Test genético para el estudio de portadores por NGS

Transcripción

1 Test genético para el estudio de portadores por NGS

2 Qué es una prueba de cribado de portadores? Síndrome de Alport Síndrome de Smith-Lemli-Opitz Fibrosis quística Enfermedad de Pompe Síndrome de X frágil 2

3 Qué es una prueba de cribado de portadores? Atrofia muscular espinal Síndrome de Tay-Sachs 3

4 Qué es una prueba de cribado de portadores? Atrofia muscular espinal Atrofia muscular espinal Alto riesgo preconcepcional 4

5 La historia familiar no cuenta toda la historia

6 precongen Proveedor líder en servicios de diagnóstico médico en Europa Experto en análisis genético de portadores. Más de pacientes analizados hasta la fecha Test genético de cribado que permite conocer si los progenitores son portadores de enfermedades monogénicas recesivas que puedan transmitir a su descendencia Muestra de Saliva y Sangre Para Hombre y Mujer 176 enfermedades seleccionadas por su gravedad y prevalencia Resultados disponibles en 15 días laborables 6

7 precongen: Panel de enfermedades severas, clínicamente accionables y prevalentes, maximizando la tasa de detección para cada una de ellas 7

8 precongen: Panel de enfermedades 8

9 precongen: Panel de enfermedades 9

10 precongen: Panel de enfermedades severas, clínicamente accionables y prevalentes, maximizando la tasa de detección para cada una de ellas 10

11 precongen: Tasa de detección La finalidad del panel es facilitar información relevante al especialista y a la pareja para poder tomar decisiones acerca de las opciones reproductivas. precongen permite un estudio exhaustivo de los genes del panel, con una elevada tasa de detección para cada patología, lo que permite identificar un mayor número de parejas con riesgo preconcepcional. 1 de cada 580 embarazos se verá afectado por alguna enfermedad severa incluida en el panel de precongen 1 El riesgo natural de que un recién nacido presente alguna de las enfermedades del panel es mayor que el riesgo de presentar síndrome de Down (1 de cada 750 recién nacidos) Imran S. Haque, et al. Modeled Fetal Risk of Genetic Diseases Identified by Expanded Carrier Screening. JAMA Aug. 16;316(7): doi: /jama Stylianos E. Antonarkis, et al. Chromose 21 and Down syndrome: From Genomics to Pathophysiology. Nature Reviews. October

12 precongen: Panel de enfermedades exón intrón exón Secuenciación del exón completo Analiza el exón completo del gen, identificando la práctica totalidad de las mutaciones relacionadas con patología Genotipado Sólo detecta mutaciones conocidas en ciertas regiones de los exones El test realiza la secuenciación del exón completo de los genes incluidos en el panel, mediante secuenciación masiva de nueva generación (NGS). A diferencia de otras técnicas, detecta deleciones a lo largo de los genes analizados así como duplicaciones en genes responsables de enfermedades prevalentes seleccionadas. En el caso de genes complejos de estudiar (síndrome de X frágil, atrofia muscular espinal, hiperplasia suprarrenal congénita, alfa talasemia, enfermedad de Gaucher), precongen realiza una evaluación específica diferencial que incrementa la tasa de detección. La tecnología de precongen permite aumentar la tasa de detección, llegando a ser >99% para enfermedades como la fibrosis quística 12

13 precongen: Maximizando la tasa de detección RENDIMIENTO ANALÍTICO SENSIBILIDAD (IC 95%) ESPECIFICIDAD (IC 95%) >99,97% (99,270% - 99,945%) >99,99% (99,992% - 99,999%) 13

14 precongen: Alto Valor Predictivo Negativo (VPN) Caso hipotético: Enfermedad autosómica recesiva A Genotipado Tasa de detección 30% Secuenciación del exón completo Tasa de detección >99% Resultado del test: Resultado del test: BAJO VPN >70% de las parejas pueden no ser detectadas ALTO VPN Mínima probabilidad de no detectar parejas en riesgo 14

15 precongen: Resultados El informe de resultados de precongen incluye: Variantes patogénicas: Variantes relacionadas con patología. Variantes probablemente patogénicas: Variantes probablemente relacionadas con patología. Las variantes han sido clasificadas siguiendo las recomendaciones de las guías internacionales de referencia.* Analiza enfermedades severas siguiendo las guías de la ESHG 1, incluyendo aquellas cuyo análisis recomiendan sociedades internacionales de prestigio como la ACMG y ACOG Henneman L, Borry P, Chokoslivi D, et al. Responsible implementation of expanded carrier screening. European Journal of Human Genetics. 2016; 24,e1-e Edwards JG, Feldman G. Goldberg J, et al. Expanded Carrier Screening in Reproductive Medicine-points to Consider. A joint Statement of the American College of Medical Genetics and Genomics, American College of Obstetricians and Gynecologists, National Society of Genetic Counselors, Perinatal Quality Foundation, and Society for Maternal-Fetal Medicine Obstet Gynecol. 2015;125(3); * ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics), AMP (Association for Molecular Pathology) 15

16 precongen: Resultados Cada uno de los miembros de la pareja puede ser identificado como portador o no portador de las enfermedades analizadas. Ser portador es algo relativamente habitual, las personas portadoras generalmente no presentan ningún síntoma. 1 NO PORTADOR PORTADOR No se han detectado mutaciones relacionadas con patología en los genes analizados. Se ha detectado alguna mutación en los genes analizados, clasificando a la persona como portadora. Ser portador no implica el desarrollo de la enfermedad. Cuando ambos progenitores son portadores de la misma enfermedad genética, existe un 25% de riesgo de transmitirla a su descendencia. En estos casos se recomienda el asesoramiento genético para la pareja 1, en el que se presentarán diferentes opciones, tales como: Pruebas de diagnóstico prenatal durante el embarazo Diagnóstico Genético Preimplantacional (DGP) Donación de óvulos o esperma 1. Lazarin GA, Haque IS. Expanded carrier screening. A review of early implementation and literature. Seminars in Perinatology. 2016;40:

17 precongen: Informe de resultados Información muestra, paciente, especialista Estado portador/ no portador Mujer Hombre Información breve de la patología 17

18 Métodos de cribado para determinar el riesgo durante el embarazo

19 Paneles ampliados: Nuevas indicaciones EUROPE'S NUMBER ONE Estandar actual T21, T18, T13 Aneuploidías X,Y Paneles de microdeleciones Nuevas Indicaciones? Relevancia Clínica Datos de validación Tasas de detección Mayores tasas de falsos positivos Consejo genético más complejo

20 Paneles ampliados: Nuevas indicaciones de cribado? Nombre Localización Frecuencia en recién nacidos Tamaño Detectable 45,X Trisomy X 47,XXY 47,XYY Chromosomes XY 1/500 NA Trisomy 16 Chromosome 16 <1/50,000 NA Trisomy 9 Chromosome 9 <1/50,000 NA 22q 22q11 1/4,000 3Mb Cri-du-chat 5p 1/50, Mb Angelman 15q 1/15, Mb Prader-Willi 15q 1/12, Mb 1p36 1p 1/10, Mb

21 Paneles ampliados: Bajo valor predictivo positivo (VPP)

22 Paneles ampliados: Bajo valor predictivo positivo (VPP)

23 Paneles ampliados: Nuevas indicaciones? EUROPE'S NUMBER ONE Anomalías Cromosómicas Tasa de detección Tasa de falsos positivos (TFP) Trisomía /594 (99,5%) <0,1% Trisomía /230 (97%) 0,1% Trisomía 13 30/38 (79%) 0,1% 0,3% Chiu et al, 2011; Chen et al, 2011; Ehrich et al, 2011; Palomaki et al, 2011; Bianchi et al, 2012; Sparks et al, 2012; Ashoor et al, 2012; Norton et al, 2012 Monosomía X 79/85 (93%) 1,0% XXY, XXX, XYY?? >1,0% Nicolaides et al, 2013; Mazloom et al, ( ) Microdeleciones 60-97% >1,5% Anuncios comerciales/ presentación en FMF 2013 (datos no publicados) TFP TOTAL >3% 23

24 Paneles ampliados: Nuevas indicaciones? EUROPE'S NUMBER ONE Frecuencia de CNVs en casos con cariotipo normal sampled for AMA, pos screen, anxiety n Pathogenic CNVs Frequency Identifiable by NIPT Residual Risk with negative NIPT Wapner et al % 4 0.9% courtesy of Ron Wapner July 2014

25 Pruebas de cribado antes del embarazo o en el 1r trimestre

26 Los test genéticos son como ecografías del ADN

27 Un tratamiento precoz mejora el pronóstico de algunas enfermedades

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