices de diversidad genética intrapoblacional e interpoblacional. Relaciones genéticas entre las diferentes poblaciones. Documentación electrónica. Ejercicio_6.doc Actividades: Se entregan, para 3 poblaciones diferentes de una los esquemas de bandas electroforéticos obtenidos para varios loci de un marcador molecular con herencia codominante: Determinar los genotipos correspondientes a cada individuo, para cada uno de los loci. Calcular de modo manual, las frecuencias genotípicas y alélicas, en cada una de las poblaciones, para todos los loci considerados. Calcular con el apoyo de los programas informáticos: o Las frecuencias genotípicas y alélicas, en cada una de las poblaciones para todos los loci considerados, y los índices de diversidad genética con POOGENE o Las relaciones genéticas entre poblaciones con POPGENE 1.32 y NSTYSpc 2.2). Discutir los resultados. PASO 1. Determinación de los genotipos correspondientes a cada individuo, para cada uno de los loci, a partir de los esquemas de bandas (páginas siguientes). 23

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5 Para resolver correctamente este apartado hay que tener en cuenta lo siguiente: Los individuos estudiados son diploides. El marcador molecular es bien un microsatélite o un isoenzima monomérico, pues si fuera un isoenzima dimérico, el número de bandas del heterocigoto sería 3. PASO 2. Calcular de modo manual y con ayuda de la tabla que se presenta en el correspondiente apartado de resultados, las frecuencias genotípicas y alélicas, en cada una de las poblaciones, para todos los loci considerados. PASO 3. Preparar el archivo de entrada para los programas informáticos. Aplicar los programas. Analizar los resultados. 3. Resultados. PASO 1. Determinación de los genotipos correspondientes a cada individuo, para cada uno de los loci, a partir de los esquemas de bandas. 27

6 P-1 P-2 P-3 Nota: Para la codificación de POPGENE R=A; L=B; S=C. 28

7 PASO 2. Calcular de modo manual, las frecuencias genotípicas y alélicas, en cada una de las poblaciones, para todos los loci considerados. Frecuencias genotípicas. Frecuencias alélicas RR (AA) LL (BB) SS (CC) LR (AB) SR (AC) SL (BC) R (A) L (B) S (C) P-1 P-2 P-3 PASO 3. Calcular con el apoyo de los programas informáticos, las frecuencias genotípicas y alélicas, en cada una de las poblaciones para todos los loci considerados, así como los índices de diversidad genética (POOGENE 32) y las relaciones genéticas entre poblaciones (POOGENE 32 y NSTYSpc 2.1). PASO 4. Análisis de los resultados. Número medio de alelos por locus: Número medio de alelos por locus polimórfico: 29

8 Índice de polimorfismo: Número de alelos únicos: Comparación de los datos de las frecuencias genotípicas y alélicas obtenidas manualmente con las obtenidas mediante el programa informático. Diversidad Genética Total (HT). Diversidad Genética Intrapoblacional (HS) para el conjunto de las poblaciones. Diversidad Genética Interpoblacional (DST). 30

9 Porcentaje de la diversidad genética total que se encuentra entre las poblaciones. Matriz de disimilitud entre las diferentes poblaciones basada en la distancia genética de Nei (1973). Comprobar la identidad de los resultados obtenidos con los dos programas. Dendrograma correspondiente a la similitud entre las diferentes accesiones. Interpretación. En un programa de recolección de germoplasma de esta especie hipotética, cuál sería la estrategia a seguir? 31

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