Página 1 de 26 CARTERA DE SERVICIOS DEL LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA UNIDAD CLÍNICA DE ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA (UCEIM)

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1 Página 1 de 26 CARTERA DE SERVICIOS DEL LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA UNIDAD CLÍNICA DE ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA (UCEIM) ED 4 Marzo 2014

2 Página 2 de 26 UCEIM CARTERA DE SERVICIOS H.U.VALME Edición 4 Fecha:19/Marzo/2014 ELABORADO REVISADO APROBADO José Luis García López Samuel Bernal Carmen Castro Julio Vargas Carmen Flórez J.Carlos Palomares Ana Isabel Aller Estrella Martín Mazuelos CARTERA DE SERVICIOS DEL LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA DE LA UNIDAD CLÍNICA DE ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA (UCEIM) MODIFICACIONES RESPECTO A LA EDICIÓN ANTERIOR 1. Normas básicas para la solicitud de pruebas al laboratorio de Microbiología (horarios, volantes,..) 2. Transporte de muestras 3. Consulta de resultados 4. Dispositivos para la toma de muestras 5. Actualización de pruebas de la cartera de servicios 6. Próxima Revisión: 1 año desde su aprobación

3 Página 3 de Normas básicas para la solicitud de pruebas al laboratorio de Microbiología Toma de muestras Se hará siguiendo las directrices del manual de toma de muestras del laboratorio de microbiología disponible en la Intranet del Hospital y en la página en el apartado de unidades clínicas. Horario de Recepción de muestras: De lunes a viernes: de 8 de la mañana a 19:00 h de la tarde Sábados y Domingos: de 8 de la mañana a 14:00 h de la tarde Las muestras con pruebas urgentes fuera del horario de recepción del laboratorio se enviarán al Hospital Virgen del Rocío. En caso de no poder enviar las muestras inmediatamente al laboratorio se podrán conservar un máximo de horas en nevera a 4ºC-8ºC. Son excepciones: Los hemocultivos se mantendrán a temperatura ambiente hasta su transporte al laboratorio. Los Líquidos cefalorraquídeos nunca se guardarán en nevera Petición de pruebas al laboratorio de Microbiología de la UCEIM Cada muestra irá acompañada de un único volante específico de Microbiología de los que hay 5 modelos: Serología Extrahospitalaria (HV 009-2) Serología Intrahospitalaria (HV 9-12)

4 Bacteriología Extrahospitalaria (HV009/1) Bacteriología Intrahospitalaria (HV 9-37) Biología Molecular (HV-30) Página 4 de 26 Las peticiones de procedentes exclusivamente de atención primaria (AP) se podrán hacer también a través de DIRAYA En el caso de que se reciban varias muestras con un único volante serán rechazadas Antes de enviar una muestra al laboratorio se comprobará que está perfectamente identificada con su volante correspondiente y que éste, está correctamente cumplimentado teniendo especial cuidado de incluir el NUHSA y la clave del médico solicitante. En caso de muestras recogidas por enfermería también deberá rellenar su código correspondiente Transporte de Muestras al laboratorio Las muestras procedentes del área extrahospitalaria se transportarán en la nevera correspondiente de cada centro. Las muestras hospitalarias se transportarán en un tiempo inferior a 2 horas a temperatura ambiente. Consulta de resultados Los resultados de microbiología estarán en la aplicación OMEGA 3000 del apartado laboratorios disponibles en la Intranet del hospital una vez que son validados por el facultativo. El laboratorio de Microbiología no imprime resultados en formato papel salvo en caso de averías en los sistemas informáticos.

5 Página 5 de 26 Los tiempos máximos de respuesta se han establecido teniendo en cuenta los fines de semana, festivos, etc..

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7 Página 7 de 26 CARTERA DE SERVICIOS DE MICROBIOLOGÍA DE LA UCEIM AREA DE SEROLOGÍA PRUEBA (Técnica) MUESTRA TIPO DE VOLANTE RECIPIENTE Serología IgG e IgM de virus (IQL 1 ): -Citomegalovirus -Epstein-Barr -Herpes simple -Parotiditis -Parvovirus B 19 -Rubéola -Varicella-Zoster Virus Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa Serología IgG e IgM de virus (IFI 2 ): -Adenovirus, -Echovirus, -Virus Coxsackie B -Virus Influenzae A y B Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa 7 días 10 días

8 Serología hepatitis vírica (IQL): -Hepatitis A (IgG, IgM) -Hepatitis B (HBsAg, antihbs, HBcAc, HBc IgM, - HBeAg, anti-hbe) -Hepatitis C IgG Serología hepatitis (ELISA 3 ): -Hepatitis D (IgG, IgM) -Hepatitis E (IgM) Serología VIH 1+2 (Ac IgG) (IQL). Página 8 de 26 Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa 7 días 15 días Serología de VIH 1+2: 3 días Test confirmatorio (Western- Blot): 7 días Test rápido de urgencias: 2 horas

9 Serología de bacterias: -Bartonella henselae (IFI) -Bordetella pertussis (IFI) -Borrelia burgdorferi (Lyme) (IQL) -Chlamydophila pneumoniae, C. trachomatis, C. psittaci (IFI), -Coxiella burnetii (IFI) -Leptospira interrogans (HAI 4 ) -Mycoplasma pneumoniae (ELISA) -Rickettsia conorii, R. typhi (IFI), -Yersinia enterocolitica, Y.pseudotuberculosis (Aglutinación) -Legionella pneumophila: Ac IgG (IFI) Página 9 de 26 Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa 7 días Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa 10 días

10 Serología de Brucella mellitensis: -Rosa de Bengala -Aglutinación -Test de Coombs por Brucellacapt Serología Sífilis: -RPR - Inmunoensayo cribado: Ac IgG (IQL) -FTA ABS IgG e IgM (IFI) Serología de parásitos: -Echinococcus granulosus (HA) -Leishmania infantum Ac IgG (IFI) -Toxoplasma gondii: IgG, IgM y avidez de IgG (IQL) Página 10 de 26 Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa Rosa de Bengala: 5 días Aglutinación: 7 días Test de Coombs : 14 días. RPR: 4 días IQL: 4 días FTA-ABS: 7 días. 7 días E granulosus: 10 días

11 Serología de hongos: -Ac IgG frente Aspergillus fumigatus (IFI) -Antígeno galactomanano de Aspergillus spp (ELISA) -Antígeno de Cryptococcus neoformans (Aglutinación) -beta 1-3 Dglucano (ELISA) Serología en LCR: -Sífilis, -Brucella, -Leptospira, -Herpes simplex, -Borrelia burgdorferi, -Coxsackie, Echovirus -Antígeno de Cryptococcus neoformans -Streptococcus pneumoniae LCR Página 11 de 26 Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Tubo de 5 ml de sangre coagulada (tapón transparente) con gelosa Tubo estéril Ac. Aspergillus fumigatus: 10 días Ag. Galactomanano: 7 días Ag. Criptococo: 24 horas, beta 1-3 Dglucano: 7 días. 7 días. Coxsackie: 10 días

12 -Antígeno de Bordetella pertussis, y Bordetella parapertussis (IFD 5 ) Exudado Nasofaríngeo -Antígeno Virus respiratorio sincitial (VRS) (IC 6 ) Antigeno galactomanano Lavado broncoalveolar -Antígeno de Streptococcus pneumoniae (IC) -Antígeno de Legionella pneumophila (IC) Orina Antígeno de Helicobacter pylori (IC-IQL) Heces Página 12 de 26 : Petición electrónica (DIRAYA): solo muestras de atención primaria (AP) Toma de nasofaringe con torunda flexible Contenedor estéril Contenedor estéril de boca ancha con un mínimo de 10 cc de orina. Contenedor estéril de boca ancha con un mínimo de 20 g de heces. 2 días 7 días 24 horas. 7 días

13 Página 13 de 26 AREA DE BACTERIOLOGÍA/MICOLOGÍA Hemocultivo (Cultivo Aerobio y Anaerobio) Urocultivo (Cultivo de bacterias y hongos) Coprocultivo (Cultivo de Bacterias) Sangre Orina Heces : Adultos: 10 ml de sangre en botellas BACTEC plus aerobio y anaerobio. Niños: 3-5 ml de sangre en botellas BACTEC pediátricas Orina de la micción media Tubo estéril con conservante. Orina suprapúbica: Contenedor estéril para anaerobios Contenedor estéril de boca ancha 8 días Cultivo de bacterias:5 días. Cultivo de hongos:7 días 5 días

14 Página 14 de 26 AREA DE BACTERIOLOGÍA/MICOLOGÍA Cultivo de muestras del tracto genital (solo cultivo de bacterias) Cultivo de Escamas y pelos (solo cultivo de hongos) Absceso glándula de Bartholino Exudado cervical, uretral, rectal Líquido prostático, esperma Escamas Pelos Absceso glándula de Bartholino: Contenedor con medio de transporte para anaerobios Exudado cervical, uretral, rectal: torunda con medio de transporte de Amies Líquido prostático, esperma: Contenedor estéril Contenedor estéril 7 días 30 días

15 Página 15 de 26 AREA DE BACTERIOLOGÍA/MICOLOGÍA Cultivo de Abscesos, ex heridas otras muestras de piel y tejidos (bacterias y hongos) Abscesos, Ex heridas Otras muestras de piel y tejidos Muestras superficiales: Torunda con medio de transporte de Amies Aspirado, tejidos y biopsias: Tubo estéril o contenedor para anaerobios Cultivo de Líquido cefalorraquideo (LCR) y otros líquidos estériles (bacterias y hongos) LCR Líquidos estériles Tubo ó contenedor estéril Cultivo de bacterias: 7 días. Cultivo de hongos: 30 días Cultivo de bacterias: 7 días. Cultivo de hongos: 30 días Nota: si se recogen varios tubos no emplear el primero para estudios bacteriológicos.

16 Página 16 de 26 AREA DE BACTERIOLOGÍA/MICOLOGÍA Cultivo de Muestras área ORL (bacterias y hongos) Muestras área ORL Preferentemente contenedor estéril. También se admite torunda con medio de transporte de Amies. Senos, oído interno: Contenedor estéril con medio de transporte para anaerobios Cultivo de bacterias: 7 días Cultivo de hongos: 7 días

17 Página 17 de 26 AREA DE BACTERIOLOGÍA/MICOLOGÍA Cultivo Muestras oftalmológicas (bacterias y hongos) Muestras oftalmológicas Exudado conjuntival: torunda con medio de transporte de Amies Aspirado intraocular, Conducto lacrimal: En la misma jeringa. Raspado corneal: Envío inmediato o Inoculación directa de los medios de cultivo en consulta (recomendable) Cultivo de bacterias: 7 días Cultivo de hongos: 30 días

18 Página 18 de 26 AREA DE BACTERIOLOGÍA/MICOLOGÍA Cultivo (bacterias y hongos) Cultivo Streptococcus Grupo B (SGB) en embarazadas Detección simultánea de: Tricomonas vaginalis, Candida spp y Gardnerella vaginalis Detección de Adenovirus y Rotavirus (niños menores de 5 años). Detección de la toxina Clostridium difficile Detección de quistes de Pneumocystis jirovecii por IFI Muestras respiratorias Exudado vagino/rectal Exudado vaginal Heces Heces Esputo inducido Lavado broncoalveolar Contenedor estéril de boca ancha. Ex faríngeo, nasal torunda con medio de transporte de Amies. CTO: Contenedor estéril con 1 ml de Ringer-lactato Torunda con medio de transporte de Amies. Torunda con medio de transporte de Amies Contenedor estéril de boca ancha Contenedor estéril de boca ancha Contenedor estéril Cultivo de bacterias: 7 días Cultivo de hongos: 30 días 5 días. 5 días 4 días 4 días 5 días

19 Página 19 de 26 AREA DE BACTERIOLOGÍA/MICOLOGÍA Tinción de Gram Urgente Baciloscopia Urgente (T.Ziehl-Neelsen) Tinción con Blanco de Calcoflúor Urgente Todas excepto orina, heces, sangre Todas excepto orina, heces, sangre y LCR Todas excepto orina, heces, sangre, exudados óticos microbiología Igual que para cultivo Igual que para cultivo Igual que para cultivo 3 horas 3 horas 3 horas

20 Página 20 de 26 AREA DE MICOBACTERIAS Cultivo de micobacterias (Lowenstein + medio líquido) Todas excepto: Heces, muestras en torunda y sangre Aspirados de herida profunda, biopsias y tejidos: En la misma jeringa. ó Contenedor estéril con solución salina LCR y otros líquidos estériles >2 ml en tubo estéril Muestras respiratorias: Contenedor estéril de boca ancha Orina: Primera orina de la mañana (mínimo 40 ml) en un contenedor estéril de boca ancha durante 3 días seguidos. Baciloscopia: T. auramina (Todas las muestras en las que se solicite una baciloscopia serán cultivadas para micobacterias se solicite ó no) Antibiograma SIRE Todas las muestras excepto heces, sangre, orina y LCR Cultivos positivos para M tuberculosis Igual que para cultivo de micobacterias Igual que para cultivo de micobacterias Igual que para cultivo 7 semanas 4 días Según del crecimiento del cultivo

21 Página 21 de 26 AREA DE MICOBACTERIAS PCR tuberculosis Todas, excepto: heces, muestras en torunda, orina, sangre y líquido pleural. Solo muestras hospitalarias Solo en pacientes con alta sospecha previo contacto con microbiología Igual que para cultivo de micobacterias. Escribir PCR TBC en otras determinaciones Igual que para cultivo 5 días

22 Página 22 de 26 AREA DE PARASITOLOGÍA Gota gruesa Identificación de vermes / Insectos 2 extensiones de sangre periférica y 1 porta con gota gruesa vermes/insecto Extensión directa en portaobjetos Contenedor estéril de boca ancha Identificación Microscópica directa de Huevos y parásitos Heces Contenedor estéril de boca ancha Investigación de Enterobius Vermicularis Investigación de Acanthamoeba Preparación con cinta adhesiva (Parche de Jacob o Test de Graham) Raspado corneal Lentes de contacto y soluciones Tubo estéril con 0.5 ml de solución salina estéril 3 días. 3 días 5 días 5 días Prelim: 24 horas Final:72 horas

23 Página 23 de 26 AREA DE MICROBIOLOGÍA DIAGNÓSTICA MOLECULAR Tubo de tapón rojo 8.5 ml -Carga viral VIH, VHC y VHB mediante PCR a tiempo real (Imprescindible positiva) microbiología Biología- Molecular 10 días Genotipo VHC mediante PCR + hibridación reversa (Imprescindible Carga viral VHC> 1000 UI/ml) microbiología Biología- Molecular Igual que carga viral 15 días

24 Página 24 de 26 AREA DE MICROBIOLOGÍA DIAGNÓSTICA MOLECULAR 5 ml de sangre con EDTA (Tubos de tapón morado) Septifast Sangre completa. Disponible solo a pacientes de UCI, hematología y UCEIM Las muestras deben llegar antes de 10 de la mañana microbiología Biología- Molecular Detección del ADN de C.trachomatis y N.gonorrhoeae. mediante PCR a tiempo real Muestras genitales Ex faríngeos Orina (1ª parte de la micción) microbiología Biología- Molecular - 4 días 7 días

25 Página 25 de 26 AREA DE MICROBIOLOGÍA DIAGNÓSTICA MOLECULAR Detección de ADN del VHS 1 y 2 por PCR a tiempo real Muestras genitales Ex faríngeo LCR Ex cutáneo Orina (1ª parte de la micción) Úlceras microbiología Biología- Molecular -LCR: tubo estéril -Resto de muestras: Detección de HPV y genotipado simultáneo de los tipos 16, 18 y alto riesgo (en conjunto) mediante PCR a tiempo real Genotipado del HPV de muestras positivas en el cribado (PCR + hibridación reversa) Detección del virus de la gripe. Disponible solo en época brote epidémico. (Fuera de brote se envía a centro de Referencia) Exudado cervical Exudado rectal Exudado naso-faríngeo Aspirado nasofaríngeo BAS y BAL microbiología Biología- Molecular Hoja específica de microbiología Biología- Molecular -Exudados: Medio de transporte de virus -A nasofaríngeo, BAS y BAL Dispositivo habitual LCR: 4 días Resto de muestras. 7 días Detección: 15 días Genotipado: 30 días 4 días

26 Página 26 de 26 AREA DE MICROBIOLOGÍA DIAGNÓSTICA MOLECULAR -Detección de mutaciones de resistencia del VIH por técnica de secuenciación -Detección del Tropismo del VIH por técnica de secuenciación Sangre completa Volante específico Disponibles solo para UCEIM Resistencia: Tubo de tapón rojo 8.5 ml Tropismo: -Si carga viral >1000 copias/ml Tubo tapón rojo. Marcar tropismo -Si carga viral <1000 copial/ml tubo de tapón morado oscuro Marcar proviral 35 días ORL: Otorrinolaringología; BK: Baciloscopia; Ag: Antígeno; VRS: Virus respiratorio sincitial; UCEIM: Unidad clínica de enfermedades infecciosas y microbiología. 1 IQL: Quimioluminiscencia. 2 IFI: Inmunofluorescencia Indirecta. 3 ELISA: Enzimainmunoensayo. 4 HAI: Hemaglutinación indirecta. 5 IFD: Inmunofluorescencia directa. 6 IC: Inmunocromatografía. *Todos los tiempos máximos de respuesta contemplados los tiempos de días festivos y fines de semana