HOSPITAL GENERAL UNIVERSITARIO DE ALICANTE S. MICROBIOLOGÍA

Transcripción

1 HOSPITAL GENERAL UNIVERSITARIO DE ALICANTE S. MICROBIOLOGÍA REALIZADO POR: Dr. Mariano Andreu Dra. Adelina Gimeno Dra. Antonia Sánchez Dra. Inmaculada Vidal Dr. Alfredo Zorraquino APROBADO POR: Dr. Juan Carlos Rodríguez CONTENIDO: Cartera de servicios de la Sección de Microbiología FECHA REALIZACION: Noviembre 2014 FECHA ULTIMA REVISIÓN: Octubre 2015

2 DATOS GENERALES

3 DIRECCIÓN S. de Microbiología. Edificio Gris. Planta 2ª-3ª Hospital General Universitario de Alicante C/ Pintor Baeza Alicante ORGANIGRAMA Y TELÉFONOS DE CONTACTO Recepción de muestras : Jefe de Sección (Juan Carlos Rodríguez): / Supervisora (María Angeles Lillo): Recepción de muestras y preanalítica (Inmaculada Vidal): Unidad de Microbiología molecular (Lina Gimeno) : Unidad de orinas (Mariano Andreu) Unidad de antibióticos (Antonia Sánchez) : Unidad de hemocultivos (Lina Gimeno) : Unidad de bacteriología general (Alfredo Zorraquino) Unidad de coprocultivos (Alfredo Zorraquino) Unidad de respiratorio (Inmaculada Vidal) Unidad de muestras genitales (Inmaculada Vidal/Mariano Andreu) Unidad de micología (InmaculadaVidal) Unidad de coproparasitología (Alfredo Zorraquino) Unidad de parásitos hemáticos (Lina Gimeno) Unidad de serología (Mariano Andreu) : Unidad de micobacterias (Lina Gimeno): Unidad de hepatitis (Juan Carlos Rodríguez) : Teléfono en horario de guardias (tardes y domingos por la mañana) :

4 HORARIOS DE FUNCIONAMIENTO DE LABORATORIO Días laborables: De 8h a 22 h (recogida de muestras hasta las 21 h) Sábados, domingos y festivos: De 8:00 a 15:00 h (recogida de muestras hasta las 14 h)

5 DETERMINACIONES ANALITICAS REALIZADAS MEDIANTE ESTUDIO DE ANTICUERPOS

6 ANÁLISIS Detección de anticuerpos Virus Epstein Barr - VCA Ig G - VCA Ig M - Anticuerpos heterófilos Toxoplasma gondii - Ig M - Ig G - Avidez de IgG Sífilis - RPR - Ig G (ELISA) - IgM (ELISA) Citomegalovirus - Ig G - Ig M Virus hepatitis A - Ig G - Ig M Virus hepatitis B - HBsAg -Cuantificación HBsAg - Anti HBs - Anti HBc - Anti HBc (Ig M) -Cuantificación AntiHBc (IgM) - HBeAg - Anti HBe Virus hepatitis C - Ac totales - Confirmación MUESTRA VALORES REFERENCIA TIEMPO DE RESPUESTA OBSERVACIONES REALIZACIÓN Suero Infección aguda: Menos de 24 horas. Urgencia: Menos de 2 horas Serología completa en IgM positiva horario habitual y Ac heterófilos en guardias Suero Suero LCR Infección aguda: IgM positiva. Confirmación con positividad de IgA y baja avidez de IgG Confirmación de diagnóstico: Ig G positiva Cribado (IgG, IgM). Menos de 24 horas RPR e Ig G: Menos de 24 horas IgM: Menos de 7 días Si Ig M es positiva, se ampliará el estudio a Ig A y avidez de IgG Todo RPR positivo se confirmará automáticamente Suero Infección aguda: IgM positiva Menos de 24 horas Es poco útil para estudios de reactivación en inmunodeprimidos Suero Infección aguda: IgM positiva Menos de 24 horas Urgencia: Menos de 2 horas durante jornada laboral Suero Menos de 24 horas HBsAg y Anti HBc de urgencia: Menos de 2 horas durante jornada laboral Suero Infección: Presencia de Ac y confirmación posterior Cribado en menos de 24 horas Confirmación en menos de 7 días Cribado en menos de 24 horas Confirmación en menos de 7 días Se puede confirmar también por PCR Urgencia: Menos de 2 horas durante jornada laboral Virus HIV - Prueba rápida - Ac totales - Western Blot Suero Infección: Presencia de Ac y confirmación posterior Se puede confirmar también por PCR En guardias se hace una prueba rápida que debe confirmarse al día siguiente Virus del dengue Infección aguda: Presencia de Prueba rápida: Menos de La prueba confirmatoria permite

7 Prueba rápida (IgG/IgM) Prueba confirmatoria (IFI) Suero IgM 2 horas Prueba confirmatoria: Menos de 48 horas serotipificar la infección Virus Chikunkunya - IgG - IgM Suero Infección aguda: Presencia de IgM Menos de 48 horas Toda prueba positiva se confirmará en Centro de Referencia

8 DETERMINACIONES ANALITICAS REALIZADAS MEDIANTE ESTUDIO DE ANTIGENOS

9 ANÁLISIS Detección de antígenos Plasmodium - Inmunocromatografía Legionella pneumophila - Inmunocromatografía Virus respiratorio sincitial - Inmunocromatografía Streptococcus pneumoniae - Inmunocromatografía Cryptococo - Aglutinación cuantitativa Rotavirus, adenovirus, norovirus y astrovirus - Inmunocromatografía Detección de Salmonella y Campylobacter MUESTRA VALORES DE REFERENCIA Sangre con EDTA Presencia de antígeno de P. Falciparum o de otras especies Orina Aspirado nasofaringeo Orina Suero LCR Heces Infección aguda: Presencia de Ag Infección aguda: Presencia de Ag Infección aguda: Presencia de Ag Infección aguda: Presencia de Ag Infección aguda: Presencia de Ag TIEMPO DE RESPUESTA OBSERVACIONES REALIZACIÓN Menos de 2 horas Puede detectarse la presencia de P. y guardias falciparum, la presencia de las otras especies (sin discriminar la especie) o una coinfección Menos de 2 horas La concentración de la orina exige un y guardias procesamiento de 3 horas y requiere un mínimo de 10 ml de muestra Si Ag es positivo, hay que enviar muestra respiratoria para aislar la cepa con fines epidemiológicos Menos de 2 horas En temporada de gripe, puede detectarse y guardias simultáneamente ambos virus por PCR La PCR sirve para confirmar la infección en casos seleccionados Menos de 2 horas La concentración de la orina exige un y guardias procesamiento de 3 horas y requiere un mínimo de 10 ml de muestra Menos de 2 horas Resultado cuantitativo Menos de 2 horas En pacientes pediátricos. En adultos, previa solicitud Heces Infección: Presencia de Ag Menos de 2 horas Sólo debe realizarse en pacientes graves o antes sospecha de brote. No sustituye al cultivo

10 DETERMINACIONES ANALITICAS PARA EL DIAGNOSTICO DE INFECCIONES POR BACTERIAS

11 ANÁLISIS Microorganismos del tracto gastrointestinal MUESTRA VALORES DE REFERENCIA Coprocultivo y antibiograma Heces Aislamiento de Salmonella, Shigella, Yersinia, Aeromonas, Campylobacter Enfermedades de transmisiónlevaduras, Neisseria sexual gonorrhoeae, Trichomonas, Chlamydia trachomatis Mujeres: Una torunda vaginal y otra en medio especial de Chlamydias Hombres: Una torunda uretral y otra en medio especial de Chlamydias. Si no es posible, 5 ml de orina (primera micción) Urocultivo y antibiograma Orina Infección: Presencia de más de UFC/ml Cultivo y antibiograma de bacterias habituales en esputo y aspirados traqueales - Streptococcus pneumoniae - Haemophilus influenzae - Moraxella catarrhalis - Staphylococcus aureus - Bacilos Gram Negativos - Streptococcus pyogenes Esputo de buena calidad o aspirado traqueal de paciente intubado Cultivo de bacterias y levaduras Sangre en frasco de hemocultivos Aislamiento y semicuantificación de bacterias patógenas Aislamiento de bacterias patógenas y levaduras TIEMPO DE RESPUESTA Menos de 72 horas Resultado negativo en menos de 24 horas. Menos del 72 horas OBSERVACIONES Se requiere la solicitud expresa de Vibrio cholerae y Eschericia coli O127, H7 si hay sospecha clínica N. gonorroheae y C. trachomatis pueden detectarse además por PCR El número de UFC/ml necesario para diagnosticar infección de orina puede ser menor en determinados casos (en función del paciente y del microorganismo) La identificación de la especie en pacientes ingresados, se realizará por MALDI-TOF en menos de 6 horas La identificación de la especie en pacientes ingresados, se realizará por MALDI-TOF en menos de 6 horas Menor de 5 días Extraer medios aerobios y anaerobios (3 parejas) En niños extraer un frasco aerobio y si el volumen de sangre es muy pequeño, inocular en frascos especiales REALIZACIÓN En guardias puede hacerse una tinción de Gram urgente para visualizar gonococos en un exudado uretral En guardias puede hacerse una tinción de Gram urgente En guardias puede hacerse una tinción de Gram urgente Si se positiviza el hemocultivo, se informa de forma urgente durante todo el tiempo de funcionamiento de Microbiología

12 Bacteriemia asociada a catéter Cultivo de bacterias habituales en exudados, líquidos y tejidos Cultivo bacterias especiales - Brucella sp. - Actinomyces sp - Nocardia sp. - Eikenella corrodens Cultivo de bacterias habituales en catéteres Sangre de vía periférica y de cada una de las luces del catéter Exudados Líquidos Biopsias Exudados Líquidos Biopsias Parte distal del catéter en un tubo seco y estéril Diferencia de más de 120 minutos entre la sangre periférica y catéter se asocia a infección del mismo Aislamiento de bacterias patógenas Aislamiento de bacterias patógenas Aislamiento de bacterias patógenas Mínimo: 1 día Menos de 72 horas Menos de 7 días Menos de 72 horas La identificación de la especie en pacientes ingresados, se realizará por MALDI-TOF en menos de 6 horas En casos graves, se puede identificar la presencia de S. aureus resistente a meticilina por PCR en menos de 2 horas. Hay que contactar con Microbiología Se requiere volante especial y ES IMPRESCINDIBLE el transporte rápido al laboratorio La identificación de la especie en pacientes ingresados, se realizará por MALDI-TOF en menos de 6 horas Indicar sospecha clínica en el volante para aplicar protocolos especiales La identificación de la especie en pacientes ingresados, se realizará por MALDI-TOF en menos de 6 horas Se puede realizar un Gram de forma urgente

13 V.- INFECCIONES CAUSADAS POR PARASITOS ANÁLISIS Diagnóstico de infecciones causadas por parásitos Parásitos gastrointestinales - Estudio en fresco - Concentración - Tinción con lugol - Tinción de Ziehl (Cryptosporidium y Cyclospora) - Técnica de Graham Paludismo y otros parásitos hemáticos - Tinción de Giemsa en frotis y gota gruesa MUESTRA Heces Aspirado duodenal Tubo ( EDTA) VALORES DE REFERENCIA Visualización de los parásitos Visualización de los parásitos TIEMPO DE RESPUESTA Menos de 48 horas Menos de 24 horas OBSERVACIONES Indicar sospecha clínica en el volante si hay situaciones especiales (estancia en el trópico, diarrea sanguinolenta, presencia de gusanos en heces, infección por HIV, etc) Debe interpretarse los resultados juntos con la detección de antígenos REALIZACIÓN En la guardia, puede detectarse la presencia de antígeno de los parásitos -

14 INFECCIONES CAUSADAS POR MICOBACTERIAS

15 ANÁLISIS Diagnóstico de infecciones causadas por micobacterias Detección directa - Tinción Cultivo - Medios sólidos - Medios líquidos MUESTRA Muestras para micobacterias Muestras para micobacterias VALORES DE REFERENCIA Visualización de los microorganismos Aislamiento de los microorganismos TIEMPO DE RESPUESTA Rápida: Menos de 2 horas Habitual: Menos de 24 horas Menos de 60 días OBSERVACIONES Indicar en el volante si es urgente El diagnóstico rápido puede hacerse también por PCR REALIZACIÓN En la guardia puede realizarse una tinción de la muestra

16 DETERMINACIONES ANALITICAS REALIZADAS MEDIANTE TÉCNICAS DE BIOLOGÍA MOLECULAR

17 ANÁLISIS MUESTRA VALORES DE REFERENCIA Aspirados Presencia de ácidos nasofaríngeos nucleicos Muestras respiratorias invasivas Detección de virus influenza estacional y nueva variante H1N1 - PCR a tiempo real Detección de Bordetella - PCR a tiempo real Detección de virus respiratorio sinciti Aspirados nasofaringeos Muestras respiratorias invasivas Aspirado nasofaringeo y muestras respiratorias invasivas Presencia de ácidos nucleicos Presencia de ácidos nucléicos TIEMPO DE RESPUESTA OBSERVACIONES REALIZACIÓN Menos de 6 horas En temporada de gripe, se hace de forma urgente en las guardias Menos de 72 horas Detecta B. pertussis y B. pàrapertussis Menos de 4 horas En la misma muestra que la gripe y guardias