TALLER: HERRAMIENTAS PARA MANEJO Y ANÁLISIS DE DATOS DE MEJORAMIENTO GENÉTICO. BioMart Introducción y presentación de la base de datos online de papa

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Cristián Tebar López
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1 TALLER: HERRAMIENTAS PARA MANEJO Y ANÁLISIS DE DATOS DE MEJORAMIENTO GENÉTICO BioMart Introducción y presentación de la base de datos online de papa Bogotá, 28 de Setiembre del 2014

2 Objetivos - Comprender los beneficios del uso de las bases de datos como herramienta de organización, intercambio y análisis de información. - Comprender la importancia y participación de los investigadores en la generación de una base de datos. - Compartir las experiencias obtenidas en el programa de mejoramiento del CIP en el uso sistemas de información de investigación. - Capacitar y fomentar el uso de una herramienta online para la búsqueda de información de papa orientado a la comunidad científica.

3 Beneficios del uso de una base de datos 1. Controla la redundancia

4 Beneficios del uso de una base de datos 2. Facilita la integridad y consistencia

5 Beneficios del uso de una base de datos 3. Refuerza la estandarización

6 Beneficios del uso de una base de datos 4. Otorga rapidez y capacidad para compartir y analizar información.

7 Beneficios del uso de una base de datos 5. Mejora la SEGURIDAD y ACCESIBILIDAD a los datos.

actualización de información Publicación de la información - Protocolos - Data diccionario

8 Etapas de la creación de una BD Uso de Data Collector De manera automatizado Generación de estándares Generación de libros de campo Verificación y chequeo de datos Ingreso y/o actualización de información Publicación de la información - Protocolos - Data diccionario Segundo control de calidad Define permisos y accesos Creación de la estructura de la base de datos - Nombres - Precisión

9 Desarrollo de los sistemas de investigación BioMart Hoja y papel MS Excel MS Access Sistema relacional CIPPEX Inicio Actualidad Sistema personal Sistema complejo Sistema simplificado

10 Comparación de los sistemas de investigación Características Excel/Access CIPPEX BioMart Puesta en marcha Software libre, sin costo No Si Si Independencia de un programador Si No Si Poco tiempo de entrenamiento a los usuarios No Medio Si Consultas y reporte Fácil integración de diferentes tipos de experimentos No Medio Si Disponible para consulta online No Si Si Optimizado para consultas rápidas Si Medio Si Soportado en diferentes plataformas No Si Si Soporta consulta en tiempo real Si No Si Soporta gráficos y reportes dinámicos Si Si Medio Seguridad Alto nivel de seguridad Medio Medio Medio Adecuada gestión de permisos y restricciones No Medio Medio

11 Qué es BioMart? El proyecto BioMart es un proyecto impulsado por la comunidad para proporcionar un acceso unificado a fin de fomentar la colaboración científica y facilitar el proceso de descubrimiento científico. Actualmente existe 29 centros de investigación alrededor del mundo que utilizan BioMart.

12 Integración de información utilizando BioMart Inf. Molecular Inf. fitoquímica Tipo de marcador molecular Banda de los marcadores moleculares Ausencia/presencia Otros... Inf. bajo efecto intencional a tizón tardío % de follaje afectado por el tizón tardío 1 Porcentaje de plantas emergidas Escala AUDPC Grado de floración Otros. Fe (mg/100g materia seca/fresca) Ácido ascórbico Fenoles totales Otros... Inf. pasaporte Código institucional Nombre de la accesión Información taxonómica Información de progenitores Otros. Inf. morfológica Color predominante del tubérculo Color predominante de la flor Forma de la hoja Otros... Inf. rendimiento potencial Porcentaje de plantas cosechadas Número total de tubérculos/parcela Rendimiento total de tubérculo Otros.

13 Cómo se accede a BioMart? Para acceder a BioMart ir a la siguiente dirección:

14 Ejemplos de consultas utilizando BioMart 1.- Buscar información pasaporte del genotipo CIP Buscar las características morfológicas de dicho genotipo. Verificar dicha información con el catálogo de clones avanzados. 2.- Durante los últimos 10 años, Qué genotipos fueron distribuidos a Colombia? En qué otros países ha sido distribuido el genotipo CANCHAN- INIA y en qué años? 3.- Obtener las características morfológicas del genotipo UNICA Qué otros genotipos tienen el mismo color predominante de la piel y de la pulpa?

15 Ejemplos de consultas utilizando BioMart 4.- Durante los últimos 5 años, Qué genotipos fueron distribuidos a Colombia, Brasil y Chile? Dentro de los resultados, buscar los siguientes genotipos: CIP , CIP , CIP , CIP311083, CIP704368, CIP Los siguiente genotipos pertenecen al catálogo de clones avanzados: CIP , CIP , CIP , CIP , CIP , CIP , CIP , CIP , CIP , CIP Verificar cuáles tienen información molecular. 6.- De las evaluaciones de campo de rendimiento. De cuántos países se tiene información? Ver la información mínima de las evaluaciones de campo de Sudamérica.

16 The International Potato Center (known by its Spanish acronym CIP) is a research-for-development organization with a focus on potato, sweetpotato, and Andean roots and tubers. CIP is dedicated to delivering sustainable science-based solutions to the pressing world issues of hunger, poverty, gender equity, climate change and the preservation of our Earth s fragile biodiversity and natural resources. CIP is a member of CGIAR. CGIAR is a global agriculture research partnership for a food secure future. Its science is carried out by the 15 research centers who are members of the CGIAR Consortium in collaboration with hundreds of partner organizations.

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