Tabla 1. Límite de detección en relación con la purificación (kit QIAamp MinElute Virus Spin) del panel RespiFinder RG. 4 x 10 3 fg/µl 100

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Ángeles Herrero Rojas
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RespiFinder RG Panel Características del rendimiento RespiFinder RG Panel, versión 1, 4692163 Compruebe la disponibilidad de nuevas versiones de la documentación electrónica en www.qiagen.

1 RespiFinder RG Panel Características del rendimiento RespiFinder RG Panel, versión 1, Compruebe la disponibilidad de nuevas versiones de la documentación electrónica en antes de realizar la prueba. El estado de revisión actual viene indicado por la fecha de publicación (formato: mes/año). Límite de detección (LOD, limit of detection) Se evaluó el límite de detección (LOD) en relación con la purificación (límite de sensibilidad) para el panel RespiFinder RG utilizando muestras de bacterias y virus enteros en medio de transporte universal (UTM, Universal Transport Medium) en combinación con la extracción con el kit QIAamp MinElute Virus Spin. El límite de detección en relación con la purificación del panel RespiFinder RG se determinó utilizando una serie de diluciones de cepas virales y bacterianas (ATCC, Zeptometrix, Viral Culture) en UTM. Estas se sometieron a extracción de ARN/ADN con el kit QIAamp MinElute Virus Spin (volumen de extracción: 200 µl; volumen de elución: 60 µl). Se analizó cada una de las 5 diluciones con el panel RespiFinder RG con 11 duplicados por cada una. Los resultados se determinaron por la tasa de aciertos (se definió una tasa de aciertos 95% como el límite de detección analítica para el patógeno correspondiente). En la tabla 1 se presenta un resumen del límite de detección para todos los patógenos analizados. Tabla 1. Límite de detección en relación con la purificación (kit QIAamp MinElute Virus Spin) del panel RespiFinder RG Patógeno Subtipo/cepa Origen Título de LOD Tasa de aciertos (%) Virus ATCC* 10(0,40) TCID 50 /0,2 ml 95 Bocavirus n.a. Plásmido recombinante 4 x 10 3 fg/µl 100 * American Type Culture Collection (Colección estadounidense de cultivos tipo), Estados Unidos. Continuación de la tabla en la página siguiente n.a.: no aplicable. Noviembre 2013 Sample & Assay Technologies

2 Tabla 1. Continuación. Patógeno Subtipo/cepa Origen Título de LOD Tasa de aciertos (%) Virus (continuación) Coronavirus 229E ATCC 10(-3,95) TCID 50 /0,2 ml 100 Coronavirus OC43 ATCC* 10(-2,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Coronavirus NL63 Zeptometrix n.a. 100 Virus Coxsackie A9 ATCC 10(-0,60) TCID 50 /0,2 ml 95 MNVh B3 Zeptometrix n.a. 100 Virus A de la gripe Virus A de la gripe Virus B de la gripe Virus de parainfluenza Virus de parainfluenza Virus de parainfluenza Virus de parainfluenza H3N2 Victoria ATCC 10(-1,50) TCID 50 /0,2 ml 100 H1N1 Virginia ATCC 10(0,10) TCID 50 /0,2 ml 100 Maryland ATCC 10(-1,17) TCID 50 /0,2 ml ATCC 10(-3,25) TCID 50 /0,2 ml 95 2 ATCC 10(-1,25) TCID 50 /0,2 ml ATCC 10(-0,25) TCID 50 /0,2 ml 100 4a ATCC 10(-0,75) TCID 50 /0,2 ml 100 Rinovirus 16 ATCC 10(1,50) TCID 50 /0,2 ml 100 VRS-A 2 ATCC 10(-2,25) TCID 50 /0,2 ml 95 VRS-B ATCC 10(-1,75) TCID 50 /0,2 ml 100 * American Type Culture Collection (Colección estadounidense de cultivos tipo), Estados Unidos. n.a.: no aplicable. Características del rendimiento: Panel RespiFinder RG página 2 de 8

3 Tabla 1. Continuación. Patógeno Subtipo/cepa Origen Título de LOD Tasa de aciertos (%) Bacterias B. pertussis n.a. ATCC 8 x L. pneumophila n.a. ATCC 10( 1,70) bact./0,2 ml 100 M. pneumoniae n.a. ATCC Especificidad La especificidad del panel RespiFinder RG se asegura ante todo mediante la selección de los primers (cebadores) y de las sondas, así como mediante la selección de condiciones estrictas para la reacción. Los primers y las sondas se comprobaron con respecto a posibles homologías de todas las secuencias publicadas en los bancos de genes por medio de un análisis de comparación de secuencias. De este modo se ha garantizado la capacidad de detección de todos los genotipos relevantes con el panel RespiFinder RG en un instrumento Rotor-Gene Q MDx con los genotipos indicados a continuación (consulte la tabla 2). Tabla 2. Análisis de la especificidad de las cepas relevantes. Patógeno Origen FAM /ROX FAM/Cy 5 Control interno (FAM/BHQ )) Adenovirus B7 ATCC* Adenovirus B11 ATCC Adenovirus B14 ATCC Adenovirus C1 ATCC Adenovirus C5 ATCC Adenovirus C6 ATCC Adenovirus E4 ATCC Virus Coxsackie A10 ATCC + + * American Type Culture Collection (Colección estadounidense de cultivos tipo), Estados Unidos. Continuación de la tabla en la página siguiente Características del rendimiento: Panel RespiFinder RG página 3 de 8

4 Tabla 2. Continuación. Patógeno Origen FAM/ROX FAM/Cy5 Control interno (FAM/BHQ)) Virus Coxsackie A24 ATCC + + Virus Coxsackie B1 ATCC + + Virus Coxsackie B2 ATCC + + Virus Coxsackie B3 ATCC + + Virus Coxsackie B5 ATCC + + Virus ECHO 4 ATCC + + Virus ECHO 11 ATCC + + Virus ECHO 30 ATCC + + Virus A de la gripe H1N1 New Jersey ATCC Virus de parainfluenza 4b ATCC* Rinovirus 1A ATCC + + Rinovirus 1 B ATCC + + Rinovirus 2 ATCC + + Rinovirus 30 ATCC + + Rinovirus 39 ATCC + + Rinovirus 60 ATCC + + VRS-A largo ATCC VRS-B WV ATCC * American Type Culture Collection (Colección estadounidense de cultivos tipo), Estados Unidos. Se analizó una posible reactividad cruzada del panel RespiFinder RG utilizando el grupo de control indicado en la tabla 3. Ninguno de los patógenos analizados mostró reactividad. Características del rendimiento: Panel RespiFinder RG página 4 de 8

5 Tabla 3. Análisis de la especificidad del kit con patógenos con posible reactividad cruzada. Patógeno FAM/ROX FAM/Cy5 Control interno (FAM/BHQ) Virus Citomegalovirus + Virus de Epstein-Barr + Virus del herpes simple + Virus de la varicela-zóster + Bacterias A. baumannii + A. fumigatus + C. albicans + C. krusei + C. lusitaniae + E. cloacae + E. coli + H. influenzae + K. pneumoniae + K. oxytoca + M. catarrhalis + M. tuberculosis + P. aeruginosa + S. aureus + S. marcescens + S. pneumoniae + Características del rendimiento: Panel RespiFinder RG página 5 de 8

6 Infecciones concomitantes El panel RespiFinder RG se ha validado para infecciones múltiples para confirmar la detección de infecciones concomitantes relevantes. Como se muestra en la tabla 4, se analizaron infecciones concomitantes por el virus A de la gripe, el virus B de la gripe, el VRS-A o el VRS-B con adenovirus o rinovirus a diferentes concentraciones de ambos patógenos. Se detectaron todas las infecciones concomitantes. Tabla 4. Análisis de la especificidad del kit con infecciones múltiples. Patógeno 1 Patógeno 2 FAM/ROX FAM/Cy5 Control interno (FAM/BHQ)) Virus A de la gripe H3N2 Victoria 10 x LOD Virus B de la gripe Maryland 10 x LOD VRS-A 2 10 x LOD 10 x LOD 100 x LOD 10 x LOD 100 x LOD 10 x LOD 100 x LOD 10 x LOD 100 x LOD 10 x LOD 100 x LOD 10 x LOD 100 x LOD Continuación de la tabla en la página siguiente Características del rendimiento: Panel RespiFinder RG página 6 de 8

7 Tabla 4. Continuación. Patógeno 1 Patógeno 2 FAM/ROX FAM/Cy5 Control interno (FAM/BHQ)) VRS-B x LOD 10 x LOD 100 x LOD 10 x LOD 100 x LOD Robustez La verificación de la robustez permite determinar el índice de fracaso total del control interno del panel RespiFinder RG. Para verificar la robustez, se analizaron 30 muestras de hisopo nasofaríngeas negativas en medio de transporte universal (UTM) con el panel RespiFinder RG. Tras la extracción con el kit QIAamp MinElute Virus Spin (volumen de extracción: 200 µl; volumen de elución: 60 µl), estas muestras se analizaron con el panel RespiFinder RG. En todas las muestras se detectó el control interno y este fue válido. Por tanto, la robustez del panel RespiFinder RG es 99%. Sustancias causantes de interferencias Se analizó el panel RespiFinder RG para determinar la posible interferencia por aerosoles nasales (Otrivin, Novartis ) y por el ADN genómico humano. Todos los patógenos indicados en la tabla 1 (páginas 1 2) se analizaron a una concentración de 3 x LOD en presencia de 50 ng de ADN humano. Se analizaron muestras adicionales de control negativo en presencia de ADN humano. Se detectaron los patógenos correctos en todas las muestras que contenían ADN humano adicional, y se detectó el control interno en las muestras de control negativo, lo cual muestra la ausencia de interferencia del ADN humano en el rendimiento del panel RespiFinder RG. Se analizaron diez patógenos representativos incluidos en la tabla 1 (adenovirus B3, coronavirus OC43, MNVh B3, virus A de la gripe H1N1 Virginia, virus B de la gripe Maryland, virus de parainfluenza 1, rinovirus 16, VRS-A 2, L. pneumophila y M. pneumoniae) a una concentración de 3 x LOD en presencia de un aerosol nasal al 10% (v/v). Se analizaron muestras adicionales de control negativo en presencia de un aerosol nasal al 10%. Se detectaron los patógenos correctos en todas las muestras que contenían el aerosol nasal, y se detectó el control interno en las Características del rendimiento: Panel RespiFinder RG página 7 de 8

muestras de control negativo, lo cual muestra la ausencia de interferencia del aerosol nasal (10% de la muestra: hisopo en medio de transporte universal) en el rendimiento del panel RespiFinder RG.

8 muestras de control negativo, lo cual muestra la ausencia de interferencia del aerosol nasal (10% de la muestra: hisopo en medio de transporte universal) en el rendimiento del panel RespiFinder RG. Para obtener información actualizada sobre la licencia y las exenciones de responsabilidad específicas del producto, consulte el manual o la guía del usuario del kit de QIAGEN correspondiente. Los manuales y las guías del usuario de los kits de QIAGEN están disponibles en o pueden solicitarse al servicio técnico de QIAGEN o al distribuidor local. Marcas comerciales: QIAGEN, QIAamp, MinElute, Rotor-Gene (Grupo QIAGEN); ATCC (American Type Culture Collection); BHQ (Biosearch Technologies, Inc.); Cy (GE Healthcare); FAM, ROX (Life Technologies); Novartis, Otrivin (Novartis); RespiFinder (PathoFinder BV); Zeptometrix (Zeptometrix Corp.). Nov QIAGEN. Reservados todos los derechos. Denmark Italy Singapore Australia Finland Japan Spain Austria France Korea (South) Sweden Belgium Germany Luxembourg Switzerland Brazil Hong Kong Mexico Taiwan Canada India The Netherlands UK China Ireland Norway USA Sample & Assay Technologies

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