Equipos de Cálculo LinuxVixion basados en GPU. Sistemas de Modelización Molecular Certificados para Amber Molecular Dynamics

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1 Equipos de Cálculo LinuxVixion basados en GPU Sistemas de Modelización Molecular Certificados para Amber Molecular Dynamics Madrid, 2014

2 1. Presentación LinuxVixion, S.L, compañía española fundada en el año 2002, es una empresa especializada en el suministro de Equipos y Servicios informáticos de diseño especial y único, basados en Linux y orientados al cálculo científico y la toma de datos en procesos de medida. En ese sentido ha suministrado múltiples equipos a Centros de Investigación tan importantes como CIB (CSIC), IFF (CSIC), IQO (CSIC), IMAT (CSIC) CEDEX (Ministerio de Fomento), Autoridad Portuaria de Bilbao, Facultad de Farmacia del CEU, UAM, Universidad de Salamanca, Universidad de Holanda, etc. 2. Sistemas de Modelización Molecular Los Sistemas de HPC (High Performance Computing) que suministramos para Modelización Molecular has sido recibidos por nuestros clientes con gran satisfacción ya que instalamos y configuramos el software Durante el proceso de montaje instalamos el software de acuerdo con las licencias y requisitos de operación del cliente. Los paquetes típicos son AMBER Maestro (Schrodinger) MGLTools Autodock Autodock Vina CCPN Analysis CARA VMD DSViusalizer PHENIX En el área de la Cristalografía de Macromoléculas instalamos también todo el Software para el análisis y procesamiento de datos de difracción de rayos X, siendo PHENIX el programa principal. Página 2 de 5

3 3. Sistemas CUDA Garantizados para AMBER Amber es sin duda el software de Dinámica Molecular más utilizado actualmente. En colaboración con los desarrolladores de AMBER, LinuxVixion, S.L. es la única empresa española que suministra SISTEMAS GARANTIZADOS de cálculo de dinámica molecular basados en la utilización de GPU's. Esto significa que realizamos los test exclusivos del software que nos garantizan el funcionamiento óptimo de las tarjetas gráficas para ser usadas como verdaderos Centros de Cálculo. AMBER es la aplicación clave en dinámica molecular. Se utiliza para simular biocatálisis e interacciones entre los candidatos a fármaco y los receptores de proteínas. Una característica ejemplar de AMBER es la capacidad de usar GPU s NVIDIA para acelerar las simulaciones de moléculas complejas. Ésto mejora notablemente la eficiencia de muestreo y una mayor exactitud en la investigación de nuevos proyectos. Página 3 de 5

4 El principal interés en el desarrollo de AMBER_GPU es llevar la potencia de un superordenador a los ordenadores más convencionales (de coste muy inferior), gracias al avance y bajo coste de las tarjetas gráficas de altas prestaciones, dedicadas en su concepto original a la industria del juego. LinuxVixion, S.L. en contacto con el equipo de desarrollo de AMBER proporciona una serie de soluciones mediante la utilización de tarjetas GPU s con una óptima relación calidad/precio capaz de competir con los clusters y superordenadores actuales. Estas soluciones hacen que los científicos e investigadores se centren en su trabajo de diseño en lugar de preocuparse por la configuración hardware software de su Workstation. 4. Sistemas Llave en mano. Todos los Equipos de Cálculo se suministras listos y configurados para ser usados de forma inmediata. Realizamos las tareas de configuración de usuarios, Conexión a la Red del Centro donde son instalados e incluimos dentro de nuestro suminsitro los sistemas de copia de seguridad para recuperación de datos en caso de pérdida accidental de los mismos. Configuración de usuarios. Configuración de Red, hostname, DNS's, etc... Configuración de servicios. Transferencia de Datos Instalación de Máquinas Virtuales Configuración de Accesos Remotos. Copias de Seguridad Página 4 de 5

5 5. HOMOLOGACIÓN de SISTEMAS. Los equipos de cálculo distribuidos por LinuxVixion, S.L. son Workstations y Servidores ensamblados con componentes homologados de las primeras marcas del sector informático: Intel, AMD, Gigabyte, Kingston, Seagate, ASUS, Tyan, Supermicro, Cooler Master etc. El personal técnico de LinuxVixion y las empresas subcontratistas que trabajan en sus ensamblajes, disponen de las correspondientes homologaciones y títulos proporcionados por los fabricantes de los componentes para el montaje de sistemas computacionales complejos. Página 5 de 5

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