Informe de Progreso Técnico y Financiero

Transcripción

1 Informe de Progreso Técnico y Financiero Sistematización y visualización de la base de datos sobre criptógamas depositadas en el Herbario Nacional Colombiano de la Universidad Nacional de Colombia, Sede Bogotá Donaciones para la Digitalización de Datos Red Temática de Especímenes Preparado por: Lauren Raz, Ph. D. Danny Vélez, Biólogo. Rubén Albarracín, Geógrafo. Andrés Lievano, Ingeniero. Yusleny Fierro, Bióloga. 18/enero/2009

2 1. Resumen Ejecutivo El Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia alberga la mayor colección de especímenes biológicos colombianos que existe en el mundo. Esta colección está en proceso de sistematización, y en la actualidad hay ejemplares sistematizados y puestos a disposición del público en la página web del Instituto ( y a través del Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia (SiB) Estos especímenes incluyen plantas ( ), anfibios (40.000), aves (35.000), mamíferos (15.000) e invertebrados (17.000). A pesar del enorme valor de esta información, su utilidad se ve limitada por la poca o nula disponibilidad de la gran mayoría de los especímenes, especialmente de criptógamas debido a que este grupo ha sido poco estudiado en nuestro país, y a que hasta el momento el proceso de sistematización del herbario se ha concentrado en las familias de plantas fanerógamas. El propósito del presente proyecto es sistematizar, georreferenciar y posteriormente liberar información de cerca de ejemplares de criptógamas depositadas en el Herbario Nacional Colombiano. Además, se documentarán los metadatos generados por el proyecto a través del Catálogo Nacional de Metadatos del SIB-Colombia. Toda esta información será puesta a disposición en las páginas Web del ICN y a través de la red digital del IABIN, utilizando los medios que IABIN defina y el Sistema de Búsquedas Distribuidas del SiB-Colombia, coordinado por el punto focal de IABIN en el país. La liberación de estos datos se hará considerando la validación contra lenguajes controlados y siguiendo los estándares DarwinCore y Estándar para intercambiar información sobre biodiversidad al nivel de organismos, propuesto por el SIB- Colombia. El proyecto se desarrollará en 7 meses y tendrá un costo total de USD $ de los cuales se solicitaron USD $ a IABIN. Como resultados parciales se hacen disponibles en los portales de IABIN y del Instituto ejemplares sistematizados y georreferenciados, de la misma manera que fotos para de ellos. The Instituto de Ciencias Naturales (ICN) of the Universidad Nacional de Colombia includes the world s largest collection of biological specimens from Colombia. This collection is in the process of digitization, and at the present time there are 235,000 specimens databased and made publicly available at the Institute s website ( These specimens include plants (128,000), amphibians (40,000), birds (35,000), mammals (15,000) and invertebrates (17,000). In spite of the tremendous value of this information, data from the vast majority of specimens remains inaccesable, especially the cryptogamic plant collections. This is due to the fact that these groups remain poorly understood in our country, and the databasing process of the herbarium has concentrated on phanerogamic plant families. The main goal of the current project is to digitize, georeference and release through the web information of 40,000 specimens of cryptogams plants deposited in the Colombian National Herbarium. The metadata of the project will be generated, and controlled vocabularies will be used to increase the quality of the data. All the information will be available on the WebPages of the ICN, as well as through the IABIN network and SIB-Colombia, the national focal point of IABIN in Colombia. Data structure will follow the standards defined by IABIN, in compliance with both the Darwin Core and the SIB- Colombia s Minimal Standards for Information Exchange. The project is to be executed over the course of 7 months and it will cost USD $64.043,78, of which USD $ 10,000 is being provided by IABIN. As of today we have made available through the IABIN and ICN portals 20,000 georeferenced records of crypotogramic herbarium specimens plus 16,276 digital photographs. 2

3 2. Objetivos del proyecto Objetivo General Hacer disponibles e interoperables datos biológicos sobre criptógamas de Colombia depositados en el Herbario Nacional Colombiano de la Universidad Nacional de Colombia- COL, a través de las páginas web del ICN, de la SSTN de IABIN y del SiB Colombia, siguiendo los estándares de bases de datos internacionales y utilizando los lenguajes controlados taxonómicos y no taxonómicos existentes a la fecha. Objetivos específicos 1. Sistematizar, georreferenciar y digitalizar los datos biológicos de los ejemplares de criptógamas depositados en el Herbario Nacional Colombiano de la Universidad Nacional de Colombia. 2. Hacer disponibles los datos de los especímenes de criptógamas depositados en el Herbario Nacional Colombiano a través de las páginas web del ICN, la SSTN de IABIN y la red nacional de información sobre biodiversidad en coordinación con el Punto Focal nacional, siguiendo estándares recomendados por IABIN para bases de datos biológicos de acceso libre y con la mayor calidad (entendida como potencial de uso). 3. Productos y resultados esperados Se entregaran un total de especímenes de plantas criptógamas fotografiados, sistematizados y georreferenciados al finalizar el tiempo del convenio. Como resultados parciales se entregan especímenes sistematizados y georreferenciados, de los cuales ya fueron fotografiados, y se encuentran disponibles en la página web del ICN y en los portales de SSTN de IABIN. Resultados esperados para la finalización del convenio Se espera codificar, sistematizar y georreferenciar ejemplares más y fotografiar y editar las fotografías de los ejemplares restantes. 4. Metodología empleada y actividades llevadas a cabo para alcanzar los productos programados OBJETIVO 1. Sistematizar, georreferenciar y digitalizar los datos biológicos de los ejemplares de criptógamas depositados en el Herbario Nacional Colombiano de la Universidad Nacional de Colombia. Codificación. Asignación de un código de barras adherido directamente a cada especímen de herbario que inicia el proceso de sistematización. Fotografiado y edición 3

4 Los especímenes son fotografiados en el laboratorio de fotografía estandarizado para especímenes botánicos con que cuenta el ICN. Posteriormente las fotografías son editadas y revisadas para verificar estándares de calidad, de manera que solamente las fotografías de óptima calidad sean incluidas en la base de datos y puestas a disposición en la Web; las fotografías defectuosas son descartadas y el especímen fotografiado nuevamente. Sistematización Directa Sistematización de la información. Mediante la aplicación Specify (desarrollada por la Universidad de Kansas y adoptada por el ICN para este proceso) se almacenan y procesan los datos de las colecciones biológicas. El registro de la información en la base de datos se realiza a partir de las imágenes de los especímenes. Para cada espécimen se incluye información sobre: determinación, determinador, año de determinación, número de catálogo, colector, número de colector, fecha de colección, localidad geográfica, rango de elevación e información de georreferencia (latitud y longitud) y hábitat. Por migración La información biológica de cada ejemplar es sistematizada en los aplicativos Microsoft EXCEL o Microsoft ACCESS para luego ser incluidos masivamente a la base de datos de Specify. Georreferenciación La metodología de georreferenciación empleada en el Instituto de Ciencias Naturales está basada en el manual de mejores prácticas de Biogeomancer (Chapman A.D., y Wieczorek 2006). Básicamente se emplearon tres métodos de georreferenciación: 1. Georreferenciación por similitud: Se le denomina Georreferenciación por similitud a la fase que contempla dos pasos similares pero con herramientas diferentes, es decir, la Georreferenciación por similitud significa que con la ayuda de los gaceteros disponibles se identificarán lugares comunes, e igualmente con los datos georreferenciados de la Institución y los datos que se estén ubicando se procede a relacionar las localidades repetidas; 2. Georreferenciación por coberturas (álgebra de mapas): De acuerdo a las localidades que presente más de dos hitos se pueden elaborar una metodología sistemática que garantice la superposición de coberturas y por ende un resultado preciso (teniendo en cuenta la calidad de las coberturas y las grillas); 3. Georreferenciación de localidades por método de radio-punto: Con respecto a esta metodología se desarrollan diferentes tipos de localidades, como por ejemplo, aquellos que no poseen las características suficientes para procesarse a través del álgebra de mapas. Es decir, aquellas localidades que no poseen una intersección que genere un punto preciso deben ser trabajados bajo esta metodología. A pesar de que estos son los métodos más empleados, para algunos casos específicos se elaboraron esquemas diferentes para la ubicación de puntos. Es decir, que estos esquemas se alejan de la metodología en la medida en que se disponen o no de unas herramientas similares a las enunciadas en el manual. De esta manera, en gran medida el Instituto georreferencia la mayoría de sus localidades de acuerdo a los métodos del radio-punto establecidos en el manual de mejores prácticas de Biogeomancer. Sin embargo, existe otro tipo de localidades a las cuales se les otorga un tratamiento adicional por su carácter textual. 4

5 Un ejemplo de esto es la localidad: Entre El Espinal y Bogotá. Para este caso, el Biogeomancer aconseja ubicar el punto entre las dos ciudades, ubicándose este punto en el sur occidente de Cundinamarca a una altura que no es acorde con los demás puntos obtenidos para esta especie. Para este caso, es necesario asignarle una mayor importancia al área de influencia de El Espinal que a Bogotá. Tratamiento de la Incertidumbre La elaboración de la incertidumbre se hizo a partir de los manuales de Biogeomancer (Chapman A.D., y Wieczorek 2006) con algunas excepciones. Este proceso se desarrolla en conjunto con la georreferenciación, y se basa en la obtención de un área representada por un punto. Esto significa que la incertidumbre depende de la descripción de la localidad. Igualmente cada tipo de localidad posee un modo distinto de trabajo y posee diferentes características mediante las cuales se puede colocar una incertidumbre determinada. Adicionalmente, la visualización de los registros ya georreferenciados en la cartografía digital permitirá aumentar la certeza de la ubicación de un espécimen, debido a que gracias a la superposición de mapas se puede detectar los factores ecológicos que intervienen en su localización. Por ejemplo, si se espacializa la especie Herbertus acathelium encontraremos que es una especie de Hepática que en los registros georreferenciados sobrepasa los msnm. Esto significa que el caso de que un espécimen se encuentre en una altura poco asociada a su ecosistema (por ejemplo msnm) es posible detectar un error, o en su defecto controlar los niveles de incertidumbre con respecto al hábitat de la especie. OBJETIVO 2. Hacer disponibles los datos de los especímenes de criptógamas depositados en el Herbario Nacional Colombiano a través de las páginas web del ICN, la SSTN de IABIN y la red nacional de información sobre biodiversidad en coordinación con el Punto Focal nacional, siguiendo estándares recomendados por IABIN para bases de datos biológicos de acceso libre y con la mayor calidad (entendida como potencial de uso). Disposición de los registros biológicos e imágenes a través de los portales de SSTN de ABIN: El Instituto de Ciencias Naturales cuenta con un servidor de base de datos el cual mantiene una copia de la información de las colecciones del Instituto; esta base de datos en conjunto con un software que facilita el intercambio de información biológica (TapirLink), permite que las colecciones del Instituto sean visibles en el portal de SSTN de IABIN. Las imágenes se suben al servidor del ICN y estas pueden ser vistas a través del Portal SSTN mediante un enlace el cual redirecciona a la página de las colecciones en línea del ICN donde la imagen puede ser vista con un visor de imágenes. Además, la información contenida en la base de datos del ICN (Specify) se migra al servidor de la página Web de las colecciones en línea del ICN para que pueda ser consultada a través del sitio 5

6 Tabla 1. Actividades desarrolladas Fecha Actividad 15 septiembre al 12 de octubre Procesos administrativos y solicitud de préstamo interno con el fin de dar inicio al proyecto. 15 septiembre al 20 de septiembre Revisión de la información almacenada en la base de datos Specify. 12 de octubre al 14 de noviembre Vinculación de 7 estudiantes auxiliares y un geógrafo profesional. 12 de octubre al 25 de noviembre Codificación de los primeros ejemplares 13 de octubre al 15 de enero Fotografiado y edición de las primeras fotografías 15 de octubre al 15 de enero Sistematización de los primeros ejemplares. 15 de octubre al 15 de enero Georreferenciación de los primeros ejemplares. 15 enero al 18 de enero Puesta a disposición de los datos en el Portal de IABIN y página web del ICN. 5. Lecciones aprendidas, problemas y soluciones viables Lecciones aprendidas La combinación de la información cartográfica y la naturaleza del espécimen proveen información sobre la probabilidad de la ubicación de un lugar definido. Se debe realizar un seguimiento exhaustivo de los trámites administrativos para asegurar que la ejecución de los dineros y las contrataciones se realicen a tiempo. Una vea iniciado un proceso conciso de georreferenciación en la unidad de informática de la biodiversidad es necesario implementar mecanismo de digitalización de las colecciones que aprovechen de manera más eficientes los recursos; La redundancia de información por medio del uso incorrecto de signos de puntuación, de errores de ortografía y de tipografía significa una gran pérdida de recursos para la unidad debido a que es necesario georreferenciar localidades ya elaboradas anteriormente. Problemas Sistematización Ilegibilidad de la información escrita en la etiqueta de los ejemplares. Existencia de nombres científicos dudosos. Georreferenciación La República de Colombia no cuenta con un Sistema Nacional de Información Geográfica para realizar una georreferenciación masiva de localidades como es el caso de experiencias 6

7 internacionales como Geolocate y Biogeomancer (Chapman A.D., y Wieczorek 2006). Adicionalmente, estos datos no suelen ofrecer la confianza necesaria para obtener un nivel de precisión adecuado; La obtención de información digital no se encuentra en una escala considerada óptima para obtener un nivel de precisión suficiente, además, sus elevados costos no permiten que se pueda cubrir con eficiencia todas las áreas que se requiere. De esta forma, no es posible obtener muchas de las coberturas o Shapes necesarias. Los gaceteros que cubren para el territorio nacional no cuentan con la información suficiente o algunos de sus puntos pueden estar desviados. Procesos Administración Los trámites internos para la ejecución de dineros y la contratación de personal son bastante lentos. Soluciones Viables Sistematización Hacer pequeñas sesiones de entrenamiento previo para detección de problemas (con un lote pequeño de fotos con los problemas más comunes y que entre el sistematizador y el coordinador lo identifiquen y se digite) y agilizar la sistematización. Contactar a los expertos de ICN para verificar la validez o no de los nombres. Georreferenciación Unificar esfuerzos con instituciones nacionales que también georreferencian información biológica, de manera que se pueda consolidar una sólida red nacional de apoyo para las diferentes instituciones. En este aspecto, se han hecho algunos acercamientos al Instituto Humboldt (punto focal de IABIN en Colombia). Es fundamental la implementación de cartografía más detallada y de una mejor escala. Aumentar la capacidad de los equipos, para que de esta manera la cartografía que se pueda adquirir no demore el proceso. 6. Fondos de Contrapartida (adjunto el Reporte de gastos de contrapartida en tabla de Excel) 7. Reporte Financiero (adjunto el Reporte de gastos en tabla de Excel) 7