Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas

Transcripción

1 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas Febrero, 2009 R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma y de cultivos (GECI) y Unidad Informática para la Investigación (RIU)

2 Colaboradores GECI RIU E.Mihovilovich R.Simon W.Amoros V. Hualla M.Gastelo C.Aliaga G.Burgos L. Rojas M. Orrillo S. Trebejo B. Ordoñez Training A. Puccini M. Miky

3 Plataforma Información - Avances Sitio web - Catalog web y CD - Manejador de tareas - Migracion a nuevo hardware y upgrade de software - Revision de herramientas para manejo de datasets y analisis de datos (CIPPEX/CIPSTAT) - Planes Arquitectura de plataforma CIPPEX/CIPSTAT revisada - Elementos

4 Página Web RedLatinpapa FASE 1 - Se diagramó la web usando la Herramienta Wiki Confluence. - Se clasificó la información según área de interes y se colocó en la web. Ventajas FASE 2 Se construyó el catálogo de clones usando PHP y MySQL (opensource) - Se recopiló información de SETs y de CIPPEX. -Se programó el motor de búsquedas para variables cuantitativas y cualitativas - No se necesita de un programador para aumentar o actualizar contenido en la web.

5 Base de Datos Objetivo Primer año: Actualización de la información de Sets y Harvest Plust en CIPPEX: Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos. La información de 101 Clones avanzados de GECI han sido migrados al Catálogo digital de la RED.

6 Productos Primer año: 101 clones avanzados en Catálogo digital

7 JIRA: herramienta para manejo de tareas Features : -Disenado para tareas cumplidas -Posibilidades de monitoreo de avances -Alertas -Reportes -Integracion con Sitio web

8 Entrenamiento en JIRA: herramienta para manejo de tareas Hacemos click en Create New Issue para crear una nueva tarea

9 Pre breeding and Citogenic Objetivo Segundo Año: * Actualizar la información de Virus, Tizón Tardio y Pre mejoramiento en CIPPEX : Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos. La información de 200 Clones avanzados de GECI estarían a dispocisión de los socios a través del Catálogo digital de la RED. Herramientas CIPPEX/CIPSTAT a disposicion de socios

10 Migracion a nuevo hardware y software Contribucion CIP -Nuevo servidor -Ultimas versiones de software -Finalizar: Marzo 2009 Beneficios: -Mas rapido -Nuevas posibilidades: p.e. -Edicion de paginas web del sitio de Red desde Word

11 Revision de herramientas CIPPEX/CIPSTAT Principio: facilitar generacion de nueva informacion (sinergia)! Criterios: -Balance entre centralizacion y manejo local -Compartir datos y protocolos (de ensayos y analisis) - pero no depender demasiado de connexion a la internet -Objetivos: -Herramientas para cada un socio -Herramientas para la red de socios -Transparencia para datos y analisis

12 Planes 2009: vision de arquitectura Kits para uso local Herramientas compartidos Manejo de datos Repositorio de datasets Control de calidad de datos Analisis Catalogos Integracion de datos Reportes estandarizados de datos Capacitacion: Buenas practicas compartidas

13 Planes 2009: implementacion de arquitectura Kits para uso local Herramientas compartidos Manejo de datos Forms pe.e ICG Repositorio de datasets CIPPEX 2.0: un dataset = publicacion Control de calidad de datos Analisis Catalogos Uso de metadatos y otros Programas estadist. Kit de 2008 Integracion de datos Reportes estandarizados de datos Capacitacion: Buenas practicas compartidas Data marts: p.e. biomart R y reportes reproducibles (con Sweave ) Documentacion Eventos de capacitacion

14 Planes 2009: Repositorio CIPPEX 2.0 Ejemplo: pagina web en el mismo Confluence Features: -Atribucion de origen -Facilitar citacion formal -Historial de cambios -Alertas de updates -Control de acceso -Facilitar integridad de datos -Control de calidad

15 Planes 2009: Integracion de datasets optimizado para consultas biomart (e otros ) Demo: video

16 Planes 2009: Reportes reproducibles Demo: video