Manual del usuario de la IAH

Transcripción

1 BIREME / OPS / OMS Centro Latinoamericano y del Caribe de Información en Ciencias de la Salud Manual del usuario de la IAH versión 2.6 Sao Paulo

2 Copyright BIREME / OPS / OMS Manual del usuario de la IAH Se concede permiso para copiar, distribuir y/o modificar este documento bajo los términos de la Licencia de Documentación Libre de GNU, Versión 1.2 o cualquier otra versión posterior publicada por la Free Software Foundation; sin Secciones Invariantes ni Textos de Cubierta Delantera ni Textos de Cubierta Trasera. Una copia de la licencia está incluida en la sección titulada GNU Free Documentation License. Ficha Catalográfica BIREME / OPS / OMS (Brasil) Manual del usuario de la IAH. / BIREME (org.). Sao Paulo : BIREME / OPS / OMS, p. 1. Manual del usuario. 2. Acceso a la información. 3. Sistemas de información. 4. Gerenciamento de información. 5. Salud Pública. 6. Servicios de salud. I. BIREME II. Título Advertencia - La mención a las compañías y/o instituciones específicas o a ciertos productos no implica que estos sean apoyados o recomendados por BIREME / OPS / OMS, y no significa que haya preferencia en relación a otros de naturaleza similar, citados o no. BIREME / OPS / OMS Centro Latinoamericano y del Caribe de Información en Ciencias de la Salud Rua Botucatu, 862 V Clementino Este documento fue producido con la Metodología para la Normalización de Documentos (NorDoc) desarrollada por BIREME.

3 Tabla de contenido Abreviaturas utilizadas... V Cómo usar este manual... VIII 1 Prefacio Sobre BIREME La Biblioteca Virtual en Salud (BVS) Introducción Estructura de la IAH Área de documentos Área de ejecución de scripts Área de bases de datos Requisitos para instalación Sobre el paquete de instalación Archivos y directorios del paquete IAH BASES/IAH HTDOCS/IAH CGI-BIN CGI-BIN/IAH Cómo instalar la IAH Cómo configurar la interfaz IAH Contenido del archivo iah.def Sección PATH Sección APPEARANCE Sección HEADER Sección IAH Cómo configurar el archivo iah.def Prueba inicial de la interfaz Bases de datos propias Cómo instalar una nueva base de datos Cómo configurar una nueva base de datos Sección FILE_LOCATION... 19

4 de la IAH Tabla de contenido Sección INDEX_DEFINITION Sección APPLY_GIZMO Sección FORMAT_NAME Sección HELP_FORM Gestionando múltiples bases con layout diferenciado Cómo usar la interfaz IAH Formulario Libre Observaciones importantes Formularios Básico y Avanzado Cómo consultar Presentación del resultado Operadores lógicos de consulta Campos de búsqueda Palabras Descriptor de asunto Autor Tipo De Literatura Identificador Único Citas bibliográficas Glosario Apéndice A - Técnicas de Indización Ejemplo reducido de una FST sin prefijos para una base de datos compatible con la Metodologia LILACS Ejemplo reducido de definiciones (archivo <base>.def) compatible con la FST sin prefijos Ejemplo reducido de una FST con prefijos para una base de datos compatible con la Metodologia LILACS Ejemplo reducido de definiciones (archivo <base>.def) compatible con la FST con prefijos Apéndice B - Campos de la metodología LILACS Apéndice C - Campos de la metodología SeCS (Catálogo) Apéndice D - Siglas de los campos de búsqueda en la base de datos LILACS Apéndice E - Formularios de la IAH Libre Avanzado Apéndice F Cómo Armar URLs de la IAH con parámetros Apéndice G - Campos de la interfaz IV

5 Abreviaturas utilizadas ABNT. Associação Brasileira de Normas Técnicas [Asociación Brasileña de Normas Técnicas]. ANSI. American National Standards Institute [Instituto Nacional Americano de Normas]. ASCII. American Standard Code for Information Interchange [Código Americano Normalizado para el Intercambio de Información]. BIREME. Centro Latinoamericano y del Caribe de Información en Ciencias de la Salud. BVS. Biblioteca Virtual en Salud. CSS. Cascading Style Sheet [Hoja de Estilo en Cascada]. DeCS. Descriptores en Ciencias de la Salud. FST. Field Selection Table [Tabla de Selección de Campo]. V

6 de la IAH Abreviaturas utilizadas HTML. HyperText Markup Language [Lenguaje de Marcación de Hipertexto]. HTTP. HyperText Transfer Protocol [Protocolo de Transferencia de Hipertexto]. iah. Interface for Access on Health Information [Interfaz de Acceso a la Información en Salud]. ISBN. International Standard Book Number [Número Internacional Normalizado para Libros]. ISO. International Organization for Standardization [Organización Internacional para la Normalización]. ISSN. International Standard Serial Number [Número Internacional Normalizado para Publicaciones Seriadas]. LILACS. Literatura Latinoamericana y del Caribe en Ciencias de la Salud. LILDBI-Web. LILACS Descripción Bibliográfica e Indización - Versión Web. MEDLINE. Medical Literature Analysis and Retrieval System Online. MeSH. Medical Subject Headings [Encabezamientos de Materias Médicas]. NLM. National Library of Medicine [Bliblioteca Nacional de Medicina (EE.UU.)]. OMS. Organización Mundial de la Salud. OPS. Organización Panamericana de la Salud. VI

7 de la IAH Abreviaturas utilizadas SciELO. Scientific Electronic Library Online [Biblioteca Científica Electrónica en Línea]. SeCS. Seriados en Ciencias de la Salud. UNESCO. United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization [Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura]. URL. Universal Resource Locator [Localizador Universal de Recurso]. XHTML. extensible HyperText Markup Language [Lenguaje de Marcación de Hipertexto Extensible]. XML. extensible Markup Language [Lenguaje de Marcación Extensible]. VII

8 Cómo usar este manual Este manual se destina a suministrar información técnica acerca de la instalación, configuración y mantenimiento de la interfaz IAH con bases de datos compatibles con el CDS/ISIS, el WinISIS y el LILDBI-Web. Son requisitos básicos del analista de sistemas y/o del soporte tener conocimiento mínimo de bases estándar CDS/ISIS, sólidos conocimientos de red, servidores web y internet, así como completo domínio del sistema operativo utilizado en la institución. Una lista de abreviaturas utilizadas, un glosario de la terminología asociada y una serie de apéndices complementan la información del manual. Al final, se dan las citas bibliográficas de las metodologías y tecnologías asociadas con la IAH. Además de la parte técnica relacionada con la instalación y configuración de la interfaz, hay tambien un capítulo dedicado al uso de la interfaz desde una búsqueda simple hasta el uso de expresiones booleanas permitiendo resultados más exactos. VIII

9 1 Prefacio 1.1 Sobre BIREME Año tras año, BIREME cumple su misión como centro especializado en información científica y técnica en salud para la región de América Latina y el Caribe. Establecida en Brasil en 1967, con el nombre de Biblioteca Regional de Medicina (que originó la sigla BIREME), atendió desde el inicio a la creciente demanda de literatura científica actualizada por parte de los sistemas nacionales de salud y las comunidades de investigadores, profesionales y estudiantes. Posteriormente, en 1982, pasó a llamarse Centro Latinoamericano y del Caribe de Información en Ciencias de la Salud, para mejor expresar sus funciones, orientadas al fortalecimiento y ampliación del flujo de información científica y técnica en salud en toda la región, pero conservó su sigla. El trabajo en red, en base a la descentralización, orientado a desarrollar capacidades locales, compartir recursos de información, desarrollar productos y servicios cooperativos, elaborar metodologías comunes, siempre fue el fundamento del trabajo de cooperación técnica de BIREME. De esa forma el centro se consolida como un modelo internacional que promueve la capacitación de los profesionales de información a nivel gestional y técnico, para que adopten los paradigmas de información y comunicación que mejor atiendan a las necesidades locales. 1

10 de la IAH Prefacio Los principales fundamentos que dan origen y soporte a la existencia de BIREME son los siguientes: el acceso a la información científico-técnica en salud es esencial al desarrollo de la salud; la necesidad de desarrollar la capacidad de los países de América Latina y el Caribe de operar las fuentes de información científico-técnica en salud de forma cooperativa y eficiente; la necesidad de promover el uso y de responder a las demandas de información científico-técnica en salud de los gobiernos, los sistemas de salud, las instituciones de enseñanza e investigación. BIREME, como centro especializado de la Organización Panamericana de la Salud (OPAS)/Organización Mundial de la Salud (OMS), coordina y realiza actividades de cooperación técnica en gestión de información y conocimiento científico, con el propósito de fortalecer y ampliar el flujo de información científica en salud en Brasil y en los demás países de América Latina y el Caribe, como condición esencial para el desarrollo de la salud, incluyendo planificación, gestión, promoción, investigación, educación y atención. El convenio que fundamenta BIREME es renovado a cada cinco años por los miembros del Comité Asesor Nacional de la institución (OPAS, Ministerio de la Salud de Brasil, Ministerio de Educación y Cultura de Brasil, Secretaría de Salud del Estado de São Paulo y Universidad Federal de São Paulo Unifesp). Esta última ofrece la infraestructura física necesaria al establecimiento de la institución. En 2004 la institución asumió la responsabilidad de convertirse en una entidad que se basa en el conocimiento. 1.2 La Biblioteca Virtual en Salud (BVS) Con el surgimiento y consolidación de la Internet como medio predominante de información y comunicación, el modelo de cooperación técnica de BIREME evolucionó desde 1998 hacia la construcción y desarrollo de la Biblioteca Virtual en Salud (BVS) como espacio común de convergencia del trabajo cooperativo de productores, intermediarios y usuarios de información. La BVS promueve el desarrollo de una red de fuentes de información científica y técnica con acceso 2

11 de la IAH Prefacio universal en la Internet. Por primera vez se abre la posibilidad real de acceso equitativo a la información en salud. BIREME tiene a la Biblioteca Virtual como modelo para la gestión de información y conocimiento, lo que implica la cooperación y convergencia de instituciones, sistemas, redes e iniciativas de productores, intermediarios y usuarios en la operación de redes de fuentes de información locales, nacionales, regionales e internacionales, privilegiando así el acceso abierto y universal. Actualmente, todos los países de América Latina y el Caribe (Región) participan directa o indirectamente en los productos y servicios cooperativos promovidos por la BVS, lo que involucra a más de mil instituciones en más de 30 países. La BVS es simulada en un espacio virtual de la Internet formada por la colección o red de fuentes de información en salud de la Región. Usuarios de distintos niveles y localización pueden interactuar y navegar en el espacio de una o varias fuentes de información, independientemente de su localización física. Las fuentes de información son generadas, actualizadas, almacenadas y operadas en la Internet por productores, integradores e intermediarios, de modo descentralizado, obedeciendo a metodologías comunes para su integración a la BVS. La BVS organiza la información en una estructura que integra e interconecta bases de datos referenciales, directorios de especialistas, eventos e instituciones, catálogo de recursos de información disponibles en la Internet, colecciones de textos completos con destaque para la colección SciELO (Scientific Electronic Online) de revistas científicas, servicios de diseminación selectiva de información, fuentes de información de apoyo a la educación y la toma de decisión, noticias, listas de discusión y apoyo a comunidades virtuales. Por lo tanto, el espacio de la BVS constituye una red dinámica de fuentes de información descentralizada a partir de la cual se puede recuperar y extraer información y conocimiento para subsidiar los procesos de decisión en el área de la salud. La Biblioteca Virtual en Salud es visualizada como la base distribuida del conocimiento científico y técnico en salud registrado, organizado y almacenado en formato electrónico en los países de la Región, accesible de forma universal en la Internet de modo compatible con las bases internacionales. 3

12 2 Introducción La IAH (Interface for Access on Health Information Interfaz para Acceso de Información en Salud) ha sido proyectada para recuperar información de bases de datos ISIS de forma optimizada vía Internet. Escrita en lenguaje IsisScript (código nativo del WWWISIS), ha sido desarrollada por BIREME a partir de 1999, habiendo evolucionado en conjunto con el WWWISIS para soportar nuevas funcionalidades como la lectura de registros grandes (1 Mb), generación de contenido XML etc. La IAH se puede instalar en cualquier equipo compatible con PC que tenga un servidor web instalado y configurado, habiendo sido probados el Internet Information Server (IIS) versiones 4 y 5 y el Apache Web Server (Apache) 1.3.xx. Este último fue probado exhaustivamente con Windows y Linux. El WWWISIS es el componente activo de la interfaz que permite al código IsisScript el acceso multiusuario a las bases de datos ISIS a través del Common Gateway Interface (CGI). La IAH viene empaquetada con la versión estándar del WWWISIS, para tamaños de llave 10/30. Mientras tanto, si el usuario necesita pueden ser utilizadas versiones diferentes (16/60, Lind y FFI). 4

13 Introducción La disponibilidad de las versiones citadas debe ser verificada con Bireme porque este cambio puede traer efectos indeseables y otras implicaciones para la aplicación. 5

14 3 Estructura de la IAH La interfaz IAH se compone de tres partes diferente conforme se muestra a continuación: 3.1 Área de documentos Localización primaria de los documentos (HTML, javascript, CSS, imágenes, archivos de configuración) del aplicativo en el servidor web. Normalmente denominado DOCUMENT_ROOT. 3.2 Área de ejecución de scripts Localización de los archivos ejecutables, programas o scripts de la aplicación. Es en esta área que se localiza el código de la aplicación escrita en lenguaje IsisScript (compilada o no) y del WWWISIS ejecutable. Denominada normalmente, CGI- BIN, esta área utiliza los métodos y protocolos definidos por el CGI presente y el servidor web y cuyo nombre puede variar de acuerdo con este último. 6

15 Estructura de la IAH 3.3 Área de bases de datos Localización de las bases de datos que serán utilizadas por la aplicación. La tabla 1 define la correlación de estructuras entre algunos servidores web conocidos: Área Servidor Apache IIS OmniHTTPd Documentos htdocs wwwroot data CGI cgi-bin scripts cgi-bin Bases de datos bases bases bases Tabla 1: áreas por servidor web.! El directorio de bases de datos se puede crear bajo cualquier estructura de directorios desde que sea debidamente configurado en el archivo iah.def. 7

16 4 Requisitos para instalación La persona que vaya a instalar la IAH debe tener conocimiento del sistema operativo utilizado, así como del sistema de archivos, control de acceso local y remoto, administración de redes, protocolos de comunicación e instalación y configuración de servidor web. El software pre-requisito para instalación del IAH es un servidor web que tenga la interfaz CGI, entre los cuales podemos citar: Apache, IIS y OmniHTTPd. 4.1 Sobre el paquete de instalación El paquete de distribución de la IAH tiene todos los archivos y directorios necesarios para la interfaz, habiendo, sin embargo, una pequeña diferencia entre la versión para Windows y la versión para Linux. El paquete para Windows se generó con el WinZip mientras que el paquete para Linux utilizó las herramientas tar y gzip para unión y compactación. Abajo de cada uno de los directorios primarios (bases, cgi-bin y htdocs) hay un subdirectorio IAH que contiene los archivos de la aplicación propiamente dicha. 8

17 Requisitos para instalación En el directorio cgi-bin se encuentra el ejecutable del WWWISIS (wxis.exe) para la plataforma elegida. Figura 1: Organización de directorios de la distribución en Windows e Linux. 4.2 Archivos y directorios del paquete IAH BASES/IAH Bajo este directorio hay cuatro subdirectorios: fsts/, isos/, gizmos/, y pfts/. También hay dos archivos especiales: 9

18 Requisitos para instalación para Windows 1. setupdb.bat - proceso para la generación de base de datos y archivo invertido con opción para datos en formato ASCII o ANSI; 2. inverte-dblil.bat - proceso para generar archivo invertido de la base LILACS de ejemplo en formato ANSI; 3. inverte-dbsecs.bat - proceso para generar invertido de la base SECS de ejemplo en formato ASCII; 4. mx.exe - utilitario MX; para Linux 1. setupdb.sh - proceso para generación de base de datos y archivo invertido con opción para datos en formato ASCII o ANSI; 2. inverte-dblil.sh - proceso para generar invertido de la base LILACS de ejemplo en formato ANSI; 3. inverte-dbsecs.sh - proceso para generar invertido de la base SECS de ejemplo en formato ASCII; 4. mx - utilitario MX. En los subdirectorios se encuentran los archivos necesarios para ejemplificar una instalación estándar, con dos bases de datos de cantidad reducida de registros, siendo que una de ellas utiliza metodología Secs y la otra, Lilacs. En fsts/ se encuentran disponibles las tablas de selección de campos para aplicarlas a las bases. En gizmos/ hay diversas bases ISIS (archivos.mst, xrf e id) que operan en modo complementario a la interfaz, por lo general como tabla de conversión de caracteres, gizmo y tareas relacionadas. Finalmente en pfts/ están los diversos formatos de exhibición para las bases de datos de ejemplo HTDOCS/IAH Este directorio contiene cuatro subdirectorios (E/, I/, P/ y fulltext/), dos archivos de definición y parametrización de bases de datos (DBLIL.def y DBSECS.def), un archivo de configuración de la IAH (iah.def) y algunos archivos de aplicación. En el subdirectorio fulltext/ hay archivos para ejemplificar el acceso a textos completos. En cada uno de los subdirectorios E/, I/, y P/ hay dos subdirectorios: 10

19 Requisitos para instalación image/ y help/. En el primero están los archivos de imagen utilizados por la interfaz tales como iconos, botones, banners, logos etc. En el segundo están los archivos conteniendo los textos de ayuda de la interfaz en los correspondientes idiomas en formato HTML. El archivo iah.htm contiene la página inicial de la IAH después de su instalación y configuración y permite acceder a las bases de datos CGI-BIN En este directorio se encuentra el archivo ejecutable del WWWISIS (wxis.exe) para interpretar y ejecutar la aplicación IAH escrita en IsisScript CGI-BIN/IAH Hay seis subdirectorios (A/, E/, I/, modules/, P/ y translate/) y el código de la aplicación (iah.xis). En los subdirectorios de cada idioma están los archivos de formato que componen las páginas de la interfaz en ese idioma. El subdirectorio modules/ contiene módulos opcionales y extensiones de lenguaje que permiten al usuario añadir nuevas funcionalidades con mayor flejibilidad, como también para hacer customizaciones. El subdirectorio translate/ contiene una herramienta de traducción de páginas para otros idiomas con archivos batch, el utilitario MX y algunos archivos gizmo (archivos maestros). 11

20 5 Cómo instalar la IAH Para instalar la interfaz IAH hay que: crear la estructura raíz en donde se descompactará el paquete, sea en Linux o Windows; hacer el download del paquete de la IAH para la plataforma deseada; descompactar el paquete en el lugar adecuado; configurar los archivos de definición de acuerdo con el lugar definido. En las figuras 1 y 2 vimos en la estructura de directorios la localización estándar de las bases de datos. El nombre del directorio bases/ y su localización física pueden ser alterados por el usuario para adecuarse al estándar utilizado en su institución. Sin embargo, se debe observar que hay requisitos mínimos que se deben cumplir para que la interfaz funcione adecuadamente. El directorio principal de la interfaz (o directorio raíz de IAH) es el subdirectorio iah/, que se debe colocar debajo del área conocida como DOCUMENT ROOT del servidor web para que se pueda acceder a las páginas estáticas de la interfaz, así como archivos de configuración, texto de ayuda, imágenes etc., en cada uno de los idiomas disponibles. En el servidor Web debe haber un directorio de ejecución de scripts de CGI para que se pueda ejecutar el WWWISIS (wxis.exe). 12

21 6 Cómo configurar la interfaz IAH La primera tarea después de la descompactación del paquete de la IAH es la configuración del archivo de definición de la interfaz (iah.def). 6.1 Contenido del archivo iah.def El iah.def es un archivo texto compuesto por cuatro secciones, cuyas funciones se detallan en la tabla 2. TÍTULO DE LA SECCIÓN [PATH] [APPEARANCE] [HEADER] [IAH] Tabla 2: Secciones y funciones de IAH.DEF. DESCRIPCIÓN Indica la localización de los directorios y archivos de la interfaz Define ítems relativos a la apariencia de la interfaz Define imágenes y links para la cabecera de las páginas Indica el de la persona responsable y algunas opciones de estado de la interfaz Sección PATH Las declaraciones contenidas en esta sección son: 13

22 Cómo configurar la interfaz IAH PATH_DATA= Indica el camino relativo a la raíz de la aplicación en el servidor Web en donde se localizan las páginas estáticas (IAH); PATH_CGI-BIN= Indica el camino absoluto del directorio de ejecución de scripts de CGI (ej.: /home/user/cgi-bin/iah); PATH_DATABASE= Indica el camino absoluto del directorio de bases en el servidor (ej.: /home/user/bases/iah) Sección APPEARANCE Las declaraciones que constan en esta sección son las siguientes: BODY BACKGROUND COLOR= Indica el color de fondo en las páginas HTML en valores hexadecimales de la tabla RGB; BODY BACKGROUND IMAGE= Determina la imagen de fondo en las páginas HTML; BODY TEXT COLOR= Indica el color del texto en las páginas HTML en valores hexadecimales de la tabla RGB; BODY LINK COLOR= Indica el color de los links en las páginas HTML en valores hexadecimales de la tabla RGB; BODY VLINK COLOR= Indica el color de los links visitados de las páginas HTML en valores hexadecimales de la tabla RGB; BAR BACKGROUND COLOR= Indica el color de fondo de las barras de título en las páginas HTML en valores hexadecimales de la tabla RGB; BAR TEXT COLOR= Indica el color del texto de las barras de título en las páginas HTML en valores hexadecimales de la tabla RGB Sección HEADER Las declaraciones que constan en esta sección son las siguientes: LOGO IMAGE= Determina el archivo imagen del logotipo que se utilizará en la cabecera de las páginas HTML. Por lo general este tipo de archivo se coloca en el subdirectorio images/; 14

23 Cómo configurar la interfaz IAH LOGO URL= Determina las URLs de las páginas que hospedan la interfaz IAH en los tres idiomas disponibles; HEADER IMAGE= Determina el archivo imagen que encabeza las páginas HTML. Por lo general este tipo de archivo se coloca en el sudirectorio images/; HEADER URL= Indical as URLs de las páginas iniciales de IAH (página de selección de bases) en los tres idiomas disponibles; Sección IAH Las declaraciones que constan en esta sección son las siguientes: MANAGER = Determina la dirección de de la persona responsable por el mantenimiento de la IAH. Ese se informará al usuario en casos de error en el sistema; REVERSE MODE= Determina el orden de presentación del resultado de la búsqueda. Los valores posibles son: en orden ascendente (OFF), o inverso (ON) de MFNs; MULTI-LANGUAGE= Indica si el usuario puede o no cambiar el idioma de la interfaz. Los valores posibles son: OFF el cambio está prohibido, cuando vale ON está permitida, entre los idiomas inglés, español y portugués. 6.2 Cómo configurar el archivo iah.def Abrir el archivo iah.def con el editor de textos que Ud. prefiera; Localizar la sección [PATH]; Digitar inmediatamente después de la declaración PATH_DATA=, el camino relativo para el directorio raíz de la IAH, en este caso /iah/; Digitar inmediatamente después de la declaración PATH_CGI-BIN=, el camino absoluto para el directorio de scripts de la IAH, por ej.: /home/user/cgibin/iah/; Digitar inmediatamente después de la declaración PATH_DATABASE=, el camino absoluto para el directorio que contiene las bases de datos, por ej.: /home/user/bases/iah/; Guardar el archivo editado. 15

24 Cómo configurar la interfaz IAH! Al llenar las declaraciones anteriores se deben digitar las barras inicial y final. 6.3 Prueba inicial de la interfaz Utilizando un navegador de Internet (Internet Explorer, Mozzila, Netscape etc) digite en el campo de dirección la URL en donde fue instalada la IAH: ej.: en donde mi-servidor es el nombre del dominio donde está instalado el paquete. Se puede acceder a las instalaciones realizadas en modo local utilizando localhost o como nombre del dominio. A partir de esta página se puede realizar la selección de las bases de ejemplo que acompañan el paquete (DBLIL y DBSECS). Se sugiere la ejecución de una consulta en las bases de datos de ejemplo (metodologías LILACS y SeCS) con el objetivo de confirmar el funcionamiento correcto de la interfaz antes de proseguir con el proceso de instalación y configuración de bases de datos propias, personalización del layout etc. En caso de error pueden ser utilizadas las URL abajo:

25 7 Bases de datos propias La IAH se distribuye de manera estándar con dos bases de datos en los formatos de presentación utilizados por las metodologías LILACS y SECS. Para instalar y configurar adecuadamente una base de datos propia es necesario realizar los pasos siguientes: 7.1 Cómo instalar una nueva base de datos 1. Transferir para el directorio ISOS (bases/iah/isos) el(los) archivo(s) en el formato ISO de la(s) base(s) de datos deseada(s); 2. Transferir al directorio FSTS (bases/iah/fsts) el(los) archivo(s) de tipo "FST" de la(s) base(s) de datos. 3. Transferir al directorio PFTS (bases/iah/pfts/?/) los archivos de formato de presentación de registros para la(s) base(s) de datos elegida(s). El "?" corresponde a los subdirectorios de los idiomas del interfaz (E/, I/ e P/). Nota: Comandos para sangrado y espacio vertical y horizontal (característicos del lenguaje de formatación CDS/ISIS) se deben cambiar por sus equivalentes en HTML. Los campos que contienen marcas para control de ordenación 17

26 Bases de datos propias (Información de Archivo, o en inglés filing information; por ej.: <A>, <The>, <La> etc.) deben tener su modo de exhibición para el modo de cabecera (mhl). 4. Ejecutar el archivo de configuración de base de datos en la línea de comando del DOS o del Linux: a) Cambiar para el directorio de bases de datos (p.ej.: /home/user/bases/iah); b) Ejecutar el archivo setupdb (shell o batch - en acuerdo con el sistema operativo utilizado), informando el nombre del archivo ISO (incluyendo la extensión), nombre del archivo FST (incluyendo extensión) y el nombre de la base de datos resultante (p. ej.: setupdb.bat base.iso base.fst base).! El caso que la base de datos haya sido creada con la tabla de caracteres ANSI (Windows), utilice el cuarto parámetro, ANSI, en la instrucción setupdb. El estándar para inversión es ASCII. Crear una copia del archivo DBLIL.def con el nombre de su base de datos, por ej.: video.def y editarlo para que esté adecuado a las necesidades de su base de datos, conforme instrucciones de la sección Cómo configurar una nueva base de datos; 5. Añadir a la página de acceso de bases de datos una referencia a esta nueva base conforme el modelo a continuación: <p><a HREF = "/cgibin/wxis.exe/iah/?isisscript=iah/iah.xis&base=base&lang=p">base</a> - Texto descriptivo de la base de datos</p> Los términos destacados se deben alterar para reflejar la información sobre la base añadida. 7.2 Cómo configurar una nueva base de datos Para configurar una base de datos en la IAH es necesario alterar algunos parámetros del archivo de definiciones de base de datos (base.def), cuyo nombre es definido por el usuario durante la instalación (7.1, item 5) y que se puede basar en la definición de una base del tipo LILACS (DBLIL.def). Por lo tanto, base.def es un archivo texto compuesto por seis secciones, cuyas funciones se detallan en la tabla 3. TÍTULO DE LA SECCIÓN DESCRIPCIÓN [FILE_LOCATION] Localización de los archivos de bases de datos, formatos de 18

27 TÍTULO DE LA SECCIÓN [INDEX_DEFINITION] [APPLY_GIZMO] [FORMAT_NAME] [HELP_FORM] [DISPLAY_FORM] Bases de datos propias DESCRIPCIÓN presentación y de exportación de datos Lista de definición de índices a los que puede acceder la investigación Lista de archivos utilizada para el cambio global de contenidos Lista de definición de formatos de presentación disponibles Lista de archivos de ayuda a los formularios de búsqueda Lista de formularios de búsqueda disponibles Tabla 3: Secciones y funciones del archivo base.def Sección FILE_LOCATION En esta sección se deben definir los nombres lógicos de bases de datos, archivos invertidos, archivos de formato de presentación y de conversión de datos, todos con sus respectivos caminos físicos. Se deberán definir por lo menos tres archivos: la base de datos; el(los) archivo(s) invertido(s); y los archivos de formato de presentación. Para la definición del archivo de base de datos el nombre lógico DATABASE es obligatorio. Cada definición viene precedida por la instrucción FILE en la forma general: FILE NOME_LOGICO.*=/diretório-1/diretório-n/nome_arquivo.* Usando la definición de una base de datos del tipo LILACS de nombre "vídeo" como ejemplo, la declaración resultaría en: FILE DATABASE.*=/home/user/bases/iah/vídeo.* Para hacer que la interfaz sea portable para cualquier estructura de directorio se han predefinido tres variables: %path_database%; %path_cgi-bin%; %lang%. Las variables %path_database% y %path_cgi-bin% reciben sus valores a partir de las instrucciones PATH_DATABASE y PATH_CGI-BIN, respectivamente, del archivo iah.def, mientras que la variable %lang% recibe la letra identificadora de idioma (p, e, i) a partir de la selección realizada por el usuario a través de la interfaz. 19

28 Bases de datos propias Siendo así, la definición del archivo de base de datos se podría escribir de la forma siguiente: FILE DATABASE.*=%path_database%video.* A su vez, una definición de formato de presentación, en los mismos términos, podría ser la siguiente: FILE standard.pft=%path_database%pfts/%lang%/lildhtm.pft Obsérvese que se utilizó la estructura estándar del paquete en todos los ejemplos Sección INDEX_DEFINITION En esta sección se deben definir los índices disponibles para la búsqueda. Es posible montar una FST por índice o una FST con prefijos. El uso de determinado elemento descritivo de índice excluye o incluye otros varios, dependiendo del grupo al cual pertenece. Los elementos referentes al idioma son neutros y opcionales. Cada definición viene precedida por el término INDEX, seguida de un prefijo que puede tener diversos elementos descriptivos identificados en subcampos según la tabla 4. Elemento Grupo Descripción ^p estándar Nombre del índice en el idioma portugués (1) ^e estándar Nombre del índice en el idioma español (1) ^i estándar Nombre del índice en el idioma inglés (1) ^d estándar Marcador de índice estándar (2) ^f estándar Indicador que limita la disponibilidad del campo en el formulario avanzado (contenido: "A") (3) ^t estándar Tipo del índice ("short" para índice corto, "hidden" para índice oculto) (3) ^g estándar Define un gizmo para ser ejecutado en la llaves leídas del archivo invertido (3) ^s no prefijado Lista de identificadores (tags) de campo en donde se desea realizar la búsqueda ^x prefijado Identifica el prefijo que será utilizado en las estrategias de búsqueda ^y prefijado Identifica el nombre lógico para el archivo invertido ^u prefijado Identifica el prefijo a utilizar ^m prefijado Identifica el prefijo referente al formulario o nota asociado al índice de búsqueda. Funciona en conjunto con la definición de notas específicas de los campos de la sección HELP_FORM Tabla 4: Componentes de la definición de índices. 20

29 Bases de datos propias (1) Elemento opcional en acuerdo con el idioma deseado. (2) Elemento obrigatorio para el índice estándar. (3) Elemento opcional. Como forma general, tenemos: INDEX XX=^p<Nome>^e<Nombre>^i<Name>^d*^s<Tag>^fA^t<short hidden> Siendo así, la definición de un índice de palabras para ser presentado como estándar podría ser: INDEX TW=^pPalavras^ePalabras^iWords^d* En el ejemplo anterior, el índice se mostraría como Palabras en español, sería el índice estándar y realizaría una búsqueda en todos los campos definidos en la FST. Esta definición también implica en una FST sin campos prefijados. Para un índice de autor compuesto de los campos 10, 16 y 23 y mostrado solamente en el formulario avanzado, sería válida la declaración: INDEX AU=^pAutor^eAutor^iAuthor^s10,16,23^fA Para un índice de descriptores de asunto identificado por el prefijo "MH" en la FST y disponible solamente en el idioma inglés, sería válida la declaración: INDEX Mh=^iSubject descriptor^xmh ^umh_^ydatabase^mmh_ Para un índice de palabras del resumen identificado por el prefijo "AB" en la FST y con referencia a un archivo invertido de nombre "RESUMEN" teríamos en la sección de definición de archivos: FILE RESUMEN.*=/home/user/bases/iah/resumen.* y en la definición de índices: INDEX Ab=^pPalavras do resumo^epalabras del resumen^iabstract words^xab ^uab_^yresumen^mab_ Sección APPLY_GIZMO En esta sección se deben indicar los archivos para el cambio global de cadenas de caracteres de contenidos de la base de datos (archivos GIZMO), permitiendo realizar conversiones de tablas de caracteres, codificación/decodificación de datos, compresión de información etc. Los nombres lógicos deben obrigatoriamente ser definidos en la sección FILE_LOCATION. 21

30 Bases de datos propias Cada definición debe estar precedida por el término GIZMO, siendo la forma general: GIZMO NOME_LOGICO El paquete estándar de la IAH tiene algunas bases GIZMO predefinidas: NOME_LOGICO GANS850 G850ANS QLFANS QLF850 LANGS GIZMOTL GIZMONB Tabla 5: Tabla de GIZMOS estándar del paquete de la IAH. Descrição Efectúa la conversión de caracteres ANSI para sus correspondientes en ASCII 850. Efectúa la conversión de caracteres ASCII 850 para sus correspondientes en ANSI. Efectúa la decodificación de los calificadores de los términos del DeCS en acuerdo con la tabla ANSI (Windows). Disponible en tres idiomas. Efectúa la decodificación de los calificadores de los términos del DeCS en acuerdo con la tabla ASCII 850 (DOS). Disponible en tres idiomas. Efectúa la decodificación de los códigos de idioma del texto en acuerdo con la tabla ANSI (Windows). Disponible en tres idiomas. Efectúa la decodificación de los códigos de tipo de literatura en acuerdo con la tabla ANSI (Windows). Disponible en tres idiomas. Efectúa la decodificación de los códigos de nivel bibliografico en acuerdo con la tabla ANSI (Windows). Disponible en tres idiomas. Notese que cada tabla gizmo se encuentra previamente definida en el archivo DBLIL.def de ejemplo enviado con el paquete: FILE GIZMOTL.*=%path_database%gizmo/%lang%/gizmotl.* FILE GIZMONB.*=%path_database%gizmo/%lang%/gizmonb.* FILE LANGS.*=%path_database%gizmo/%lang%/lang.* FILE G850ANS.*=%path_database%gizmo/g850ans.* FILE GANS850.*=%path_database%gizmo/gans850.* FILE QLFANS.*=%path_database%gizmo/%lang%/qlfans.* FILE QLF850.*=%path_database%gizmo/%lang%/qlf850.* De esta forma, se puede especificar la base GIZMO ASC2ANS para convertir los datos grabados en la base de datos en formato ASCII para ANSI de la forma siguiente: GIZMO=ASC2ANS 22

31 Bases de datos propias Sección FORMAT_NAME En esta sección se definen los nombres lógicos de los formatos de presentación disponibles y sus descripciones en los tres idiomas. Cada definición viene precedida por el término FORMAT, seguido del identificador propiamente dicho y de las declaraciones descriptivas para cada idioma (^p para portugués; ^e para español; y ^i para inglés), teniendo la forma general siguiente: FORMAT xxxxx=^pnononon^enononon^inononon El paquete de instalación viene acompañado de seis archivos de formato de presentación por idioma de la interfaz, siendo cuatro de ellos basados en la metodología LILACS y dos en la metodología SECS. Los cuatro formatos basados en la LILACS son: largo, detallado, citación y título. Se asume como estándar el formato de presentación de citación. Los archivos (con extensión.pft) definidos para cada uno de los formatos se deben declarar debidamente en la sección [FILE_LOCATION]. La definición del formato detallado se declararía de esta forma: FORMAT detailed.pft=^pdetalhado^edetallado^idetailed La declaración FORMAT DEFAULT especifica cuál es el formato estándar para la presentación que será utilizado por la interfaz y debe, de preferencia, ser la última declaración de esta sección. Obsérvese que el formato ya debe haberse declarado previamente: FORMAT DEFAULT=detailed.pft Sección HELP_FORM En esta sección se definen los archivos HTML de ayuda y las notas explicativas para cada tipo de formulario (libre, básico y avanzado) y/o índices disponibles en la interfaz. Se asume que estos archivos estén localizados abajo de la raíz de la IAH en el subdirectorio help bajo cada idioma (P, E, I). El contenido de estos archivos puede ser genérico, sirviendo a todos los elementos de una misma categoría (formulario o índice); o específico, para determinado 23

32 Bases de datos propias elemento dentro de la categoría. Por ejemplo, se puede definir un archivo de ayuda que sirva a todos los índices disponibles y adicionalmente un archivo de ayuda que detalle mejor uno de los índices de aquel conjunto. Para definir un texto de ayuda genérico, la declaración debe venir precedida de los términos HELP FORM o HELP INDEX y seguida del nombre físico del archivo. Ej.: HELP FORM=ajuda_forms.html HELP INDEX=ajuda_indices.html Para definir un texto de ayuda específico, la declaración debe incluir el tipo de formulario (F: libre, B: básico y A: avanzado) y/o índice (de acuerdo con la sección INDEX_DEFINITION). Ej.: HELP FORM F=ajuda_form_livre.html HELP INDEX TW=ajuda_indice_palavras.html Para definir un texto de notas explicativas, la declaración debe venir precedida por los términos NOTE FORM y NOTE INDEX en lugar de HELP FORM y HELP INDEX. El resto de los procedimientos es idéntico. Sección PREFERENCES En esta sección se definen algunas opciones de la interfaz para determinada base de datos. Las declaraciones contenidas en esta sección son las siguientes: AVAILABLE FORMS Determina el conjunto de formularios disponibles, siendo el primero de la lista el estándar en la inicialización. Los formularios se identifican por letras que se describen en la Tabla 6. Identificador Formulario F Libre B Básico A Avanzado Tabla 6: Identificadores de Formularios. La definición viene precedida por el término AVAILABLE FORMS, seguida de la lista de identificadores de formularios separados por coma, de la forma siguiente: AVAILABLE FORMS=F,A 24

33 Bases de datos propias Esta declaración informa a la IAH que están disponibles dos formularios de búsqueda (Libre y Avanzado), siendo el formulario libre el estándar en la inicialización. SEND RESULT BY Determina si se debe o no habilitar el envío de resultados de consulta por e- mail. Los valores posibles son ON y OFF. Para que esta opción funcione correctamente el usuario debe instalar y configurar un programa de SMTP y crear una rutina para recibir los parámetros enviados por la interfaz. La línea de comando que se ejecutará cuando esta opción esté activa se debe describir en el archivo sendmail.conf del directorio raíz de la IAH (/home/user/htdocs/iah/). Bajo Windows el contenido del archivo sendmail.conf podria ser: EXECUTE=blat <file> -subject Resultado -to <mailto> -q -html Bajo Linux el contenido seria: EXECUTE=/home/user/iah/cgi-bin/ .sh <mailto> <file> El! SEND RESULT BY =OFF programa responsable por envío de no forma parte del paquete de la IAH. Bajo Linux, el shell demonstrado en el ejemplo deberia ser responsable por pasar los dos parámetros necesarios al programa de mail seleccionado. NAVIGATION BAR Determina si la barra de navegación entre los documentos recuperados debe o no mostrarse. Los valores posibles son ON y OFF. NAVIGATION BAR=ON DOCUMENTS PER PAGE Determina el número máximo de documentos exhibidos en una página de resultado de búsqueda. DOCUMENTS PER PAGE=20 FEATURES Indica características adicionales de la IAH disponibles para uso. Actualmente, el paquete tiene únicamente soporte al estándar XML en la exportación de registros. Ej.: FEATURES=XML 25

34 Bases de datos propias 7.3 Gestionando múltiples bases con layout diferenciado Una misma instancia de la IAH puede contener una grand cantidad de bases de datos y todavía permitir que el layout, los colores y el formato de salida de datos sean cambiados. Cuando se desea habilitar dos nuevas bases en la IAH (por ejemplo, libros raros y videos institucionales - referenciadas acá como "raros" y "videos") con identidades visuales bien distintas, se debe empezar por la preparación del ambiente en donde se replica los parámetros de una instalación modelo. En los pasos siguientes fue considerado que las bases son compatibles con el modelo propuesto por la Metodologia LILACS Crear un subdiretorio para cada base en la raiz de los documentos de la IAH y en el área de formatos de presentación de las bases, por ejemplo: htdocs\iah\raros htdocs\iah\videos bases\iah\pfts\raros bases\iah\pfts\videos Copiar los archivos \htdocs\iah\iah.def y \htdocs\iah\dblil.def para cada subdiretorio del área de documentos (htdocs\iah\raros y htdocs\iah\videos); Copiar los subdiretorios E, I y P abajo de \htdocs\iah para cada subdiretorio del área de documentos (htdocs\iah\raros y htdocs\iah\videos); Copiar los subdiretorios E, I e P abajo de \bases\iah\pfts para cada subdiretorio del área de bases (bases\iah\pfts\raros y bases\iah\pfts\videos). Con la estructura preparada, puedese empezar la customización de cada nueva instancia virtual de la IAH, como sigue:! En los pasos abajo se demuestra cómo configurar adecuadamente la instancia "raros" que fue previamente preparada Editar el archivo htdocs\iah\raros\iah.def, cambiando la línea abajo descrita: de: PATH_DATA=/iah/ para: PATH_DATA=/iah/raros/ Renombrar el archivo htdocs\iah\raros\dblil.def para htdocs\iah\raros\raros.def; 26

35 Bases de datos propias! Este paso no es obligatório, pero aclara los pasos presentados Editar el archivo htdocs\iah\raros\raros.def, cambiando las líneas abajo, descritas en la sección FILE_LOCATION: de: FILE DATABASE.*=%path_database%dblil.* FILE standard.pft=%path_database%pfts/%lang%/lillhtm.pft FILE detailed.pft=%path_database%pfts/%lang%/lildhtm.pft FILE citation.pft=%path_database%pfts/%lang%/lilchtm.pft FILE citation.xml=%path_database%pfts/lilcitationxml.pft FILE title.pft=%path_database%pfts/%lang%/lilthtm.pft FILE SHORTCUT.IAH=%path_database%pfts/%lang%/shortcut.pft FILE descritores.pft=%path_database%pfts/%lang%/descritores.pft para: FILE DATABASE.*=%path_database%raros.* FILE standard.pft=%path_database%pfts/raros/%lang%/lillhtm.pft FILE detailed.pft=%path_database%pfts/raros/%lang%/lildhtm.pft FILE citation.pft=%path_database%pfts/raros/%lang%/lilchtm.pft FILE mes.pft=%path_database%pfts/raros/%lang%/mes.pft FILE title.pft=%path_database%pfts/raros/%lang%/lilthtm.pft FILE SHORTCUT.IAH=%path_database%pfts/raros/%lang%/shortcut.pft FILE descritores.pft=%path_database%pfts/raros/%lang%/descritores.pft Copiar la base de datos "raros" (raros.mst y raros.xrf) para el directorio definido en la opción FILE DATABASE del archivo raros.def (bases\iah); Copiar el archivo de extración de llaves dblil.fst para raros.fst (bases\iah\fsts); Abrir una sessión DOS y cambiar para el directorio bases\iah\; Generar el archivo invertido para la base de datos raros.fst utilizando la línea abajo como modelo: a) para Windows: mx raros fst=@fsts\raros.fst fullinv/ansi=raros now -all b) para Linux./mx raros fst=@fsts/raros.fst fullinv/ansi=raros now -all Ahora, solamente es necesario construir la URL de llamada para la base de datos con los parámetros cambiados para mirar la nueva instancia virtual RAROS. Considerámos, por lo tanto, la URL básica de llamada de la IAH para la base de ejemplo DBLIL en el idioma español que viene con el paquete de la IAH: Podemos separar los términos de la URL en bloques como sigue: Término Código protocolo http: dominio //dominio/ 27

36 Bases de datos propias programa raiz del aplicativo parámetro 1: aplicativo parámetro 2: idioma parámetro 3: base de datos cgi-bin/wxis.exe /iah/ IsisScript=iah/iah.xis lang=e base=dblil Para construir la URL adecuada a la base de dados "RAROS", se deben seguir los siguientes pasos: Añadir el nombre del directorio al final del término "raiz del aplicativo": /iah/raros/ Cambiar el nombre de la base de datos en el parámetro 3: base=raros La tabla con los nuevos parámetros seria: Término Código protocolo http: dominio //dominio/ programa cgi-bin/wxis.exe raiz del aplicativo /iah/raros/ parámetro 1: aplicativo IsisScript=iah/iah.xis parámetro 2: idioma lang=e parámetro 3: base de datos base=raros Remontando la URL, esta quedaria como: Ahora que todavía existe un área separada y configurada para la nueva base de datos (RAROS), los archivos de imagen (htdocs\iah\raros\?\image) y los textos de apoyo y de ayuda (htdocs\iah\raros\?\help) pueden ser cambiados sin perjuicio que sean cambiados los archivos originales o de otras instancias virtuales. También es posible cambiar las definiciones de color y nombres de logotipos definidos para la interfaz, en el caso que el usuario desee solamente diferenciar por encima cada instancia, a través de los parámetros definidos y las sesiones APPEARANCE y HEADER. 28

37 8 Cómo usar la interfaz IAH Cualquier búsqueda en bases de datos se ejecuta a partir de un formulario en donde el usuario monta su expresión de consulta, combinando palabras, términos y operadores booleanos (lógicos). Al seleccionar la base de datos deseada, la interfaz IAH presenta el formulario libre (adoptado como estándar de la instalación), estando disponibles otros dos formularios: básico y avanzado. En los ejemplos y figuras se utilizaron interfaces IAH configuradas para las bases de datos LILACS y MEDLINE. 8.1 Formulario Libre Efectúa la consulta en el campo palabras, es decir en todos los campos que se invirtieron palabra por palabra. 29

38 Cómo usar la interfaz IAH Observaciones importantes cuando haya más de una palabra se las debe separar por un único espacio, seleccionando uno de los operadores disponibles: AND (para relacionar) o OR (para sumar); si se desea truncar parcialmente términos y palabras, utilice el símbolo ($) al final de la raíz, por ejemplo: infect$ recuperará infection, infections, infectious etc; es importante considerar los sinónimos/variaciones de las palabras buscadas (ej.: cerebral, brain). Ejemplo 1: Investigación en la base LILACS sobre disminución de riesgo o infección por el virus del inmunodeficiencia humana (VIH) en pacientes en hemodiálisis. Considere solamente las palabras más significativas para su consulta y digite en el espacio disponible. En el ejemplo se debe mantener seleccionado el operador AND para que la IAH busque artículos que contengan todas las palabras digitadas. Figura 3: Ejemplo de llenado del campo de consulta libre. 8.2 Formularios Básico y Avanzado El Formulario básico permite consultar en los principales campos de búsqueda de las bases de datos, entre ellos: palabras, descriptor del asunto, límites del asunto, autor, revista e idioma, así como ofrece acceso a los índices de estos campos que ayudan a armar la expresión de una consulta. El Formulario Avanzado permite consultar en todos los campos de la base de datos y tiene los mismos recursos del formulario básico. Para acceder al formulario básico o avanzado, haga click en el nombre del formulario en la parte superior derecha del formulario libre. 30

39 Cómo usar la interfaz IAH Figura 4: Localización de las opciones de tipo de formulario Cómo consultar No digite nada en las líneas en blanco; Seleccione uno de los campos de búsqueda, haciendo click en el botón que se encuentra en la caja reservada a los campos y haga click en el botón del índice de la misma línea; Figura 5: Selección de campo de búsqueda.! Cuando hubiera más de una palabra o término en la misma línea se debe usar uno de los operadores booleanos (AND, OR, AND NOT) entre cada término; El operador AND se define previamente como estándar entre una línea y otra, pudiendo alterarse a criterio del usuario para atender la 31

40 Cómo usar la interfaz IAH necesidad de la búsqueda. Figura 6: Ejemplo de una expresión de investigación armada en el formulario básico. En este ejemplo utilizando el AND, el sistema relacionará los dos asuntos y recuperará solamente artículos en inglés Presentación del resultado Una vez ejecutada la búsqueda, la primera parte de la página muestra información sobre la base de datos consultada, la expresión de la búsqueda, el número de referencias recuperadas en la consulta agrupadas de 10 en 10 registros, en el formato de presentación indicado en el CONFIG (en el ejemplo a continuación el muestreo es en el formato largo). 32